손금불산입 된 매입금액이 당기 상품매입액 및 원재료 매입액 합계의 92.6%에 이르고, 전체 매출원가 대비하여도 64.9%에 이르는 점 등을 종합하면 매입 등 매출원가에 관한 중요한 부분이 미비 또는 허위여서 실질과세의 방법을 사용할 수 없는 경우에 해당되어 추계과세의 방법에 의하여 결정하여야 함
손금불산입 된 매입금액이 당기 상품매입액 및 원재료 매입액 합계의 92.6%에 이르고, 전체 매출원가 대비하여도 64.9%에 이르는 점 등을 종합하면 매입 등 매출원가에 관한 중요한 부분이 미비 또는 허위여서 실질과세의 방법을 사용할 수 없는 경우에 해당되어 추계과세의 방법에 의하여 결정하여야 함
1.제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2007. 9. 1. 원고에 대하여 한 2003년도 귀속 종합소득세 846,744,330원의 부과처분을 취소한다. 2.원고의 나머지 항소를 기각한다. 3.소송총비용 중 15%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2007. 9. 1. 원고에 대하여 한 2002년도 귀속 종합소득세 106,403,620원 및 2003년도 귀속 종합소득세 846,744,330원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
아래와 같은 이유에서 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다. 첫째, 원고는 소외 회사의 이사로서 월급을 받으며 근무하였을 뿐, 소외 회사를 실질 적으로 경영한 사실이 없고, 소외 회사의 실제 대표자는 김BB이다. 둘째, 소외 회사는 2002 사업연도와 2003 사업연도 법인세 신고시 실물 거래에 근거 한 정당한 세금계산서에 의하여 신고하였으므로 그 신고내용 대로 매입금액을 인정하여야 한다. 셋째, 피고는 실질조사의 방법에 의하여 소외 회사의 법인세 과세표준과 세액을 정하여 이 사건 부과처분을 하였다고 하나, 이 사건 부과처분의 경우 매출액 대비 부인되는 매입원가의 비율이 높아 세법에서 정한 ’필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당하므로 추계조사의 방법에 의하여 소외 회사의 법인세를 결정하고 이를 근거로 원고에 대한 소득금액을 결정하여야 한다.
별지 관계법령 기재와 같다.
1. 갑 제4호증, 을 제6, 7호증의 각 기재에 의하면, 소외 회사의 법인등기부상에는 2002. 7. 10.부터 2004. 6. 14.까지 김AA이 대표이사로 등재되어 있었고, 김AA이 소외 회사 발행주식총수 중 2002. 12. 31. 현재 50%의 지분을, 2003. 1. 1. 현재 48.33%의 지분을 보유하여 소외 회사 최대 주주이었던 사실, 원고는 소외 회사의 ’전무이사’ 직함이 기재된 명함을 만들어 사용하였고, 2003년 귀속 근로소득 원천징수영수증상으로는 소외 회사로부터 27,000,000원의 급여를 지급받은 것으로 되어 있는 사실을 인정할 수 있다
2. 그러나 한편, 위 각 증거들과 갑 제9호증의 1, 3, 을 제5, 8, 10, 15, 32, 33호증 (가지 번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 인천세무서장이 2006. 9. 8. 소외 회사(김AA과 소외 회사 대표자로 등재되었던 김CC, 원DD)에게, 소외 회사가 2003년 제1기 및 2004년 제1기 과세기간 중 ▽▽어패럴 등의 자료상으로부터 매입세금계산서 1,587,313,000원 상당을 수취한 경위, 거래관련 장부 및 대금수수 관련 증빙서류, 법인통장 등을 지참하고 2006. 9. 18.까지 출석할 것을 통보한 사실, 그런데 원고가 2006. 9. 14.경 인천세무서장에게, ”김AA이 2002. 7. 1.부터 2004. 6. 15.까지 소외 회사의 대표이사로 등재되어 있었으나, 명의만 대표이사로 등재되어 있을 뿐, 교통사고 장애인으로서 거동이 불편하여 사업을 할 수 있는 형편이 못되었다. 원고와 김AA의 매제인 김BB이 2002. 7. 10.경 소외 회사를 인수하여 모든 업무를 수행하였다. 원래는 원고가 소외 회사의 대표이사로 등재되어야 하지만, 종전에 하던 사업이 부도가 나서 본인 명의로 사업자 명의를 할 수 없어, 대신 처 이EE이 소외 회사의 이사로 등재된 것이다”라는 내용의 확인서(을 제6호증)를 작성, 제출하였던 사실, 원고의 처 이EE이 소외 회사 발행주식총수 중 2002. 12. 31. 현재 30%의 지분을, 2003. 1. 1. 현재 31.67%를 각 보유하고 있었고, 소외 회사의 이사로 등재되어 있었던 사실, 인천세무서장은 2005. 7. 29.경 소외 회사, 김AA 및 원고를 조세범처벌법 위반 혐의로 인천남부경찰서에 고발하였는데, 이때 김AA은 수사기관에서 ’원고가 소외 회사를 실제로 운영하였다’고 진술하였고, 원고는 ’김BB과 동업하여 소외 회사를 운영하였다’는 취지로 진술하였던 사실, 김AA은 2007. 1. 12.경 인천세무서장에게 자신이 소외 회사의 실제 대표이사가 아니라는 이유로 고충처리 청구를 하면서 원고가 소외 회사의 실질적인 대표자라고 하였던 사실을 인정할 수 있다.
3. 위 2)항의 인정사실을 종합하면, 원고는 2002. 7.경부터 처 이EE을 통하여 소외 회사에 대한 지분을 보유하면서 소외 회사의 영업활동을 하는 등 소외 회사를 주도적으로 경영하여 온 사실을 알 수 있으므로, 원고는 소외 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적 대표자의 지위에 있었던 것으로 인정되고, 위 1)항의 인정사실과 갑 제5호증의 1, 갑 제17호증, 갑 제18호증의 1, 을 제9호증의 1의 각 기재, 제1심 증인 김FF의 증언만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없다. 따라서 원고의 첫째 주장은 이유 없다.
1. 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용 인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허 위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192판결 등 참조).
2. 이 사건의 경우, 소외 회사가 신고한 2002 사업연도와 2003 사업연도 매출이 정 상 거래에 의한 금액이라는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없으나, 매입금액 중 쟁점금액에 대하여는 실물 거래에 의한 비용인지 여부에 관하여 다투어지고 있으므로 이에 관하여 살펴본다. 을 제15 내지 27호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면,① 소외 회사의 2002 사업연도와 2003 사업연도 매입금액 중 가공매입으로 확정되어 손금불산입된 매입거래처와 매입금액은 별지 매입세금계산서 내역 기재와 같은 사실,② 위 각 매입처 중 주식회사 JJ무역은 단기간 내에 사업장을 수차례 이전하는 등 무단 전출 끝에 직권으로 폐업처리된 업체로서 관할 세무서인 서초세무서에 의하여 2001년 2기부터 2003년 2기까지의 매입금액 중 79.3%가 가공매입으로 확인되었고, 그 대표자로 있던 전FF도 2002년 하반기부터 회사가 어려지고 덤핑 물건의 현금매입에 따른 부가가치세 부담으로 자료상으로부터 매입을 과다하게 받아 가공 매출세금계산서를 발행하게 되었다고 진술하고 있는 사실,③ 주식회사 AA스의 관할 세무서인 동대문세무서는 사실조회 등을 통하여 AA스의 거래내역을 확인한 결과 2002년 2기 부실매입비율(실물 거래 없이 가공 매입세금계산서를 수취한 부분)을 99%, 부실매출비율(실물 거래 없이 가공 매출세금계산서를 발행한 부분)을 53%, 2003년 1기와 2기 부실매입비율 및 부실매출비율을 각 100%로 조사한 사실,④ 또 같은 세무서는 편직 및 의류 임가공 업체인 BB교역에 대한 자료상 조사를 하면서 그 대표자인 강GG의 진술과 거래처 소명자료 등을 통하여 2001년 1기부터 2003년 1기까지의 BB교역의 매입, 매출내역을 확인하였는데, 그 중 원단 매입세금계산서는 실물 거래 없이 자료상 등으로부터 자료만 매입한 전액 가공자료로 확인되었고, 매출 역시 사용한 전기량이나 인건비 등에 대한 증빙 자료 등이 없는 점 등에 비추어 전액 실물 거래 없는 가공매출로 확인된 사실,⑤ 같은 세무서는 의류 및 섬유 도소매 업체인 주사회사 CC브도 자료상 혐의 법인으로 조사하였는데, 2003년도 그 각 거래처 추적조사 결과 통신 및 부동산 임대업자를 제외한 매입 거래처 전부가 자료상으로 확정되거나 혐의가 있는 업체들이었고 CC브 대표 및 이사에게 자료해명을 요구하였으나 실지 거래사실을 입증한 증빙을 전혀 제시하지 못한 채 연락두절 되었으며, 위와 같이 실질적으로 매입한 금액이 거의 전무하고 매출처로부터의 입금액도 이른바 ’뺑뺑이’(실물거래로 위장하기 위하여 돈을 입금한 후 바로 현금 인출하여 재송금하는 것) 거래로서 소외 회사 등과의 매출거래도 모두 가공거래로 조사된 사실,⑥ 의류 및 피혁 도매업체인 주식회사 DD드의 경우도 2003년도 매입거래처 조사결과 자료상과의 거래가 대부분으로 실질적 매입거래가 없었고, 소외 회사와의 거래도 뺑뺑이 거래 등에 의한 것으로서 가공매입에 대한 가공매출로 조사된 사실,⑦ 시즌상가는 의류 도소매업체로서 2003년도 부가가치세 신고서 분석 결과 시즌상가의 매출과표는 227,000,000원으로 신고하였으나 상대방 거래처에서는 시즌상가로부터 2,413,000,000원을 매입하였다고 신고하여, 소외 회사 등과의 거래는 실물 거래 없는 가공거래로 조사된 사실,⑧ 주식회사 EE딩은 주 매입처가 자료상혐의자들이었고 소외 회사가 EE딩에게 의류구입 대금으로 지불한 FF통상 발행의 약속어음은 부도난 것으로 처리되었으며 위 어음의 최종소지인인 GG유통은 자료상행위를 한 혐의로 경찰서에 고발된 업체이었던 사실,⑨ 한편 원고는 의류임가공업체인 ▽▽어패럴을 친구인 박HH 명의로 운영하면서 원단 중 일부를 정상적으로 구입하지 않고 시중에서 거래되는 일명 ‘뺑물건’을 정상거래가격 보다 20-30% 낮은 가격으로 구입하면서 일부 거래처에게 실물거래 없는 허위 세금계산서를 발행하고, 이를 실물거래로 위장하기 위하여 뺑뺑이 거래를 한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 쟁점금액에 관한 거래처들은 매입·매출거래의 상당부분이 허위여서 자료상 혐의를 받은 업체들로서 쟁점금액 관련 세금계산서 등의 자료가 실물 거래 없이 허위로 이루어졌다는 점에 관하여는 상당한 정도로 증명되었다고 봄이 상당 하고, 원고가 내세우는 갑 제9호증의 1 내지 3, 갑 제10호증의 1 내지 5의 각 기재만 으로는 쟁점금액이 실물 거래에 의한 매입금액으로서 실제로 그 비용이 지출되었다고 인정하기에 부족하므로, 피고가 쟁점금액을 가공매입으로 본 것은 정당하다. 따라서 원고의 둘째 주장도 이유 없다.
1. 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실제 액수에 의하여 결정하는 것이 원칙이므로, 납세자가 비치·기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허 위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분이 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사 방법에 의해서는 아니 된다. 그리고 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분 보다 불리하다거나 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수는 없지만, 과세표준과 세액결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증빙서류 등이 전혀 없거나 그 내용 중 상당 부분이 미 비 또는 허위이어서 거래에 관한 원가 등의 비용산정이 거의 불가능함에 따라 근거과세의 방법을 사용할 수 없는 경우와 같이 경제적 합리성과 타당성에 비추어 실지조사 가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수밖에 없는 예외적인 경우에는 추계과세를 할 수 있다고 보아야 한다(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누2241 판결, 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463판결 참조).
2. 2002 사업연도 부분 앞서 본 바와 같거나, 갑 제8호증, 을 제1, 4호증의 각 1, 을 제5호증, 을 제15호증 의 1 내지 을 제21호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 조사공무원의 세무조사 과정 등을 통하여 소외 회사의 장부 기타 증빙서류를 확인함으로써 소외 회사가 신고한 2002 사업연도 매출이 정상 거래임을 확정하였고, 소외 회사가 신고한 2002 사업연도 매입금액 중 JJ무역, AA스, BB교역과의 거래는 가공매입거래로 확정하여 그 매입금액 합계 297,130,000원은 손금불산입하고 나머지는 정상 매입으로 인정하여 과세표준과세액을 계산한 다음 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 106,403,620원을 부과하는 처분을 한 사실, 법인세 선고 당시 소외 회사는 2002 사업 연도 매출액을 1,466,158,684원, 당기 상품 매입액을 830,579,574원, 당기 원재료 매입액을 180,657,000원, 매출원가를 1,288,476,774원으로 신고한 사실을 인정할 수 있다. 위에서 본 바와 같이 2002 사업연도의 경우 소외 회사가 비치·기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있지만 그 허위기재 부분을 제외한 나머지 매입거래 부분이 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하고, 그 허위 기재 부분으로 인하여 손금불산입된 매입금액은 상품 매입액 및 원재료 매입액 합계액의 30% 미만, 매출원가의 23% 정도에 불과하므로, 나머지 매입거래 금액에 기초하여 상품 매입액 및 원재료 매입액과 매출원가를 산정하고 이를 근거로 과세표준을 계산한다고 하더라고 경제적인 합리성과 타당성을 크게 벗어난다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 부과처분 중 실지 조사 방법에 의하여 2002 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 정하고 손금불산입된 매입금액을 원고에게 상여처분하여 2002년도 귀속 종합소득세를 부과한 부분 은 적법하다.
3. 2003 사업연도 부분 앞서 본 사실 및 갑 제8, 11, 13호증, 을 제1호증의 2, 을 제4호증의 2 내지 6, 을 제15호증의 1 내지 을 제19호증의 4, 을 제21호증의 1 내지 을 제25호증의 2의 각 기 재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 소외 회사의 장부 기타 증빙서류를 확인하여 소외 회사가 신고한 2003 사업연도 매출이 정상 거래임을 확정하였고, 소외 회사가 신고한 2003 사업연도 매입금액 중 CC브, BB교역, JJ무역, EE딩, DD드, 시즌상가와의 거래는 가공매입거래로 확정하여 그 매입금액 합계 2,034,465,000원은 손금불산입하고 나머지는 정상매입으로 인정하여 법인세 과세표준 과세액을 계산한 다음 원고에게 2003년 귀속 종합소득세 846,744,330원을 부과하는 처분을 한 사실, 법인세 신고당시 소외 회사는 2003 사업연도 매출액을 3,562,802,687 원, 당기 상품 매입액을 1,981,513,000원, 당기 원재료 매입액을 350,239,500원, 매출원가를 3,325,431,567원으로 신고한 사실, 그 후 인천세무서장은 소외 회사의 2003 사업연도 매입금액 중 126,703,500원을 추가로 손금불산입하고 이를 원고에게 상여처분한 후 2009. 12. 4. 소득금액변동통지를 한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 나타난 바와 같이 2003 사업연도의 경우 손금불산입된 매입금액이 2,161,168,000원(=2,034,465,000원+ 126,703,000원)으로서 당기 상품 매입액 및 원재료 매입액의 합계 2,331,752,500원의 92.6%(이 사건 매입불산입금액 2,034,465,000원은 위 합계액의 87.2%)에 이르고 전체 매출원가에 대비하여도 64.9%에 이르는 점, 정상거래로 확인된 매출원가는 1,164,263,567원(=3,325,431,567원-2,161,168,000원)으로서 그 원가로 3,562,802,687원의 매출을 실현한다는 것은 비현실적인 점, 그 뿐 아니라 소외 회사는 의류를 구입하거나 제조하여 수출하는 법인으로서 위와 같은 매출금액이 발생하였다는 것은 그에 대응하는 상품 매입금액이나 원재료 매입액이 발생하였다고 보아야 하는데, 손금불산입되지 아니한 당기 상품매입액 및 원재료 매입액은 170,584,500원 (2,331,752,500원-2,161,168,000원)으로서 기초 상품 재고액 3,221,800원을 합산하더라도 173,806,300원에 불과하여 그 금액의 상품 및 원재료에 근거하여서는 도저히 위와 같은 매출을 실현할 수 없다고 보이므로, 상품 매입액 및 원재료 매입액에 관한 객관적 자료가 없다는 사정만으로 위와 같이 그 매입액 대부분을 부인하는 것은 합리성과 타당성이 결여된 것으로 볼 것인 점 등 여러 사정들을 종합하여 보면, 소외 회사가 2003 사업연도에 기장한 장부 또는 그 증빙서류는 상품 매입 및 원재료 매입액 등 매출원가에 관한 중요한 부분이 미비 또는 허위이어서 실질과세의 방법을 사용할 수 없는 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로 추계과세의 방법에 의하여 매출원가 내지는 법인세 과세표준과 세액을 결정한 다음 사외유출로 확인된 금액을 원고에게 상여처분 하여야 할 것이다. 따라서, 이 사건 부과처분 중 위와 같은 방법에 의하지 아니하고 원고에게 2003년 귀속 종합소득세를 부과한 부분은 위법하다.
4. 2003년 귀속 종합소득세 부과처분의 전부 취소 과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 하는 것이지만, 당사자가 제출한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 이와 같은 경우에 법원이 직권에 의하여 적극적으로 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다. 이 사건의 경우, 원·피고가 제출한 증거나 법원의 증거조사에 의하여 나타난 모든 증거자료에 의하더라도, 위 3)항에서 인정한 추계과세의 방법에 의하여 원고에 대한 2003년 귀속 종합소득세에 관한 정당한 세액을 산출하기에 부족하므로, 이 법원으로서 는 위법한 이 부분 처분을 전부 취소할 수밖에 없다.
원고의 청구는 2003년 귀속 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 제1심 판결 중 위에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 위 처분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.