자경감면한도 확대에 따른 종전 예정신고납부세액은 납부할 세액에 따라 다시 계산되어야 함

사 건 2013누51253 양도소득세경정거부처분취소 원고, 항소인 함DD 피고, 피항소인 OO세무서장 제1심 판 결 국승 변 론 종 결

2015. 3. 3. 판 결 선 고

2015. 3. 17.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소하고, 피고가 2012. 7. 2. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 10,000,000원의 경정청구 거부처분을 취소한다라는 판결

아래 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고가 2008. 1. 14. 자경농지인 OO OO구 OO동 34-2 답 1,437㎡ 및 같은 동 35-3 답 1,345㎡의 2필지 토지를 양도하고, 2008. 3. 31. 양도소득세 103,674,000원을 예정신고·납부하였다.
• 나. 원고는 예정신고·납부 당시에 시행된 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제69조, 제133조에 근거하여 자경농지감면세액으로 1억원을 공제하고, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제108조에 근거하여 예정신고납부세액공제액으로 납부할 세액의 10%에 상당하는 11,519,000원을 공제하여 계산한 양도소득세 103,674,000원을 예정신고·납부하였는데,
• 다. 그런데 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되어 공포한 당일부터 시행되고 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 한 구 조세특례제한법 제133조 에 따르면 자경농지감면세액의 한도가 2억 원으로 증액되었다.
• 라. 이에 피고는 2009. 6. 11. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제51조, 제52조, 같은 법 시행령 제30조 제2항, 같은 법 시행규칙제13조의2, 기획재정부 고시(국세환급가산금 계산 시 적용할 이자율, 2009. 4. 30.까지는 1일 10만분의 13.7, 2009. 5. 1.부터는 1일 10만분의 9.3)에 근거하여 양도소득세환급금 9,000만 원과 2009. 1. 1.부터 2009. 6. 11.까지의 환급가산금 1,831,140원 합계 91,831,140원을 환급하기로 결정하고 2009. 6. 16. 원고에게 위 돈을 환급하였는데, 피고가 환급결정한 내역은 아래와 같다. 과세표준 630,259천원, 산출세액 215,193천원, 자경농지감면세액 200,000천원, 납부할 세액 15,193천원, 예정신고납부세액공제 1,519천원, 결정세액 13,674천원, 자진신고납부세액 103,674천원, 차감고지세액 △90,000천원
• 마. 원고가 2012. 5. 31. 피고에게 구 조세특례제한법이 개정되어 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액 한도가 1억 원에서 2억 원으로 증액되었음에도 증액된 1억 원 전부가 아니라 9,000만 원만 환급받았으므로 추가로 1,000만 원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2012. 7. 2. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
• 바. 그 후 원고가 2012. 9. 28. 이의신청을 거쳐 2013. 1. 23. 심판청구를 제기하였으나 2013. 3. 25. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 취지 원고가 양도소득세 예정신고를 한 때를 기준으로 보면 예정신고납부세액공제액은 납부세액 115,193,000원(감면세액 1억 원 기준)의 10%인 11,519,000원이었다. 그런데 구 조세특례제한법 개정으로 감면세액의 한도가 1억 원에서 2억 원으로 증액됨에 따라 피고가 과오납된 양도소득세를 환급할 때에는 당초에 적법하게 계산된 예정신고납부세액공제액 11,519,000원을 부인하고, 새로 계산한 납부할 세액 15,193,000원을 기준으로 그 10% 상당인 1,519,000원만을 예정신고납부세액공제액으로 공제함으로써 그 차액 10,000,000원을 부당하게 환급하지 아니하였다. 따라서 원고가 추가로 1,000만 원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 거부하는 내용의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 ■ 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다(단서 생략). 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도)

① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

• 나. 제33조, 제43조, 제69조 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제2조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우 그초과하는 부분에 상당하는 금액 부칙 (제9272호, 2008. 12. 26.) 제1조(시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 다만 … 제133조의 개정규정은 공포한날부터 시행하고, (이하 생략) 제29조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례) 제133조의 개정규정은 이 법시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다. ■ 구 소득세법 제108조(예정신고납부세액공제)

① 예정신고와 함께 자진납부하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다.

② 제1항의 규정에 의한 공제는 이를 예정신고납부세액공제라고 한다 ■ 구 소득세법 시행규칙 (2010. 4. 30. 기획재정부령 제154호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조(예정신고납부세액공제)

① 법 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대하여 납부할 세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진신고납부(괄호 생략)하는 경우에 한한다. (단서 생략)

② 제1항에서 납부할 세액이라 함은 산출세액에서 조세특례제한법에 의하여 감면되는 세액, 법 제118조의6에 따른 외국납부세액과 법률 제5586호 토지초과이득세법 폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조 의 규정에 의하여 양도소득세의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세를 차감한 것을 말한다. ■ 구 국세기본법 제51조(국세환급금의 충당과 환급)

① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다. 제52조(국세환급가산금) 세무서장은 국세환급금을 제51조에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각 호에서 정하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호의 규정을 적용함에 있어서 세법에 의한 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 당해 세목의 법정신고기한 종료일에 납부한 것으로 본다.

5. 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일

• 다. 판단 구 소득세법 제108조 에 따르면 예정신고납부세액공제액은 ‘납부한 세액’이 아니라 ‘납부할 세액’의 10/100에 상당하는 금액이고, 구 소득세법 시행규칙 제84조 제2항 에 따르면 납부할 세액은 산출세액에서 조세특례제한법에 의하여 감면되는 세액을 차감한 것이므로, 원고가 예정신고·납부한 이후에 개정된 구 조세특례제한법 제133조 가 원고의 양도분에도 적용돼 감면세액의 한도가 2억 원으로 증액됨으로써 ‘납부할 세액’은 15,193,000원(= 215,193,000원 - 2억 원)이 되고, 납부할 세액 15,193,000원의 10/100에 상당하는 1,519,000원이 예정신고납부세액공제액이 되므로, 피고가 이를 기초로 결정세액 13,674,000원을 산출한 다음 원고의 자진신고납부세액 103,674,000원에서 결정세액을 공제한 양도소득세 환급금 9,000만 원과 환급가산금 1,831,140원 합계 91,831,140원을 환급한 것은 적법하다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수가 없다.

그렇다면 원고의 청구는 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하 므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.