연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역중 일부를 타업체에 재위탁한 비용은 전담부서 유무를 불문하고 세액공제 대상임

사 건 2013누52843 법인세경정거부처분취소 원고, 항소인 AAA 주식회사 피고, 피항소인 영등포세무서장 제1심 판 결 서울행정법원 2013. 11. 15. 선고 2013구합15040 판결 변 론 종 결

2014. 4. 16. 판 결 선 고

2014. 6. 25.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2012. 4. 10. 원고에 대하여 한 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 OOOO원, 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 OOOO원에 대한 각 경정청구 거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 금융업을 영위하는 원고는 기술개발을 위한 전담부서를 보유한 BB에스디에스 주식회사(이하 'BBSDS'라 한다)와 차세대시스템 구획 등 전산시스템 구축을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였고, 위 계약에 따라 BBSDS에 연구개발비로 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도에 OOOO원, 2009. 4. 내 ~ 2010. 3. 31. 사업연도에 OOOO원을 각 지급하였다.
• 나. 원고는 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업 연도 및 12009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 각 법인세 신고시 위 연구개발비에 대하여 구 조세특례제한법{2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것), 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한 법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)} 제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 적용을 누락하였다.
• 다. 원고는 2012. 1. 11.경 피고에게 위 연구개발비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하는 등으로 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원 및 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원을 각 공제감면세액에 가산하여 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2012. 4. 10 원고에 대하여 위 연구개생비는 수탁업체인 BBSDS가 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용에 해당하여 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원(환급가산금 OOOO원) 및 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원(환급가산금 OOOO원)만을 환급하고, 위 연구개발비에 대한 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원) 및 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)에 대하여는 경정청구를 거부하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2012. 7. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2013. 2. 25. '원고로부터 연구개발용역을 위탁받은 BBSDS가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개 발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다'는 이유로 '피고가 원고에게 한 2008 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 및 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세에 대한 경정청구 거부처분은 원고가 전산시스템 구축 용역을 위탁한 BBSDS가 재위탁하여 지출하였다는 연구개발비인 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31 사업연도분 OOOO원, 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도분 OOOO원이 조세특례 제한법 시행령 [별표 6] 제1호 나목에서 규정한 연구기관 또는 전담부서를 보유한 재위탁업체가 해당 용역을 수행함에 따라 지출된 금액인지 여부를 재조사하고, 그 결과 확인된 금액을 조세특례제한법 제10조 에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상금액으로 하여 해당 사업연도의 세액을 경정한다'는 결정을 하였다.
• 바. 이에 따라 피고는 재조사를 수행한 후 2013. 3. 4. 원고에 대하여 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원, 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원을 각 환급하였고, 2013. 5. 10. 다시 원고에 대하여 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원, 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원을 각 환급하였다(이하 피고의 2012. 4. 10.자 경정청구 거부처분 중 이와 같이 환급되지 않고 남아 있는 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원 - OOOO원) 및 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원 - OOOO원)에 대한 각 경정청구 거부처분을 '이 사건 처분'이라 한다). [인정근거] 갑 제1 내지 4호증(가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 내용 연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면, 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고, 위탁에 따른 비용은 구 조세특례제한법 제10조 제1항 소정의 세액공제 대상에 해당한다.

2. 피고의 주장 내용 재위탁된 연구개발비용은 세액공제 대상에 해당하지 않는다. 설령 재위탁된 연구개발비용이 세액공제 대상에 해당한다고 하더라도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제 대상에 해당하지 않는다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002 두6781 판결 참조), 이 사건에 적용되는 법령, 즉 2008 사업연도 법인세의 경우 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 [별표6] 제1호 나목 ① 및 2009 사업연도 법인세의 경우 구 조세특례제한법(2010 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 제1호, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 [별표6] 제1호 나목 (1)(이하 이를 통칭하여 '이 사건 특례조항'이라 한다)은 국내외 기업의 연구기관 (과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 기술개발용역을 '위탁'함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 규정하고 있을 뿐, 이 사건 특례조항 어디에도 수탁업체의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 따라 납세의무자인 위탁자의 세액공제 여부가 달라진다는 규정이 없다.

2. 위 문언대로라면, 이후 세액공제 대상에 재위탁이 명시적으로 포함되는 것으로 개정 1) 되고, 또 전담부서에서 직접 수행한 경우에만 세액공제 대상이라는 취지로 개정 2) 된 법령을 해석하는 때와는 달리, 이 사건 특례조항의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 원고와 같은 수범자로서는 그 세액공제 여부가 재위탁 내지 재수탁자의 전담부서 여부에 따라 달라질 수 있음을 예측하기는 어렵다.

3. 여기에 구 조세특례제한법 제10조 제1항 의 입법취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있고 (대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조) 원고가 위탁한 전산개발용역은 융합기술개발이 필요하여 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 그 일부를 재위탁하는 것이 불가피한 점, 이 사건 특례조항의 개정 경위가 논리필연적으로 피고가 주장하는 바와 같은 해석을 뒷받침한다고 볼 수도 없는 점 등까지 더하여 보면, 결국 원고가 이 사건 특례조항의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 이상, 설사 재위탁이 이루어졌다고 하더라도, 재수탁업체의 전담부서 유무를 불문하고 그에 따른 비용도 이 사건 특례조항에서 정한 세액공제 대상에 해당한다고 봄이 타당하므로, 그와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 투문과 같이 판결한다. 1)

2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목 참조 2)

2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목 참조