합병평가차익을 충당금으로 계상하지 않으면 손금산입 할 수 없음

사 건 2011누26284 법인세부과처분취소 원고, 항소인겸피항소인 주식회사 AAAAA 피고, 피항소인겸항소인 구로세무서장 제1심 판 결 서울행정법원 2011. 6. 30. 선고 2010구합37377 판결 변 론 종 결

2011. 10. 27. 판 결 선 고

2011. 12. 15.

1. 원고와 피고의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 각자 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2009. 6. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 법인세 1，065，374，000원, 2005년 귀속 법인세 272，407，200원, 2006년 귀속 법인세 90，353，930원, 2007년 귀속 법인세 309，037，050원의 각 부과처분을 취소한다.

원고: 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2009. 6. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 법인세 1，065，374，000원의 부과처분 중 490，273，253원의 부과처분을 취소한다. 피고: 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청 구를 기각한다.

가 원고(2004.10.1. 변경전 상호: 주식회사 BB테크)는 1991. 5. 3. 설립되어 전자부품 제조업 등을 영위하던 회사로서 2004. 8. 9. 주식회사 CC인터내셔날(이하 ’CC인터내셔날’이라고 한다)을, 2006. 9. 28. 주식회사 DDDD테크놀러지를, 2007. 10. 25. 주식회사 EEE을 각 흡수합병하였다.

• 나. 피고는 원고가 CC인터내셔날을 흡수합병하면서 CC인터내셔날의 토지와 건축물을 평가하여 승계함으로써 합병평가차익 2，032，107，729원(토지에 대한 합병평가차익 2，343，836，480원, 건물에 대한 합병평가차익 -311，728，751원, 이하 ’이 사건 합병평가차익’이라고 한다)이 발생하였으나 이를 익금에 산입하지 않았다는 이유로 위 금액을 2004 사업연도 익금에 산입하고 그 이외 노무비 과다계상액 등을 2004 내지 2007 사업연도 손금에 불산입하는 등으로 위 과세기간에 대한 과세표준을 산정한 후 2009. 6. 1. 원고에게 2004년 귀속 법인세 1，065，374，00원, 2005년 귀속 법인세 272，407，200원, 2006년 귀속 법인세 90，353，930원, 2007년 귀속 법인세 309，037，050원을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 각 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 4, 을 제1 내지 4호종의 각 1 내지 9의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적볍 여부

• 가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장 (가) 이 사건 합병평가차익은 익금산입의 대상이지만 동시에 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전후를 불문하고 별지 관계법령 기재 구 법인세법을 ’법’이라고 하고, 법인세법 시행령도 같다) 제44조 제1항 소정의 손금산입 요건도 갖추고 있었는데 원고 세무대리인의 착오로 위 금액에 대한 익금산입 의 세무조정과 함께 손금산입의 세무조정까지 누락하였다. 따라서 피고가 이 사건 합 병평가차익을 익금에 산입하는 경우 그 상당액을 세무조정을 통하여 재차 손금에 산입 하여야 함에도, 피고는 이 사건 합병평가차익을 익금에만 산입하고 손금에 산입하지 않은 채 2004 사업연도 법인세의 과세표준을 산정하였으므로 2004 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다. 특히 이 사건 합병평가차익은 토지의 가치 증가분으로서 압축기장충당금에 해당 하는데, 압축기장충당금의 계상은 세무회계상 계정으로서 외부에 표시되지 않고 과세 관청 역시 이를 알 수 없으므로, 압축기장충당금을 설정하였는지 여부는 합병평가차익을 손금산입할 수 있는지 여부를 결정하는 요소가 될 수 없다. 또한 합병평가차익조정 명세서의 제출은 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 과세관청에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하다. (나) 원고가 CC인터내셔날의 순자산가액을 초과하여 지급한 합병대가 16，315，813，095원은 법 시행령 제24조 제4항에서 규정하고 있는 영업권의 대가로서 원 고는 이를 영업권으로 계상하고 2004 사업연도 결산시 전액 감액손실로 처리하였는데, 착오로 2004 사업연도 세무조정시 전액 손금에 불산입하였으므로 2004 사업연도 및 그 이후 사업연도에 매년 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

(2) 피고의 주장 (가) 이 사건 합병평가차익 상당액의 손금산입 여부는 신고조정사항이고 신고조정을 하기 위해서 미리 이 사건 합병평가차익 상당액을 압축기장충당금으로 계상해 두어야 하는데 원고가 위와 같은 법인세법상의 절차를 준수하지 않았으므로 이를 2004 사업연도의 손금에 산입할 수 없다. (나) 적절한 방법으로 평가되지 않은 원고 주장의 영업권을 인정할 수 없다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다. 다.인정사실

(1) 원고는 BB인터내셔날을 흡수합병하기 이전에 고주파 고압 변성기의 원천기술 을 토대로 TV, 모니터 등의 디스플레이 제품과 복사기 등 OA 기기에 사용되는 고주파 고압 전원장치의 핵심부품 등의 제조업을 영위하였고, CC인터내셔날은 반도체, LCD 등의 제조시 사용되는 무정전 클린룸 건설업 등을 영위하였다.

(2) 원고는 향후 우리나라의 반도체 및 LCD 제조와 관련된 시장이 확대되어 무정전 클린룸 사업이 밝을 것으로 전망하여 이를 주로 하는 CC인터내셔날을 흡수합병하기로 하고 2004. 5. 15. GG회계법인에 원고와 CC인터내셔날의 합병비율을 평가해줄 것을 의뢰하였다. 당시 원고는 액면가액 500원의 보통주 660만 주를, CC인터내셔날은 액면가액 1만 원의 보통주 374，204주를 발행한 상태였다.

(3) GG회계법인은 2004. 5. 18. 당시 시행되던 증권거래법 제190조의2, 같은 법 시행령 제84조의7, 같은 법 시행규칙 제36조의12, 유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 제82조, 같은 규정 시행세칙 제5조 내지 제7조에 따라 원고의 발행주식 1주당 가액을 3，808.39원으로, CC인터내셔날의 발행주식 1주당 가액을 81，244.81원으로, 원고 와 CC인터내셔날의 합병비율(주식가치)을 1:21.33311로 평가하였다. GG회계법인은 CC인터내셔널의 주식가치를 자산가치와 수익가치를 가중평가한 본질가치로 파악하였는데, 자산가치를 2003. 12. 31.자 대차대조표상 자본총계에서 일 부 조정항목을 가감하여 1주당 19，106.5원으로 산정하였고, 수익가치를 향후 2개 사업 연도(2004 및 2005 사업연도)의 추정손익계산서를 기준으로 122，670.35원으로 산정한 후 이를 기준으로 1주당 가액을 산정하였다. GG회계법인은 CC인터내셔날의 2004 및 2005 사업연도 추정손익계산서를 작성 하면서 CC인터내셔날의 제품매출이 2002년에 전년 대비 20.4%, 2003년에 전년 대비 15.4%가 증가하는 등 연 평균 약 17.9%의 성장세를 보이고 있는 점, 2004년 국내 4대 반도체/LCD 업체의 설비투자액이 전년에 대비하여 적어도 30% 이상 증가하여 10조원을 상회하는 규모가 될 전망이며, 특히 대부분의 투자계획이 2004년 완공 예정인 생산라인 건설에 집중되어 있어 클린룸 업계의 수주액 증가세가 당분간 지속될 것으로 예상되고, 이에 CC인터내셔널의 공사수익이 2002년에 전년 대비 16.4% 감소하였으나 2003년에 전년 대비 238.3% 증가하였으며, 총 건축비용이 1조 원에 육박하는 HHHHH LCD 산입단지의 6세대 공장인 P6 공장동 및 LG전자의 구미 PDP 3기라인 등의 클린룸 공사를 BB인터내셔날이 2003년부터 수주하여 진행해 오고 있고, HHHHH 파주 LCD산입단지 등 관련 업체의 설비증설이 계속되고 있는 점, 그 외 재료비, 인건 비, 제조경비 등 제조 매출원가, 공사원가, 급여, 대손상각비, 감가상각비 등을 고려하였다

(4) 원고는 2004. 5. 18. CC인터내셔널과 합병비율을 1:21.33311로 하여 원고가 CC인터내셔널 주주들에게 CC인터내셔널 발행주 374，204주에 대한 액면가 500원의 보통주 7，982，935주를 발행하는 내용의 합병계약을 체결하였다.

(5) 합병계약 당시 CC인터내셔날의 순자산가액은 9，916，111，315원이었고, 원고는 CC인터내셔날 주주들에게 합병대가로 26，231，924，410원 상당의 주식(7，982，935주xl 주당 가액 3，286원)을 교부하였다.

(6) 원고는 합병대가와 CC인터내셔날의 순자산가액과의 차액인 16，315，813，095원 을 영업권 계정에 계상한 후 2004. 12.경 무형자산 감액손실로 비용처리하였는데, 2005. 3.경 세무조정 과정에서 위 가액을 손금불산입하고 기타로 소득처분하였다.

(7) 원고는 CC인터내셔날을 승계한 사업부분에 관하여 2004년 약 15억 원, 2005년 약 76억 원, 2006년 약 44억 원, 2007년 약 61억 원, 2008년 약 26억 원, 2009년 약 42억 원, 2010년 약 81억 원의 당기순이익을 얻었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증, 갑 제6호증의 1 내지 7, 갑 제9, 10, 11 호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단 (1) 관계 법령의 규정 법 제44조 제1항은 "1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내 국법인간의 합병일 것, 2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것, 3. 합병 법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것”의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다고 규정하고 있다. 그리고 법 시행령 제80조 제4항은 손금에 산입하는 금액은 건축물의 경우에는 일시상각충당금으로, 토지의 경우에는 압축기장충당금으로 개별적으로 계상하여야 한다고 규정하고 있고, 법 시행령 제80조 제7항은 법 제44조 제l항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 합병평가차익조정명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 또한 법 시행령 제98조 제2항은 내국법인이 이 영에 의한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 제97조 제3항의 규정에 의한 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준신고시 손금에 산입한 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 보고, 이 경우 각 자산별로 당해 자산의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금과 감가상각비에 관한 명세서를 세무조정계산서에 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 판단 살피건대, 법 제44조 제1항에서 합병평가차익 상당액을 일시상각의 방법으로 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 취지는 합병평가차익을 익금산입하여 과세할 경우 합병에 의한 구조조정과 재무구조 개선에 부담이 될 것이므로 일정한 과세이연 요건(내 국법인 간의 합병, 사업의 지속성, 합병대가로 주식을 교부할 것 등)에 해당하는 경우 에는 합병평가차익에 대한 일시상각충당금이나 압축기장충장금을 설정하여 합병등기일 이 속하는 사업연도에 익금에 산입함과 동시에 손금에 산입할 수 있도록 하고, 추후 감가상각과정과 처분과정을 거치면서 다시 익금에 산입하도록 하여 과세를 이연시키는 효과를 달성하고자 하는 데 있다. 그런데 합병평가차익 상당액을 합병등기일이 속하는 사업연도에 위와 같이 일시 상각충당금이나 압축기장충당금에 의한 일시상각으로 손금에 산입할 것인지, 위 사업 연도 이후에 감가상각으로 손금에 산입하거나 자산의 매각시 익금에 산입하는 방법으로 처리할 것인지 여부는 당해 합병법인의 선택에 달려 있다고 봄이 상당하다. 즉, 법인이 토지 및 건물의 평가증으로 인한 합병평가차익을 손금에 산입하려면 장부상에 건물과 같이 감가상각대상자산의 경우에는 일시상각충당금으로, 토지와 같은 기타의 자산(비상각자산)의 경우에는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. 그러나 일시상각충당금 또는 압축기장충당금은 기엽회계기준에서 인정하고 있는 충당금은 아니므로 법인세법은 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 신고조정을 허용하고 있다. 이에 따라 법 시행령 제98조 제2항은 법인이 일시상각충당긍 또는 압축 기장충당금을 세무조정계산서에 계상하고 이를 볍인세 과세표준신고서에 손금으로 산 입한 경우에는 그 금액을 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입한 것으로 보도록 하고 있다. 또한 위와 같이 손금으로 산입된 압축기장충당금은 당해 사업용 자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입하여야 하는바, 이러한 점을 고려한다면 납세자로서 는 사정에 따라 압축기장충당금을 설정하는 방식으로 과세이연을 하지 않고서 곧바로 합병평가차익에 대한 납세를 선택하는 것도 가능하다고 할 것이다. 따라서 과세관청이 원고의 주장과 같이 법 및 법 시행령에서 규정된 절차를 거치 지 않은 합병평가차익 상당액에 대하여 손금산입의 세무조정(강제조정)을 해야 한다고 보기 어렵다. 이에 대하여 원고는, 원고가 이 사건 합병평가차익의 익금산입과 손금산입을 모 두 누락하였으므로, 국세기본법 제45조의2 에서 규정하고 있는 ”경정 등의 청구” 방법으로 세액을 수정할 수 있는 경우와 균형을 위하여, 과세관청이 이 사건 합병평가차익 을 익금산입을 통하여 과세할 때 이에 관한 손금산입도 가능하다고 해석하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 이러한 원고의 주장을 인정할 법률적 근거가 없을 뿐만 아니라 이를 인정할 경우 법 및 법 시행령에 규정된 압축기장충당금을 통한 손금 산입 절차 규정이 무용의 것이 될 우려가 있으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다(이러한 판단은 과세관청이 토지의 거래가격에 대한 자료를 확보하고 있는지 여부에 따라서 달라지지 않는다). 그러므로 원고가 이 사건 합병평가차익을 압축기장충당금으로 계상하지 않은 이 사건에서, 피고가 이 사건 합병평가차익을 원고의 2004 사업연도 익금에만 산입하고 그 상당액을 손금에 산입하지 않았다고 하여 위법하다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 마. 원고의 두 번째 주장에 관한 판단 법 제23조 제1항, 제2항, 법 시행령 제24조 제1항 제2호, 제4항은 기업합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 손금에 산입하도록 규정하고, 법 시행규칙 제12조 제1항 제1호는 사업의 양도·양수과정에서 양도 • 양수자산과는 별도 로 양도사업에 관한 허가·인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상 의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 유상으로 취득한 금액 이 있는 경우 그 금액이 적절한 평가방법에 따라 평가된 경우에만 이를 영업권으로 인정하고 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 고주파 고압 변성기의 원천기술을 토대로 TV, 모니터 등의 디스플레이 제품 등의 제조업을 영위하다가 무정전 클린룸 사업에 진출하기 위해 CC인터내셔날이 가지고 있던 무정전 클린룸 사업에 관한 기술력, 거래관계 등 을 장차 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 합병대가를 산정하였으므로 원고가 합병시 CC인터내셔날 주주들에게 순자산가액을 초과하여 지급한 합병대가가 있는 경우 이는 감가상각의 대상이 되는 영업권의 대가라고 봄이 상당하다. 나아가 원고가 적절한 평가방법에 따라 영업권을 산정하였는지에 관하여 보건대, ① 원고가 향후 우리나라의 반도체 및 LCD 제조와 관련된 시장이 확대되어 무정전 클린룸 사업이 밝을 것으로 전망하여 이를 주로 하는 CC인터내셔날을 흡수합병한 점, ② BB인터내셔날의 제품매출이나 무정전 클린룸 사업과 관련된 공사수익이 성장세를 보이고 있고 향후에도 계속 지속될 것으로 예상되어 CC인터내셔날이 보유한 무정전 클린룸 사업에 관한 기술력이나 영업상 비밀 등의 무형의 가치가 높았던 것으로 보이 는 점，③ 실제로 합병 이후 CC인터내셔날로부터 승계한 사업부분에서 꾸준히 당기 순이익이 발생하고 있는데 2004년부터 2010년까지 당기 순이익이 원고가 합병대가로 지급한 주식의 가치를 훨씬 초과하고 있는 점，④ GG회계법인이 CC인터내셔날의 대차대조표상 자본 총계, 향후 사업연도에 대한 추정손익계산서 등을 토대로 BB인터내셔날의 주식가치를 산정함에 있어서 부당하게 부풀린 것으로는 보이지 않는 점，⑤ 원고와 CC인터내셔날은 상호출자를 하거나 그 운영자가 친인척 등으로 구성된 이른 바 특수관계에 있는 기업이 아니어서 위 16，315，813，095원을 모두 영업권의 대가로 인정하더라도 이를 조세 회피행위라고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고가 CC인터내셔날에게 순자산가액을 초과하여 지급한 주식의 가치 16，315，813，095원은 영업원의 대가로서 적절한 방법에 의하여 평가된 금액으로 보인다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 있다.
• 바. 정당한 세액 이에 따라 원고가 영업권의 대가로 지급한 16，315，813，095원을 감가상각비로 손금 (2004년 1，359，651，091원, 그 이후부터는 3，263，162，619원)에 산입하여 정당한 세액을 계산하면, 2004년 귀속 법인세는 490，273，253원이고, 2005년, 2006년, 2007년 귀속 법인세는 원고가 납부하여야 할 세액이 없다. 그 내역은 별지 법인세 산출내역 기재와 같다. 따라서 피고가 2009. 6. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 법인세 1，065，374，000원 의 부과처분 중 490，273，253원을 초과하는 부분 및 2005년 귀속 법인세 272，407，200 원, 2006년 귀속 법인세 90，353，930원, 2007년 귀속 법인세 309，037，050원의 각 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고와 피고의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.