원고가 건축물계정으로 계상한 장부가액을 이 사건 양도의 필요경비로 인정하는 것이 타당함

사 건 2013누31198 양도소득세부과처분취소 원고, 피항소인 박○○ 피고, 항소인 강남세무서장 환 송 판 결 대법원 2013. 10. 31. 선고 2012두17872 판결 변 론 종 결

2014. 8. 29. 판 결 선 고

2014. 9. 19.

1. 제1심 판결중 아래에서 취소를 명하는 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2010. 11. 1. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득세 34,920,190원(가산세 9,330,132원 포함)의 부과처분 중 28,418,026원(가산세 7,592,856원 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송총비용 중 5분의 4는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소하고, 피고가 2010. 11. 1. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득세 34,920,190원의 부과처분을 취소한다는 판결.

• 가. 원고는 2005. 6. 14. 안○○로부터 취득시 ○○시 ○○면 ○○리 254-3 공장용지 3,272㎡ 및 지상 공장건물 1,302㎡, 같은 리 254-9 도로 224㎡(이하 “ 이 사건 부동산”이라 한다)를 2007. 1. 23. 주식회사 AAA(이하 “소외 회사”라 한다)에게 양도하고 실지거래가액에 의하여 양도가액을 898,284,872원, 취득가액을 10억 원으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 피고는 2010. 8. 9. ~ 2010. 8. 23. 기간 중 원고에 대한 양도소득세 실지 조사 후 아래 <표 1>과 같은 결과에 따라 이 사건 부동산의 양도가액을 1,020,907,129원, 취득가액 842,000,000원으로 하여 2010. 11. 1. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 92,680,330원을 결정 ․ 고지하였다.
• 다. 이에 원고는 국세심사청구를 제기하였고, 국세청장은 2011. 3. 4. 구축물에 대한 장부가액 76,000,000원을 취득가액에 산입하여야 함을 이유로 양도가액을 1,020,907,129원으로, 취득가액을 918,000,000원으로 하여 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하였고, 피고는 위 결정에 따라 양도소득세 34,920,190(신고불성실가산세 2,559,005원, 납부불성실가산세 6,771,127원 포함)으로 감액경정하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 제9,12호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2.처분의 적법 여부
• 가. 당사자의 주장 1)원고의 주장 원고는 안○○로부터 이 사건 부동산을 10억 원에 취득할 당시 10억 원에는 전기수전설비의 가액 5,500만 원, 호이스트의 가액 1,500만 원, 소방설비 및 보일러 등의 가액 1,200만 원(이하 위 설비들을 합하여 “이 사건 설비”라고 한다)등 합계 8,200만 원이 포함되어 있었고, 이 사건 설비는 공장건물에 부속된 시설물과 구축물에 포함되므로 위 8,200만 원 역시 이 사건 부동산의 취득가액에 포함시켜 필요경비로 공제하여야 함에도 이 사건 설비의 취득가액을 이 사건 부동산의 취득가액에서 제외하여 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다. 2)피고의 주장 원고가 소외 회사에게 이 사건 부동산과 기계장치, 비품 등을 일체로서 양도하면서 받은 대금 17억 원 중 기계장치 양도가액 608,290,168원 및 비품 양도가액 47,425,822원은 일반자산으로 양도가액에 불과하여 양도소득세 과세대상이 아니므로 17억 원을 토지 ․ 건물 ․구축물 ․ 비품의 가액으로 안분하여 산정한 토지 ․ 건물 ․ 구축물 부분 안분액 합계 1,020,907,129원을 양도가액으로 보고 양도소득세를 부과한 것은 정당하고, 이 사건 설비는 일반자산으로서 양도소득세 과세대상에서 제외되는 기계장치 또는 비품에 해당하지만, 만약 이 사건 설비가 이 사건 부동산의 시설물 또는 구축물에 해당하여 그 취득가액을 필요경비로 공제하여야 한다면 위 17억 원 중 토지 ․ 건물․ 구축물 부분의 양도가액 역시 이 사건 설비의 양도가액을 감안하여 새로 산정되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실 1)이 사건 부동산의 취득 원고는 BBB라는 상로로 동물약품제조업을 경영하던 중 안〇〇로부터 이 사건 부동산을 10억 원에 취득하면서 토지와 공장건물에 관하여서만 합계 8억 4,200만원의 세금계산서를 발급받았고, 이에 따라 장부에 10억 원을 토지 3억 8,200만 원, 건물 4억 6,000만 원, 구축물 7,600만 원, 기계장치 7,000만 원, 비품 1,200만 원으로 나누어 계상하였는데 아래 <표2>에서 보는 것처럼 이 사건 설비 중 전기수전설비와 호이스트는 기계장치로, 소방설비 및 보일러 등은 비품으로 분류되어 있다.

2. 이 사건 부동사의 계정별 자산변동 내역 2005년 BBB의 계정별 원장 기말잔액에는 구출물 계정에 111,005,310원이 계상되어 있었고, 이 사건 설비 중 전기수전설비 및 호이스트 합계 7,000만 원은 기계장치 계정 767,163,563원에, 이 사건 설비 중 소방설비 및 보일러 등 합계 1,200만 원은 비품 계정 84,793,690원에 각 포함되어 있었다. 2006년 각 계정의 기말잔액은 변동 사항에 따라 가감되어 구축물 109,177,310원, 기계장치 674,303,023원, 비품 81,996,599원으로 변동되었고, 감가상각누계액을 차감한 2006년 말 잔존가액은 구축물 103,002,221원, 기계장치 673,544,273원, 비품 75,391,349원으로 각 계상되어 있었다.

3. 이 사건 부동산 양도 원고는 2007. 1. 23. 자신이 운영하던 공장설비 등을 같은 업종을 영위하기 위해 설립된 소외 회사에게 사업양도 ․ 양수의 방법으로 총 17억 원에 양도하였는바, 이 사건 설비 중 전기수전설비와 호이스트는 기계장치 항목에, 소방설비 및 보일러 등은 비품 항목에 포함되어 있고, 원고와 소외 회사 사이의 이 사건 부동산과 관련된 사업양도․양수계약의 내용 중 양도대금 결정에 관한 부분과 그 계약에 따라 정해진 자산별 양도․양수 가액을 요약하면 다음과 같다.

4. 이 사건 설비의 이용상황 이 사건 설비는 전기수전설비, 호이스트, 소방설비, 보일러, 라지에타, 심야온수기 등으로서 이 사건 부동산의 공장건물 내벽 또는 바닥에 견고하게 부착되어 있고 공장건물 내 기계장치를 가동하는 데 직접 필요한 것이거나 공장건물의 이용가치를 높이는 설비들이다.이 사건 설비를 원고와 소외 회사 사이의 사업양도․양수대금 17억 원에 안분하면 이 사건 설비의 가액은 70,087,797원(기계장치로 분류된 부분 63,147,145원, 비품으로 분류된 부분 6,940,652원)이 된다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 제7호증, 제8호증의 2,3, 제9,10,11호증, 을 제3, 4, 5호증의 각 기재 내지 영상, 변론 전체의 취지

• 라. 쟁점별 판단

1. 이 사건 부동산의 양도가액에서 이 사건 설비의 취득가액 필요경비로 공제될 수 있는지 여부 구 소득세법(2009. 6. 9. 법률 제9774호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제1호는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득의 하나로 거시하면서 여기의 건물에는 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다고 하고 있고, 같은 법 제95조 제1항은 양도소득금액은 양도소득의 총수입금액(이하 ‘양도가액’ 이라 한다)에서 필요경비를 공제하고 그 금액(이하 ‘양도차액' 이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 하며, 같은 법 제97조 제1항 제1호, 2호는 양도하는 자산의 취득에 소요된 실지거래가액, 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것을 필요경비로 공제하도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제3항 제3호는 양도자산의 용도변경 ․ 개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용을 자본적 지출액의 하나로 거시하고 있으며, 같은 법 제102조 제1항 제1호, 제2항은 토지 또는 건물의 양도로 인한 양도소득금액을 계산함에 있어 양도차손이 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하도록 하고 있다. 이상을 종합하면 건물에 부속된 시설물과 구축물은 건물에 포함되어 그 양도로 인하여 발생하는 양도소득금액을 계산할 때에는 건물에 부속된 시설물의 취득가액이 필요경비로 공제되어야 한다. 즉 자본적 지출액은 그 자체로 필요경비로 공제되거나 자본적 지출의 결과 건물에 부속된 시설물과 구축물을 건물의 일부로서 취득한 경우 그 시설물과 구축물의 취득가액이 필요경비로 공제되어야 하는 것이다. 한편 건물의 양도가액에서 건물에 부속된 시설물의 양도가액이 누락되어 있다고 하더라도, 납세의무자는 건물의 필요경비에 해당하는 건물 부속 시설물의 취득가액에 대한 공제를 주장할 수 있고, 반면 과세관청은 누락된 부속 시설물의 양도가액을 증명하여 건물의 양도가액의 증액을 주장할 수 있다. 이 사건의 경우, 위 인정사실에 의하면 이 사건 설비는 비록 이 사건 부동산과 별개의 기계장치, 설비로 원고의 장부에 계상되어 있으나 실제로는 이 사건 공장건물의 개량 또는 이용편의를 위하여 설치된 전기설비, 급수설비, 난방설비, 소화설비 등으로서 이 사건 공장건물의 효용을 증가시키기 위하여 부속된 시설물에 해당한다고 할 것이므로 이 사건 설비의 취득가액을 이 사건 부동산의 취득가액에 포함시켜 필요경비로서 공제하고 양도가액을 산정함에 있어서도 감안하여야 할 것이다. 그런데 앞서 본 바와 같이 원고와 소외 회사 사이의 사업양도 ․ 양수계약의 대금 17억 원을 안분하여 이 사건 부동산의 양도가액을 1,020,907,129원으로 산정함에 있어 피고는 이 사건 설비를 기계설비의 일부 및 비품의 일부로 보고 이 사건 설비의 양도가액을 이 사건 부동산의 양도가액에 포함시키지 않았고, 이 사건 설비의 취득가액을 필요경비로 공제하지도 않았다(원고는 소외 회사가 이 사건 설비의 양도가액을 이 사건 부동산의 양도가액에서도 제외한 것에 기하여 이루어진 것으로서 위법하다(원고는 당심 변론종결 후 2014. 6. 16.자 준비서면을 통하여 이 사건 처분에서는 이미 이 사건 설비의 양도가액이 이 사건 부동산의 양도가액으로 고려되었기 때문에 다시 이 사건 설비의 양도가액을 감안하여 이 사건 부동산의 양도가액을 증액시키는 것은 실질과세의 원칙에 위반되고 이 사건 처분에는 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 전 운영하던 구 공장의 구축물 가액 3,500만 원이 포함되어 있다고 주장하나, 이 사건 처분 당시 이 사건 설비의 양도가액이 이 사건 부동산의 양도가액에 포함되지 않았음은 앞 서 본 바와 같고, 원고가 제출한 증거들만으로는 구 공장의 구축물 가액이 이 사건 처분 당시 이 사건 부동산의 양도가액에 포함되어 있음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다).

2. 양도차익 및 세액의 계산 이 사건 부동산의 양도가액 중 이 사건 설비의 가액은 70,087,797원(기계장치로 분류된 부분 63,147,145원)임은 앞서 인정한 바와 같고, 이를 포함한 이 사건 부동산 관련 양도가액과 취득가액, 양도소득금액, 산출세액은 아래<표4>와 같다(원고는 이 사건 부동산의 양도가액이 1,020,907,120원이라는 점은 당사자 사이에 다툼이 없다고 주장하나 이는 이 사건 설비의 양도가액을 이 사건 부동산의 양도가액에 포함시키지 않았을 때를 전제로 하는 것일 뿐이고 이 사건 설비가 이 사건 부동산의 일부로 포함되어 양도가액이 계산되는 이상 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다). 따라서 이 사건 처분의 양도소득세 34,920,190원 중 28,418,026원(신고불성실가산세 2,082,517원, 납부불성실가산세 5,510,339원 포함)을 초과한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 일부 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 일부 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.