토지와 건물의 가액이 불분명한 경우로서 감정평가법인의 감정평가액이 있는 경우 그 가액에 비례하여 안분계산함

사 건 2011누21296 부가가치세부과처분취소 원고, 항소인 XX산업 주식회사 피고, 피항소인 남인천세무서장 제1심 판 결 인천지방법원 2011. 6. 9. 선고 2010구합4548 판결 변 론 종 결

2011. 11. 10. 판 결 선 고

2011. 12. 22.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 12. 4. 원고에 대하여 한 2006년 제1기분 부가가치세 72,334,620원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2002. 4. 1. 설립되어 미장ㆍ방수 등 공사, 부동산임대업 등을 영업으로 하는 회사이다.
• 나. 원고는 2006. 4. 25. ○○다이아공구 주식회사(1998. 4. 7. ○○쇼트기계 주식회사라는 상호로 설립되었다가 2005. 3. 23. 현재의 상호로 변경되었다, 이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에, 위 회사에게서 인천 남동구 고잔동 600 공장용지 2,339.2㎡와 위 토지에 있는 7층 공장건물 5,797.22㎡(이하 위 토지와 건물을 각 ‘이 사건 토지’, ‘이 사건 건물’이라 한다)를 42억원(건물 부분 부가가치세 포함)에 매수하는 매매계약 을 체결하고(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다), 2006. 5. 9. 이 사건 토지와 건물에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
• 다. 원고는 이 사건 건물의 가액을 2,590,909,090원(부가가치세 10%를 포함하면 2,850,000,000원이라고 신고했다)으로 하여 2006년 1기분 부가가치세 확정신고를 하고 매입세액을 공제받았는데, 피고는 이 사건 토지와 건물 가액의 구분이 불분명하다고 보고 이 사건 매매대금을 감정평가가액 비율로 안분하여 이 사건 건물 대금을 2,098,300,680원으로 산정한 후 이를 초과하는 건물 가액분 매입세액을 불공제하여 2009. 12. 4. 원고에게 2006년 제1기분 부가가치세 72,334,620원을 경정ㆍ고지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 2. 23. 국세청에 심판청구를 하였고, 국세청은 같은 해 7. 12. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 을 제10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 원고는 소외 회사로부터 이 사건 토지와 건물을 매수하면서 소외 회사가 이 사 건 건물의 5, 6, 7층 부분을 신축한 점 등을 고려하여 이 사건 건물의 가액을 2,850,000,000원(부가가치세 포함)으로, 이 사건 토지의 가액을 1,350,000,000원으로 정하고 이를 매매계약서에도 명시하였다. 그럼에도 불구하고 피고가 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하다고 보고 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 매매가액은 부가가치세를 제외하면 3,940,909,090원(토지 가액 1,350,000,000원, 건물 가액 2,590,909,090원)임에도 불구하고 피고는 매매가액을 4,200,000,000원, 건물 가액을 2,850,000,000원으로 오인하였으므로, 이 사건 처분은 부가가치세를 이중으로 부과한 것이어서 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정 사실

(1) 원고와 소외 회사의 관계 (가) 원고는 2002. 4. 1. XX건설 주식회사라는 상호로 설립되었다가 2006. 3. 8. 현재의 상호로 변경된 회사이며, 2006. 3. 8.부터 현재까지 황XX이 원고의 대표이사로 되어 있다. (나) 소외 회사는 1998. 4. 7. ○○쇼트기계 주식회사라는 상호로 설립되었다가 2005. 3. 22. 현재의 상호로 변경되었는데, 원고의 대표이사인 황XX이 2005. 1. 29.부터 2006. 4. 25.까지 이사로, 2005. 9. 13.부터 2006. 4. 25.까지 대표이사로 각 재직하였으며, 정AA는 소외 회사의 이사로 2006. 4. 25.부터 재직하였다. 그 후 소외회사는 2006. 6. 1. 사업자등록을 말소하고 폐업하였다. 한편 소외 회사의 2005년도 주주 명부상 위 황XX은 주식 25,000주(전체의 25%)의 주주로 등재되어 있었다.

(2) 이 사건 건물의 소유권변동 내지 증축 경과 (가) 이 사건 건물은 1994. 2. 21. 철골조 샌드위치판넬지붕 4층 건물(1층 1,222㎡,2층 93.5㎡, 3층 1,222㎡, 4층 286㎡ 합계 2,823.5㎡)로 신축되었고, 그 후 2000. 6. 5. 1층 부분이 1,670.02㎡로 증축되었는데, GW공업 주식회사가 이 사건 건물의 소유권을 가지고 있었다. (나) 이 사건 건물은 그 후 2002. 1. 15. ☆☆다이아테크 주식회사(대표이사 정AA)로 소유권이 이전되었고, 2003. 5. 1. 주식회사 GN엔지니어링(대표이사 정AA; 2003. 9. 25. 주식회사 GN으로 상호가 변경되었다, 이하 ‘주식회사 GN’이라 한다)으로 그 소유권이 이전되었다. (다) 주식회사 GN이 이 사건 건물에 대하여 소유권을 가지고 있던 2004. 3. 19. 이 사건 토지와 건물에 대하여 임의경매절차가 개시되었다. 그런데, 당시 이 사건 건물은 종전의 4층 건물에 5, 6, 7층 부분을 증축하는 공사 중 골조 공사가 진행되고 있었다. (라) 위 경매절차에서 낙찰자로 결정된 HH시스템산업 주식회사(이하 ‘HH시스템산업’이라 한다)는 2005. 2. 22. 낙찰대금 1,720,000,000원을 납부하고 이 사건 토지와 건물을 취득하였다. (마) HH시스템산업은 2005. 2. 25. 이 사건 건물에 대하여 철골조 철근콘크리트, 샌드위치 패널 지붕 7층 건물(1층 1675.42㎡, 2층 93.5㎡’ 3층 1818.25㎡, 4층 375.49 ㎡’ 5층 599.52㎡, 6층 599.52㎡, 7층 599.52㎡’ 옥탑층 36㎡ 합계 5,797.22㎡)로 증축 사용승인을 받았고, 2005. 2. 25. 이 사건 건물의 5, 6, 7층 부분 증축공사를 완료한 내역을 등기하였다.

(3) HH시스템산업과 소외 회사의 매매계약 (가) 소외 회사는 2005. 2. 25. HH시스템산업에게서 이 사건 토지와 건물(매매계약서에 기재된 면적은 5,761.22㎡로서, 이 사건 건물의 증축부분을 대부분 포함하고 있다) 및 기계 설비를 대금 합계 2,678,852,593원(부가가치세 별도)에 매수하면서 토지 대금은 992,565,308원, 건물 대금은 1,423,456,915원, 기계설비 대금은 262,830,370원으로 정하였으며, 위 매매대금을 모두 지급하고 2005. 4. 8. 이 사건 토지와 건물에 대하여 이전등기를 마쳤다. (나) 소외 회사의 2005년도 대차대조표상 이 사건 토지의 가액은 1,016,386,560 원, 이 사건 건물의 가액은 1,416,319,737원으로 기재되어 있다.

(4) 소외 회사와 원고의 매매계약 (가) 원고와 소외 회사가 2006. 4. 25. 작성한 매매계약서(갑 제2호증)에는 이 사건 부동산의 매매대금이 42억 원(토지 1,350,000,000원, 건물 2,850,000,000원), 대금 지급 방법은 계약금 235,500,000원은 계약 당일 지급하고, 중도금 3,350,000,000원은 은행 대출을 받아 지급하며, 잔금 614,500,000원은 2006. 6. 30.까지 지급하는 것으로 기재되어 있다. (나) 원고가 위 매매대금을 지급하기 위하여 주식회사 하나은행에서 자금을 대출받는 과정에서 이 사건 토지와 건물에 대해 감정평가가 이루어졌는데, 주식회사 중앙감정평가법인의 감정평가 결과 가격 시점을 2006. 4. 24.로 한 이 사건 토지의 감정가액은 1,918,144,000원, 이 사건 건물의 감정가액은 2,127,442,400원, 기계ㆍ기구는 259,715,000원이다.

(5) 이 사건 토지와 건물의 가액 비율 (가) 이 사건 토지에 대한 국세청의 2006년 기준시가는 1,333,344,000원, 이 사건 건물에 대한 기준시가는 1,501,479,980원이다. (나) 2005. 2. 25. 소외 회사가 HH시스템산업에게서 이 사건 토지ㆍ건물을 매수할 때의 토지ㆍ건물 가액, 소외 회사의 2005년도 대차대조표상 이 사건 토지ㆍ건물 가액, 2006. 4. 24.를 기준으로 한 이 사건 토지ㆍ건물의 감정가액, 이 사건 토지ㆍ건물의 2006년 기준시가, 2006. 4. 25. 원고와 소외 회사가 작성된 매매계약서상의 이 사건 토지ㆍ건물의 매매대금과 그 비율을 비교하면 아래 표와 같다. [아래 표 생략] [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증의 2, 3, 갑 제7 내지 11호증, 갑 제12호증의 1, 2, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제4 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

(1) 먼저 이 사건 매매계약상 토지와 건물 가액의 구분이 불분명한지에 관하여 본다. 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 본문은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하도록 정하고, 단서에서는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ‘부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법’에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산하거나(제1호 단서), 기준시가에 따라 안분 계산하는 등의 방법을 규정하고 있다. 위 단서 규정은 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서, 세법에 의한 장부나 그 밖의 증빙 서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분기장되어 있는 경우에는, 그 기재에 허위 또는 누락이 있다고 인정되는 경우에만 적용되어야 한다(대법원 1989. 12. 26. 선고 89누169 판결 등 참조). 이 사안의 경우, 앞에서 살펴본 사실 관계와 이에 비추어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고와 소외 회사가 작성한 매매계약서에 기재된 이 사건 건물 가액은 원고가 부가가치세를 경감받기 위하여 원고와 소외 회사가 실제와 다르게 임의로 기재한 것이라고 보기에 충분하고, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제14호증의 1 내지 4, 갑 제15호증의 1 내지 5, 갑 제16호증의 1 내지 3, 갑 제17호증의 1 내지 3의 각 기재 및 제1심증인 차JS, 성GS의 증언만으로는 위와 같은 판단을 뒤집기에 부족하다. 따라서 이 사건 매매계약은 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 원고의 대표이사인 황XX은 이 사건 매매계약 당시 소외 회사의 대표이사를 겸임하고 있었고, 소외 회사 주주의 지위에도 있었으며, 소외 회사는 이 사건 토지ㆍ건물을 원고에게 양도한 직후 폐업하였던 점에 비추어 볼 때 원고와 소외 회사는 긴밀한 특수관계에 있었다.

② 소외 회사의 이 사건 토지ㆍ건물 매수 가액, 소외 회사의 2005년 대차대조표 상 이 사건 토지ㆍ건물 가액, 이 사건 토지ㆍ건물에 관한 2006년 국세청 기준시가, 이 사건 토지ㆍ건물에 관한 2006. 4. 24.를 기준으로 한 감정평가 가액 등에 비추어 볼 때, 원고와 소외 회사가 작성한 2006. 4. 25.자 매매계약서에 기재된 이 사건 토지ㆍ건물 전체 매매대금은 적정하다고 하더라도, 이 사건 건물 가액은 지나치게 높게 기재되어 있으며, 통상 건물은 토지와 달리 감가상각으로 가치가 감소하는 점에 비추어 보더라도 그러하다.

③ 원고는, ㉮ 이 사건 건물의 종전 소유자였던 ☆☆다이아테크 주식회사 및 주식회사 GN의 대표이사인 정AA가 2004.경 이 사건 건물을 증축하였는데, 그 과정에서 자금이 부족하게 되어 이 사건 토지 및 건물에 대하여 임의경매절차가 개시되었고, ㉯ 정AA는 이 사건 건물을 경락받아 사후에 증축비용을 회수하려고 하였으나, 의도하지 않게 HH시스템산업이 이 사건 토지와 건물을 낙찰받게 되었고, 이후 정AA가 실질적인 사주로 있던 소외 회사가 HH시스템산업 주식회사로부터 이 사건 토지와 건물을 매수하게 되었는바, ㉰ 소외 회사 또는 그 실질적인 사주인 정AA는 위와 같이 이 사건 건물에 약 1,400,000,000원을 투자하여 5, 6, 7층 부분 증축 공사를 완성하였으므로, 소외 회사가 HH시스템산업으로부터 이 사건 건물을 매수한 가액이나 소외 회사의 2005년 장부 기재 가액보다 높은 가액으로 원고가 이 사건 건물을 매수한 것은 합리적이라고 주장한다. 살피건대, 앞서 든 각 증거들에 의하여 인정되거나 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 소외 회사는 2005. 2. 25. HH시스템산업에게서 이 사건 건물을 매수하는 매매 계약을 체결하였고, 2005. 4. 8. 이 사건 건물에 관하여 소유권이전등기를 경료한 점, ② 그런데 HH시스템산업은 2005. 2. 25. 이 사건 건물 5, 6, 7층 부분에 관하여 증축 사용승인을 받았고, 이 사건 건물의 등기부등본에도 2005. 2. 25. 이 사건 건물 5, 6, 7층 증축공사를 완료한 내역이 등기되어 있는 점, ③ HH시스템산업과 소외 회사의 매매계약서(갑 제9호증)에도 이 사건 건물 면적을 증축 후의 면적으로 기재한 점, ④ 소외 회사의 2005년 1기 부가가치세 신고 내역에 이 사건 토지ㆍ건물을 매입한 이외에 건설공사 매입분이 전혀 신고되지 않은 점(을 제11호증)을 종합하여 보면, 이 사건 건물은 HH시스템산업과 소외 회사가 매매계약을 체결한 2005. 2. 25.경 이미 7층으로 증축된 상태라고 봄이 상당하고 소외 회사가 이 사건 부동산을 인수한 후 원고에게 재차 매각하기까지 건물의 증축 등 건물에 대한 자본적 지출이 없었다고 할 것이다. 또한 원고의 주장을 사실상 소외 회사의 실질적 사주인 정AA가 종전에 주식회사 GN 등이 투자한 이 사건 건물의 증축비용을 회수하기 위하여 원고에게 이 사건 건물을 매각하는 과정에서 이를 부담시킨 것으로 보더라도, 이 사건 건물의 증축은 정AA가 개인으로서 실행한 것이 아니라 ☆☆다이아테크 주식회사, 주식회사 GN 등이 독립적인 사업 주체로 증축한 것이고, HH시스템산업, 소외 회사, 원고가 독립된 사업 주체로 이 사건 건물을 매도, 매수한 것으로서, 각각의 회사가 매도 매수할 당시 공사의 진행정도에 따라 건물의 가치를 반영하였다고 보아야 할 뿐만 아니라, HH시스템산업이 2005. 2. 22. 이 사건 건물을 경락받고, 2005. 2. 25. 소외 회사에 이를 매도할 당시 이 사건 건물의 가격을 증축부분까지 반영하여 매각하였을 것이므로, 위 매각 당시 증축으로 인한 건물 가치증가분이 반영되었다고 봄이 상당하다(특히, 원고가 소외 회사로부터 이 사건 건물의 소유권을 취득한 것은 2006. 5. 9.로서 소외 회사가 소유권을 취득한 2005. 4. 8.로부터 1년 이상 경과하였다). 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 다음으로 원고는, 피고가 이 사건 토지ㆍ건물 매매가액을 4,200,000,000원, 건물 가액을 2,850,000,000원으로 오인하여 부가가치세를 이중으로 부과하였다고 주장하나, 앞에서 살펴본 바와 같이 피고가 이 사건 매매대금을 감정평가가액 비율로 안분하여 이 사건 건물 대금을 2,098,000,000원으로 산정한 사실이 인정되므로, 이와 다른 전제 에서 한 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.