장기임대주택에 대한 양도소득세 감면

원고, 항소인 최○○ 피고, 피항소인 성동세무서장

1.제1심 판결 중 2009.1.20.자 양도소득세 부과처분에 대한 부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 소를 기각한다. 2.원고의 나머지 항소를 기각한다. 3.소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 1. 20. 원고에게 한 2007년 귀속 양도소득세 18,649,160원 부과처분 및 2009. 3. 1. 원고에게 한 2007년 귀속 양도소득세 33,359,510원 부과처분을 각 취소한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 다음과 같이 고치는 외에는 제1심 판결 ’1. 처분의 경위 등’ 부분과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용한다. 〈고쳐 쓰는 부분〉 O 제3쪽 마. 부분을 다음과 같이 고친다. [마. 피고는 2009. 1. 20. 원고에게 이 사건 제1주택 양도가 구 조세특례제한법 제97조 또는 제97조의 2 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는다는 이유로 양도소득세 17,681,622원, 납부불성실가산세 967,538원을 합한 18,649,160원을 부과·고지하였다(이하 ’이 사건 제1처분’이라고 한다). 피고는 2009. 3. 1. 원고에게, 이 사건 제2주택 양도 역시 구 조세특례제한법 제97조 또는 제97조의 2 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는다는 이유로 양도소득세 48,710,022원, 납부불성실가산세 2,331,113원을 합한 51,041,135원을 증액 경정처분하면서 이미 고지한 17,681,622원 외에 33,359,513원을 추가 납부하라고 고지하였다(최종적으로 증액된 51,041,135원 부과처분을 ’이 사건 제2처분’이라고 한다).] O 제3쪽 바. 첫째 줄 ’원고는 이 사건 제1처분에 대하여’를 ’원고는 2007년 귀속 양도소득세 부과처분에 대하여’로 고친다.

2. 이 사건 소가 적법한지 여부에 관한 판단

• 가. 이 사건 제1처분 취소 청구에 관한 판단 이 사건 제2처분은 이 사건 제1처분을 한 후 그 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견하여 이를 증액한 경정처분에 해당한다(을 제1호증의 2 기재에 의하면, 피고가 2009. 3. 1. 이 사건 제2처분 당시 총결정세액 51,041,135원에서 이 사건 제1처분 당시 납부불성설가산세를 제외한 결정세액 17,681,622원을 기 결정, 기 고지세액으로 차감 고지한 사실이 인정된다). 이 사건 제1처분은 증액 경정처분에 해당하는 이 사건 제2처분에 흡수되어 소멸하였다. 이미 소멸한 이 사건 제1처분 취소를 구하는 청구는 부적법하다.
• 나. 이 사건 제2처분 취소 청구에 관한 판단 을 제2호증의 2, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2009. 3. 12. 이 사건 제2처분을 수령하였고, 그 후 위 처분에 대한 이의신청 기간 내인 2009. 4. 27. 서울지방국세지방청장에 2007년 귀속 양도소득세 부과처분에 대하여 이의신청을 하였으며(이의신청서 첫째 쪽 ⑨항 ’통지된 사항 또는 처분의 내용’에는 ’2007연도 양도소득세 14,908,880원’으로 적혀 있고, 이의신청서 별지 청구취지에는 부과일자로 2009. 1. 20.이 적혀 있다), 서울지방국세청장은 위 이의신청에 대하여 국세기본법 제63조 에 따라 보정할 것을 요구하지 아니하고 이의신청 심리를 진행하여, 2009. 6. 12. 위 이의신청을 기각하는 결정을 하였다. 비록 원고가 이의신청서 별지에서 청구취지로 2009. 1. 20.자 처분을 대상으로 기재하였다고 하더라도,① 이 사건 제1처분은 이의신청 당시 이 사건 제2처분에 의하여 소멸하여 존재하지 않았으므로, 원고가 한 진정한 의사는 2007년 귀속 양도소득세 부과처분을 그 이의신청 심판대상으로 삼은 것으로 볼 수 있고,② 피고는 2009. 3. 1. 이 사건 제2처분을 하여 이 사건 제1처분이 소멸하였다는 사실을 잘 알고 있었음에도 이의신청에 대하여 국세기본법 제63조 에 따른 청구서 보정을 명하지 아니하고 이의신청 심리를 진행한 다음, 그 이의신청을 각하하지 않고 기각하였으며,③ 원고는 짧은 시간 내에 이 사건 제1처분과 이 사건 제2처분을 부과 받게 되어 그 심판대상을 정확히 기재하는 데 어려움을 겪었을 것이고, ④ 원고가 이 사건 제1처분 이전에 이 사건 제1, 2주택에 관하여 양도소득세 감면 신청을 하였으므로 피고가 굳이 이 사건 제1, 2처분을 순차적으로 할 필요는 없었던 것으로 보이는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 이의신청은 2007년 양도소득세 부과처분을 대상으로 한 것으로 보는 것이 옳다. 설령, 그렇지 않다고 하더라도, 이 사건 제1처분과 이 사건 제2처분은 모두 2007년 귀속 양도소득세에 관한 처분으로서 이 사건 제2처분은 이 사건 제1처분 증액 경정 처분이고, 위 각 처분은, 같은 주택조합에 의하여 재개발되어 원고가 같은 날 취득하여 비슷한 날짜에 양도한, 이 사건 제1, 2주택 양도에 관한 것으로서 기본적 사실관계와 법률문제가 공통되므로, 과세관청으로서는 이 사건 제1처분에 대한 전심절차를 통하여 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 검토할 기회를 부여받았다고 볼 수 있고, 위에서 인정한 사정에 비추어, 납세의무자인 원고에게 증액 경정처분에 대하여 별도 전심절차를 거치게 하는 것은 가혹하므로(대법원 1997. 4. 8. 선고 96누2200 판결, 대 법원 1992. 8. 14. 선고 91누13229 판결 참조), 원고가 이 사건 제2처분에 관하여 전심 절차를 거치지 아니하였다고 하여 이 사건 소제기가 위법하다고 보기도 어렵다.

3. 이 사건 제2처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 제1, 2주택은 각 양도 당시 5년 이상 임대한 장기 임대주택이므로 구 조세특례제한법 제97조 에 의하여 양도소득세가 감면되어야 한다.

2. 그렇지 않다고 하더라도 원고는 2001. 무렵 3회에 걸쳐 세무공무원으로부터 이 사건 제1, 2주택을 양도하는 경우 구 조세특례제한법 제97조 에 의하여 양도소득세를 감면받을 수 있다는 설명을 들고 이 사건 제1, 2주택을 양도한 것이므로, 신뢰보호 원칙상 양도소득세를 감면받아야 한다.

3. 이 사건 제1, 2주택 양도는 구 조세특례제한법 제97조 의 2 신축 임대주택 감면 특례에 따라 양도소득세가 면제되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 장기임대주택 양도소득세 감면 주장에 대한 판단

1. 이 사건 제1주택에 대한 판단 원고가 구 조세특례제한법 제97조 제1항 에 따라 2000. 12. 31. 이전에 이 사건 제1주택을 임대하였다는 사실을 인정할 만한 증거가 없다. 을 제4호증의 9 기재에 따르면, 원고는 2002. 8. 21. 박상덕에게 이 사건 제1주택을 임대한 사실이 인정될 뿐이다. 다음으로, 원고가 이 사건 제1주택을 5년 이상 임대하였는지에 관하여 본다. 구 조세특례제한법 제97조 제1항, 제4항, 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제5항 에 의하면, 임대주택에 대한 임대기간을 계산할 때, 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니한다. 원고가 이 사건 제1주택을 취득한 1999. 8. 16.부터 위 주택을 양도한 2007. 5. 25.까지는 2,840일이다. 그런데 위 기간 중, 원고가 〈표 1> ①, ②, ③ 부동산 및 〈표 2> ㉯,㉰ 부동산을 모두 양도하고 난 2003. 7. 1.부터 〈표 2> ㉲ 부동산을 취득하기 전인 2006. 5. 21.까지 1,056일 동안, 원고는 이 사건 제1, 2주택, <표 2> ㉮,㉱ 부동 산 합계 4호인 주택을 소유하여 임대하고 있었으므로, 위 1,056일은 주택임대기간에 포함할 수 없다. 따라서 제1주택 임대기간 중 최대 1,784일(= 2,840일 - 1,056일), 약 4.887년(= 1,784일/365일)만 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제5항 에 따른 임대기간으로 인정된다. 어느 모로 보나, 이 사건 제1주택 양도는 감면 요건에 해당하지 않는다.

2. 이 사건 제2주택에 대한 판단 구 조세특례제한법 제97조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제1항 에 의하면, 원고가 이 사건 제2주택에 관한 양도소득세를 감면받기 위해서는 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자에 해당하여야 하고, 원고가 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판정하여야 한다(대법원 2001. 7. 27. 선고 99두8269 판결, 대법원 2004. 6. 24. 선고 2004두3656 판결 참조). 원고가 이 사건 제2주택을 양도한 2007. 6. 20. 당시 원고는 이 사건 제2주택, <표 2> ㉱,㉲,㉳ 부동산 합계 4호인 주택을 임대하고 있었으므로, 구 조세특례제한법 제97조 제1항 에서 정한 ’대통령령이 정하는 거주자’에 해당하지 않는다(을 제4호증의 8 기재에 따르면, 원고는 2007. 1. 16. 서울특별시 성동구청장으로부터 이 사건 제1, 2주택을 포함하여 합계 3호인 주택을 임대한 임대사업자로 한 임대사업자등록증을 교부받았다). 다음으로, 원고가 이 사건 제2주택을 5년 이상 임대하였는지에 관하여 본다. 원고가 이 사건 제2주택을 취득한 1999. 8. 16.부터 2007. 6. 20.까지는 2,866일 이다. 그런데 위 기간 중, 원고가 〈표 1> ①, ②, ③ 부동산 및 〈표 2> ㉯,㉰ 부동산을 모두 양도하고 난 2003. 7. 1.부터 〈표 2> ㉲ 부동산을 취득하기 전인 2006. 5. 21.까지 1,056일 동안 원고는 이 사건 제1, 2주택, <표 2> ㉮,㉱ 부동산 합계 4호인 주택을 소유하여 임대하고 있었으므로, 위 1,056일은 주택임대기간에 포함할 수 없다. 원고가 이 사건 제1주택을 양도한 후인 2007. 5. 26.부터 2007. 6. 20.까지 26일도 원고가 이 사건 제2주택, <표 2> ㉱,㉲,㉳ 부동산 합계 4호인 주택을 임대하고 있었으므로, 주택임대기간에 더할 수 없다. 따라서 제2주택 임대기간 중 최대 1,784일{= 2,866일 - (1,056일 + 26일) }, 약 4.887년(= 1,784일/365일)만 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제5항 에 따른 임대기간으로 인정된다. 어느 모로 보나 이 사건 제2주택 양도는 감면 요건에 해당하지 않는다.

• 라. 신뢰보호 원칙에 따라 감면되어야 한다는 주장에 대한 판단 설령, 세무공무원이 원고에게 상담 과정에서 양도소득세 감면이 가능하다는 취지로 말하였다고 하더라도, 이는 과세관청이 공적인 견해를 표명한 것이라고 볼 수 없다. 신뢰보호 원칙이 적용되어야 한다는 원고 주장은 이유 없다.
• 마. 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면 주장에 대한 판단 이 사건 제1, 2주택 양도가 구 조세특례제한법 제97조 의 2 ’신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례’에 해당하는지 여부에 대하여 본다. 을 제4호증의 8 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 제1, 2주택은 각 매입 임대주택에 해당하고, 구 조세특례제한법 제97조 의 2 제1항 제2호에 따르면, 매입 임대주택의 경우, 1999. 8. 20. 이후 취득(1999. 8. 20.부터 2001. 12. 31.까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택을 5년 이상 임대한 후 양도한 경우에 당해 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제하도록 하고 있다. 을 제4, 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1999. 8. 16. 최AA에게 잔대금을 모두 지급하고 이 사건 제1주택 분양권을 취득하였고, 1999. 8. 16. 강BB에게 잔대금을 모두 지급하고 이 사건 제2주택 분양권을 취득한 사실이 인정된다. 이 사건 제1, 2주택은 원고가 1999. 8. 20. 이후 취득한 경우에 해당하지 않는다. 위 주장은 이유 없다.

이 사건 소 중 2009. 1. 20.자 양도소득세 부과처분 취소청구 부분은 부적법하고 나 머지 청구는 이유 없다. 제1심 판결 중 2009. 1. 20.자 양도소득세 부과처분에 관한 부분은 부당하므로 이를 취소하여 그 취소부분에 해당하는 소를 각하한다. 원고의 나머지 항소를 기각한다.