연구개발용역의 횟수가 2회에 불과하면 별개의 독립된 사업으로 볼 수 없음

사 건 2014누67101 부가가치세부과처분취소 원고, 항소인 주식회사**비에스 피고, 피항소인

○○세무서장 제1심 판 결 수원지방법원 2014. 10. 8. 선고 2014구합50645 판결 변 론 종 결

2015. 7. 24. 판 결 선 고

2015. 9. 25.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2013. 6. 10. 원고에 대하여 한 2012년 제2기 부가가치세 37,289,700원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2007. 8. 13.부터 ○○시 ○○구 ○○로 ○○ ○○센터에서 수질오염방지기계 제조업 등을 영위하는 법인이다.
• 나. 1) 원고는 2011. 9. 14. ○○대학교 산학협력단과하수처리수의 농업용수 간접재이용시스템 개발과 적용의하수처리수 간접재이용시스템의 Test-bed 제작 및 수처리공정 최적화과제에 대하여 참여기업 연구개발계약(이하, ‘이 사건 참여기업 연구개발계약’이라 한다.)을 체결하였는데, 총 협약기간을 2011. 9. 23.부터 2014. 9. 22.까지로, 2차년도(2012. 9. 23. ~ 2013. 9. 22.) 총 연구개발비를 190,000,000원(정부출연금100,000,000원)으로 정하였다.

2. 원고는 2012. 5.경 한국○○공사와하․폐수 방류수질 고품질화 및 재이용수생산을 위한 시스템 구축분야의UF/NF 분리막 공정 기반의 전기분해/오존 조합에 의한 에너지 절약형 재이용수 공정기술 개발과제에 대하여 사업단과제계약(이하, ‘이 사건 사업단과제계약’이라 한다.)을 체결하였는데 총 협약기간을 2011. 8. 1.부터 2016.4. 30.까지로, 2차년도(2012. 5. 1.부터 2013. 4. 30.) 총 연구개발비를 329,500,000원(정부출연금 247,000,000원)으로 정하였다(이하, 나.항 기재 연구개발을 통틀어 ‘이 사건구 분 매출과세표준(원) 매입과세표준(원) 납부(환급)세액(원)2012년 제2기 예정 271,377,273 408,933,663 (13,756,838)2012년 제2기 확정 0 171,220,891 (17,122,085) 합계 271,377,273 580,154,554 (30,878,923) 연구개발’이라 한다.).

• 다. 원고는 피고에게 2012년도 제2기 부가가치세를 아래 표와 같이 신고하였다.
• 라. 피고는 2013. 2. 27.부터 2013. 3. 12.까지 원고에 대한 2012년 제2기 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하였고, 그 결과 피고는 원고가 ○○대학교 산학협력단,한국○○공사와 계약체결 후 공동으로 수행한 연구개발용역을 부가가치세가 면제되는 용역으로 보아 위 연구용역 수행과정에서 ○○테크 주식회사(이하, ‘○○테크’라 한다.)로부터 수취한 세금계산서의 매입세액 30,902,085원을 불공제하고, 나머지 매입세액 27,113,365원은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제61조 제4항 제1호에 따라 매입세액 불공제액을 계산하여(매입세액공제액을 12,673,450원으로 확정함) 2013. 6. 1. 원고에게 2012년 제2기 부가가치세 37,289,700원을 경정․고지하였다(이하, ‘이 사건 처분’이라 한다. 그 처분의 상세내역은 별지 세액계산표의 ‘경정결의’란 기재와 같다.).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 8. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2013. 11. 6. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제9호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

1. 원고가 이 사건 연구개발과 관련하여 매입한 거래는 부가가치세 과세사업을 영위하는 원고가 과세사업과 관련하여 또 다른 부가가치세 과세사업자인 ○○테크등으로부터 원․부자재를 매입한 것이므로 당연히 부가가치세 매입세액 공제가 이루어져야 한다.

2. 원고가 받은 이 사건 연구개발과 관련하여 지급받은 정부출연금은 단순히 자금을 지원받은 것으로 대가관계가 없는 것이어서 과세표준에 포함되지 않는 ‘국고보조금 또는 공공보조금’에 해당함에도, 피고는 이를 과세표준에 산입되는 면세용역의 대가로 보아 이 사건 처분을 하였다.

3. 설령 피고 주장대로 이 사건 연구개발이 면세대상이라고 하더라도 이는 원고의주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 것이므로 이에 대하여는 주된 사업인 과세사업에 의해 부가가치세 매입세액 공제여부를 판단하여야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다.여기에서 매출세액에서 공제 대상이 되는 매입세액에 관하여 구 부가가치세법(2013. 1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제17조는 그 제1항에서 과세업자의 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 대상으로 규정함으로써 그 기준을 사업관련성에 두고 있고, 같은 법 제17조 제2항에서 매입세액 불공제 대상으로 삼고 있는 제6호도 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다.)’이라 하여 면세되는 재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 그 재화 또는 용역을 공급하는 ‘사업’을 기준으로 하여 정하고 있으므로,매입세액의 공제 여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려 있지 않다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등 참조).그리고, 구 부가가치세법 제2조 제1항 은 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 사업자라 하여 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있는바, 여기서 ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’란 부가가치를 창출하여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다(대법원 2002. 12. 10. 선고 2002두1274 판결 등 참조).한편, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제14호 는 “저술가․작곡가나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 직업상 제공하는 인적 용역”의 공급에 대하여는 부가가치세를면제한다고 규정하고 있다. 그리고, 구 부가가치세법 시행령 제35조 는 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 ‘개인․법인 또는 법인격 없는 사단․재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역’을 구 부가가치세법 제12조 제1항 제14호 에서 규정하는 인적용역에 포함시키고 있다. 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제11조의3 제3항은 위 구 부가가치세법 시행령 제35조 에서의 “기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역”이라함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론․방법․공법 또는공식 등에 관한 연구용역을 말한다고 규정하고 있다.그리고, 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 에서 ‘국고보조금과 공공보조금’은 과세표준에 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제10항 은 위 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 에서 규정하고 있는 ‘국고보조금과 공공보조금’은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다고 규정하고 있다.

2. 인정사실

• 가) 원고와 ○○대학교 산학협력단 사이에 2011. 9. 9. 체결된 이 사건 협동과제연구개발계약서(을 제3호증)에는 다음과 같은 내용이 포함되어 있다.

• 다 음 - 제2조 연구개발의 수행 (을)(원고, 이하 같다)은 연구개발계획서 및 (갑)(○○대학교 산학협력단장, 이하 같다)과의 계약에 의거 제반사항을 성실히 수행한다. 제3조 사업비의 지급: (갑)(○○대학교 산학협력단장, 이하 같다)은 (을)(원고, 이하 같다)에게 다음과같이 정부출연 연구개발비를 지급한다. (가) 제1차: 2011년 10월, 1억 원 (나) 제2차: 2012년 10월, 1억 원 (다) 제3자: 2013년 10월, 1억 원 제4조 사업비의 관리 및 사용

① (갑)은 농림수산식품기술기획평가원(이하 “전문기관”)과 협약직후 협동연구기관의 계약에 의거(을)에게 연구개발비를 지급한다.

② (을)은 (갑)이 지정한 서식에 의거 비복별 예산을 집행하며 이에 대한 증빙서류를 반기별로 정리하여 원장(사본)을 주관연구책임자 또는 (갑)에게 제출한다. 제5조 연구개발결과의 보고 (을)은 연구개발계획서에 의거 수행한 연구결과에 대하여 중간보고서와 연차실적􎇍계획서 및 최종보고서 작성을 위한 자료를 주관연구책임자 또는 (갑)에게 제출하여야 한다. 제6조 사업비의 사용실적 보고

① (을)은 사업이 종료직후 비목별 사용실적을 (갑)이 정하는 바에 의거 작성 제출한다.

② (을)은 사업이 종료후 사업비의 잔액이 발생하였을 경우 당해금액 중 정부출연 연구개발비 지분해당액을 즉시 (갑)이 지정한 관리계좌에 입금시켜야 한다. 다만, 협동연구로써 연구개발비 이월이 필요한 경우 (을)은 전문기관이 정하는 서식에 따라 (갑)에게 관련 신청서류를 제출한다. 제7조 연구개발에 따른 결과물의 소유 등 본 연구개발 과정에서 취득하는 연구시설, 시약품 등 연구개발사업의 유형적 결과물과 지식재산권, 연구보고서의 판권 등 연구개발사업의 무형적 결과물의 정부출연 연구개발비 지분에 상당하는 부분은 협약이 정하는 바에 따라 (갑)의 소유로 한다. 다만, 유형적􎇍무형적 연구결과물에 대해 협약의 규정과 달리 소유권자를 변경할 경우 (갑)이 전문기관에 요청하여 승인을 얻어 변경할 수 있다.

• 나) 원고와 한국○○공사와 사이에 2012. 5.경 체결된 이 사건 사업단과제계약서(을 제4호증)에는 다음과 같은 내용이 포함되어 있다.

• 다 음 - 􎇍계약당사자 (갑) 세부과제 주관연구기관의 장 (을) 참여기업의 대표 ○○ (기관명: 원고) 제2조(세세부과제의 수행) (을)(원고, 이하 같다.)은 세세부주관책임자의 조정과 감독으로 본 개발사업을 붙임1의 연구개발계획서에 따라 수행하도록 하여야 한다. 제3조(연구개발비의 지급 및 관리)

① (갑)(한국○○공사, 이하 같다.)은 사업단장으로부터 지급받은 연구개발비를 (을)에게 즉시 지급하여야 한다.

② (을)은 (갑) 및 (을)의 참여기업으로부터 지급받은 연구개발비를 별도의 계정을 설정하여 환경기술개발사업운영규정 및 지침(이하 “운영규정 등”이라 한다)의 제반규정에 따라 관리하여야 하며, 연구개발비관리시스템을 통하여 연구개발비의 집행 및 관리가 원활하게 이루어질 수 있도록 시스템 개선 등의 조치를 하여야 한다. 제4조(연구개발비의 사용실적 보고 등)

① (을)은 당해연도의 연구개발비 사용실적을글로벌탑 환경기술개발사업 사업단과제 운영관리지침에서 정하는 기간 내에 전문기관의 장 또는 사업단장이 지정하는 위탁정산기관의 장에게 제출하여야 한다.

② 사업단장 및 (갑)은 연구개발비 사용실적 확인을 위하여 필요한 경우 소속직원으로 하여금 (을)에게 이의 증빙서류를 제출하게 하여 열람하게 하거나, 그 사본을 제출하게 할 수 있다.

③ (을)은 당해연도 연구기간 종료후 연구개발비의 잔액이 발생하였을 경우 정부출연금 지분에 해당하는 금액을 연구종료 즉시 사업단장 또는 (갑)이 지정한 계좌로 반납하여야 한다.

④ 연구개발비의 사용 실적 보고, 평가 및 정산에 관한 기타 세부 사항은 운영규정 등에 정한 바를 따른다. 제5조(연구개발 결과보고)

① (을)은 운영규정 등에서 정한 바에 따라 연차보고서(자체평가의견서 포함), 연구개발계획서 각 12부를 당해연도 개발사업 종료일 2월전까지, 최종보고서 초안(보고서 초록 포함) 및 자체평가의견서 각 12부(참여기업이 있는 경우 참여기업의 자체평가의견서 및 기술개발성과확약서 포함)를 최종연도 개발사업 협약종료일 이전까지 (갑)에게 제출하여야 한다.환경기술개발사업운영규정(이하, “운영규정”이라 한다) 제20조 제3항에 의한 계속과제로서 연구기간을 단계로 나누어 수행하는 과제의 경우 단계보고서 초안(자체평가의견서 포함) 및 다음 단계의 연구개발계획서 각 12부를 당해 단계 개발사업 종료일 2월전까지 (갑)에게 제출하여야 한다.

② (을)은 최종(단계)평가 결과를 통보받은 날로부터 1월 이내에 최종(단계)평가 결과를 반영하여 보완한 최종(단계)보고서를 운영규정 등에서 정한 기관에 배포하고, 배포현황 및 최종(단계)보고서를 (갑)에게 제출하여야 한다.

③ (을)은 (갑)이 요구하는 경우 세세부주관책임자로 하여금 연구개발과제 내용을 보완 또는 시정하도록 하여야 한다. 제9조(연구개발결과물의 귀속 등) 연구개발의 수행 및 그 결과로 획득한 지식재산권, 유형적 발생품, 시작품 및 보고서 판권 등 유􎇍무형적 결과물의 귀속 등에 관한 사항은 운영규정 제35조에 따른다. 제10조(연구성과의 활용 및 보고)

① (갑)은 단계평가 및 최종평가에서 “성공”으로 평가받은 경우 평가 결과를 통보받은 즉시 (을)에게 알리고, (을)은 참여기업과 기술실시계약 체결에 관한 협의를 개시하여 운영규정 등에서 정한 바에따라 기술실시계약을 체결하여야 한다.

② (을)은 수행과제에 참여기업이 없는 경우 (갑)은 (을)의 연구성과의 기술에 대한 우선실시권을 소유한다. 다만, (갑)과의 협의를 통하여 (을)이 기술을 이전받고자 하는 다른 기업과 기술실시계약을 체결하고, 전문기관의 장에게 기술료를 납부하는 경우에는 예외로 한다. 제11조(기술료의 징수 등)

① (을)은 기술실시계약을 체결하고 기술료를 납부할 경우 운영규정 등에서 정하는 바에 따라 기술실시계약 시점부터 5년동안 균등분할하는 것이어야 한다. 구체적인 납부방법은 (을)과 실시기업간의 실시계약서에 따른다.

• 다) 환경부훈령인 환경기술개발사업운영규정 제35조 제2항은 ‘연구개발사업의수행과정에서 얻어지는 지식재산권․연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 협약에서정하는 바에 따라 주관연구기관의 소유로 한다.’고 규정하고 있다.
• 라) 원고는 ○○테크 등으로부터 이 사건 연구개발과 관련된 원․부자재를 매입하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2012년 제2기 부가가세를 신고하였다. [인정근거] 갑 제2, 3, 7, 9호증, 을 제2, 3, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 판단

• 가) 정부출연금이 과세표준에 포함되지 않는 ‘국고보조금 또는 공공보조금’에 해당하는지 여부 위 인정사실에 의하면, 원고는 ○○대학교 산학협력단 또는 한국○○공사와의이 사건 각 연구개발계약에 따라 연구개발의 결과를 ○○대학교 산학협력단과 한국○○공사에게 보고하여야 하고, 연구개발사업의 무형적 결과물의 전부 또는 정부출연 연구개발비 지분에 상당하는 부분은 ○○대학교 산학협력단 또는 한국○○공사의 소유로 정하였다. 따라서, 이 사건 각 정부출연금은 이 사건 연구개발용역의 공급과 직접관련하여 지급되는 것으로 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 에서 정하는 과세표준에 포함하지 아니하는 ‘국고보조금과 공공보조금’에 해당하지 않고, 과세표준에 포함된다.
• 나) 이 사건 연구개발용역이 면세사업에 해당하는지 여부 위 인정사실에 의하면, 이 사건 연구개발용역은 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의3 제3항 이 정하는 ‘새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등에 관한 연구용역’에 해당하므로, 일응 구 부가가치세법제12조 등이 정하는 면세대상인 인적용역에 해당한다. 또 이 사건 사업단과제계약의 경우, 원고는 한국○○연구개발비를 별도의 계정으로 관리하면서 사용실적을 한국○○공사에 보고하여야 하고, 연구기간 종료 후 정부출연금 지분에 해당하는 금액을 반납하여야 한다. 그리고 이 사건 참여기업 연구개발계약의 경우, 원고는 ○○대학교산학협력단장이 지정한 서식에 따라 예산을 집행한 후 이에 대한 증빙서류를 제출하여야 하고, 사업이 종료 후 정부출연 연구개발비 지분 해당 잔액을 반납하여야 한다.그러나, 원고가 한 이 사건 연구개발은 2회에 불과하고, 이와 관련하여 원고가 주된 과세사업과는 독립된 별개의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 이를 수행하였다고 볼 자료가 없으므로, 이 사건 연구개발을 원고의 주된 과세사업과는 독립된 별개의 사업이라고 볼 수 없다. 이 사건 연구개발을 원고의 독립된 사업이라고 볼 수 없는 이상 이를 부가가치세가 면제되는 면세사업에 해당한다고 볼 수도 없고,이와 관련된 매입세액이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 의 불공제대상이라고 할 수도 없다.오히려, 위 사업단과제계약서에 따르면, 원고가 이 사건 연구개발에 참여한 목적은 연구성과가 “성공”으로 평가받을 경우 참여기업으로서 기술실시계약을 체결하고 이를 원고의 주된 과세사업인 제조업에 이용하는 데에 있었다고 보이므로, 이 사건 연구개발은 원고의 과세사업과 관련된 것으로 보인다. 따라서 이 사건 연구개발은 원고의 과세사업과 관련된 것으로서 이 사건 연구개발과 관련된 매입세액은 공제대상이 된다고 봄이 타당하다.
• 다) 결국 이 사건 연구개발이 면세사업에 해당함을 전제로 하는 이 사건 처분은위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
• 라. 피고의 주장에 대한 판단

1. 피고의 주장 이 사건 연구개발과 관련된 매입세액을 원고의 과세사업과 관련된 것으로 보아 매입세액이 공제된다면 관련 매출세액도 과세되어야 한다. 먼저, 이 사건 참여기업 연구개발계약과 관련하여, 2012. 10. 받기로 한 100,000,000원의 정부출연금과 기업부담금 90,000,000원을 합한 190,000,000원이 총공급가액으로 그에 따른 매출세액은 총공급가액의 10%인 19,000,000원이다. 다음으로 이 사건 사업단과제계약과 관련하여, 2012. 5.1.부터 2013. 4. 30.까지의 협약기간 동안 지급 받기로 한 400,000,000원의 정부출연금을 이 사건 과세기간인 2012년 제2기(2012. 7. 1. ~ 2012. 12. 31.)에 안분하여 그에 해당하는 100,000,000원의 공급가액에 대한 매출세액이 10,000,000원이다. 따라서, 위와 같이 이 사건 연구개발과 관련한 해당매출이 과세표준에 포함될 경우 원고가 납부하여야 할 2012년 제2기 부가가치세 부분은 정당세액 범위 내의 것으로서 취소되어서는 안 된다.

2. 판단

• 가) 과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할것이므로, 과세관청이 과세표준과 세액의 산출․결정과정에서 잘못을 저질러 과세처분이 위법한 경우라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 이를 취소할 것은 아니다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결 등 참조).
• 나) 이 사건 참여기업 연구개발계약 관련 구 부가가치세법 제9조 는 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 하되, 공급의 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 구 부가가치세법 시행령 제22조 제2호 는 '완성도 기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한때'를 공급시기로 규정하고 있다.갑 제3호증, 을 제3호증의 각 기재에 의하면, ○○대학교 산학협력단장은 원고에게 2011. 9. 23.부터 2014. 9. 22.까지의 연구기간 중 2011. 10.경 100,000,000원을,2012. 10.경 100,000,0000원을, 2013. 10.경 100,000,000원의 연구개발비를 지급하기로 약정하였고, 원고도 이에 대응하여 각 해당연도에 90,000,000원의 연구개발비를 부담하기로 하였다.앞서 인정한 사실관계에 의하면 이 사건 참여기업 연구개발계약과 관련된 연구용역은 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 2012년 제2기 과세기간 중인 2012. 10.경에 지급받기로 한 100,000,000원은 이 사건 과세기간 중의 매출세액에 해당한다. 그러나, 원고가 이 사건 연구개발을 위하여 스스로 부담한 연구개발비용은 원고의 매출이라고 할 수 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
• 다) 이 사건 사업단과제계약 관련 을 제4호증의 기재에 의하면, 한국○○공사는 사업단과제 연구개발비로 2012.5. 1.부터 2013. 4. 30.까지의 2차년도 협약기간 동안 원고에게 4억원을 지급하기로 하였으나 연구개발비에 관한 지급시기에 관한 약정의 존재와 그 내용을 인정할 만한 자료가 없고, 이 사건 2012년 제2기 과세기간 중에 연구개발비가 실제로 지급되었음을 인정할 만한 자료도 없으므로, 위 연구개발과 관련하여 2012년 제2기 과세기간 중에 용역의 공급이 이루어졌다고 보기는 어렵다. 피고는 용역을 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에 해당하여 구 부가가치세법 시행령 제22조 제5호 에 따라 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일을 용역의 공급시기로 볼 수 있다고 주장한다. 그러나, 이 사건 연구용역과 관련하여 그 대가가 선불로 지급되었음을 인정할 만한 자료가 없을 뿐만 아니라, 위 규정은 스포츠센터를 운영하는 사업자가 연회비를 미리 받고 회원들에게 시설을 이용하게 하거나 사업자가 사용대가 전액을 일시불로 받고 상표권을 사용하게 하거나 그와 유사한 용역에 적용되는 규정인데 이 사건 연구개발용역이 위와 같은 용역과 유사한 용역에 해당한다고 할 수 없다.따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 마. 정당세액의 계산 이 사건 참여기업 연구개발계약 관련 연구개발용역과 관련한 연구개발비 100,000,000원을 공급가액으로 과세표준에 포함시키고, 이 사건 불공제된 매입세액을 공제하여 산정한 정당세액은 -3,756,839원이고, 그 구체적인 산정내역은 별지 세액 계산표의 재계산(산학협력단)항의 기재와 같다. 따라서, 이 사건 부과처분은 전부 위법하다[당초신고 당시 원고가 신고한 매입세액은 모두 공제되는 한편 원고가 당초 신고한 내역보다 매출과세표준이 90,909,091원이 증가되어 매출세액이 9,090,909원 증가되었으나, 원고가 당초신고시 환급받아야 할 세액 30,877,723원 중 예정신고에 따른 환급세액 13,755,638원을 환급받아가지 않았으므로, 위와 같은 매출세액 증가에도 불구하고 현재 원고는 여전히 3,756,839원을 더 환급받아야 한다.].

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 전부 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은이와 결론을 달리 하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.