2. 이 사건 처분의 적법 여부
(1) 이 사건 주식은 비상장주식이어서 실지거래가액에 의하여 그 양도가액을 산정하여야 하나, 원고는 ○○티와 사이에 이 사건 주식의 교환 대가를 정한 사실이 없고, ○○티의 주식과의 교환비율에 따른 정산절차를 거쳐 그 차액을 받은 사실도 없으므로, 이 사건 주식의 양도는 실지거래가액이 없는 경우에 해당한다.
(2) 따라서 이 사건 주식의 양도에 따른 양도가액은 소득세법의 규정에 따라 매매 사례가액인 1주당 6,143원이나 5,500원 또는 6,500원으로 산정되어야 하고, 그것이 부 당하다면 상속세 및 증여세법에 따른 감정평가액 또는 소득세법에 따른 기준시가액인 1주당 662원으로 산정되어야 하므로, 원고의 감액경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
- 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
- 다. 판단 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제3호 (다)목 제96조 제2항은 비상장주식의 양도가액은 양도 당시의 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 제114조 제5항, 구 소득세법 시행령 (2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제176조의2 제1항 및 제3항은 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 등 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등으로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 그 양도가액을 매매사례가액, 기준시가 등에 의하여 추계조사 하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다. 양도소득세의 과세표준인’ 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말하므로(대법원 1999. 2. 9. 선고 97누6629 판결 참조), 양도소득세의 과세대상이 되는 거래가 단순한 교환인 경우에는 그 실지거래가액을 확인할 수 없다고 할 것이나, 그 교환이 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환인 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당하고(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두19841 판결, 대법원 2005. 1. 14. 선고 2004두5072 판결 등 참조), 이 경우 교환으로 취득하는 목적물의 금전가치와 지급받은 현금 등이 교환으로 양도되는 목적물의 실지양도가액이 된다(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누860 판결 등 참조). 이와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실 및 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ◇◇과학과 ○○티는 상법 제360조의3 에 따라 주식을 포괄적으로 교환하여 ○○티를 완전모회사, ◇◇과학을 완전자회사로 하는 내용의 이 사건 주식교환계약을 체결하였고, 그 이행과정에서 원고 소유의 이 사건 주식 또한 ○○티 주식으로 교환된 점, 상법상 주식의 포괄적 교환은 그 소정의 절차와 요건을 충족하면 주식이 강제적으로 이전되는데, 원고로서는 이를 회피하기 위하여 상법 제360조의5 에 따라 ◇◇과학의 주주총회에서 이 사건 주식교환계약의 승인을 결의한 날로부터 20일 이내에 이 사건 주식의 매수를 청구할 수 있었음에도 그 매수청구를 하지 아니한 점 및 실지거래가액은 반드시 거래 당사자 간에 직접 목적물을 평가하여 합의한 가액이어야만 하는 것은 아닌 점 등을 함께 고려하면, 원고와 ○○티 사이의 이 사건 주식교환은 결국 원고의 의사에 기한 것이라 할 수 있어 원고가 이 사건 주식교환계약의 직접적인 당사자가 아니라고 하더라도 이 사건 주식의 실지거래가액이 없는 것은 아니라고 할 것이다. 나아가, 주식의 포괄적 교환에 있어서 주식의 교환비율은 교환계약의 가장 중요한 내용으로서 각 회사의 재산상태와 그에 따른 주식의 실제적 가치에 비추어 공정하게 정함이 원칙이며, 만일 그 교환비율이 각 회사의 일방에 현저하게 불공정한 경우에는 무효가 될 수 있는 점, 이와 같은 교환비율 산정에 있어 각 회사 주식의 실질적인 가치는 자산가치 이외에 시장가치, 수익가치, 상대가치 등 다양한 요소를 고려하여 결정되어야 하는 만큼 엄밀한 객관적 정확성에 기하여 유일한 수치로 확정할 수 없고, 그 제반 요소의 고려가 합리적인 범위 내에서 이루어졌다면 결정된 교환비율이 현저하게 부당하다고 할 수 없으며, 교환당사자 회사의 일부가 주권상장법인인 경우 증권거래법과 그 시행령 등 관련 법령이 정한 요건과 방법 및 절차 등에 기하여 교환가액을 산정하고 그에 따라 교환비율을 정하였다면 그 교환가액 산정이 허위자료에 의한 것이라거나 터무니없는 예상수치에 근거한 것이라는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 가치나 교환비율이 현저하게 불공정하다고 볼 수 없는 점(대법원 2008. 1. 10. 선고 2007다64136 판결 등 참조), 그런데 이 사건 주식교환 과정에서 주권비상장법인인 ◇◇과학의 주식 1주당 가치는 ▽▽회계법인이 구 증권거래법 등 관련 법령에 따라 적정하게 평가한 감정평가액을 기초로 하여 산정되었고, 주권상장법인인 ○○티의 주식 1주당 가치는 실제 증권시장에서 거래되는 가액을 기준으로 평가되어 그 가치평가가 객관성을 지니고 있다고 할 것이고, 당시 ○○티의 주가가 이 사건 주식교환계약을 앞두고 급상승한 사정이 있더라도 달리 그 주식가치가 허위로 조작된 자료 등에 의하여 과다하게 산정되었다고 볼 자료는 없는 점, 이러한 포괄적 주식교환의 방법으로 교환되는 주식들의 가치를 평가하여 평가된 가치에 해당하는 수의 주식을 새로 취득하고 그 과정에서 발생 하는 단주에 대하여는 현금으로 정산된다면 이는 결국 합의된 가치의 교환에 해당한다고 보는 것이 당사자의 의사나 거래관념상 타당하고, 이와 달리 단순한 교환비율이나 교환차액에 대한 합의만 존재하는 것은 오히려 예외적인 경우라고 할 것인 점 등을 고려하면, 이 사건 주식교환 과정에서 ○○티의 주식 1주당 가액으로 평가된 1,582.96원은 이 사건의 주식의 교환거래에 있어서 적용된 실지거래가액이고 그 가액은 관련 서류에 의하여 확인 가능한 것이어서, 원고가 이 사건 주식과의 교환으로 취득한 위 평가액 1.582.96원으로 산정된 ○○티 주식의 가액과 1주 미만의 단주 처분대금은 원고가 이 사건 주식교환으로 ○○티에 양도한 이 사건 주식의 실지거래 가액으로 봄이 상당하다. 이에 따른 이 사건 처분은 적법하다. 이와 다른 전제에 선 원고 주장은 받아들일 수 없다.