원고의 이 사건 아파트 양도는 양도소득세가 중과세되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당하지 아니함

사 건 2014누2890 양도소득세부과처분취소 원고, 항소인 AAA 피고, 피항소인 성동세무서장 환 송 판 결 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 변 론 종 결

2014. 5. 23. 판 결 선 고

2014. 6. 13.

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 가, 이 사건 소 중 양도소득세 OOOOOOO원의 중과처분 중 OOOOOOO원의 취소를 구하는 부분은 각하한다.

• 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 40%는 원고가，나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 5. 8. 원고에게 한 양도소득세 OOOOOOO원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2002. 3. 26. OO OOO구 OO동 OO OO아파트 OOO동 OOOO호(이하 이 사건 아파트’라 한다)를 취득하였다가，2007. 8. 29. OO OO구 OO동 OOO-O OOOOO O동 OOOO호(이하 'aa동 아파트’라 한다)를 취득한 후 2007. 12. 20. 이 사건 아파트를 OOOOOOOO원에 양도하였다.
• 나. 원고는 2006. 9. 8, OO OO구 OO동 OOO OOOO아파트 OOOO동 OOOO호를 취득한 것을 비롯하여 2006. 11. 10.까지 5채의 아파트(이하 ‘이 사건 임대아파트들’이라 한다)를 취득하여 2006, 11. 20. 임대주택법에 따른 임대사업자등록 및 소득세법에 따른 사업자등록을 하였다,
• 다. 원고는 이 사건 아파트의 양도에 대하여 2008. 2. 15. 1세대 1주택 비과세를 주장하면서 2007년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다가，2008, 6. 9. 일반세율을 적용 하여 2007년 귀속 양도소득세를 OOOOOOO원으로 수정신고 하였다.
• 라. 피고는 원고가 이 사건 임대아파트들 외에도 2주택 보유자이고, 보유한 임대아파 트들도 모두 수도권에 소재하고 있어 이 사건 아파트가 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라고 보아 60%의 중과세율을 적용하여, 2009.1 5. 8. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세를 OOOOOOO원으로 경정하고, OOOOOOO원을 추가로 고지하였다(이하 위 경정처분을 “이 사건 처분”이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 대하여 2009. 7. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원에서는 원고가 2009. 5. 1. 이 사건 처분에 대한 납세고지서를 전자송달 받았으므로 심판청구기간을 도과하였다는 이유로 2009. 9. 23. 원고의 심판청구를 각하하였다.
• 바. 피고는 이 사건 환송판결이 선고된 후 2014. 3.경 이 사건 아파트의 양도소득에 대하여 1세대 3주택의 중과세율 적용을 배제하여 원고가 당초 수정신고한 것과 같이 일반세율을 적용하여 이 사건 처분 중 OOOOOOO원 감액경정 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실，갑 제1 내지 7호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 4호증 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 전심절차 흠결에 관한 판단 피고는 원고의 심판청구가 각하되었으므로 이 사건 소송은 적법한 전심절차를 거치지 않은 것으로서 각하되어야 한다고 항변한다. 살피건대, 갑 제8, 9호증의 각 기재에 의하면， 사건 처분의 결정일이 2009. 5. 8.이고, 납세고지서가 2009. 5. 9. 전자송달 되어 원부가 2009. 5. 10. 열람한 사실을 인정할 수 있는 반면에, 2009. 5. 1. 이전에 이 사건 처분이 이루어지고 원고가 처분이 있음을 알았다고 볼 아무런 증거가 없다. 따라서 원고의 심판청구는 적법하고, 이 사건 소송은 적법한 전심절차를 거쳤다고 할 것이므로，피고의 본안전 항변은 이유 없다.
• 나. 2014. 3.경 감액경정된 부분에 대한 소의 적법 여부에 관한 판단 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분 중 OOOOOOO원은 감액경정 되었으므로 이 사건 소 중 이에 해당하는 취소청구 부분은 그 대상이 없으므로 부적법하다.

3. 이 사건 처분 중 감액경정 되지 않은 나머지 부분에 대한 취소청구의 적법 여부

• 가. 관계 법령 별지 기재와 같다. 나, 원고의 주장 환송판결의 취지와 같이 이 사건 아파트는 1세대 3주택 이상의 주택에 해당되지 않음은 물론이고，구 조세특례제한법 제97조 제2항 에 의하면， 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하므로 이 사건 임대아파트들은 1세대 1주택 판정시 원고의 소유주택에서 제외된다. 따라서 원고는 이 사건 아파트의 양도 당시 이 사건 아파트와 aa동 아파트를 소유하고 있었다고 보아야 하고 일시적 2주택에 관한 구 소득세법 시행령 제155조 의 규정이 적용되므로, 결국 실제 거래가액이 6억원을 초과하지 않은 이 사건 아파트는 1세대 1주택으로서 비과세 대상이다.
• 다. 판단 구 소득세법 제104조 제1항 제2호 의3, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 (가)목, 제1호 등은，투기 목적의 주택 소유를 _제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이;상에 해당하는 주택의 양도에 대하 여 원칙적으로 60%의 중과세율을 적용하도록 하는 한편 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택 도 중과세율의 적용 대상에서 제외하고: 있다. 이러한 입법 취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 일반주택(이하 ’종전주택‘이라 한다)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(이하 ’대체주택‘이라 한다)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 ‘시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다(위 환송판결 참조). 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 그 각호의 1에 해당하는 경우 1세대 3주택의 중과 대상에서 제외하고 있을 따름이다. 따라서 환송판결은 종전주택과 장기 임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득하였더라도 그 대체취득이 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에 정한 '장기임대주택 외의 1주택에 준하여 중과세율 적용이 배제된다는 취지로，이와 같은 경우 곧바로 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 1세대 1주택에 해당되어 양도소득세 비과세 대상이 된다고 볼 것은 아니다. 원고의 위 주장은 이유 없다(원고 보유의 이 사건 임대아파트들이 구 조세특례제한법 제97조 제1항 소정의 임대주택 즉，거주자가 ① 1986. 1. 1.부터 2000. 12. 1.까지의 기간 중 신축된 주택, ② 1985, 12. 31. 이전에 신축된 공동주택으로서 1986. 1. 1. 현재 입주된 사실이 없는 주택의 어느 하나에 해당하는 국민주택으로서 2000. 12. 31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우의 해당 주택이라고 볼 자료도 없다).

그렇다면, 이 사건 소 중 양도소득세 OOOOOOOO원 부과처분 중 OOOOOOO원의 취소를 구하는 부분은 각하하고, 나머지 청구는 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 위와 같이 변경한다.