재조사 결정통지를 받은 경우 불복청구 기산일

사 건 2010누19470 법인세등부과처분취소 원고, 항소인

○○주식회사 피고, 피항소인

○○세무서장 원 심 판 결 인천지방법원 2010.5.20. 선고 2008구합4705 판결

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2007. 8. 3. 원고에 대하여 한 2003년도 법인세 75,734,360원, 2003년도 2기 부가가치세 30,604,010원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문 제1, 2항 기재와 같은 판결.

• 가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 403 ○○프라자 401호에 주소를 두고 건설업을 영위 하다가 2004. 12. 30. 폐업된 법인인데, 2003.경 ○○시 ○○구 ▽▽동 139-9 대 431.5㎡ 지상에 7층 규모의 □□ 모텔을 신축하였다.
• 나. 피고는, 원고가 2003년 2기 부가가치세 및 2003년 법인세를 신고함에 있어 매입 세액으로 공제하고, 손금에 산입한 주식회사 ◇◇트(이하 ’◇◇트’라고 한다)로부터 교부받은 매입 세금계산서 5매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)가 실물거래 없는 가공의 세금계산서라는 이유로, 2007. 8. 13. 원고에 대하여 부가가치세 30,604,010원, 법인세 75,734,360원의 부과처분(이하 ’이 사건 부과처분’이라고 한다)을 하였다.
• 다. 원고는 2007. 11. 9. 피고에게 이의신청을 하였다가 같은 해 12. 6. 기각되자 2008. 3. 10. 조세심판원에 행정심판을 제기하였고, 조세심판원장은 2008. 6. 25. ‘이 사건 처분은 사실관계를 재조사하여 그에 따라 과세표준과 세액을 경정한다’는 결정을 하였다. 그 후 피고는 사실관계를 재조사한 후 2008. 9. 1.경 원고에 대하여 원처분이 정당하다는 통지를 하였고, 원고는 2008. 11. 26. 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 9, 14 내지 18호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

먼저 원고가 조세심판원장의 재조사결정 이후 이 사건 부과처분이 그대로 정당하다는 통지를 받은 후 90일 이내에 제기한 이 사건 소가 적법한지가 문제된다(피고가 당심에서 본안 전 항변을 취하하기는 하였으나, 이 사건 제1심 법원이 원고의 소를 각하한 바 있어 소의 적법 여부에 관하여 밝혀 두기로 한다). 무릇 재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관하여 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거 나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다. 이에 따 라 재조사결정을 통지받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에 야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 된다. 이와 같은 재조사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적·기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사 가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 상당하다(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조). 따라서 원고가 피고의 후속처분에 의하여 당초의 이 사건 부과처분이 정당하다는 통 지를 받은 2008. 9. 1.부터 90일 이내에 제기한 이 사건 소는 적법하다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고는, ◇◇트로부터 원고 신축의 □□ 모텔에 필요한 물품을 공급받기로 하는 내용의 계약을 체결하고서 물품을 공급받은 후 정상적으로 이 사건 세금계산서를 발급받았으므로, 이 사건 세금계산서가 허위임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법 하여 취소되어야 한다는 취지로 주장한다.
• 나. 판단기준 무릇 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두 16406 판결 등 참조).
• 다. 판단 이 사건에서 살피건대, 갑 제2 내지 7(가지번호 포함), 13, 15, 16, 17, 19호증, 을 제16호증의 1, 을 제20, 21호증의 각 기재와 증인 김AA의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면,① 원고는 2003. 4. 8. 주식회사 △△엔지니어링(이하 ’△△’라고만 한다)과 □□ 모텔을 신축 후 매각하여 수익을 배분하기로 하는 내용의 투자협정을 체결하였는데, 구체적으로는 △△가 부동산 구입비로 10억 원, 공사비 중 일부로 9억 4,000만원을 투자하고, 원고는 16억 2,900만원을 투자하기로 하되, 신축 모텔과 그 부지의 소유권은 △△의 투자금 보호를 위해 △△가 보유하기로 하고서 매각할 경우 △△에게 투자수익금 2억 3,200만원을 합한 21억 7,200만원(10억 원 + 9억 4,000만원 + 2억 3,200만원)을 보장해 주기로 약정하였던 사실,② 이에 원고는 2004. 1. 19. △△에 □□ 모텔의 소유권보존등기를 마쳐주었던 사실,③ 원고는 2003. 11. 5. ◇◇트로부터 199,695,000원 상당의 물품을 공급받기로 하는 계약을 체결하였고, ◇◇트 발행의 2003. 11. 28.자 4,400만 원, 2003. 12. 5.자 21,923,000원, 2003. 12. 16.자 20,218,000원, 2003. 12. 31.자 24,134,000원, 2003. 12. 31.자 89,420,000원 등의 이 사건 세금계산서를 교부받았던 사실,④ 원고는 2004. 1. 20.부터 2004. 2. 18.까지 허CC의 계좌를 통하여 ◇◇트 또는 그 대표자 이BB에게 합계 4,500만원을 송금하였던 사실,⑤ ◇◇트의 대표자 이BB은 허위세금계산서 교부의 조세범처벌법 위반죄로 처벌받기는 하였으나, 그 인정된 범죄사실 가운데 원고와의 거래내역은 포함되어 있지 않고, 과세관청의 조사에서도 허위매출로 밝혀진 비중이 40%(2002. 2기), 48%(2003.1기), 26%(2003. 2기)에 불과한 사실,⑥ ◇◇트는 AA전자로부터 5,000만원 상당의 물품을 납품받고서 영수증을 교부받기도 하여 실질거래를 하기도 하였던 점이 밝혀진 사실,⑦ △△는 2004. 3. 4. 김AA에게 □□ 모텔의 소유권을 넘겨주었고, 그 매매계약서에는 동산대금이 569,749,057원으로 계상되어 있으며, △△가 ○○시에 취득세 납부를 위하여 제출한 매매계약서에도 같은 금액의 동산대금이 계상되어 있는 사실,⑧ □□ 모텔에 대한 2004. 2. 24.자 감정평가서에 설비의 가액이 포함되어 있고, 그 첨부 사진에 객실마다 비품이 모두 구비되어 있는 것으로 나타나는 사실,⑨ 원고가 △△와 작성한 사업제안 속에는 시공비 내역에 비품명세가 포함되어 있어서 원고가 △△에 소유권을 넘겨주기 전에 □□ 모텔에 비품을 구비할 것을 전제로 하였던 사실 등을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 비추어 보면, ◇◇트의 대표자가 허위 세금계산서 발행 혐의로 처벌받았고, 원고가 ◇◇트로부터 구매한 물품들에 대한 대금 지급내역을 완전히 밝히지 못하고 있으며, □□ 모텔에 비품이 구비되어 있다고 하더라도 이 사건 세금계산서 중 3매가 △△와 김AA 사이에 □□ 모텔에 관한 매매계약이 체결된 이후에 발행된 점에 비추어 볼 때 그 비품을 김AA가 아닌 원고가 매입한 것으로 확신하기 어렵다는 사정(그러나 매매계약서상 잔금 지급일자는 이 사건 세금계산서가 전부 발행된 이후인 2004. 1. 15.로 되어 있으며, □□ 모텔에 관하여 약정된 명도일자도 위 잔금지급일자이다)만으로는 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 각 매입금액이 가공거래금액이라는 점에 대한 입증책임은 여전히 피고에게 있다고 할 것인데, 피고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 한편 피고는 조세소송에서의 심판대상은 과세처분에 의하여 확정된 세액이 조세실체 법에 의하여 객관적으로 존재하는 세액을 초과하는지 여부인데, 설령 이 사건 세금계산서가 허위가 아니라고 하더라도 원고가 모텔 □□의 매매가액을 과소신고 함으로써 매출세액에 해당하는 부가가치세 및 법인세를 과소신고 하였으므로 이 사건 부과처분에 의한 세액은 객관적으로 존재하는 세액의 범위 내에 해당하여 결국 정당하다는 취지로 다툰다. 살피건대, 부가가치세법 제13조 제1항 은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준을 정하면서, 금전으로 대가를 받는 경우는 그 대가를 과세표준으로 하고 (1호), 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우 에는 자기가 공급한 재화의 시가(3호)로 규정한다. 여기에서 ‘부당하게 낮은 대가’는 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 낮은 대가이고(부가가치세법 시행령 제52조), ‘사업자와 특수관계에 와는 자’는 별지 관련법령 기재와 같이 소득세법 시행령 제98조 제1항 각호와 법인세법 시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다(위 같은 시행령 제50조 제1항 제1호). 이 사건에서 원고는 △△에 □□ 모텔의 소유권을 넘겨주었고 당초 투자협정에 따르면 그 대가는 확정 수익을 합한 21억 7,200만원이고 그 중 토지 구입비용인 10억 원을 뺀 건물의 대가는 11억 7,200만원 상당이므로 이를 기준으로 매출세액을 신고한 원고가 매출세액을 누락하였다고 할 수 없을 뿐 아니라, 위 법규정 내용에 의하면 △△는 원고와 특수관계에 있는 자에 해당하지 않아 원고가 부당하게 낮은 대가를 받은 경우라 할 수 없으므로 □□ 모텔의 시가를 부가가치세의 과세표준으로 정할 수도 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 부과처분도 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.