비영리내국법인의 자산의 양도소득에 대한 과세특례

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2007. 8. 20. 원고에 대하여 한 2003사업연도 법인세 636,261,300원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 비영리내국법인인 원고는 2003. 9. 3. 소외 주식회사 AAA그룹에 평택시 BB읍 CC리 176-2 답 1,140㎡, 같은 리 176-5 전 4,109㎡, 같은 리 177-1 전 615㎡, 같은 리 177-2 도로 327㎡ 등 4필지 합계 6,191㎡를 2,248,800,000원에, 2003. 9. 16. 소외 김DD에게 같은 리 176-1 전 539㎡, 같은 리 176-3 도로 83㎡ 등 2필지 합계 622㎡를 28,266,000원에 각 매도하였다(이하 위 6필지를 ‘이 사건 토지’라 한다).
• 나. 원고는 2003. 11. 11. 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고만 한다) 제62조의2에 따라 소득세법에 정한 방법(기준시가 기준)으로 계산한 95,337,140원을 법인세로 예정신고함과 아울러 자진납부하였다.
• 다. 그 후 원고는 2003. 12. 2. 서울 강서구 화곡동 799-10 대 596.7㎡ 및 지상 상가건물(지상 3층, 지하 1층)의 소유권을 취득하고, 2003. 12. 5. 강서세무서장으로부터 2003. 12. 2.자로 임대수익사업을 개시한다는 내용의 사업자등록증을 교부받았다.
• 라. 원고의 사업연도는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지이다.
• 마. 피고는 2007. 8. 20. 원고가 2003사업연도에 부동산임대업을 영위하였으므로 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 법 제62조의2를 적용할 수 없다는 이유로 법인세법에 정한 방법(실거래가 기준)으로 계산한 810,782,580원을 원고의 2003사업연도 법인세로 부과처분하였다가 2008. 9. 1. 이를 636,261,300원으로 감액하는 경정처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 한편, 피고는 이 사건 처분의 과세표준을 계산함에 있어 원고가 2003. 11. 7.부터 2004. 4. 10.까지 사이에 고유목적사업에 실제 지출한 224,887,900원을 2003사업연도의 손금으로 인정하였다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 11. 16. 감사원에 심사청구를 제기하였으나, 2008. 11. 24. 감사원은 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 5호증의 각 기재

• 가. 당사자의 주장

(1) 원고 (가) 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 정한 법 제62조의2는 ‘자산의 양도 당시’ 비영리내국법인이 법 제3조 제2항 제1호에서 정한 임대업 등 수익 사업(이하 ‘수익사업’이라 한다)을 영위하지 않았다면 적용될 수 있는 규정임에도, 이와 달리 원고의 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 법 제62조의2의 적용이 배제되는 것으로 보고 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다. (나) 피고가 원고의 2003사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 법 제29조 제1항에 정한 고유목적사업준비금(이 사건 토지의 양도소득의 100분의 50 상당액)을 손금으로 산입하여야 함에도, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고 구 법인세법 시행령(2003. 11. 29. 대통령령 제18146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제99조의2 제2항은 법 제62조의2에 의한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 사업연도 단위별로 적용한다고 규정하고 있는바, 이는 비영리내국 법인이 사업연도 중에 수익사업을 영위하게 되는 경우에는 당해 사업연도에 발생한 자산양도소득 전부에 대하여 법 제62조의2에 의한 과세특례를 적용할 수 없다는 취지가 포함된 것이므로, 이 사건 처분은 적법하다.

• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 먼저 이 사건에 법 제62조의2가 적용될 수 있는지 여부에 관하여 본다.

(2) 법인세법은, 비영리내국법인에 대하여, 법 제3조 제2항 각호에서 열거하고 있는 일정한 수익사업 또는 고정자산의 처분으로 인한 수입 등에서 생기는 소득에 한하여 법인세를 납부할 의무를 지우면서(법 제3조 제1, 2항), 토지 또는 건물 등 일정한 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 ‘자산양도소득’이라 한다)에 대하여는, 그 선택에 따라, 법인세에 비하여 그 신고ㆍ납부 절차가 보다 간단한 (양도)소득세 과세체계에 따라 신고ㆍ납부할 수 있는 과세특례를 인정하고 있다(법 제62조의2). 그런데, 위 과세특례는 ‘수익사업을 영위하는 비영리내국법인’에 대하여는 적용되지 아니하며(법 제62조의2 제1항 제1문), 한편 법 제62조의2 제9항의 위임에 의하여 위 과세특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항을 정하고 있는 시행령 제99조의2 제2항은 “법 제62조의2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2의 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다.

(3) 이 사건에서 비영리내국법인인 원고는 2003. 1. 1.부터 2003. 12. 31.까지인 2003사업연도에 당초 수익사업을 영위하지 않고 있던 중 이 사건 토지를 양도하였고 그 후 2003. 12. 2.부터 비로소 부동산임대의 수익사업을 영위하였다는 것인데(수익사업을 영위한 기간 중에 별도의 자산양도소득이 있었다는 자료는 없다), 이와 같은 경우 이 사건 토지의 양도로 인한 자산양도소득에 대하여 위 과세특례 규정의 적용을 주장할 수 있는지 여부가 이 사건의 쟁점이다.

(4) 다음과 같은 점들에 비추어 보면, 이 사건과 같이 자산양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하지 않았고, 당해 사업연도 중 수익사업을 영위한 기간 동안에 달리 자산양도소득이 발생한 바 없는 경우에는, 그 자산양도소득에 대하여 위 과세특례 규정을 적용할 수 있다고 봄이 상당하다. (가) 법 제62조의2 제1항 제1문은 ”비영리내국법인(… 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이... 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득...이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있는데, 여기서 ‘수익사업을 영위하는’, ‘자산의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는’이라는 것은 문언상 ‘자산양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하는’이라는 의미로 얻는 것이 자연스럽다. (나) 위 과세특례가 적용되는 경우에는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 하는데(법 제62조의2 제7항), 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부는 원칙적으로 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 하여야 하는 점에 비추어 보면, 이미 양도시점부터 위 과세특례를 적용받을 것인지 여부를 선택할 것을 예정하고 있다. (다) 위 과세특례 규정을 둔 취지는 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인은 기장과 세무신고능력이 부족한 경우가 많기 때문에 납세절차를 간소화하기 위하여 마련된 것이라고 하는데, 수익사업을 영위하는지 여부, 즉 기장과 세무신고능력이 부족한지 여부는 자산의 양도시를 기준으로 판정함이 위 취지에 부합하는 것으로 보이고, 이렇게 보는 것이 비영리내국법인은 수익사업을 영위하는 경우에 한하여 기장의무가 있는(법 제112조) 것과도 조화를 이룬다. (라) 시행령 제99조의2 제2항이 “… 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 … 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2의 규정을 적용하지 아니한다"고 규정하고 있는 것은 어느 사업연도의 자산양도소득이 여러 개 있는 경우 그 중 일부에 대하여는 과세특례를 선택하고 나머지에 대하여는 과세특례를 선택하지 아니할 수 없도록 한 것일 뿐(만일 이를 허용한다면, 양도소득 세율과 법인세율 모두 누진세율 체계를 취하고 있는 우리 법제하에서 그 누진세율의 적용을 회피할 수 있게 된다), 위 조항이 직접적으로 어느 사업연도 중 일부 기간은 수익사업을 영위하고 나머지 기간은 수익사업을 영위하지 아니한 경우 과세특례의 적용을 배제한다는 취지까지 포함하고 있다고 할 수는 없다. (마) 위 과세특례규정을 적용하여 (양도)소득세 과세체계에 따라 신고ㆍ납부하는 것도 그 성질은 법인세이고, 법인세는 기간과세로서 과세기간인 사업연도 종료 당시에 과세요건이 완성되며 그 때 조세채무가 성립하는 것이지만, 위 과세특례의 적용 여부에 대하여도 사업연도 종료 당시 수익사업을 영위하는지 여부에 따라 이를 결정한다면, 예컨대 수익사업을 영위하던 비영리내국법인이 자산을 양도한 다음 사업연도 종료 당시 수익사업을 영위하지 아니하게 된 경우에도 위 과세특례의 적용을 주장할 수 있게 되어 부당한 결론에 이르게 된다. (바) 위와 같은 점들을 종합하여 보면, 비영리내국법인이 수익사업을 영위하지 아니하고 있던 기간 중 자산양도소득이 발생하였고, 그 후 수익사업을 영위하게 되었지만 그 때는 자산양도소득이 발생하지 아니한 경우에는 수익사업을 영위하지 아니한 기간 중 발생한 자산양도소득에 대하여 위 과세특례 규정의 적용을 선택할 수 있다고 볼 것이다. 그러나 비영리내국법인이 수익사업을 영위한 기간에 별도의 자산양도소득이 발생하였다면 당해 사업연도의 자산양도소득 전부에 대하여 위 과세특례 규정을 적용받을 수 없을 것인데, 이는 수익사업을 영위한 기간에 발생한 자산양도소득에 대하여 위 과세특례규정이 적용될 수 없는 이상, “과세특례는 사업연도 단위별로 이를 적용하되, 사업연도 단위별로 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 과세특례 규정을 적용하지 아니한다”는 시행령 제99조의2 제2항이 작용하여 수익 사업을 영위하지 아니한 기간 중 발생한 자산양도소득에 대하여도 과세특례 규정을 적용할 수 없기 때문이다.

(5) 위와 같이 이 사건에는 위 과세특례 규정이 적용될 수 있음에도 불구하고 그 적용이 배제된다고 보고서 한 이 사건 처분은 위법하다(그러므로 원고의 나머지 주장에 대하여는 살펴보지 아니한다).

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 받아들일 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.