토지 취득후 토지를 임대하기 위한 건축물 철거비용의 매입세액 공제 여부

1.원고와 피고의 항소를 모두 기각한다. 2.항소비용은 각자 부담한다. 청구취지 및 항소취지 1.원고의 청구취지 및 항소취지

• 가. 청구취지 피고가 2007.6.1.원고에 대하여 한 2000년 법인세 4,346,270원, 2000년 1기분 부가가치세 10,920,620원, 2003년 1기분 부가가치세 4,736,310원, 2005년 2기분 부가가치세 13,892,380원의 각 부과처분, 2008.11.6.원고에 대하여 한 2004년분 법인세 및 농어촌 특별세 1,406,195,590원의 부과처분(이하‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 모두 취소한다.
• 나. 항소취지 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 이 사건 각 처분 중 피고가 2007.6.1.원고에 대하여 한 2000년 법인세 4,346,270원의 부과처분을 제외한 나머지 처분을 취소한다.

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심 판결의 인용

• 가. 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래 나.항에서 추가로 판단하는 부분외에는 제1심 판결문 이유란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
• 나. 추가로 판단하는 부분 (1)원고의 주장에 대한 판단 (가)원고는, 2004년 법인세 및 농어촌특별세에 대하여, 기업회계기준상의 손익의 발생에 관한 기준(제4호 A33.)은 ‘법적소유권이 이전되거나 또는 소유에 따른 위험과 효익이 구매자에게 실질적으로 이전된 이후에도 판매자가 중요한 행위를 추가로 수행할 의무가 있는 경우에는 해당 행위가 완료되는 시점에 수익을 인식한다’고 규정하고 있는데, 이 사건 매매계약의 대상인 14필 중 2필지가 근저당 때문에 뒤늦게 수용되었고, 원고는 2006.6.15.수용보상금을 받았으며, 그에 대한 소유권이전등기가 2006.7.13.마쳐졌으므로, 나머지 12필지에 대한 소유권이전등기가 2004.12.30.마쳐졌다고 하더라도 ‘중요한 행위를 수행하여 그 행위가 완료된 시점’은 2006.6.이고, 따라서 2006.6.에 수익을 인식하는 것이 옳다는 취지의 주장을 한다. 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 가 고정자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속 사업연도에 대하여 명확하게 규정하고 있는 이상 굳이 기업회계기준상의 손익의 발생에 관한 기준을 채택하여 손익의 귀속을 정할 필요가 없음은 앞서 본 바와 같고, 2004년 법인세와 농어촌특별세는 나머지 12필지에 대한 것이므로 원고가 주장하는 사유만으로는 위 2필지의 소유권이정등기 시기나 수용보상금 지급시기와 관련하여 나머지 12필지에 대한 익금의 귀속 사업연도를 결정할 필요는 없다. 따라서, 이에 관한 원고의 위 주장은 이유 없다. (나)또한 원고는, 2004년 법인세 및 농어촌특별세에 대하여, 손익의 귀속시기 결정은 기술적이고 난해한 특성을 가지고 있는데, 특히 이 사건과 같이 여러 사업연도에 걸친 총 수익 또는 총 세액에 아무런 차이가 없고 분배방법상 차이가 있을 뿐인 경우 원고가 귀속 사업연도를 잘못 결정하였다고 하여 의무해태를 탓할 수 없을 뿐만 아니라, 과세관청인 피고도 2003년도 법인세 중 일부에 대하여 귀속 사업연도를 잘못 결정하여 2004년으로 그 귀속 사업연도의 경정결정을 받은 사실이 있는 점을 고려하면, 원고가 귀속 사업연도를 잘못 결정하였다 하더라도 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 의 정당한 사유가 있다 할 것이므로, 각 가산세를 부과한 것은 위법하다는 취지의 주장을 한다. 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 가 고정자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속 사업연도에 대하여 명확하게 규정하고 있는 이상 원고가 주장하는 사유만으로는 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 의 정당한 사유가 있다고 할 수 없고, 이는 과세관청인 피고가 귀속 사업연도를 잘못 결정하여 경정결정을 받은 사실이 있다고 하더라도 마찬가지다. 따라서, 이에 관한 원고의 위 주장은 이유 없다. (2)피고의 주장에 대한 판다 (가)피고는, 제1심 판결은 2000년 법인세에 대하여, ‘세금계산서 미교부’ 또는 ‘세금계산서 합계표 미제출’을 그 사유로 보아 토지나 건축물의 경우에 2001년 개정 전의 법인세법 제76조 제9항 제1,2호를 적용하는 것은 과잉금지원칙에 위반된다고 판단하였지만, 원고에 대한 2000년 법인세는 ‘사실과 다른 세금계산서를 교부’하였다는 점을 그 사유로 하였으므로, 위 판단은 잘못되었다는 취지의 주장을 한다. (나)그러나, 원고에 대한 2000년 법인세는 2001년 개정되기 전의 법인세법 제121조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 제121조 제3항에 의하여 매입․매출처별계산서합계표를 제출하지 아니한 경우에 해당하여 제76조 제9항 제1,2호에 따라 부과된 것이 명백하므로, 이에 관한 피고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 제1심 판결은 정당하고 원고와 피고의 항소는 모두 이유 없으므로, 원고와 피고의 항소를 모두 기가하기로 하여 주문과 같이 판결한다.