증인 및 매매대금 지급내역 등 사실관계가 확인되어 원고의 주장이 신빙성 있음

사 건 2013누53860 양도소득세등부과처분취소 원고, 항소인 견AA 피고, 피항소인 CC세무서장 제1심 판 결 수원지방법원 2013. 11. 15. 선고 2013구단10162 판결 변 론 종 결

2014. 9. 17. 판 결 선 고

2014. 10. 22.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2012. 1. 1. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 159,380,320원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 원래 김AA 소유이던 서산시 AA면 AA리 1432 답 14,851.8㎡, 같은 리 1433답 15,242.9㎡, 같은 리 1435 답 14,674.4㎡(이하 위 토지들을 통틀어 ‘이 사건 제1토지’라 한다)에 관하여, 2004. 11. 23. 명칭 변경 전 농업기반공사(2005. 12. 29. ‘한국농촌공사’로, 2008. 12. 29. 현재의 ‘한국농어촌공사’로 각 명칭이 변경되었는바, 이하 ‘농업기반공사’라고 한다) 앞으로, 다시 2004. 12. 3. 원고 앞으로 각 소유권이전등기가 경료되었다.
• 나. 또한 원래 김AA 소유이던 위 AA리 1429 답 14,504.2㎡, 같은 리 1430 답 14,589.2㎡, 같은 리 1431 답 14,357.6㎡, 같은 리 1434 답 14,553㎡(이하 위 토지들을 통틀어 ‘이 사건 제2토지’라 하고, 이 사건 제1토지와 이 사건 제2토지를 통칭할 때에는 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관하여, 2005. 3. 8. 농업기반공사 앞으로, 다시 2005.3. 25. 원고 앞으로 각 소유권이전등기가 경료되었다.
• 다. 원고는 위와 같이 이 사건 각 토지를 취득하여 보유하다가 2008. 6. 3. 임AA에게 대금 1,243,500,000원에 양도하였는데, 그에 따라 2010. 5. 31. 피고에게 양도소득과세표준 신고를 하면서, 김AA으로부터 이 사건 각 토지를 대금 1,056,900,000원에 취득하였다고 주장하면서, 이를 이 사건 각 토지의 취득 당시의 실지거래가액으로, 그양도 당시의 실지거래가액을 위 1,243,500,000원으로 각 신고하였다.
• 라. 그러나 피고는 원고가 이 사건 각 토지를 등기부상 직전 소유명의인인 농업기반공사로부터 755,680,000원에 취득하였다고 인정하여 2012. 1. 1. 원고에 대하여 2008년귀속 양도소득세 159,380,320원을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012. 7. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2012. 10. 29. 그 청구가 기각되었다. [인정근거] 갑 1, 3, 4호증, 을1호증(가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는, 이 사건 각 토지를 김AA으로부터 대금 1,056,900,000원(이 사건 제1토지 457,300,000원 + 이 사건 제2토지 599,600,000원)에 매수한 것이지, 농업기반공사로부터 대금 755,680,000원에 매수한 것이 아니다. 다만, 매수자금이 부족하던 원고가 농업기반공사로부터 농지 매수자금을 지원(대출)받기 위하여 구 농업기반공사 및 농지관리기금법에 따라 그 각 등기부상의 소유 명의만 김AA에서 농업기반공사로, 다시 농업기반공사에서 원고로 각 이전하면서 그 각 계약서상 매매대금은, 농업기반공사의 내부규정과 관행에 따라 형식적으로 농지매매 지원금 90%, 매수인 자부담금 10%를 합산하여 이 사건 제1토지는 308,490,000원, 이 사건 제2토지는 447,190,000원으로 각 기재하여 합계 755,680,000원이 되었을 뿐이다. 위 실제 매매대금 1,056,900,000원과 농업기반공사의 지원금 및 원고 자부담금 755,680,000원의 차액 301,220,000원은 원고가 김AA에게 별도로 지급하여 주었다. 따라서 피고는 원고가 김AA으로부터 이 사건 각 토지를 취득할 당시의 실지거래가액인 위 1,056,900,000원을 필요경비로 인정하여야 함에도, 원고가 형식상의 등기명의인인 농업기반공사와의 사이에 실제와 다르게 작성한 각 계약서상 매매대금 합계 755,680,000원을 취득가액으로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고와 김AA 사이의 이 사건 각 토지에 관한 매매계약서의 작성 원고는 2004. 11. 29. 김AA으로부터 이 사건 제1토지를 대금 457,300,000원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약서를 작성하였고, 2005. 3. 18. 김AA으로부터 이 사건 제2토지를 대금 599,600,000원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약서를 작성하였는데, 이에 의하면 이 사건 각 토지의 매매대금의 합계액은 1,056,900,000원이다.

2. 김AA의 농업기반공사에 대한 소유권이전등기 및 원고와 농업기반공사와의 자금지원약정과 매매계약서의 작성 김AA은 2004. 11. 23. 농업기반공사에게 이 사건 제1토지에 관하여 2004. 11.16. 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 하여 주었는데, 원고는 2004. 11.경 농업기반공사와의 사이에 이 사건 제1토지에 관하여 합계 277,641,000원의 자금을 지원(대출)받기로 하는 약정을 한 후, 2004. 11. 29. 농업기반공사로부터 이 사건 제1토지를 대금 308,490,000원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약서를 작성하고, 2004. 12. 3. 위 매매를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

• 나) 김AA은 2005. 3. 8. 농업기반공사에게 이 사건 제2토지에 관하여 2005. 3. 2. 위 각 매매계약서에는 주식회사 국민부동산신탁 서산지사장 이중○ 명의의 서명과 인영이 있다. 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐 주었는데, 원고는 2005. 3. 18. 농업기반공사와의 사이에 이 사건 제2토지에 관하여 합계 402,471,000원의 자금을 지원(대출)받기로 하는 약정을 하고, 같은 날 농업기반공사로부터 이 사건 제2토지를 대금 447,190,000원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약서를 작성한 후, 2005. 3. 25. 위 매매를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

3. 농업기반공사의 영농규모화사업의 주요 내용

• 가) 농업기반공사는 지역별 농업 특성 등을 고려하여 전업농 육성 대상자의 영농규모를 확대하고자 하는 영농규모화사업을 시행하여 오면서, 구 농업기반공사 및 농지기금관리법(2005. 7. 21. 법률 제7604호로 개정되기 전의 것) 제18조에서 정한 바와 같이 농업인이 아니거나 전업 또는 은퇴하려는 농업인 등의 소유 농지를 매입하여 영농규모를 확대하고자 하는 전업농 육성 대상자 등에게 매도하는 농지매매사업을 시행하여 왔다.
• 나) 영농규모화사업 업무지침에 의하면, 농업기반공사는 농지매매사업을 위하여 비농업인 및 비농업법인 또는 이농하고자 하는 농업인 등으로부터 농지를 매입하되, 농지를 매입할 때에는 공시지가, 현지가격, 인근지역 실제거래가격 등과 함께 농지를 매도하고자 하는 자가 경영을 이양하는지 여부, 허위․담합 등 위장거래인지 여부, 당해 농지 매입예정자와의 관계 및 동일인 매입․매도 여부 등을 조사한 후 매매계약을 체결하여야 하고, 위와 같이 매입한 농지를 전업농 육성 대상자와 농지지원 대상자 등에게 매도하여야 하는데, 농업기반공사는 위와 같이 매입한 농지를 매도하면서 농지의 매수 희망자에게 그 매매대금의 90%를 지원(대출)하기도 하였다.
• 다) 그런데 농업기반공사에서는 농지를 매도하고자 하는 사람과 이를 매수할 것을희망하는 전업농이 서로 협의가 되어 자금 지원(대출)을 요청하는 경우에는 그 자금을 지원(대출)하여 주기도 하였는데, 이 때 농지의 면적에 따라 일정한 한도를 정하여 자금을 지원(대출)하여 주었다.
• 라) 농업기반공사가 위와 같이 농지 매도희망자와 농지 매수희망자 사이의 농지매매에 따라 농지 매수희망자에게 자금 지원(대출)을 함에 있어서는, 위 농지매매사업 절차에 따라 농지 매도희망자로부터 농업기반공사 명의로 소유권이전등기를 하고 다시농지 매수희망자에게 소유권이전등기2)를 하여 주었는데,3) 이 때 농업기반공사가 농지 매수희망자와의 사이에서 작성하는 매매계약서에는 총 매매대금의 90%에 해당하는 지원(대출)금과 10%에 해당하는 농지 매수희망자의 자부담금을 산정하여 매매계약의 대금(이하 이를 ‘농업기반공사 매매대금’이라 한다)으로 기재하였고, 농지 매도희망자와 농지 매수희망자 사이에 체결된 매매계약의 매매대금이 위 농업기반공사 매매대금을 초과하는 경우에도 위와 같이 기재하였다.

4. 원고의 김AA에 대한 대금 지급 한편 원고는 이 사건 각 토지에 관하여 자신 명의의 소유권이전등기를 마친 후 김AA에게 301,220,000원4)을 지급하기로 하였는데, 원고가 김AA에게 위 대금을 제때 지급하지 못하자, 김AA은 약 3년 정도의 기간 동안 원고로부터 현금 외에 트랙터, 쌀 등을 대물로 변제받았다. [인정근거] 갑 제1, 2, 3, 13, 15호증, 을 제2, 5호증, 제1심 및 당심 증인 김AA의

2. 이 때 지원(대출)금액에 상당하는 근저당권설정등기를 하였다.

3. 구 한국농어촌공사 및 농지관리기금법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정된 것) 제18조에서는 한국농어촌공사가 농지매매사업을 함에 있어 농지를 매입하여 전업농 육성 대상자 등에게 매도하거나 해당 농지의 매매를 알선하면서 이에 필요한 자금을 지원하도록 하고 있으나, 위 구 농업기반공사 및 농지관리기금법 제18조에서는 농지를 매입하여 전업농 육성 대상자 등에게 매도하면서 이에 필요한 자금을 지원하도록 정하고 있는 것에 기인한 것으로 보인다.

4. 이 사건 각 토지에 관한 원고와 김AA 사이의 위 매매계약서상의 매매대금 합계 1,056,900,000원과 원고와 농업기반공사 사이의 위 매매계약서상의 매매대금 합계 755,680,000원의 차액이다. 증언, 제1심 증인 이AA의 증언 및 변론 전체의 취지

• 라. 판단 위 인정사실과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 이 사건 각 토지를 김AA으로부터 대금 1,056,900,000원에 취득하였다고할 것이고, 따라서 이 사건 각 토지에 관한 실지거래가액인 1,056,900,000원을 필요경비로 인정하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

1. 이 사건 각 토지에 관한 원고와 김AA 사이의 위 매매계약서가 허위로 작성되었다는 자료를 찾아볼 수 없는 반면, 제1심 및 당심 증인 김AA이 우AA으로부터 이 사건 각 토지를 965,443,000원에 매수하여 원고에게 1,056,900,000원에 매도하였고 당시 원고와의 사이에 위 매매계약서를 작성하였다고 증언하고 있는 점과 김AA이 원고가 농업기반공사로부터 지원(대출)받은 금액을 지급받은 외에 원고로부터 추가로 매매대금을 지급받았던 사정 등에 비추어 보면, 원고와 김AA 사이의 이 사건 각 토지에 관한 위 매매계약은 진정하게 이루어진 것으로 보인다.

2. 제1심 증인 이AA의 증언에 나타난 바와 같이, 농업기반공사는 농지 매도희망자와 농지 매수희망자가 농지매매계약을 하고 농지 매수희망자가 농지매수자금의 지원(대출)을 요청하는 경우, 농지 매도희망자로부터 농업기반공사 명의로 소유권이전등기를 하고 다시 농지 매수희망자에게 소유권이전등기를 하여 주었는데,5) 이 때 농업기반공사는 농지 매수희망자에게 지원(대출)하는 금액이 90%, 농지 매수희망자의 자부담금이 10%로 구성된 농업기반공사 매매대금이 기재된 매매계약서를 작성하였던 점, 위 농업기반공사 매매대금은 농지 매도희망자와 농지 매수희망자 사이의 실제 매매대금보다

5. 이와 같은 처리는 농지매매의 알선 및 그에 대한 자금 지원을 허용하지 않고 있던 구 농업기반공사 및 농지관리기금법(2005.7. 21. 법률 제7604호로 개정되기 전의 것) 제18조의 제한에 따른 것으로 보인다. 낮은 경우가 많았던 점 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 각 토지를 김AA으로부터 취득하였으나, 농업기반공사로부터 그 매수대금을 지원(대출)받기 위하여 농업기반공사명의의 소유권이전등기를 거친 것에 불과하다고 보이고, 따라서 원고가 이 사건 각 토지의 취득에 소요된 실지거래가액은 원고가 김AA에게 지급한 1,056,900,000원이라고 봄이 타당하다.

3. 원고는 제1심 변론 과정에서 ‘김AA에게 매매대금을 정산하기 위하여 1억 원을2004. 9. 2. 수협에서 대출받아 지급하였고, 나머지는 2004. 6. 21. 원고의 부친인 견BB 소유의 다른 토지를 매도하여 받은 수표로 2억 원을 지급하였다’고 주장6)하였다가 당심에 이르러 ‘김AA에게 일부는 현금으로 지급하고 나머지는 트랙터와 쌀 등으로 지급하였다’고 주장하여 그 주장 내용이 변경된 반면, 김AA은 제1심 법정부터 당심 법정에 이르기까지 일관하여 ‘원고로부터 일부 현금으로 매매대금을 정산받은 외에 원고가 매매대금을 지급하지 않아 약 3년여에 걸쳐 약 8,000만 원 내지 1억 원 상당의트랙터와 쌀 등으로 대물변제를 받았다’는 취지로 증언하고 있는바, 김AA이 원고의 주장 내용과는 무관하게 같은 내용으로 일관되게 증언하고 있는 것은 사실에 기반을 두고 진실대로 증언하였기 때문이라고 보이고, 이와 같은 김AA의 증언 내용이나 증 언 태도 등에 비추어 보면, 김AA의 증언은 그 신빙성이 있다고 보인다.

4. 피고는 원고가 김AA으로부터 이 사건 각 토지를 1,056,900,000원에 취득한 것이 사실이라면, 김AA이 2004. 11. 2. 우AA으로부터 이 사건 각 토지를 683,955,800원에 양수하였다고 신고하였던 점에 비추어, 김AA은 불과 한 달여 만에 약 372,944,200원에 이르는 양도차익을 얻었다는 셈이 되고 특별한 지가변동 요인이 없는 상태에서6) 갑 제5 내지 10호증의 각 기재, 김AA의 당심 증언 및 변론 전체의 취지 등을 종합하면, 원고의 착오에 기인하였던 것으로 보인다. 김AA이 위와 같이 많은 양도차익을 단기간에 얻기는 어려웠을 것이라는 점에 비추어보면, 김AA의 증언과 원고의 주장은 믿기 어려운 것이라고 주장한다. 그러나 김AA은 제1심 및 당심 법정에서 우AA으로부터 이 사건 각 토지를 평당 31,000원 합계 965,443,000원에 매수하였다가 원고에게 평당 34,000원 합계 1,056,900,000원에 매도하였는데, 우AA의 요구에 의하여 우AA과의 사이에 실제 매매가격보다 낮은 매대대금인 683,955,800원이 기재된 계약서를 작성하였다고 증언하고 있는바, 위에서 살핀 이 사건 각 토지에 관한 매매의 경위, 김AA의 증언 내용이나 증언 태도 등에 비추어 보면, 김AA의 위 증언은 그 신빙성이 있다고 보인다. 따라서 피고의 위 주장은 이를 받아들이기 어렵다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 주문과 같이 판결한다.