조세특례제한법 시행령 제66조 7항에 규정된 주거지역에 편입된 날의 의미

사 건 2010누26072 양도소득세부과처분취소 원고, 항소인 전○○ 피고, 피항소인

○○세무서장 원 심 판 결 인천지방법원 2010.7.15. 선고 2009구단2365 판결

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2008. 12. 4. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 60,212,120원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1989. 12. 5. ○○시 ○○면 ○○리 747-4 전 5953㎡(이하 ‘이 사건 농지’ 라 한다)를 취득하였다. 원고는 1980. 4.경부터 가족과 함께 ○○시 ○○면 일대에서 거주하였는데, 위와 같이 취득한 이 사건 농지에서 직접 농사를 지어 왔다.
• 나. 건설교통부 장관은 2003. 7. 29. 건설교통부 고시 제2003-189호로 이 사건 농지 가 포함된 ○○시 ○○면 ○○리, □□리 일대를 택지개발 예정지구로 지정고시하였고, 2004. 11. 1. 건설교통부 고시 제2004-294호로 기존 예정지구 면적을 다소 줄여 ○○시 ○○면 ○○리, □□리 일대에 관하여 택지개발 예정지구 지정변경 및 택지개발계획을 승인·고시하였다. 건설교통부 장관은 2005. 1. 5. 건설교통부 고시 제2004-480호 이 사건 농지가 포함된 위 일대에 관하여 ○○지구 택지개발사업 택지개발계획 승인변경 및 실시계획을 승인·고시하였다.
• 다. 이 사건 농지에 관하여는 2006. 7. 12. 수용을 원인으로 한 대한주택공사 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌고, 원고는 2006. 11. 17. 이 사건 농지의 수용에 따른 보상금 1,083,148,350원을 수령하였다.
• 라. 원고는 2006년 귀속 양도소득세를 신고·납부함에 있어서, 이 사건 농지에 대한 실거래가액으로 양도차익을 산정한 과세표준에 세율 36%을 적용하여 산출한 세액 240,437,808원에서, 이 사건 농지를 8년 이상 자경하였다는 이유로 구 조세특례제한법 (2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항 본문의 양도소득세액 감면 규정을 적용하여 같은 법 제133조 제l항에서 정한 감면한도액 1억 원을 감면하였다.
• 마. 피고는, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따라 이 사건 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득만 감면되고 주거지역에 편입된 날부터 양도일까지 발생한 소득은 감면 대상이 아니라는 이유로, 원고에게 주문 기재와 같이 2006년 귀속 양도소득세 60,212,120원을 경정·고지하였다 (이하 ’이 사건 부과처분’이라 한다). 피고는 이 사건 부과처분 당시, 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 날은 2005. 1. 5.이고, 그 편입 당시에는 2005. 1. 1. 기준 개별공시 지가가 고시되어 있지 않았으므로(이 사건 농지에 관한 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가는 2005. 5. 30. 고시되었다), 구 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21196호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제7항에서 정한 주거지역에 편입된 날의 기준시가를 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가로 보고, 이 사건 부과처분을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증(가지변호 있는 것은 가지번호 포 함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 날인 2005. 3. 31.(원고는 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 날을 2005. 3. 31.로 주장하나, 아래에서 보는 바와 같이 이는 2005. 1. 11.이다)에 적용될 기준시가는, 2005. 1. 1.부터 적용되는 개별공시지가인 ㎡당 115,000원임에도, 피고가 2004. 1. 1.부터 적용되는 개별공시지가인 ㎡당 46,500원을 적용함에 따라 감면되어야 할 세액도 적게 산정되었으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 주거지역에 편입된 날 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2005. 12. 7. 법률 제7707호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제36조 제1항에 의하면, 건설교통부 장관 또는 시·도지사는 용도지역 지정 또는 변경을 도시관리계획으로 결정하고, 도시관리계획으로 결정되는 용도지역은 도시지역, 관리지역, 농림지역, 자연환경보전지역으로 구분되며, 도시지역은 ’주거지역, 상업지역, 공업지역, 녹지지역’으로 구분된다. 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제31조, 제30조 제6항에 의하면, 건설교통부 장관 또는 시·도지사는 도시관리계획 결정을 한 때에는 이를 고시하여야 하고, 도시관리계획 결정은 고시가 있은 날부터 5 일 후에 그 효력이 발생한다. 한편, 구 택지개발촉진법(2005. 12. 7. 법률 제7715호로 개정되기 전의 것) 제9조는 택지개발사업 시행자는 택지개발사업 실시계획을 작성하여 건설교통부 장관 승인을 얻어야 하고, 건설교통부 장관은 택지개발사업 실시계획을 승인한 때에는 이를 고시하여 야 한다고 규정하고 있으며, 제11조는 택지개발사업 실시계획 승인 및 고시를 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에서 규정한 도시관리계획 결정 및 고시로 보도록 규정하고 있다. 위와 같은 관련 규정에 의하면, 이 사건에서 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7 항에 규정된 ’주거지역에 편입된 날’은, 이 사건 농지가 포함된 택지개발사업 실시계획 승인 및 고시가 이루어져서 국토의 계획 빛 이용에 관한 법률에 규정된 주거지역으로 용도지역 결정 및 고시가 있었던 것으로 간주되는 2005. 1. 5.로부터 5일이 지나 그 고시의 효력이 발생한 2005. 1. 11.이다(대법원 1999. 4. 13. 선고 99두806 판결, 대법원 2004. 12. 9. 선 고 2003두4034 판결 참조).

(2) 주거지역에 편입된 날에 적용할 이 사건 농지의 기준시가 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 날은 2005. 1. 11.이므로, 그 기준시가는 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조 제1항 제1호 가.목에 따라 이 사건 농지에 관한 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용하여야 한다. 따라서, 주거지역에 편입된 날의 이 사건 농지의 기준시가로 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용한 이 사건 부과처분은 위법하다. 이에 대하여 피고는, 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 2005. 1. 5.(피고는 이 사 건 농지가 주거지역에 편입된 날이 2005. 1. 5.이라고 주장한다)에는 아직 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가가 고시되어 있지 않았으므로, 구 소득세법 제99조, 구 소득세법 시 행령(2006. 9. 22. 대통령령 제19687호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제164조 제3항에 따라 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도한 경우로 보아서 직전 기준 시가인 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용해야 한다는 취지의 주장을 한다. 그러나, 구 소득세법 시행령 제164조 제3항 은 ’새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의하도록’ 규정하고 있는데, 이 사건 농지는 2006. 7. 12. 수용에 의하여 대한주택공사에게 소유권이 이전되었으므로, 이 사건 농지의 양도 당시에는 이미 2005. 1. 1. 기준 이 사건 농지의 개별공시지가가 고시 되어 있어서(그 개별공시지가가 2005. 5. 30. 고시되었음은 앞에서 본 바와 같다) 이 사건 농지는 2005. 1. 1. 기준시가가 고시되기 전에 양도하는 경우에 해당하지 아니한 다. 또한, 이 사건 농지의 양도소득세를 산정함에 있어서 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 날을 이 사건 농지의 양도일로 보아야 할 아무런 근거도 없다. 이와 다른 전제 에서 구 소득세법 시행령 제164조 제3항 을 근거로 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가를 이 사건 농지의 기준시가로 적용하여야 한다는 취지의 피고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인 용하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고, 이 사건 부과처분을 취소하기로 하여(구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에 따른 양도소득세 감면이 이루어지는 경우 이 사건 부과처분은 전부 취소되어야 한다), 주문과 같이 판결한다.