감액경정처분의 실질이 당초 신고 부분을 일부 취소한 것에 불과한 이상 증액된 세액 중 남은 금액에 대하여는 취소를 구할 수 있음

사 건 2011누13165 법인세부과처분취소 원고, 항소인 XX건설 주식회사 피고, 피항소인 영등포세무서장 제1심 판 결 서울행정법원 2009. 7. 15. 선고 2009구합9178 판결 환송전 판결 서울고등법원 2010. 4. 29 선고 2009누26175 판결 환 송 판 결 대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 변 론 종 결

2011. 9. 28. 판 결 선 고

2011. 10. 26.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2007. 3. 20. 원고에게 한 2001 사업연도 법인세 000원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 건설업을 영위하고 있는 회사이고 주식회사 XX(이하 ’소외 회사‘라 한다)는 법인세법상 원고의 특수관계자에 해당하는 회사인데, 원고는 2002. 4. 1.경 2001년 사업연도 법인세 000원을 신고 납부하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 2006. 11. 15.부터 2007. 4. 23.까지 원고에 대한 세무조사결과 원고가 1995. 이후부터 소외 회사에게 건설용역을 제공하였으나 그 대금을 지급받지 못하고 미수금으로 계상하여 둔 금액(이하 ’이 사건 미수금’이라 한다)을 업무무관 가지급금으로 보고 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.
• 다. 피고는 위 과세자료 통보내용에 따라 이 사건 미수금을 엽무무관 가지급금으로 보아 2001 사업연도 중 미회수한 금액에 미회수기간을 적용하여 계산한 적수급액에 상응하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하여 2007. 3. 20. 원고에게 2001 사업연도 볍인세 000원을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 증액경정처분’이라 한다).
• 라. 이에 원고는 이 사건 증액경정처분에 대해 2007. 6. 26. ’이 사건 미수금 및 해외 현지법인에 대한 구상채권을 업무무관 가지급금에 해당하는 것으로 보아 관련 지급이 자를 손금불산입한 것은 부당하다’는 이유로 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 피고는 위 심판 청구 중인 2007. 7. 23. 해외 현지법인에 대한 구상채권에 관한 원고의 주장을 받아들여 이 사건 증액경정처분 중 000원을 감액하여 경정·고지하였다 (이하 ’이 사건 1차 감액경정처분이라 한다).
• 마. 그 후 조세심판원은 2008. 12. 11. 이 사건 미수금에 관한 원고의 주장을 받아들여 ’이 사건 미수금과 관련하여 손금부인한 지급이자를 손금에 산입하여 과세표준과세액을 결정하되 경정할 세액의 범위는 000원(이 사건 증액경정처분금액 000원 중 이 사건 1차 감액경정처분금액 000원을 공제하고 남은 금 액)을 한도로 한다’는 취지의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2008. 12. 23. 이 사건 증액경정처분 중 000원을 감액하여 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 2차 감액 경정처분’이라 하고, 이 사건 증액경정처분 중 위와 같이 감액된 000원을 공제 한 나머지 000원 부분을 ’이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들 주장 원고는 이 사건 미수금이 업무무관 가지급금이 아닌 것으로 판명된 이상 이를 이유로 증액된 000원이 모두 취소되어야 함에도 000원만을 취소한 것은 잘못이므로, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 이에 대하여 피고는 이 사건 증액경정처분은 이 사건 1, 2차 감액경정처분을 통하여 모두 취소되어 더 이상 존재하지 아니하므로 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법 하다고 주장한다.
• 나. 판단 증액경정처분이 있는 경우 당초 선고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조). 그런데 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항은 ”세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가 시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리 ‧ 의무관계에 영향을 마치지 아니한다”고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 선고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다. 나아가 과세관청이 증액경정처분 후에 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 쟁송절차와 무관하게 직권으로 일부 감액경정처분을 한 경우에는 그 실질이 증액된 세액을 다시 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것인 만큼, 납세자는 이와는 상관없이 여전히 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 취소를 구할 수 있다 돌이켜 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 본 법리와 사실관계 등에 비추어 보면, 이 사건 1차 감액경정처분의 실질은 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 일부를 취소한 것이 아니라 원고의 당초 신고 부분을 일부 취소한 것에 불과하므로, 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 000원 중 이 사건 2차 감액경정처 분에 의하여 감액된 000원을 공제한 나머지 000원(이 사건 처분)에 대하여는 원고가 여전히 그 취소를 구할 수 있다고 할 것이다. 이와 다른 전제에 선 피고 주장은 이유 없다. 나아가 조세심판원 결정 등에서 이 사건 미수금이 업무무관가지급긍에 해당되지 않아 증액경정처분 전체에 대한 위법사유가 인정된다고 밝혀진 점(갑 제3호증) 등에 비추어 보면, 이 사건 증액경정처분에 따라 증액된 000원 부분도 모두 취소되어야 함에도 000원만을 취소한 것은 위법하다. 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고 주장은 이유 있다

제1심 판결을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.