중소기업기본법 시행령이 ’05.12.31.에서 불과 4일 전에 바뀌었다는 사정만으로는 중소기업유예기간이 적용되지 않는다고 볼 수 없음

사 건 2012누23268 법인세부과처분취소 원고, 항소인 AA소재 주식회사 피고, 피항소인 용인세무서장 제1심 판 결 수원지방법원 2012. 6. 22. 선고 2011구합16149 판결 변 론 종 결

2012. 12. 12. 판 결 선 고

2013. 1. 23.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2011. 2. 14. 원고에게 한 2006년 귀속 법인세 000원， 2007년 귀속 법인세 000원 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

1. 제1심 판결 인용 부분 이 법원의 판결 이유 중 ’1. 처분의 경위， 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장， 나. 관계법령’ 부분(제1심 판결 2쪽 4째 줄부터 5쪽 4째 줄까지)은 제1심 판결 해당 부분과 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 ， 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.

위에서 인정한 사실과 관계법령의 취지 등을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정 에 따르면， 원고는 적어도 2006년， 2007년 사업연도에는 중소기업으로 보아야 한다. 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다(원고는 이 법원에서 이 사건 처분 중 가산세 부분과 관련하여 납세고지서상 흠이었다는 주장도 하고 있으나， 이 사건 처분 전체가 위법하므로 따로 판단하지 않는다).

• 가. 구중소기엽기본법(2007. 4. 11. 법률 제8360호로 전부개정되기 전의 것) 제2조 제1항은 업종의 특성과 자산규모， 매출액 등을 참작하여 그 규모가 대통령령이 정하는 기준 이하이고， 그 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 대통령령이 정하는 기준에 해당 하는 기업(이하 "중소기업"이라고 한다)을 영위하는 자를 중소기업자라고 한다고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189 호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제3조 제2호 및 별표 2는 중소기업의 실질적 독립성의 기준에 관하여 규정하면서 제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하는 기업이 아닐 것을 요구하고 있는데， 제3조 제1호 나목은 ‘ 증권거래법 제2조 의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액 (직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 0000원 이상 인 법인이라고 규정하고 있었다. 그런데 구 중소기업기본법 시행령이 2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되면서(이하 2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정된 중소기업기본법 시행령을 '개정 중소기업기본법 시행령’이라고 한다) 제3조 제1호 나목 은 ’자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5，000억 원 이상인 법인’으로 개정되었다. 따라서 구 중소기업기본법 시행령 제3조 에서는 ’주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액이 000원 이상인 법인’이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유 하고 있는 기업이 아닐 것이 중소기업의 요건이었다가， 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 에서는 ’주권상장법인 또는 협회등록법인인지’와 상관없이 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 0000원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것을 요구하는 것으로 개정된 것이다. 한편 개정 중소기업기본법 시행령 부칙 제1항은 이 영은 공포한 날 부터 시행한다고 규정하고 있고， 제2항은 경과조치로서 이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행일부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다고 규정하고 있다. 그리고 구 중소기업기본법 시행령이 개정 중소기업기본법 시행령으로 개정된 2005. 12. 27. 당시 시행되던 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제2조 제1항은 조세특례 등의 대상이 되는 중소기업의 범위에 관하여 규정하면서 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것을 요구하고 있고， 제5항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되 는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고，중소기업 에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3 과세연도까지 중소기업으로 본다고 규정하고 있다. 앞서 본 대로， 원고의 모회사인 AA전자는 비상장법인으로서 2004. 12. 31. 현재 대차대조표상 자산총액이 000 원이었고， 2005. 12. 31. 현재 대차대조표상 자산총액이 000원이었다. 구 중소기업기본법 시행령 제3조 에 따르면， 2005년 사업연도의 경우， 원고의 모회사인 AA전자 자산총액이 000원 미만이었 고， AA전자가 비상장법인이었으므로 원고는 중소기업에 해당하였다. 그러나 개정 중 소기업기본법 시행령이 시행되면서 원고는 구 중소기업기본법 시행령에서는 원고의 모 회사인 AA전자가 자산총액이 000원 이상이라 하더라도 중소기업이었을 수 있었다가， 개정 중소기업기본법 시행령에서는 AA전자의 자산총액이 000원 이상이면 중소기업에서 제외되게 바뀐 것이다. 실제 2006 사업연도의 경우 2005. 12. 31. 기준으로 AA전자의 자산총액이 000원이 되었고， 또한 개정 중소기업기본법 시행령이 시행되었기 때문에 원고는 적어도 2006. 1. 1.부터는 중소기업에 해당하지 않게 되었으며，그 경우 원고는 구 중소기업기본법 시행령 별표가 개정되지 않았다면 계속 중소기업이었을 것이므로， 원고는 개정 중소기업기본법 시행령 부칙 제2항에서 정한 ’이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우’와 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 의 ’ 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때’에 부합한다고 보아야 한다.
• 나. 더구나 원고의 모회사인 AA전자는 2005. 11. 30.을 기준으로 한 대차대조표상 자산총액이 000원으로(갑 제2호증의 2)， 구 중소기업기본법 시행령 별표가 개정된 2005. 12. 27.을 기준으로도 이미 자산총액이 000원 이상인 상황이었다. 중소기업의 범위에 관하여 규정하면서 모회사의 자산총액 기준을 직전연도 말 기준으로 하는 것은 사업연도의 계속성 등을 고려하여 중소기업 해당 여부를 정하기 위한 일정한 기준을 설정하기 위한 것으로 보아야 하므로， 이 사건과 같이 사업연도 도중에 중소기업의 범위에 관한 규정이 변경된 경우로서 그 변경 시점에 이미 자산총액이 000원 이상이 된 경우에는 그 변경된 자산총액을 기준으로 보는 것이 옳다.
• 다. 이에 대하여 피고는， 2006 사업연도 법인세 부과처분과 관련하여 원고가 중소기업에서 제외된 것은 AA전자의 자산총액이 2004. 12. 31.기준으로 000원 미만이었다가 2005. 12. 31. 기준으로 000원 이상에 해당하게 되었기 때문이고， 구 중소 기업기본법 시행령 개정 시점인 2005. 12. 27.에는 2005. 12. 31. 기준으로 한 자산총액이 나오지 않았으므로，AA전자는 여전히 2004. 12. 31. 기준으로 자산총액이 000억 미만이었던 경우에 해당하여 구 중소기업기본법 시행령의 개정으로 중소기업에서 제외된 것이 아니라고 주장한다. 그러나 위와 같은 해석은 ➀ 구 중소기업기본법 시행령이 2005. 12. 31.에서 불과 4일 전에 바뀌었다는 사정만으로 원고에게 중소기업 유예기간이 적용되지 않게 되는 불합리한 결과가 되고，➁ 오히려， AA전자 자산총액이 2004. 12. 31. 기준으로 000원 이상이었다면 중소기업 유예기간이 적용될 수 있었을 것인데， 같은 날 기준으로 000원 미만인 경우에는 중소기업 유예기간이 적용 되지 않는다는 것은 원고가 주장하는 대로 조세의 공평에 현저히 반하여 합리적이라고 볼 수 없는 점，➂ 개정 중소기업기본법 시행령 부칙 제2항은 경과조치로서 이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행일부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다고 규정하고 있으므로， 구 조세특례제한법 시행령의 해석도 이에 맞게 할 필요가 있는 점 등에 비추어 볼 때， 피고 주장은 받아들이기 어렵다.
• 라. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 은 l 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으 로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고， 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다 라고 규정 하고 있었다가， 2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되면서(이하 2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정된 조세특례제한법 시행령을 ’개정 조세특례제한법 시행령’이라고 한다) ’ 중소기업기본법 시행령 별표 1의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고， 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다’는 것으로 바뀌었다. 그러나 개정 조세특례제한법 시행령은 구 중소기업기본법 시행령이 개정된 이후인 2006. 2. 9.에 개정된 것이고， 2006년， 2007년 사업연도의 경우 구 조세특례제한법 시행령 등에 따라 이미 중소기업으로 유예를 받았으므로， 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 이 소급하여 원고에게 적용된다고 볼 수 없다. 또한， 개정 조세특례제한법 시행령 부칙 제2조 제1항에서는 ’법인세에 관한 개정규정은 법률 제7839호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있으며 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정된 것)은 부칙 제1조에서 ’이 법은 2006. 1. 1.부터 시행한다‘고 규정하고 있으나，➀ 구 조세특례제한법 시행령 제2조 는 법인세에 관한 개정규정이 아니라 ’중소기업의 범 위’에 관한 개정규정에 해당하는 점，➁ 위 부칙 제2조는 2005. 12. 31. 법률 제7839호 로 개정된 구 조세특례제한법상 법인세에 관한 규정이 바뀐 점을 고려하여 개정 조세 특례제한법 시행령상 법인세에 관한 규정의 시행시기를 2006. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 통일적으로 적용하기 위한 것이라는 점 등을 고려하면，개정 조세특례 제한법 시행령 제2조 제5항 의 ’ 중소기업기본법 시행령 별표 1의 개정으로 인하여’라는 부분은 개정 조세특례제한법 시행령이 시행된 후 중소기업기본법 시행령이 개정된 경우에 적용된다고 보는 것이 옳다(개정 조세특례제한법 시행령이 시행된 이후 2006년 사업연도에는 중소기업기본법 시행령 별표 또는 별표 1이 개정된 사실이 없다).

제1심 판결을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.