쟁점 금융자문수수료는 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용이므로 원고의 손금에 산입되어야 한다.
쟁점 금융자문수수료는 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용이므로 원고의 손금에 산입되어야 한다.
사 건 2014누73069 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 00세무서장 변 론 종 결
2015. 6. 23. 판 결 선 고
2015. 7. 21.
1. 원고와 피고의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 각자 부담한다. 청구취지 및 항소취지
피고가 원고에 대하여 ① 2012. 10. 2. 한 별지 1 목록 ‘부과내역’란 기재 각 부과처분 중 같은 목록 ‘정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분, ② 2013. 11. 7. 한 별지 2 목록 ‘부과내역’란 기재 각 부과처분 중 ‘정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다는 판결
1. 이 사건 용역비는 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용이므로 원고의 손금에 산입되고 매입세액으로 공제되어야 하므로, 이와 다른 전제에서 부과된 이 사건 처분 중 2007 사업년도 법인세에서 원고가 인정하는 13,915,924원을 초과하는 부분, 2007 사업년도 법인세 관련 가산세에서 원고가 인정하는 8,244,333원을 초과하는 부분, 2007년 1, 2기분 각 부가가치세 및 가산세 전부가 취소되어야 한다.
2. 원고는 RR테크로부터 용역을 공급받았으므로 이 사건 공사비는 가공비용에 해당하지 아니하여 원고의 손금에 산입되고 매입세액으로 공제되어야 하므로, 이와 다른 전제에서 부과된 이 사건 처분 중 2008, 2009, 2010 사업년도 각 법인세 및 가산세, 2008년 1, 2기분, 2009년 1, 2기분, 2010년 1, 2기분 각 부가가치세 및 가산세 전부가 취소되어야 한다.
3. 피고는 가산세를 부과함에 있어 가산세의 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하지 않았으므로, 이 사건 처분 중 각 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 특히, 이 사건 공사비와 관련한 가공세금계산서로 인하여 부과된 가산세 부분은 가사 원고가 이 사건 하도급업체에게 공사비를 부풀려 지급하였다고 하더라도, 원고가 이 사건 하도급업체로부터 발급받은 세금계산서는 용역을 공급받지 아니하고 발급받은 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분 중 2008년 1, 2기분, 2009년 1, 2기분, 2010년 1, 2기분 각 부가가치세 관련 각 가산세 중 위 해당 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
1. 이 사건 용역비 관련
① 본 사업과 관련하여 ‘을’이 ‘갑’을 위하여 제공할 금융자문용역의 내용은 다음과 같다.
• 금융 조달을 위한 거래 구조 개발 및 자문
• 금융 조달을 위한 주선 희망기관의 물색 및 선정 자문
• 주선 희망기관으로부터의 Offer 수령, 평가 및 변경(안)의 제시
• PM사 또는 CM사 선정 자문
• 기타 부속 업무 제7조 (용역비)
① 본 계약에 의하여 ‘갑’이 ‘을’에게 지급할 용역비는 용역보수와 관련비용으로 구성되며, 용역보수는 기본보수와 자문보수로 한다.
② ‘갑’은 ‘을’에게 본 용역의 기본보수로 30,000,000원(부가가치세 별도)을 지급한다.
③ ‘갑’은 ‘을’에게 본 용역의 자문보수로 시장여건에 부합한 금융 조달 방법 및 금융 조건의 제안 등 ‘을’의 용역 수행 결과를 기초로 ‘갑’이 본 사업 수행을 위해 대주와 여신약정을 체결하는 경우 ‘갑’은 여신약정액의 3.0%(부가가치세 별도)를 성공보수금조로 지급한다.
④ ‘을’이 본 용역 수행과 관련하여 회계사, 변호사, 엔지니어, 기타 전문 서비스 제공자의 자문이 필요한 경우에는 ‘갑’과 사전 협의 후 자문을 받고 발생비용은 ‘갑’이 그 내용을 확인한 후 용역보수와는 별도로 지급함을 원칙으로 한다.
⑤ ‘갑’은 본 용역의 수행기간 중 본 용역과 관련하여 ‘을’에게 발생한 부대비용을 지급하기로 한다. 이 경우 부대비용의 지급은 비용 발생 전 ‘갑’과 사전에 협의한 부분에 한한다. 제13조 (계약의 해지)
① 본 사업에 대한 금융 조달이 사실상 불가능한 것으로 판단되어 ‘갑’과 ‘을’이 상호 서면 동의를 하는 경우에는 본 계약을 해지할 수 있다. 이 경우 ‘갑’은 기지급 용역비 전액에 대하여 반환을 청구하지 않는 것으로 한다. 또한 본 항에 의해 계약 해지가 발생되더라도 본 계약서 제7조 제4항, 제5항에서 정한 관련비용은 ‘갑’의 비용으로 계산하기로 한다.
② 불가항력에 의한 경우 또는 쌍방이 상호 합의한 경우에는 본 계약을 해지할 수 있다. 이 경우 용역비의 처리는 제1항을 준용한다.
③ 제1항, 제2항에 불구하고 금융 조달 전까지 ‘갑’은 서면으로 ‘을’에게 통지함으로써 본 계약을 임의로 해지할 수 있다. 이 경우 용역비의 처리는 제1항을 준용한다.
④ 제1항, 제2항에 불구하고 ‘을’은 서면으로 ‘갑’에게 통지함으로써 본 계약을 임의로 해지할 수 있다. 이 경우 ‘을’은 자문계약 해지시점 이후 수령하기로 한 자문보수는 청구하지 않기로 한다. 다만, 제7조 제4항, 제5항에서 정한 관련비용은 ‘갑’의 비용으로 계산하기로 한다.
⑤ ‘갑’과 ‘을’은 상대방이 본 계약을 위반하는 경우 그 시정을 요구할 수 있으며, 시정 요구를 받은 상대방이 시정을 요구한 통지를 받았음에도 불구하고 합리적인 기간 내에 이를 시정하지 않는 때에는 상대방에게 서면으로 통지함으로써 본 계약을 해지할 수 있다. 용역비의 처리에 관하여는 ‘갑’의 계약 위반으로 본 계약이 해지된 경우 제3항을, ‘을’의 계약 위반으로 본 계약이 해지된 경우 제4항을 준용한다.
• 사업타당성 검토 거시환경 분석: 중국 OO시 인문/사회 환경 분석, 부동산시장 동향 분석/검토 대상지 분석: 주변 환경 분석, 입지 및 접근성 분석, 개발 여건 분석 시장분석/검토: 주거시설 시장 환경 분석(경쟁시설 및 유사사례 분석) 사업수지 분석: ‘갑’이 제공한 사업계획에 대한 사업수지 및 현금흐름 분석 제6조 (보수)
① ‘을’에 대한 보수의 상세내역과 기타 지급조건은 다음과 같다.
• 계약금: 20,000,000원
• 잔 금: 20,000,000원
② '을‘은 보수, 비용, 세금을 포함한 지불청구서를 ’갑‘에게 교부하여야 한다.
③ ‘갑’은 계약금 지급 시점에 ‘을’에게 상기 용역수수료와 별도로 용역수행경비 5,000,000원을 지급한다.
① 본 사업과 관련하여 ‘을’이 ‘갑’을 위하여 제공할 금융자문용역의 내용은 다음과 같다.
• 금융 조달을 위한 거래 구조 개발 및 자문
• 금융 조달을 위한 주선 희망기관의 물색 및 선정 자문
• 주선 희망기관으로부터의 Offer 수령, 평가 및 변경(안)의 제시
• PM사 또는 CM사 선정 자문
• 기타 부속 업무 제7조 (용역비)
① 본 계약에 의하여 ‘갑’은 본 용역의 자문보수로서 ‘을’에게 시장여건에 부합한 금융 조달 방법 및 금융 조건의 제안 등 ‘을’의 용역 수행 결과를 기초로 ‘갑’이 본 사업 수행을 위해 대주와 여신약정을 체결하는 경우 ‘갑’은 1,047,500,000원(부가가치세 별도)을 성공보수금조로 지급한다.
② ‘을’이 본 용역 수행과 관련하여 회계사, 변호사, 엔지니어, 기타 전문 서비스 제공자의 자문이 필요한 경우에는 ‘갑’과 사전 협의 후 자문을 받고 발생비용은 ‘갑’이 그 내용을 확인한 후 용역보수와는 별도로 지급함을 원칙으로 한다.
③ ‘갑’은 본 용역의 수행기간 중 본 용역과 관련하여 ‘을’에게 발생한 부대비용을 지급하기로 한다. 이 경우 부대비용의 지급은 비용 발생 전 ‘갑’과 사전에 협의한 부분에 한한다. 제13조 (계약의 해지)
① 본 사업에 대한 금융 조달이 사실상 불가능한 것으로 판단되어 ‘갑’과 ‘을’이 상호 서면 동의를 하는 경우에는 본 계약을 해지할 수 있다. 이 경우 ‘갑’은 기지급 용역비 전액에 대하여 반환을 청구하지 않는 것으로 한다. 또한 본 항에 의해 계약 해지가 발생되더라도 본 계약서 제7조 제4항 제5항에서 정한 관련비용은 ‘갑’의 비용으로 계산하기로 한다.
② 불가항력에 의한 경우 또는 쌍방이 상호 합의한 경우에는 본 계약을 해지할 수 있다. 이 경우 용역비의 처리는 제1항을 준용한다.
③ 제1항, 제2항에 불구하고 금융 조달 전까지 ‘갑’은 서면으로 ‘을’에게 통지함으로써 본 계약을 임의로 해지할 수 있다. 이 경우 용역비의 처리는 제1항을 준용한다.
④ 제1항, 제2항에 불구하고 ‘을’은 서면으로 ‘갑’에게 통지함으로써 본 계약을 임의로 해지할 수 있다. 이 경우 ‘을’은 자문계약 해지시점 이후 수령하기로 한 자문보수는 청구하지 않기로 한다. 다만, 제7조 제4항, 제5항에서 정한 관련비용은 ‘갑’의 비용으로 계산하기로 한다.
⑤ ‘갑’과 ‘을’은 상대방이 본 계약을 위반하는 경우 그 시정을 요구할 수 있으며, 시정 요구를 받은 상대방이 시정을 요구한 통지를 받았음에도 불구하고 합리적인 기간 내에 이를 시정하지 않는 때에는 상대방에게 서면으로 통지함으로써 본 계약을 해지할 수 있다. 용역비의 처리에 관하여는 ‘갑’의 계약 위반으로 본 계약이 해지된 경우 제3항을, ‘을’의 계약 위반으로 본 계약이 해지된 경우 제4항을 준용한다.
① ‘을’이 제공할 금융자문의 범위는 다음과 같다.
• 본 사업에 대한 사업타당성 조사
• 본 사업과 관련된 금융 조달의 자문 상담 제4조 (자문수수료) 본 자문에 대한 수수료는 60,000,000원으로 대출금의 인출일에 일시불로 지급하기로 한다.
① 본 사업과 관련하여 ‘을’이 ‘갑’을 위하여 제공할 금융자문용역의 내용은 다음과 같다.
• 금융 조달을 위한 거래 구조 개발 및 자문
• 금융 조달을 위한 주선 희망기관의 물색 및 선정 자문
• 주선 희망기관으로부터의 Offer 수령, 평가 및 변경(안)의 제시 제6조 (용역비) 본 계약에 의하여 ‘갑’은 본 용역의 자문보수로서 ‘을’에게 시장여건에 부합한 금융 조달 방법 및 금융 조건의 제안 등 ‘을’의 용역 수행 결과를 기초로 ‘갑’이 본 사업 수행을 위해 대주와 여신약정을 체결하는 경우 ‘갑’은 100,000,000원(부가가치세 별도)을 성공보수금조로 지급한다. 제11조 (계약의 해지)
① 본 사업에 대한 금융 조달이 사실상 불가능한 것으로 판단되어 ‘갑’과 ‘을’이 상호 서면 동의를 하는 경우에는 본 계약을 해지할 수 있다. 이 경우 ‘갑’은 기지급 용역비 전액에 대하여 반환을 청구하지 않는 것으로 한다. 또한 본 항에 의해 계약 해지가 발생되더라도 본 계약서 제7조 제4항, 제5항에서 정한 관련비용은 ‘갑’의 비용으로 계산하기로 한다.
② 불가항력에 의한 경우 또는 쌍방이 상호 합의한 경우에는 본 계약을 해지할 수 있다. 이 경우 용역비의 처리는 제1항을 준용한다.
2. 이 사건 공사비 관련
1. 이 사건 용역비의 손금 산입 및 매입세액 공제 여부
(1) 원고와 EEE와의 비용 분담 문제 원고는 별개의 법인격을 갖춘 EEE로 하여금 이 사건 사업을 수행하도록 하였는데, 이는 EEE가 이 사건 사업에 관한 비용 지출 및 수익의 귀속 주체가 된다는 의미이므로, 그렇다면 원고가 이 사건 사업에 관하여 지출한 비용은 어떻게 정산 및 회계처리하여야 하는지가 문제된다. 즉, 원고가 EEE와 사이에 공동사업약정을 체결하였다면 그에 따라 비용 및 수익을 정산할 것이나(그 경우 공동사업약정에서 정한 바에 따라 원고의 비용 및 수익으로 회계처리될 것이며, 이는 원고가 EEE의 모회사로서 EEE의 수익을 배당 받는 것과는 별개의 문제이다), 원고와 EEE와 사이에 공동사업약정이 있었음을 인정할 증거가 없으므로 이를 일률적으로 정할 수는 없고 원고가 지출한 비용의 구체적인 지출 원인, 원고가 비용을 지출한 시기, 이 사건 사업의 경과 등을 종합하여 원고 또는 EEE 누구의 손금으로 인정할지 여부를 개별적으로 판단하여야 한다 1) 한편, ① 이 사건 사업과 같이 장기간의 사업기간이 경과한 이후에야 수익이 발생하는 경우, 사업과 관련된 비용을 수익이 발생하는 모회사의 손금으로 인정하면 곧바로 모회사의 법인세가 감소될 것이나, 자회사의 손금으로 인정하면 수익이 발생하는 사업년도에 이르러서야 이월 결손금의 요건을 갖춘 경우에 한하여 법인세가 감소되는 차이가 있으며, ② 원고가 이 사건 사업으로 얻을 수 있는 수익은 이 사건 사업 자체에서 발생하는 사업수익이 아니라 결국 EEE로부터 받을 배당수익이라고 할 것이므로, 이 사건 사업에 관한 원고의 손금으로 인정될 수 있는지 여부를 판단할 때에도 위와 같은 배당수익을 얻기 위하여 필요한 비용인지, 그러한 배당수익을 얻기 위한 활동이 원고의 사업과 관련된 것인지 등을 고려하여야 할 것인데, 만일 자회사로 부터 받을 배당수익을 위한 것이기만 하면 모회사와 사업관련성이 제한 없이 인정된다면, 모회사는 사업에 관한 모든 비용을 자회사 대신 자신의 손금으로 처리할 수 있다는 것이 되어 자회사와 법인격을 분리하여 손금과 수익을 별도로 인식하게 한 의미가 없어지므로, 원고 또는 EEE 누구의 손금으로 인정할지 여부를 판단함에 있어 위와 같은 사정을 고려하여야 한다. 이 사건에서 EEE는 이 사건 사업의 수행을 위하여 설립되었으며, 설립된 이후에도 실제로 이 사건 사업을 수행하였으므로, EEE 설립 전에 지출원인이 발생한 비용이라고 하더라도 법인세법에서 규정한 손비의 요건을 갖추었다고 인정되는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 EEE에 귀속되는 손비로 볼 수 있는 데(대법원 2013. 9. 26. 선고 2011두12917 판결 참조), 만일 이 사건 용역비가 이 사건 사업을 구체적으로 실행하기 위한 비용으로 판단된다면 이는 EEE의 손금으로 산입되어야 할 것이며, 이 사건 사업을 준비하기 위한 비용으로 판단된다면 이는 원고의 손금으로 산입되어야 할 것이다.
(2) CCC에게 지급한 용역 보수 45,000,000원에 관하여 살피건대, 원고와 CCC 사이의 용역계약서 및 보고서(갑 제5, 7호증)에 의하여 인정되는 계약체결 시기, 용역내용 및 자문수수료 액수, 용역수행 내용에 비추어 볼 때 원고가 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 사업타당성, 적합한 자금 조달구조 등을 추상적으로 검토하기 위한 것으로 보일 뿐 구체적인 사업실행을 위한 것이라고까지 볼 수는 없으며, 실제로 그 명목과 같은 용역이 제공된 점을 고려하면, 그 용역수수료 45,000,000원은 원고가 이 사건 사업을 구상하기 위한 용역의 대가로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이라고 봄이 상당하다.
(3) 이 사건 용역비 중 나머지 부분 (가) ① 원고가 금융기관들과 사이에 체결한 금융자문계약(갑 제4호증, 갑 제6호증의 1, 2, 3)에 따르면, ‘회계사 등 전문가의 자문으로 인하여 발생한 비용’, 원고가 BB은행에 지급해야 하는 기본수수료 30,000,000원 2) 및 HHH에 지급해야 하는 수수료 60,000,000원을 제외하고는 ‘원고가 대출에 성공할 경우 시장여건에 부합한 금융 조달 방법 및 금융 조건의 제안 등에 관한 용역 제공에 대한 성공보수금’을 지급하는 것으로 약정된 점, 용역보고서 등 원고가 구체적으로 어떠한 용역을 제공받았는지 알 수 있는 자료가 제출되지 않은 점, 금융자문 용역에 대한 대가로만 보기에는 이 사건 용역비의 액수가 상당히 고액인 점 3), ② 00아이비, II증권의 경우 자문계약에 기본수수료가 정해져 있지 않아 대출이 성사되지 않으면 수수료가 없다는 것인데 이는 일반적인 자문계약과는 상이한 점 등을 감안하면, 이 사건 용역비는 단순한 금융자문의 대가 뿐만 아니라 원고가 EEE에게 대여하기 위하여 BB은행으로부터 받은 브릿지론에 관한 대가로서의 성격도 혼재되어 있는 것으로 보인다. 또한, 원고와 GGG증권, HHH, II증권 사이에 체결한 각 자문계약은 ① 체결 시기가 2007. 9.경으로서, 그 때는 이미 원고가 BB은행으로부터 350억 원의 브릿지론을 받아 EEE에게 대여한 이후이므로 원고로서는 자금조달을 위한 거래구조 개발 및 자문, 금융조달을 위한 주선희망기관의 물색 및 선정 등의 용역을 또다시 제공받을 이유가 없었던 점, ② 특히 00아이비, II증권의 경우 자문계약 체결 이후에 원고가 추가로 대출을 받은바 없어 자문계약에서 정한 성공보수금 지급 요건이 충족되지도 않았음에도 각 성공보수금으로 약정된 금액이 지급된 점 등을 감안하면, 위 각 자문계약은 그 비용을 인정받기 위한 목적으로 사후적으로 작성된 것으로 보인다. (나) 그러나, ① 원고는 건설업을 사업목적 중 하나로 하는 회사로서 중국에 아파트를 건설하는 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 BB은행과 자문계약을 체결하였던 점, ② 원고와 각 금융기관과의 이 사건 각 자문계약은 이 사건 사업 진행의 초기단계에서 필요한 금융 조달 방법, 거래구조 개발, 사업타당성 등에 대한 자문을 그 내용으로 하는 것인 점, ③ 원고는 실제로 BB은행의 자문에 따라 이 사건 사업과 기존의 사업을 분리하여 자금을 관리할 목적으로 특수목적법인인 EEE를 설립하고, EEE를 통하여 FFF을 설립하였으며, 원고 및 원고 대표이사가 EEE의 지분 전부를, EEE가 FFF의 지분 전부를 보유하였던 점, ④ EEE는 320억 원의 PF 대출을 받으면서 위 대출의 대주들에게 원고와는 별도로 대출약정금의 4.5% 상당의 대출취급수수료를 지급하기로 약정하고 그에 따라 합계 1,440,000,000원을 지급하였으며, 원고와는 별도로 한국신용정보로부터 사업성평가 용역을 제공받고 그 대가로 11,000,000원을, 법무법인 AA로부터 법률자문 용역을 제공받고 121,000,000원을 각 지급한 점(갑 제20호증의 1 내지 24호증의 2의 각 기재), ⑤ BB은행에 대한 수수료는 EEE가 설립하기 전에 이미 체결되었된 자문계약에 의하여 지급된 것이며, GGG, HHH, II증권에 대한 수수료의 경우 EEE 및 FFF의 설립 이후에 체결된 자문계약에 의한 것이기는 하나 위와 같이 EEE가 원고와는 별도로 금융기관에 대출취급수수료를 지급하였으며 원고는 자문계약 체결 이후에는 대출을 받지 않았음에도 불구하고 각 자문계약에서 보수를 지급한 점 등에 비추어 ‘원고에게 대출을 해주었던 BB은행으로부터 위 금융기관들에게 위 대출에 대한 기여도에 따라 수수료를 분배할 것을 요청받고 지급하게 되었다’는 원고의 주장을 납득하지 못할 바 아닌 점, ⑥ 이 사건 용역비가 대출취급수수료의 성격을 일부 가지고 있다고 하더라도 브릿지론 및 PF대출의 특성상 원고가 이 사건 용역비를 지급하지 않았다면 사업자금을 마련하지 못하여 이 사건 사업을 시작조차 하지 못하였을 것이며, EEE는 신설회사로서 원고의 브릿지론을 통하지 않고 처음부터 320억 원이나 되는 거액을 대출받기 어려웠을 것으로 보이는 점, ⑦ 이 사건 용역비의 액수가 통상적인 브릿지론 및 PF대출에 관한 용역비에 비하여 과다하다는 점을 인정할 자료가 제출되지 않은 점 등을 감안하면, 이 사건 용역비는 결국 원고 자신의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이라 고 봄이 상당하다(대법원 2012. 7. 26. 선고 2010두12552 판결 4) 참조). 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있으므로, 2007 사업연도 법인세 606,415,917원의 부과처분 중 원고가 정당세액임을 인정하는 13,915,924원을 초과하는 부분, 2007 사업연도 법인세 관련 가산세 353,683,583원의 부과처분 중 원고가 정당세액임을 인정하는 8,244,333원을 초과하는 부분, 2007년 1기분 부가가치세 4,397,620원(가산세 2,183,081원 포함)의 부과처분, 2007년 2기분 부가가치세 389,384,930원(가산세 160,884,925원 포함)의 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.
2. 이 사건 공사비의 손금산입 및 매입세액 공제 여부 원고는 RR테크로부터 용역을 공급받았으므로 이 사건 공사비는 가공비용에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다. 살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 신QQ은 이 사건 관련 사건에서 ‘사실은 이 사건 하도급업체에 재화나 용역을 공급하지 않았음에도 별지 4 기재와 같이 재화나 용역을 공급한 것처럼 허위로 세금계산서를 발급하였다’는 등의 범죄사실로 징역 4년 및 벌금 2,400,000,000원을 선고받은 점, ② 이 사건 관련 사건에서 ‘신QQ은 원고의 현장소장으로 근무하면서 이 사건 하도급업체에 공사대금을 과다하게 지급한 후 이를 다시 RR테크 명의의 계좌로 입금하도록 하는 등의 방법으로 현장소장의 지위를 이용하여 부당한 이익을 취득하였다’는 사실이 인정된 점, ③ OO이엔지의 대표인 이VV는 조사를 받으면서 ‘신QQ이 접대 등 비용이 필요하다고 하여 원고에게 금액을 부풀려 청구한후 실제 출력공수에 해당하는 금액을 제외하고 신QQ이 지정한 계좌에 송금하였다’는 취지로 진술한 점, ④ NN테크의 대표인 김UU은 조사를 받으면서 ‘원고로부터 NN테크 노무자와 RR테크 노무자의 출공자료를 합산한 금액을 지급받고 RR테크에게 NN테크 노무자의 노무비를 제외한 나머지 금액을 지급하였다’는 취지로 진술하면서도 ’RR테크 노무자의 노무비 적정성 여부는 확인하지 않았다‘는 취지로 진술한 점, ⑤ 원고는 이 사건 변론 과정에서 RR테크로부터 용역을 공급받았다는 사실을 주장하지 않았다가 2014. 9. 1.자 준비서면에서 이를 처음으로 주장하기 시작한 점, ⑥ 원고는 RR테크로부터 용역을 공급받았다는 사실을 뒷받침할 수 있는 객관적 자료를 제출하고 있지 않은 점, ⑦ 원고는 RR테크가 협력업체로 등록되어 있지 않아 직접 하도급을 주는 것이 여의치 않았기 때문에 이 사건 하도급업체를 통하여 공사비를 지급하였다는 취지로 주장하나, 을 제19 내지 21호증의 각 기재에 의하면 원고는 2008. 7. 1.경부터 2009. 6. 30. 경까지의 기간에도 RR테크(변경 전 상호 주식회사 XX이엔씨)와 거래를 하고 있었던 것으로 보이는 점, ⑧ 이 사건 관련 사건에서 신QQ도 별지 4의 순번 1 내지 41, 43, 44, 46 내지 50번의 경우 원고와 RR테크 사이에 위 금원에 상응하는 실제 거래가 있었다는 취지로 주장하였으나, 위 주장이 배척되었던 점 등을 종합하면, 원고는 RR테크로부터 용역을 공급받지 않았다고 봄이 상당하다. 한편, 부가가치세에 관하여는 원고의 주장에 의하더라도 세금계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르다는 것인데, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 명의위장 사실을 알지 못하였고, 명의 위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 있다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거도 없으므로, 위와 같이 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받을 수 없다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 참조). 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3. 가산세 부과처분의 위법 여부에 관하여
(1) 손금산입 및 매입세액 공제가 제대로 되지 않고 부과된 2007 사업년도 법인세 및 2007년 1기, 2기분 부가가치세 관련 가산세 관련 2007 사업년도 법인세 관련 가산세 및 2007년 1기, 2기분 각 부가가치세 관련 가산세 부과처분 중 앞서 1)항에서 본 바와 같이 이 사건 용역비가 손금에 산입되지 않고 매입세액에서도 제외되어 계산된 법인세 및 부가가치세와 관련된 부분은 위법하여 취소되어야 함은 위 1)항에서 본 바와 같다.
(2) 용역을 공급받지 않고 세금계산서를 발급받은 것을 이유로 부과된 2008년 1기분부터 2010년 2기분 부가가치세와 관련한 가산세 관련 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제3호는 ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다’라고 규정하고 있다. 살피건대, 원고가 JJ건설과 KKK으로부터 파주공장 시설공사의 일부를 하도급받아 이 사건 하도급업체에게 위 공사의 일부를 재하도급주고 공사비를 지급한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 하도급업체에게 공사비를 부풀려 지급하였다고 하더라도, 원고가 이 사건 하도급업체로부터 발급받은 세금계산서가 용역을 공급받지 아니하고 발급받은 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 위 세금계산서 발급과 관련한 가산세에 관하여는 재화나 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에 관한 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 이 목차에서 같다) 제22조 제3항 제3호(가산세율 2/100)가 아니라 공급가액을 과다하게 적어 신고한 경우에 관한 구 부가가치세법 제22조 제5항 제3호 (가산세율 1/100)가 적용되어야 하는 것이므로, 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다. 따라서, 2008년 1기분 부가가치세 관련 가산세 23,291,192원의 부과처분 중 19,940,445원을 초과하는 부분, 2008년 2기분 부가가치세 관련 가산세 61,838,860원의 부과처분 중 53,268,868원을 초과하는 부분, 2009년 1기분 부가가치세 관련 가산세 35,332,560원의 부과처분 중 29,861,746원을 초과하는 부분, 2009년 2기분 부가가치세 관련 가산세 49,385,860원의 부과처분 중 41,106,065원을 초과하는 부분, 2010년 1기분 부가가치세 관련 가산세 24,565,000원의 부과처분 중 20,025,871원을 초과하는 부분, 2010년 2기분 부가가치세 관련 가산세 16,436,870원의 부과처분 중 12,994,271원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
4. 소결 결국, 위에서 본 바와 같은 위법사유를 종합하면 피고가 원고에 대하여 ①2012. 10. 2. 한 2007 사업연도 법인세 606,415,917원의 부과처분 중 원고가 인정하는 13,915,924원을 초과하는 부분, 2007 사업연도 법인세 관련 가산세 353,683,583원의 부과처분 중 원고가 인정하는 8,244,333원을 초과하는 부분, 2007년 1기분 부가가치세 4,397,620원(가산세 2,183,081원 포함)의 부과처분 전부, 2007년 2기분 부가가치세 389,384,930원(가산세 160,884,925원 포함)의 부과처분 전부, 2008년 1기분 부가가치세 관련 가산세 23,291,192원의 부과처분 전부, ② 2013. 11. 7. 한 2008년 2기분 부가가치세 관련 가산세 61,838,860원의 부과처분 중 53,268,868원을 초과하는 부분, 2009년 1기분 부가가치세 관련 가산세 35,332,560원의 부과처분 중 29,861,746원을 초과하는 부분, 2009년 2기분 부가가치세 관련 가산세 49,385,860원의 부과처분 중 41,106,065원을 초과하는 부분, 2010년 1기분 부가가치세 관련 가산세 24,565,000원의 부과처분 중 20,025,871원을 초과하는 부분, 2010년 2기분 부가가치세 관련 가산세 16,436,870원의 부과처분 중 12,994,271원을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 하며, 이를 넘는 원고의 나머지 청구는 이유 없다.
그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고와 피고의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 만일, 이 사건 사업의 주체인 EEE의 비용(손금)으로 인정되어야 한다면, 원고는 EEE 대신 비용을 대납한 것이므로 사후에 EEE에게 구상할 수 있을 것이며, 그 경우 원고의 비용 지출 및 회수는 EEE에 대한 구상금채권(자산) 취득 및 소멸로 회계처리될 것이다. 2) 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 BB은행에 대한 30,000,000원에 대하여는 이미 원고의 손금으로 인정하였다. 3) 원고가 금융기관에게 지급한 수수료는 총 2,355,000,000원으로 원고의 대출원금 350억 원의 6.72%에 달한다. 이에 비하여, 원고가 CCC로부터 100쪽에 달하는 보고서(갑 제7호증)를 받고 지급한 수수료는 45,000,000원, EEE가 금융기관들에게 지급한 대출취급수수료는 대출원금 320억 원의 4.5%(갑제20호증의 1 6.1항 참조)인 1,440,000,000원이다. 결국, 원고와 EEE가 이 사건 사업을 위하여 금융기관에게 지급한 수수료는 총 3,795,000,000,000원에 달한다. 4) 위 판결은 시장정비사업을 추진하던 원고가 대상 토지의 75.6%를 소유하는 법인의 주식을 인수하기 위하여 지급한 컨설팅비용 25억 원을 매입세액으로 공제할 수 있는지가 문제되었는데, 대법원은 원고가 시장정비사업을 추진하기 위하여는 위 법인의 주식을 인수할 필요성이 있다는 등의 사정을 고려하여 사업관련성을 인정하고 위 컨설팅 비용 전액을 매입세액으로 공제하여야 한다고 판시하였다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.