동일한 법인이더라도 법인세 부과처분과 근로소득세 징수처분은 별개의 처분임

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 원고가 항소심에서 청구를 확장한 부분의 소를 각하한다.

3. 항소비용(청구확장으로 인하여 생긴 비용 포함)은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 ① 2007. 8. 13.자 2003년 귀속 법인 세 11,307,360원, ② 2007. 8. 16.자 2003년 2기분 부가가치세 10,244,190원, ③ 2008. 2. 1.자 2003년 1월분 근로소득세 8,888,480원의 각 부과처분을 취소한다(원고는 이 법 원에서 위 ③항의 청구취지를 확장하였다).

• 가. 원고는 건축 및 토목 공사업 등을 영위할 목적으로 설립된 회사로서(2005. 11. 11. 상호를 ‘주식회사 AA이엔씨’에서 현재의 ‘주식회사 BB그룹’으로 변경하였다), 아래 표 기재와 같아 주식회사 CC부강산업(이하 ‘CC부강산업’이라고 한다) 명의로 된 공급가액 합계 60,800,000원의 매입세금계산서 2장(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)을 교부받은 후 이를 기초로 매입세액 공제를 하여 2003년 2기분 부가가치세 신고를 하고, 위 60,800,000원을 손금산입하여 2003년 귀속 법인세를 신고하였다.
• 나. 피고는 성동세무서장으로부터 CC부강산업이 자료상이라는 통보를 받고 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 수취된 가공세금계산서로 보아 위 60,800,000원을 손금불산입하여 2007. 8. 13. 원고에 대하여 2003년 귀속 법인세 11,307,360원을 경정ㆍ고지하고, 같은 이유로 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 2007. 8. 16. 2003년 2기분 부가가치세 10,244,190원을 경정ㆍ고지하였다. 또한 피고는, 원고의 대표이사 이AA에게 인정상여 처분된 66,880,000원에 관하여 2008. 2. 1. 2003년 l윌 분 근로소득세 원천징수분 8,888,480원의 징수고지를 하였다(위 법인세 및 부가가치세 부과처분과 근로소득세 징수고지를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실 갑 1, 2, 4호증 갑 5호증의 1, 2, 을 1호증의 1, 2, 을 2, 3호증, 을 4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지 원고는 DD벤쳐스 등으로부터 인테리어 공사를 도급받았는데, 이 사건 세금계산서는 ① 원고가 하도급업자인 한EE로부터 자재를 매입하고 받은 것이거나 또는 ② 한EE가 CC부강산업으로부터 자재를 매입하고 받은 것으로서 어느 경우나 실제 거래에 따라 세금계산서를 정당하게 수취한 것이므로, 이 사건 세금계산서가 허위라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.
• 나. 부가가치세 부분 원고 주장 자체에 의하더라도 원고는 공사 전체를 한EE에게 일괄 하도급을 주었고 이 사건 세금계산서는 한EE가 CC부강산업으로부터 재화를 공급받은데 대한 것인데, 그 기재 내용은 CC부강산업이 원고에게 공급한 것처럼 되어 있어 그 자체로 사실과 다르게 적힌 세금계산서라 할 것이므로 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 에 따라 매입세액 공제 대상이 될 수 없다. 따라서 그 매입세액을 불공제한 이 사건 부가가치세 부과처분은 정당하다.
• 다. 법인세 부분 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하도록 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조). 이 사건의 경우, 이 사건 세금계산서에 공급자로 기재되어 있는 CC부강산업은 실물 재화의 공급 없이 허위 내용의 가공 세금계산서를 작성하여 판매하는 이른바 자료상으로 밝혀진 사실이 인정될 뿐 아니라(을 2, 3호증), 원고의 필요경비를 산정하는 기초 자료들은 과세관청인 피고로서는 조사하기 어려운 반면 원고에게는 입증하기 용이한 것들이므로 원고에게 그 입증의 필요가 있다고 보는 것이 타당하다. 그러므로 원고가 2003사업연도 기간 중 한EE로부터 실제로 이 사건 세금계산서의 공급가액인 6,080만 원에 상당하는 자재를 매입하고 그 대금을 지급하였거나 또는 하수급자인 한EE에게 위 금액 상당의 공사비를 지급하였는지 사실이 있는지 여부에 관하여 살피건대, 이 사건 변론 과정에서 원고가 제출한 증거만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 객관적인 증거가 없다. 따라서 위 금액 상당을 손금불산입한 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다고 할 것이다.
• 라. 근로소득세 부분 직권으로 살피건대, 갑 4호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 처분 중 부가가치세 및 법인세 부과처분에 대해서만 그 취소를 구하는 심판청구를 하고, 근로소득세 징수처분에 대해서는 따로 심사 또는 심판청구를 하지 아니한 사실이 인정된다. 그런데 국세기본법 제56조 제2항 은 세법에 의한 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다고 규정하고 있는바, 동일한 법인소득에 근거를 둔 법인세 부과처분 및 근로소득세 징수 고지 처분은 각기 독립한 별개의 처분으로서 법인세 부과처분만을 대상으로 한 심판청구의 효력이 근로소득세 원천징수분에 대한 정수처분에까지는 미치지 아나한다 할 것이므로(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 참조), 이 사건 근로소득세 징수처분에 관한 원고의 소는 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 것이므로 부적법하다.

그렇다면, 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 이에 대한 원고의 항소를 기각한다. 한편 항소심에서 확장된 이 사건 근로소득세 징수처분에 관한 청구 부분의 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.