원고가 이 사건 신축주택을 취득한 후 5년간 발생한 양도소득금액 계산 방식

사 건 2012누35902 양도소득세부과처분취소 원고(재심원고) 함AA 피고(재심피고) BB세무서장 제1심 판 결 서울행정법원 2012. 10. 17. 선고 2011구단23767 판결 변 론 종 결 2013.12.13. 판 결 선 고 2014.01.24.

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 피고가 2011. 1. 3. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 xxx원의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분을 취소한다.
• 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 60%는 원고가, 40%는 피고가 각각 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 1. 3. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 xxx원의 부과처분을 취소한다. 항소취지 제1심판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

제1심판결의 제2면 제3행의 ‘법률구’를 ‘서초구’로 수정하는 외에는 제1심판결의 해당 부분 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 피고는, 원고가 이 사건 신축주택을 취득한 후 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하기 위하여 조특법 시행령 제40조제1항이 규정하는 산식의 분자에 있는 ‘취득당시의 기준시가’에 이 사건 신축주택 취득당시의 기준시가를, 분모에 있는 ‘취득당시의 기준시가’에 이 사건 구주택 취득당시의 기준시가를 각각 대입하였는바, 이러한 계산방식은 조특법 시행령 제40조제1항이 산식의 분모와 분자에 동일하게 ‘취득당시의 기준시가’를 규정한 것에 반하므로 위법하다. 이 사건 신축주택은 이 사건 구주택이 재건축사업을 위하여 멸실된 뒤에 새로 건축된 것이므로, 별지 1 [양도소득세 계산방식]의 제1항에 기재된 계산방식(이하 ‘원고의 계산방식’이라 한다)과 같이 구 소득세법 시행령(2009. 12. 14. 대통령령 제21881호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조제7항이 규정하는 양도차익 계산방식을 준용하여 세액을 계산하여야 한다.
• 나. 피고의 주장 조특법 제99조의3제1항에 따라 전체 양도차익에서 신축주택의 취득 전에 발생한 양도차익과 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 뒤에 발생한 양도차익을 감면대상에서 제외하기 위해서는, 별지 1 [양도소득세 계산방식]의 제2항에 기재된 계산방식(이하 ‘피고의 계산방식 ①’이라 한다)과 같이 조특법 시행령 제40조제1항이 규정하는 산식의 분자에 있는 ‘취득당시의 기준시가’에 이 사건 신축주택 취득당시의 기준시가를, 분모에 있는 ‘취득당시의 기준시가’에 이 사건 구주택 취득당시의 기준시가를 각각 대입하여야 한다. 설령 피고의 계산방식 ①이 위법하다고 하더라도, 별지 1 [양도소득세 계산방식]의 제3항에 기재된 계산방식(이하 ‘피고의 계산방식 ②’라 한다)을 적용할 경우 산출세액은 xxx원이고, 별지 1 [양도소득세 계산방식]의 제4항에 기재된 계산방식(이하 ‘피고의 계산방식 ③’이라 한다)을 적용할 경우 산출세액은 xxx원이므로, 위 각 산출세액을 넘지 않는 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

별지 2 [관련 법령] 기재와 같은 법령을 추가하는 외에는 제1심판결의 해당 부분 기재와 같다.

• 가. 피고의 계산방식에 관한 판단 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업으로 신축주택을 취득하고 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도한 경우에는 조특법 제99조의3제1항에 의하여 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만 감면되어야 하고, 신축 전에 발생한 차익과 취득일부터 5년이 지난 뒤에 발생한 차익은 위 규정에 의하여 감면될 수 없다. 조특법 시행령 제99조의3제2항은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과했을 경우 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산은 조특법 시행령 제40조제1항의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 조특법 시행령 제40조제1항은 구조조정대상 부동산의 취득일부터 양도시까지 발생한 양도소득금액을 기준시가 상승률을 기준으로 취득일부터 5년 동안 발생한 것과 그 이후에 발생한 것으로 배분하고 있다. 이 사건 신축주택은 원고가 재건축을 통해 취득한 아파트로서 신축주택 취득일 이후 5년 이상 보유한 경우에 해당하므로 조특법 시행령 제99조의3제2항에 따라 제40조제1항이 적용되는바, 피고의 계산방식 ①, ②, ③은 다음과 같은 사정을 고려할 때 이 사건 신축주택에 관한 양도소득세 계산방식으로 적용할 수 없다.

1. 조특법 시행령 제40조제1항이 규정하는 산식의 ‘취득당시의 기준시가’는 하나의 동일한 개념이므로, 피고의 계산방식 ①은 법령상의 근거 없이 계산식을 자의적으로 변경한 것으로서 위법하다.

2. 피고의 계산방식 ①, ③은 이 사건 구주택과 재건축사업으로 건축된 이 사건 신축주택이 마치 동일한 주택인 것처럼 취급하여 두 부동산의 기준시가를 비교하는 오류를 범하고 있다.

3. 피고의 계산방식 ①, ②, ③에 의할 경우 양도소득금액 xxx원 중 신축주택의 취득 이전에 발생한 양도소득금액이 신축주택의 취득 이후에 발생한 양도소득금액의 약 2 내지 3배에 이르게 된다. 이러한 결과는 갑 제6호증, 을제4, 5호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 즉, ① 이 사건 구주택의 기준시가는 원고가 소유권을 취득할 무렵인 1996. 12.경 xxx원이었으나 재건축을 위하여 철거된 1999. 6.경에는 xxx원으로 하락한 사실, ② 원고가 소유권을 취득한 2004. 5. 10. 당시 이 사건 신축주택의 기준시가는 xxx원이고 이 사건 신축주택과 동일한 면적의 같은 단지 내 아파트의 평균매매가는 xxx원인 사실, ③ 이 사건 신축주택의 매매가격은 신축 후 별다른 변화가 없다가 2005년 상반기부터 2006년 하반기까지의 기간 중에 급격히 상승한 사실에 부합하지 않는다.

4. 피고의 계산방식 ②에 의하면 이 사건 신축주택의 취득가액(환산금액)은 xxx원이 되는데, 이러한 취득가액은 원고가 소유권을 취득할 당시 이 사건 신축주택의 기준시가(xxx원) 또는 평균매매가(xxx원)와 비교할 때 지나치게 높은 것이다. 피고의 계산방식 ②에 의할 경우 대부분의 양도차익이 관리처분계획인가일 이후부터 이 사건 신축주택의 취득일 이전에 발생한 것으로 계산되어 앞서 본 이 사건 구주택 및 신축주택의 가격변동 상황에 부합하지 않는다. 이 사건 신축주택의 실제 양도가액 xxx원에 양도시와 취득시의 기준시가 비율을 곱한 환산금액을 이 사건 신축주택의 취득가액으로 인정할 수 있는 법령상의 근거도 없다.

• 나. 원고의 계산방식에 관한 판단 원고의 계산방식은 소득세법 시행령 제166조제7항 에 의하여 이 사건 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지 발생한 양도소득금액을 먼저 계산하여 이를 전체 양도소득금액에서 공제하는 방식이다. 그런데, ① 조특법 제99조의3제1항과 조특법 시행령 제99조의3제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 감면과 그 계산방식에 관하여 규정하고 있을 뿐 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지 발생한 양도소득금액의 계산 및 공제여부에 관하여 규정하고 있지 않은 점, ② 관리처분계획인가일부터 신축주택의 취득일까지의 기간 중에는 구주택이 철거되어 대지만 존재하기 때문에 기준시가 상승에 의한 양도차익이 전혀 반영되지 않는 점, ③ 청산금 관련 양도차익 중 관리처분계획인가일 이후 이 사건 신축주택 취득일까지의 양도차익이 이 사건 구주택에 관한 양도차익에 반영되지 않는 점에 비추어 보면, 원고의 계산방식은 이 사건 신축주택에 관한 양도소득세 계산방식으로 적용할 수 없다.
• 다. 법령해석과 정당세액 구 소득세법(2009. 6. 9. 법률 제9763호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조제1항은 ‘양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다’고 규정하고 있다. 소득세법 제114조제7항 은 ‘취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다’고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제176조의2제3항 본문은 ‘법 제114조제7항에 따라 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘취득일 전후 각 3월 이내에 해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액’을 규정하고 있다. 원고가 주택재건축조합의 조합원으로서 청산금(추가분담금)을 납부하고 이 사건 신축주택의 소유권을 취득하였으므로, 이 사건 신축주택의 취득가액에 대해서는 소득세법 제100조제1항 이 규정하는 실지거래가액이 존재하지 않는다. 따라서 이러한 경우에는 소득세법 제100조제1항, 제114조제7항, 소득세법 시행령 제176조의2제3항제1호 에 따라 조특법 시행령 제40조제1항의 산식에서 규정한 양도소득금액을 계산할 때에 매매사례가액을 이 사건 신축주택의 취득가액으로 인정하는 것이 타당하다. 을 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 이 사건 신축주택의 취득일 전후 3개월 이내에 체결된 매매계약 중 이 사건 신축주택과 유사한 아파트의 매매사례가액은 xxx원인 사실을 인정할 수 있는바, 이를 이 사건 신축주택의 취득가액으로 인정하여 감면세액을 다시 계산하면 원고가 납부하여야 할 정당세액은 별지 3 [정당세액 계산] 기재와 같이 xxx원이 된다. 따라서 이 사건 처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

그렇다면, 이 사건 처분 중 xxx원을 초과하는 부분은 위법하므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 제1심판결을 주문과 같이 변경한다.