해당사업연도 기초와 기말에 같은 형태와 내용의 자산이 보유・관리된 것으로 자산누락으로 볼 수 없음

사 건 2010누10220 법인세등부과처분취소 원고, 피항소인 겸 항소인 주식회사 XX 피고, 항소인 겸 피항소인 남대문세무서장 제1심 판 결 서울행정법원 2006. 8. 18. 선고 2003구합31692 판결 환송 전 판결 서울고등법원 2007. 7. 25. 선고 2006누21537 판결 환 송 판 결 대법원 2010. 3. 25. 선고 2007두18017 판결 변 론 종 결

2011. 6. 14. 판 결 선 고

2011. 11. 1.

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 피고가 2001. 8. 1. 원고에 대하여 한 1999 사업연도 법인세 22,900,310,275원의 부과처분 중 20,695,596,870원을 초과하는 부분을 취소한다.
• 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 85%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2001. 8. 1. 원고에 대하여 한 별지 법인세 및 부가가치세 부과내역 기재 법인세 및 각 부가가치세 부과처분 중 ’원고 주장외 정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과 하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 원고: 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2001. 8. 1. 원고에 대하여 한 별지 법인세 및 부가가치세 부과내역 기재 법인세 부과처분 중 10,903,020,929 원을 초과하는 부분 및 각 부가가치세 부과처분 중 ’원고 주장의 정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.
• 나. 피고: 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

원고는 제1심에서 피고에 대하여 청구취지 기재 각 부과처분의 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 법인세 22,900,310,275원의 부과처분 중 21,527,964,319원을 초과하는 부분을 취소하고 원고의 나머지 청구를 기각하였다. 이에 원고와 피고가 모두 항소하였고 환송 전 당심 법원은, 법인세 22,900,310,275원 의 부과처분 중 21,674,718,823원을 초과하는 부분을 취소하고, 제1심 판결 중 위와 같이 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하며 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하고, 원고의 항소와 피고의 나머지 항소를 기각하는 판결을 선고하였다. 이에 대하여 원고와 피고가 모두 상고하였고, 대법원은 원고의 상고를 일부 받아들여 환송 전 판결의 원고 패소 부분 중 법인세 부과처분 부분을 파기하여 이 법원에 환송하였다. 따라서 이 법원의 심판범위는 환송 전 판결의 원고 패소 부분 중 법인세 부과처분 부분에 한정된다.

2. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제5면 제19행의 ’10,651,435,809원’을 ’10,001,856,391원[10,651,435,809원은 당초 XX 사업부의 장부 가액이었으나, 원고는 XX 사업부 양도 당시 미수금 채권 620,564,410원 및 가수금 채권 29,015,008원을 제외하고 양도함으로써 그 양도 당시 장부가액은 10,001,856,391 원(= 10,651,435,809원 - 620,564,410원 - 29,015,008원)이다]’으로 고치고, 같은 면 제 20행 의 ’2,601,856,891원’을 ’2,601,856,391원(다만, 피고는 2,601,856,891원을 1999 사업년도에 손금불산입하였다)’으로 고치며, 제28면 제12행부터 제29면 제2행까지를 아래 제3의 가.항과 같이 고치고, 제29면 제3행부터 제33면 제4행까지를 아래 제3의 나.항과 같이 고치며, 제35면 중 ’3. 결론’ 이하 부분을 아래 제4항과 같이 고치는 외에는 제1 심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

• 가. 『먼저, 원고의 XX 사업부의 양수 및 양도 경위, 이 사건 OO네트워크 주식의 취득 경위와 그 거래 시기 및 당사자의 관계 등에 비추어 원고의 XX 사업부 양도 및 이 사건 OO네트워크 주식의 취득은 서로 별개의 거래가 아니라 실질적으로는 XX 사업부와 이 사건 OO네트워크 주식의 교환거래로 봄이 상당하다. 한편, 법인세법 제14조 는 ’내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 법인세법 제15조 제1항, 제3항의 위임을 받은 법인세법 시행령(2009. 2. 4 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2호는 익금의 요소인 수익의 하나로 ’자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액’을 규정하고 있으며, 법인세법 제41조 제1항, 제2항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제4호는 현물출자에 의하여 주주가 취득한 주식에 대하여, 같은 항 제5호는 ’제1호 내지 제4호 외의 방법으로 취득한 자산’에 대하여 각 취득 당시의 시가를 취득가액으로 한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 양도자산인 XX 사업부의 처분손익을 계산함에 있어서도 원고가 취득한 이 사건 OO네트워크 주식의 취득가액은 취득 당시의 시가로 하여야 할 것이다. 그러므로 이 사건 OO네트워크 주식의 취득 당시의 시가에 관하여 보건대, 비상장주식의 ’시가’라 함은 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 말하는 것이고, 그 시가에 대한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것인바(2005. 5. 13. 선고 2004 두1520 판결 등 참조), 원고의 XX 사업부 양도 및 이 사건 OO네트워크 주식의 취득이 교환거래라 하더라도 이 사건 OO네트워크 주식의 취득 당시의 시가가 XX 사업부의 장부가액과 동등하다고 단정할 수 없고, 피고는 XX 사업부와 이 사건 OO네트워크 주식의 등가교환이 이루어졌음을 전제로 원고가 이 사건 OO네트워크의 주식을 XX 사업부의 장부가액으로 취득한 것으로 보아야 한다고 주장할 뿐 달리 이 사건 OO네트워크 주식의 취득 당시의 시가에 관한 아무런 입증을 하지 못 하고 있으므로(법인세법 제52조 제2항, 법인세법 시행령 제89조 제2항 은, ’부당행위계산’에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 시가가 불분명한 비상장주식의 경우에는 상속세 및 증여세법 이 규정하고 있는 이른바 ’보충적 평가방법’을 준용하여 계산한 금액에 의하도록 규정하고 있는 반면, 법인세법은 자산의 취득가액을 시가에 의하도록 하면서도 그 시가의 산정기준에 관하여는 아무런 보충규정을 두고 있지 않으므로, 위 부당행위계산과 관련한 시가의 산정기준에 관한 규정을 이 사건에서와 같은 자산의 취 득가액과 관련한 시가의 산정기준에 이를 유추하여 적용할 수는 없다 할 것이다), 이 사건 OO네트워크 주식의 취득 당시의 시가를 XX 사업부의 장부가액과 같다는 전제에서 그 차액인 2,601,856,391원 전액을 손급불산입한 이 부분 처분은 위법하다. 이에 대하여 피고는, 자산의 교환거래에 관하여 규율하고 있는 K-IFRS 제1016호에 의하면 교환거래의 상업적 실질이 결여된 경우나 취득한 자산과 제공한 자산 모두의 공정가치를 신뢰성 있게 측정할 수 없는 경우 취득한 자산의 취득원가를 제공한 자산의 장부가액으로 측정하게 되는 것이므로, 이 사건 OO네트워크 주식의 취득가액은 제공한 자산인 XX 사업부의 장부가액으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, K-IFRS(Korean International Financial Reporting Standards, 한국채택 국제 회계 기준)은 이 사건 당시에는 아직 적용되지 않은 회계기준이므로, 피고의 이 부분 주장은 더 나 아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.』
• 나. 『(6) 부외자금 익금산입에 관하여 (가) 당사자의 주장

1. 원고의 주장

① 1997년도에는 명의신탁하였던 주식의 실명전환, 즉 원고 소유 예금의 계좌 간 이체 및 주식의 임의평가증이 있었을 뿐 과세대상 소득이 발생하지 않았다. 원고 소유의 계좌들 간의 현금이체와 주식의 명의신탁 해지에 따른 소유명의의 환원을 소득 발생 거래로 보아 과세할 수는 없다.

② 과거에 소득금액에서 누락시켰던 금액으로 취득한 자산이 후에 발견된 경우에는 자본금과 적립금의 조정(유보처분)으로 처리하여야 할 뿐 법인세법상 그 발견시점에 있어서의 과세소득으로 익금산입할 것은 아니다.

2. 피고의 주장

① 차명주식의 실명전환과 관련하여 1997 사업연도 중 투자자산인 주식이 23억 4,000만원 증가하면서 부외로 유출된 현금 23억 4,000만 원은 그대로 원고 소유로 존재하고 있으므로 결국 원고의 순자산은 23억 4,000만 원만큼 증가되었다고 보아야 한다. 따라서 위 금액을 1997 사업연도의 익금으로 산입한 피고의 처분은 적법하다.

② 원고는 1998 사업연도에 주식을 처분하면서 그 장부가액인 23억 4,000만 원을 전액 손금으로 계상하였는데, 그 중 원고가 주식을 취득한 가액 19억 5,000만 원을 초과하는 3억 9,000만 원은 가공원가로서 손금이 될 수 없는 금액이다. 따라서 1997 사업연도에 23억 4,000만 원을 익금산입한 것이 위법하다면, 적어도 1998 사업연도의 가공원가 3억 9,000만 원은 손금불산입 되어야 한다. (나) 관계법령 (다) 인정사실

1. 원고는 1990년 이전에 제주, 광주 등의 지방에 여러 부동산을 취득하여 보유 하고 있었으나 이를 대차대조표 등 회사의 재무제표에 기장하지 않은 채 다른 사람들에게 명의를 신탁하여 이른바 ’비자금’ 형태로 보유하고 있었다.

2. 원고는 해양 복합 레저타운 사업을 위하여 충남 연포 지역에 74만여 평의 부동산을 소유하고 있었는데, 1990. 5. 8. 정부의 경제특별조치에 의하여 그 중 27만여 평이 비업무용 부동산으로 판정받아 제3자에 매각하여야 할 형편이었다.

3. 당시 원고는 위 27만여 평을 제3자에게 매각하게 된다면 위 74만여 평 전체의 통일성을 해치고, 해양 복합 레저타운 사업에 필요한 토지로도 지나치게 협소해지는 등으로 당초의 해양 복합 레저타운 사업을 추진하는 데 어려움이 있다고 판단하여, 자회사를 세워서라도 비업무용으로 판정받은 부동산을 보유하기로 하였다.

4. 원고는 위 1)항 기재 부동산들을 매각한 대금으로 자금을 마련한 다음, 1990년 10월경 휴면 법인인 △△기업 주식회사 발행 주식 1만 주(액면가 5,000원) 전부를 인수하여 전항의 비업무용 부동산을 보유하는 자회사로 삼고 그 상호를 주식회사 □□(이하 ’□□’라고만 한다)로 변경하였다.

5. □□는 1991. 3.부터 1993. 12. 15.까지 4회에 걸쳐 122만 주(액면가 5,000원)의 신주를 발행하여 합계 61억 원을 증자한 바 있는데, 이때 원고는 위 1)항 기재 부동산을 매각하여 마련한 자금 19억 원으로 증자 주식 중 신주 38만 주를 추가로 인수하였다.

6. 원고는 위와 같이 □□의 선주를 인수할 때 그 인수 대금을 비자금 형태로 보유하던 부동산을 매각하여 마련한 자금으로 지불하였으므로, 신주의 취득을 회사의 대차대조표 등 재무제표에 공식으로 기장하는 것이 불가능하여 이AA 등 22명의 명의를 빌려 보유하게 되었다.

7. 원고는 □□ 주식의 명의수탁자들이 차명 주식의 장기 보유에 대한 우려 등을 비롯한 여러 가지 불편을 호소하고, 정부 당국의 정책도 변화함에 따라 명의를 환원시키는 것이 좋을 것이라고 판단하고 위 주식 모두를 회사 명의로 환원시키기로하였다.

8. 원고는 위 주식의 명의 환원 방식을 강구하던 중, ’명의신탁을 해지’하는 내용으로 재무제표에 기장하는 방식은 명의신탁하였던 사실을 외부에 공표하는 것이 되므로 회사의 대외 이미지 관리상 문제가 있다는 지적이 있어 그 방식을 취하지 않고, 명의수탁자들에게서 주당 6,000원에 매수하는 형식을 취하고 매수한 주식은 재무제표에 기장하며 매매대금으로 지출된 현금은 부외자산으로 관리하기로 하고, 1997. 11. 27.부터 1997. 12. 20.까지 3회에 걸쳐 이AA 등에게 명의신탁으로 보유하고 있던 주식 합계 39만 주를 명의자들로부터 합계 23억 4,000만 원에 매수하는 매매계약의 형식을 취한 다음 원고의 회계장부에 주식 합계 39만 주를 기장하고, 그 매매대금 상당액인 합계 23억 4,000만 원을 명의자들의 예금 계좌에 입금했다가 수일 후 다시 인출하여 원고의 비자금 관리 계좌인 권BB 등의 차명 계좌로 입금해 부외자산으로 보유·관리하였다.

9. 원고는 1998. 12. 31. QQQQ랜드 주식회사에 □□ 주식 39만 주를 10억 9,200만 원에 양도하였는데, 주식의 장부가액 23억 4,000만 원을 처분원가로 하여 이를 1998 사업연도에 전액 손금산입하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 42, 43호증, 을 제15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 (라) 판단 살피건대, 법인세의 과세표준과 관련하여 세법은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액에서 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 공제한 금액에 의하여 소득을 계산하도록 규정하고 있는바, 이는 당기에 속하게 될 수익에서 당기에 속하게 될 비용을 공제하여 당기의 순이익을 산정한다는 의미이기도 하고, 기초의 순자산과 기말의 순자산을 비교하여 재산 증감에 따라 손익을 산정한다는 의미이기도 한 것으로, 이 양자는 접근 방식에 차이가 있을 뿐 결국 같은 금액의 당기순이익을 산출해 낸다는 점에서는 마찬가지인데, 원고의 1997 사업연도 보유자산은 기초와 기말에 같은 형태와 내용의 자산(장부에 기장하였는지 여부에 차이가 있을 뿐 주식 자산과 현금 자산을 실질로 보유하는 현황에는 아무런 변화가 없다)이 보유·관리되었던 것이므로, □□ 주식의 실명전환거래는 실질적으로 원고의 1997 사업연도의 법인세 과세표준인 소득에 아무런 영향도 미치지 않았다 할 것이다. 따라서 이 사건 부외자금을 자산 누락으로 보아 익금산업한 피고의 처분은 위법하다. 다만, 원고가 1998 사업연도에 □□ 주식을 양도하면서 전액 손금산입한 주식의 장부가액 23억 4,000만 원은 1997 사업연도에 매매 형식으로 주식의 명의가 환원될 때 실제로는 지출되지 않은 매매대금 상당액으로서, 원고가 주식을 취득한 가액 19억 5,000만 원에서 임의로 증가된 것에 불과하므로, 주식 양도에 따른 손금으로 위 장부가액을 전액 산입할 수는 없고 그 중 취득가액에 해당하는 19억 5,000만 원이 손금으로 산입될 수 있을 뿐이라고 보아야 한다. 따라서 원고가 1998 사업연도에 손금 산입한 23억 4,000만 원 중 19억 5,000만 원을 초과하는 3억 9,000만 원은 손금불산입 되어야 한다.

(7) 정당한 세액 위와 같이 살펴본 바에 따라 부당행위계산 부인 중 해외파견자 인건비 부분을 손금산입하고, XX 사업부 양도관련 자산처분손실 부분을 손금산입하며, 이 사건 부외 자금 23억 4,000만 원을 익금산업에서 제외하되, 부외자금 관련 주식 양도 시 손금산입한 장부가액 중 3억 9.000만 원을 손금불산입하여 원고가 부담할 1999 사업연도의 정당한 과세표준과 세액을 다시 계산하면 별지 1999 사업연도 법인세 세액계산표 각 기재와 같고, 결국 1999 사업연도 귀속 법인세의 정당한 세액은 위 표 ’정당한 세액’란 기재와 같이 20,695,596,870원이 된다.』

그렇다면 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 20,695,596,870원을 초과하는 부분에 한하여 위법하므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제l심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.