실지거래가액 신고상태에서 확정신고기한 경과 후 기준시가로 수정신고한 경우 효력

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2007. 11. 9. 원고에게 한 2004년도 귀속 양도소득세 90,400,190원의 경정처분을 취소한다.

주문과 같다.

• 가. 원고는 1989. 5.경 인천 강화읍 AA리 465-1 전 2,681㎡외 3필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득한 후 2004. 8. 23. 정BB에게 양도하였다.
• 나. 원고는 2004. 10. 31. 피고에게 이 사건 토지에 관한 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 일부개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 제6호에 의해 위 토지의 실지거래가액(양도가액 144,000,000원 및 취득가액 132,000,000원)에 따라 산정된 양도소득세 477,900원을 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 피고는 이 사건 토지의 실지거래가액을 조사한 결과 그 양도가액이 509,000,000원임을 확인한 후 2007. 10. 2. 원고에게 위 양도가액으로 양도소득세 과세표준과세액을 경정할 것이라는 내용의 세무조사결과를 통지하였다.
• 라. 이에 원고는 2007. 10. 31. 소득세법 제96조 제1항 본문에 의하여 이 사건 토지의 기준시가(양도가액 143,944,000원, 취득가액 30,902,048원)에 따라 산정된 양도소득세 21,139,037원을 수정신고ㆍ납부(이하 ‘이 사건 수정신고’라고 한다)하였다.
• 마. 이에 대하여 피고는 2007. 11. 9. 위 수정신고가 부적법하다고 보고 소득세법 제114조 제4항 단서에 의하여 세무조사결과 확인된 실지거래가액(양도가액 509,000,000원, 취득가액 132,000,000원)에 따라 산정된 2004년도 귀속 양도소득세 90,400,190원(기납부세액를 공제한 금액)을 결정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증, 갑 제7호증의 1 내지 4, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장 원고는 2007. 10. 31. 국세기본법 제45조 제1항 제1호, 소득세법 제96조 제1항 본문에 의하여 기준시가에 따라 산정된 양도소득세 21,139,037원을 적법하게 수정신고ㆍ납부하였고, 이 경우 피고는 구 소득세법 제114조 제2항, 제4항을 적용하여 실제로 확인된 실지거래가액으로 양소도득세액을 경정할 수 없는데, 피고는 위 수정신고를 무시하고 실지거래가액에 따라 양도소득세를 경정 • 부과하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장 원고가 조세부담을 줄일 목적으로 실지거래과액을 과소신고한 후 당초 예정신고한 세액보다 많은 양도소득세가 부과될 것을 알게 되어 양도차익의 계산방법을 기준시가로 변경하는 내용으로 수정신고한 이 사건의 경우에도 수정신고를 적법한 것으로 본다면, 예외적으로 양도소득세를 실지거래가액으로 결정할 수 있도록 정한 소득세법 96조 제1항 제6호 규정이 사문화될 뿐만 아니라 법적 안정성을 해할 우려가 있다. 따라서 이 사건 수정신고는 부적법하여 받아들일 수 없으므로, 소득세법 제114조 제4항 단서에 따른 이 사건 처분은 적법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 구 소득세법 제96조 제1항 및 제97조 제1항 제1호 (가)목은, 같은 법 제94조 제1항 제l호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액 및 취득가액은 원칙적으로 기준시가에 의하도록 규정하면서, 예외적으로 실지거래가액에 의하는 경우의 하나로 같은 법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제l호 (가)목 단서에서 ‘양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 양도소득과세표준 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우’를 규정하는 한편, 같은 법 제114조 제4항은 그 단서(이하 ‘이 사건 단서 규정’이라 한다)에서 “거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”라고 규정하고 있다. 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서가 기준시가 과세원칙의 예외로서 실지거래가액에 의하여 신고할 수 있는 종기를 양도소득과세표준확정신고기한까지로 규정하고 있는 취지, 양도소득과세표준 예정신고와 확정신고의 관계 등에 비추어 보면, 이 사건 단서 규정 소정의 ’제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우’라 함은 양도소득과세표준 확정신고기한까지 실지거래가액에 의한 양도소득과세 표준 예정신고 또는 확정신고의 효력이 유지되고 있는 경우를 의미한다고 봄이 타당하므로, 양도자가 사실과 다른 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고만을 한 상태에서 확정신고기한이 경과한 이상 관할세무서장 등은 확인된 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 있고, 양도자가 확정신고기한 경과 후에 기준시가에 의하여 수정신고를 하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두26520 판결 참조). 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 토지에 과한 양도소득과세표준 예정신고를 한 상태에서 확정신고기한이 경과하였고, 원고가 당초 신고한 실지거래가액이 사실과 달라 과세관청인 피고가 확인된 실지거래가액에 따라 양도소득과세표준과 세액을 경정하여 이 사건 처분을 한 이상, 설령 원고가 확정신고기한 경과 후에 기준시가에 의하여 수정신고를 하였더라도, 위 처분은 적법하다. 따라서 원고의 이 사건 청구는 이유가 없다.

원고의 청구를 기각해야 하는데 제1심 판결은 이와 결론이 다르므로 부당하고 피고의 항소는 이유가 있어 이를 받아들여 주문과 같이 판결한다.