예정신고 실지거래가액을 과세관청이 확인 후 양도자가 기준시가로 확정신고를 한 경우 예정신고 효력

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소제기 이후의 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2005. 6. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 83,505,960원의 부과 처분을 취소한다.

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 원고는 1966. 12. 31. 서울 금천구 BB동 140-6 대 481.7㎡(이하, ‘이 사건 토 지’라고 한다)를 취득하여 보유하다가 2004. 4. 1. 소외 김AA, 손영춘에게 양도한 후 2004. 6. 30. 실지거래가액에 의하여 양도가액을 13억 8,000만원, 취득가액을 4억 9,700만원으로 하여 양도소득과세표준 예정신고를 하고 이에 따른 양도소득세 171,427,690원을 자진납부하였다.
• 나. 그 후 피고가 이 사건 토지의 양도가액이 18억 원임을 확인하고 2005. 5. 17. 원고에게 2004년도 귀속 양도소득세 83,505,960원을 부과한다는 과세예고통지를 하였다. 그러자 원고는 양도소득과세표준 확정신고기한 내인 2005. 5. 30. 이 사건 토지의 양도 차익을 기준시가로 계산하여 양도소득과세표준 확정신고를 하고 이에 따른 양도소득세 14,611,270원을 자진납부하였다.
• 다. 그런데, 피고는 원고의 2005. 5. 30.자 양도소득과세표준 확정신고의 효력을 인정 하지 않은 채 원고가 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라고 한다) 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 가.목에 따 라 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였으나 위 양도가액의 신고 가액이 사실과 달라 구 소득세법 제114조 제4항 단서에 의하여 확인된 양도가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 있다고 보고 양도가액을 18억 원으로 하여 2005. 6. 1. 2004년도 귀속 양도소득세 83,505,960원을 경정고지하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 이 사건 토지에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였더라도 확정신고기한까지는 언제라도 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신 고를 할 수 있고 그에 따라 확정신고기한 내에 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 한 이상 이 사건 토지에 대한 양도차익은 기준시가에 의하여 산정하여야 한다. 따라서 이와 달리 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 한 피고의 이 사 건 처분은 위법하다.
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 구 소득세법 제96조 제1항 및 제97조 제1항 제1호 가.목은, 같은 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액 및 취득가액은 원칙적으로 기준시가에 의하도록 규정하면서, 예외적으로 실지거래가액에 의하는 경우의 하나로 같은 법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가.목 단서에서 ‘양도자가 양도 당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 양도소득과세표준 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우’를 규정하는 한편, 같은 법 제114조 제4항은 그 단서(이하 ‘이 사건 단서 규정’이라 한다)에서 “거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가.목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정선고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”라고 규정하고 있다. 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 가.목 단서가 기준시가 과세원칙의 예외로서 실지거래가액에 의하여 신고할 수 있는 종기를 양도소득과세표준 확정신고기한까지로 규정하고 있는 취지, 양도소득과세표준 예정신고와 확정신고의 관계 등에 비추어 보면, 이 사건 단서 규정 소정의 ’제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가.목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우’라 함은 양도소득과세표준 확정선고기한까지 실지거래가액에 의한 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고의 효력이 유지되고 있는 경우를 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 양도자가 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 후 확정 신고기한 내에 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 함으로써 양도소득과세표준 예정신고의 효력이 소멸한 경우에는 당초 예정신고한 가액이 사실과 달라 관할세무서장 등이 실지거래가액을 확인하였다고 하더라도 그 확인된 가액에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 없다고 할 것이다. 그리고 이 경우 과세관청이 실지 거래가액을 확인한 후에 양도자가 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 하였다는 이유만으로 그 확정신고가 효력이 없다고 할 수도 없다. 위 법리를 토대로 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 가.목에 의하여 실지거래가액을 기준으로 이 사건 토지에 대한 양도소득과세표준 예정신고를 하였다가 양도소득과세표준 확정신고기한 내에 기준시가에 의하여 확정신고를 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 위 확정신고로 인하여 원고의 양도소득과세표준 예정신고의 효력은 소멸하였다고 할 것이니, 이와 달리 위 예정신고의 효력이 있음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.