OECD 이전가격 지침서 등의 다년간 자료를 활용한다는 지침서는 권고적 지침일뿐 법적 효력이 있다고 볼 수 없음

사 건 2010누25116 법인세등부과처분취소 원고, 항소인 주식회사 AAAAAA메디칼케어코리아 피고, 피항소인 역삼세무서장 제1심 판 결 서울행정법원 2010. 7. 15. 선고 2009구합55065 판결 변 론 종 결

2011. 11. 3. 판 결 선 고

2011. 12. 15.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1십 판결을 취소한다. 피고가 2008. 1. 1. 원고에 대하여 한 2003사업연도 법인세 612，919，330원의 부과처분 및 2004사업연도 법인세 390，110，350원의 부과처분 중 121.113，350원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 실시할 이유는, 제1심 판결문 제2쪽 제16, 17행의 "2010.1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것”을 "2008.2.29법률 제8860호로 개정되기 전의 것”으로 고치고, 제17행의 ”동법 시행령("을 삭제하며, 제18, 19행의 ”이하 ’법 시행령’이라 한다”를 삭제하고, 제3쪽의 라.항 기재 표 중 2004사업연도의 "619，716，910"을 "619，706，910"으로 고치며, 제3쪽 제10행의 ”조세심판원은” 다음에 "2009.9.16."을 추가하고, 제3쪽 제14행의 ”이에 피고는” 다음에 "2009.10.20."을 추 가하며, 제3쪽의 바.항 기재 표 중 2004사업연도의 고지세액 "619，716，910"을 ’'619.106，910"으로, 2006사업연도의 감액세액 "24.123，010"을 "24.132，010"으로 각 고치 고, 제4쪽 제1행 이하의 [인정근거]에 ”갑 제4호증의 기재”를 추가하는 것 외에는 제1 심 판결의 이유 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 2 이 사건 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

(1) OECD 이전가격 지침서, 미국세법 시행령, 국세청지침 등에 의하면, 거래순이익률을 적용할 때 제품수명주기와 단기 경제여건이 이익에 미치는 영향을 고려하기 위 해 순이익이 비교되는 범위 내에서 조사대상 회사와 비교가능회사들에 대한 다년간 자료가 검토되어야 함에도, 피고가 거래순이익률을 적용하여 정상가격을 산정함에 있어 원고와 비교가능회사들의 다년간 자료를 검토하지 않았고, 원고의 이익률이 정상이익률의 범위에 미달한 2003사업연도뿐만 아니라 정상이익률의 범위를 초과한 2004사업 연도 및 2005사업 연도를 함께 고려하여 2003사업 연도부터 2005사업 연도의 원고의 이 익률을 통산할 경우, 2004사업연도와 2005사업연도의 부(負)의 이전소득에 의해 모두 상쇄됨으로써 2003사업연도의 경우에도 결국 원고의 이익률이 정상이익율의 범위를 초과하지 않게 되므로, 이를 고려하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 국세청에서 배포한 ’이전가격 과세제도 해설'(1997. 9. 발간) 및 ‘우리나라의 이 전가격 과세제도와 그 집행방향'(2001. 12. 발간)에는 다년간 자료를 사용하도록 기재 되어 있고, 이러한 세법의 해석 또는 국세행정의 관행은 일반적으로 납세자에게 받아들여지고 있음에도, 위와 같은 자료나 관행에 반하여 다년간의 자료를 고려하지 않은 이 사건 처분은 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다

(3) 국제조세조정에 관한 법률이 2010. 12. 27. 개정되면서 제4조 제1항 단서가 추가되고 같은 법 시행령이 2010. 12. 30. 개정되면서 제6조 제9항을 신설되었는바, 개정 된 법률과 시행령의 취지는 정상가격을 정하는데 있어서 다년간 자료를 사용하여야 한 다는 것을 의무화한 것이고, 비록 개정된 국제조세조정에 관한 법률의 부칙에서 제4조 제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정 하는 분부터 적용한다고 규정하고 있더라도, 위 개정된 법률 제4조 제l항 단서 및 시 행령 제6조 제9항은 종전부터 적용되던 원칙을 입법적으로 확인한 것에 불과하여 이 사건에도 그대로 적용되어야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

(4) 거래순이익률방법에 의하여 정상가격을 산출할 경우 비교가능회사가 적정하게 선정되어야 하는바, 원고는 외국의 특수관계자로부터 의료보험이 대부분 적용되는 일 반 의료기기를 단순히 수입하여 판매하는 회사임에도, 피고는 무형자산을 다수 보유한 회사, 의료보험이 적용되지 않는 치과진료부문 의료기기를 제조·판매하는 회사, 특수관 계자가 국내법인이어서 외화채무나 환율변동에 따른 영향을 받기 어려운 회사들을 비 교가능회사로 선정하였을 뿐, 원고의 거래와 유사한 비교가능회사를 선정하지 않았으 므로, 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 ’관계 법령’ 기재와 같다 다.판단

(1) 첫 번째 주장에 대하여 (가) 법인세는 과세기간인 사업연도 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연도 종료시에 완성되고, 그때 납세의무가 성립하며, 과세표준이 되는 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속 하게 될 손금의 총액을 공제한 것으로 하는 기간과세소득금액의 계산도 그 기간을 단 위로 하기 때문에, 이전소득을 계산하기 위한 정상가격도 사업연도별로 산출하는 것이 원칙이고, 다년간의 이전소득을 통산 내지 평균하여 여러 사업연도의 과세표준 및 세액을 산정한다는 것은 사업연도별 과세 원칙에 명백히 어긋나며, 법 제5조 제1항, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004.12.31대통령령 제18628호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ’법 시행령’이라 한다) 제4조 제2호 등 관련 규정에서도 거래순이익률방법을 적용하여 정상가격을 산정함에 있어 거주자 등의 영업이익률에 관하여 다년간의 자료를 반영하여야 한다는 규정이 없다 (나) OECD 이전가격 지침서 등에서 ’다년간 자료를 활용’한다는 지침은, 특수관계거래를 둘러싼 여건과 사실을 이해하기 위해서는 당해 과세연도뿐만 아니라 과거 과세연도의 자료까지 모두 조사하는 것이 유용할 수 있고, 이를 통해 조사대상회사와 비교가능회사 사이에 사업종류, 제품주기, 사업 흥망주기, 단기 경제여건 등이 손익에 어 떤 영향을 마치는지(예컨대, 납세자의 어떤 거래에 대한 손실이, 과거 유사한 거래에서 의 손실의 일부분인지, 그 거래가 있는 연도의 비용까지 증가시키는 전년도의 특별한 경제적 여건으로 인한 것인지, 제품이 제품수명의 끝단계에 와 있기 때문인지 등) 등을 비교분석하여 보완·조정할 수 있다는 것일 뿐, 원고의 주장과 같이 다년간의 이전소득 을 통산 내지 평균하여 여러 사업연도의 과세표준 및 세액을 산정한다는 내용은 아닐 뿐만 아니라, 위 OECD 이전가격 지침서 등은 권고적 지침일 뿐 법적 효력이 있다고 볼 수도 없다. (다) 앞서 인정한 사설 및 거시증거들에 의하면, 피고는 2003사업연도부터 2006 사업연도까지 원고와 비교가능회사들의 각 영업이익률을 산정한 후 자산차이에 대한 조정과 환율변동에 대한 조정을 거쳐 원고의 각 사업연도의 정상이익률을 산정하였고 이를 기초로 원고에게 2003사업연도 법인세를 부과하고 2004사업연도 법인세를 부과 하였다가 감액경정{2004사업연도의 법인세액이 감액경정된 것은 2004사업연도의 정상 가격 초과분인 부(負)의 이전소득 591.920.150원이 익금불산입함에 따른 것이다}한 사 실을 인정할 수 있고, 그 외에 원고의 2003사업연도에 특히 과거의 사업연도와 달리 제품의 주기, 사업 여건 등에 관하여 비교가능회사틀과 정상이익률을 비교할 수 없을 정도의 특별한 단기적 사정이 발생하였다고 볼 만한 자료도 없다. (라) 따라서 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대하여 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성설의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용이 부정된다 할 것이다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007 두19447. 19454 판결 등 참조) 이 사건에서 보건대, 국세청에서 배포한 ’이전가격 과세제도 해설’(1997. 9. 발 간) 및 ’우리나라의 이전가격 과세제도와 그 집행방향'(2001. 12. 발간) 등에서 거래순 이익률방법을 적용할 때 반드시 다년간의 자료를 사용하도록 정하고 있지 아니하고, 일부 다년간 자료를 검토할 필요성을 언급하고 있으나 그것만으로는 과세관청이 거래 순이익률방법에 따라 정상가격을 산정함에 있어 다년간의 자료를 검토할 것이라는 내 용의 공적인 견해를 표명하였다거나 이에 대한 원고의 신뢰가 형성되었다고 볼 수 없으며, 원고가 2003사업연도 및 2004사업연도의 법인세를 자진신고 하였다고 하여 원고 가 과세관청의 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하였다고 볼 수도 없으므로, 피 고가 다년간 자료를 고려하지 아니하였다고 하여 이 사건 처분이 신의성설의 원칙 내 지 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 원고의 두 번째 주장도 이유 없다.

(3) 세 번째 주장에 대하여 (가) 2010. 12. 27. 법률 제10410호로 개정된 법 제4조 제1항 단서는 ’제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 통일한 정상가격 산출방법을 적용하여 물 이상의 과세연도 에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격 을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다‘는 것일 뿐, 다년간의 이전 소득을 통산 내지 평균하여 여러 사업연도의 과세표준 및 세액을 산정해야 한다는 뜻이 아니고, 나아가 위 법률 제10410호 부칙 제3조에서 ’제4조 제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있어 위 법 제4조 제1항 단서의 개정규정이 2003사업연도 및 2004사업 연도에 관한 이 사건 처분에 적용될 수도 없다. (나) 또한 2010. 12. 30. 대통령령 쳐1122574호로 개정된 법 시행령 제6조 제9항은 1경제적 여건이나 사업전략 등의 영향이 여러 연도에 걸쳐 발생함으로써 해당 사업연도의 자료만으로 가격·이윤 또는 거래순이익을 산출하는 것이 합리적이지 아니할 경우 에는 여러 사업연도의 자료를 사용할 수 있다’고 규정하고 있으나, 위 규정도 역시 다 년간의 이전소득을 통산 내지 평균하여 여러 사업연도의 과세표준 및 세액을 산정해야 한다는 것이 아니며, 위 대통령령 제22574호 부칙 제3조는 ’제6조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 과세연도부터 적용한다’고 규정하고 있어 위 법 시행령 제6 조 제9항의 개정규정이 2003사업연도 및 2004사 연도에 관한 이 사건 처분에 적용 될 수도 없다 (다) 또한 조세법령이 개정된 경우 조세법령이 정한 과세요건 사실이 법령이 개정된 당시까지 완료된 때에는 다른 경과규정이 없는 한 그 과세요건 사실에 대하여는 종전의 조세법령이 계속 효력을 가지며, 조세법령의 개정 이전에 종결된 과세요건 사 설에 대하여 개정 이전의 조세법령을 적용하는 것은 조세법률주의의 원칙에 위배된다고 할 수 없다(대법원 1993. 5. 11 선고 92누18399 판결 등 참조). (라) 따라서 이와 다른 전제 하의 원고의 세 번째 주장도 이유 없다.

(4) 네 번째 주장에 대하여 (가) 법 제11조에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 소정의 국제거래명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하고, 과세당국은 정상가격을 산출하기 위하여 필요한 관련자료를 제출하도록 납세의무자에게 요구할 수 있으며, 자료제출을 요구받은 자는 60일 이내에 당해 자료를 제출하여야 하고, 자료제출을 요구받은 자가 정당한 사유 없이 자료를 기한내에 제출하지 아니하고 불복신청 또는 상호합의절차시 자료를 제출하는 경우 과세당국 및 관련기관은 당해 자료를 과세 자료로 이용하지 아니할 수 있다고 규정하고 있는바, 위와 같은 규정의 내용 및 취지에 비추어 보면, 과세관청이 자료수집에 최선을 다한 후 주어진 자료를 바탕으로 계산 한 정상가격은 그것이 자의적이고 불합리하다는 반증이 없는 한 함부로 이를 배척할 것은 아니고, 국외의 특수관계자와의 이전가격이, 과세관청이 납세의무자에게 관련 자 료 및 증빙서류의 제출을 요구하는 등의 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리 적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는, 당해 국외 특수관계자와의 이전가 격이 그 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다 는 점에 관하여 그 입증의 필요가 납세의무자에게 돌아간다고 보아야 할 것이다(대법 원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결 참조). (나) 이 사건에서 보건대, 앞서 본 인정사실 및 거시증거에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고는 원고가 제출한 자료틀을 토대로 거래순이익률방법을 선택하여 의료기기를 외국에서 수입하여 국내에 판매하는 7개의 비교가능회사들을 선정한 다음 각 사업연도의 7개 업체의 거래순이익률을 기준으로 하되, 비교가능회사들 사이에 존재할 수 있는 차이를 조정하기 위해 자산차이에 대한 조정 및 환율변동에 대한 조정을 거치 고 사분위 범위를 사용하여 정상이익률의 범위를 산출하였음을 인정할 수 있으므로, 설령 원고의 주장과 같이 위 7개의 비교가능회사들 중 일부가 무형자산을 다수 보유한 회사라거나, 의료보험이 적용되지 않는 치과진료부문 의료기기를 제조·판매하는 회사라 거나, 특수관계자가 국내법인인 회사라 하더라도, 그것만으로 피고의 비교가능회사 선정이 위법하다고 볼 수 없고(원고가 주장하는 위와 같은 사유들은, 가격이나 이윤에 영향을 마칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등 비교가능성이 높은지 여부를 평가하는 경 우 분석하여야 할 요소들에 대해 큰 영향을 미치는 요인이라거나 합리적 조정이 불가능한 요소라고 보기 어렵다), 달리 비교가능회사가 적정하게 선정되지 않았다고 볼 증거가 없으므로, 원고의 위 네 번째 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론 을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.