결손금이 사후 소급공제대상이 아닌 것으로 밝혀진 경우 추징방법

원고, 피항소인 ○○개발 주식회사 피고, 항소인 영등포세무서장

1.피고의 항소를 기각한다. 2.항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 1.청구취지 피고가 2008.1.16.원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 4,313,391,345원의 부과처분을 취소한다. 2.항소취지 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 2005.3.31.피고에게 과세표준을 48,638,206,288원으로, 산출세액을 13,120,315,697원으로 각 산정하여 2004사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 나. 원고는 2006.3.30.피고에게 과세표준을 15,975,523,516원으로, 산출세액을 0원으로 각 산정하여 2005사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 다. 원고는 2006.3.30.피고에게 법인세법(2006.12.30.법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제72조 제1항에 기하여 원고가 법인세법 제25조 제1항 제1호 소정의 중소기업에 해당함을 이유로 2005사업연도 결손금 15,975,523,516원을 2004사업연도 법인세액의 한도 내에서 소급공제해 달라는 취지의 환급신청(이하‘이 사건 환급신청’이라고 한다)을 하였고, 이에 피고는 2006.4.16.원고에게 2004사업연도 법인세액 중 4,313,391,349원(위 산출세액 13,120,315,697원 - 결손금 공제 반영 후 산출세액 8,806,924,348원)을 환급하였다.
• 라. 피고는 2008.1.16.원고가 결손금 소급공제 대상인 법인세법 제25조 제1항 제1호 소정의 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항에 근거하여 원고에게 2005사업연도 법인세 4,929,343,630원(환급액 4,313,391,349원 + 이자상당액 615,952,285원, 10원 미만은 버림)의 부과처분을 하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2008.4.10.조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009.5.12.2005사업연도 법인세 4,929,343,630원의 부과처분 중 이자상당액 615,952,285원을 감액경정하는 결정을 하였다(이하 감액 경정되고 남은 2005사업연도 법인세 4,313,391,345원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1,2, 을 제1호증의 1,2, 을 제2호증의 4,5의 각 기재, 변론 전체의 취지 2.이 사건 처분의 적법 여부
• 가. 원고의 주장 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항은 이 사건 처분의 근거가 될 수 없음에도 불구하고, 이를 유추·확장 해석하여 2005사업연도 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 (1) 법인세법 제60조 제1항, 제66조 제1항, 제2항 제1호, 제4항은 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 고세표준과 세액을 신고하여야 하고, 납세지 관할세무서장 등은 내국법인이 신고를 하지 아니한 때에는 법인세의 과세표준과 세액을 결정하며, 신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 과세표준과 세액을 경정하고, 경정한 후 그 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 경정하도록 규정하고 있으며, 법인세법 제72조 제1항 내지 제5항은 법인세법 제25조 제1항 제1호 의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 법인세법 제14조 제2항 의 규정에 의한 결손금이 발생할 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 일정금액을 환급신청 할 수 있고, 환급신청을 받은 납세지 관할세무서장은 지체 없이 환급세액을 결정하여 환급하여야 하며, 이러한 환급규정은 당해 내국법인이 법인세법 제60조 의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 적용하고, 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하도록 규정하고 있다. 한편, 조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이아 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(대법원 2007.10.26.선고 2007두9881 판결 등 참조). (나)이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 피고에게 2004 사업연도 법인세 및 2005 사업연도 법인세의 각 신고를 모두 마친 다음 이 사건 환급신청을 하였고, 이에 피고는 이 사건 환급신청에 대한 환급결정을 하였던 것으로 보이는바, 원고의 이 사건 환급신청 및 피고의 환급결정은 원고가 현 2004사업연도 법인세 및 2005사업연도 법인세의 각 신고와는 별개의 것으로서 그 내용은 2005사업연도에 발생한 결손금을 2004사업연도 법인세액의 한도 내에소 소급공제하여 그에 따라 산출된 2004사업연도 법인세액을 초과하는 2004사업연도 기납부 법인세액을 환급해 달라는 원고의 신청에 대하여 피고가 이를 환급해 준 것이고, 이 사건 처분은 뒤늦게 환급사유가 없음을 안 피고가 환급한 2004 사업연도 법인세액을 징수하고자 한 것으로서, 이는 법인세법 제60조 제1항, 제66조 제2항 제1호, 제4항에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 경정과는 관련이 없다고 할 것이므로(특히 이 사건 처분에서와 같이 2005사업연도 법인세와는 아무 관련이 없을 뿐만 아니라, 미신고를 전제로 한 법인세법 제66조 제1항 의 과세표준 및 세액의 결정과도 관련이 없다), 위 규정들을 근거로 하여 부과된 이 사건 처분은 위법하고, 달리 이를 당해 결손금이 발생한 사업연도의 반환을 청구할 수 있음은 별론으로 하고, 현행 법인세법 제72조 제5항 제2호 가 적용되는 사안에서는 이를 근거로 징수할 수 있을 것이다). 이에 대하여 피고는 법인세법 제72조 소정의 결손금 소급공제에 의한 환급은 법인세법 제25조 제1항 제1호 소정의 중소기업에 결손금이 발생하였다는 사실에 주된 원인을 갖고 있는 것이고, 결손금이 발생하기 직전에 기납부한 법인세액은 결손금이나 소정의 중소기업에 해당하지 않는 경우 부과처분의 대상인 사업연도에 관한 직접적인 규정이 별도로 없다고 할지라도 법인세법 제72조 제5항 에서 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 처분하도록 예정하고 있으므로, 당해 결손금이 발생한 사업연도를 기준으로 한 이 사건 처분은 적법하다는 취지로 주장하므로 살피건대, 이 사건과 같이 결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받은 법인이 후에 결손금 소급공제 대상법인이 아닌 것으로 밝혀졌다 하더라도, 그와 같은 경우가 법인세법 제72조 제5항 의 ‘결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에 해당하지 않음은 규정의 문언상 명백하므로, 이 사건에 있어서 법인세법 제72조 제5항 이 적용될 여지가 없다고 할 것이므로(대법원 2007.4.26.선고 2005두13506 판결 참조). 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. 3.결 론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.