지입차주가 직접 화물운송계약을 체결한 경우 지입회사를 대리한 행위로 볼 수 있는지 여부

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2004. 1. 19. 원고에게 한 1999년 제1기 부가가치세 50,016,180원, 1999년 제2기 부가가치세 30,063,760원, 2000년 제1기 부가가치세 33,981,240원, 2000년 제2기 부가가치세 54,847,800원, 2000 사업연도 법인세 52,699,650원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 운송 주선 등을 영위하는 법인으로 1999년부터 2000년까지 사이에 운송업자인 ☆☆냉동 주식회사(이하 ‘☆☆냉동’이라 한다)로부터 공급가액 1,085,815,037원 상당의 세금계산서 24장을 수취하여 이를 공제대상 매입세액 및 손금으로 산입하여 부가가치세와 법인세를 각 신고 납부하였다.
• 나. 이에 대하여 피고는 위 세금계산서 중 공급가액 867,922,221원 상당(이하 ‘이 사 건 세금계산서’라고 한다)은 ☆☆냉동에 지입된 개인차량의 차주들로부터 운송용역을 공급받고서도 사실과 달리 ☆☆냉동으로부터 이를 수취하였다는 이유로 그 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 산출하고, 증빙불가산세(증빙미수취금액 526,996,532원의 10%)를 적용하여 법인세를 산출하여, 2004. 1. 19. 원고에게 청구취지 기재와 같은 1999년 1. 271, 2000년 1. 2기 각 부가가치세 및 2000 사업연도 법인세를 각 경정 고 지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다) 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증의 각 1 내지 12, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 원고는 ★★★★ 주식회사(이하 ‘★★★★’이라 한다)로부터 운송용역을 수주하여 ☆☆냉동 소속 차량을 이용하여 운송용역을 제공한 후 ★★★★에게는 원고 명의의 매 출세금계산서를 발행ㆍ교부하고 ☆☆냉동으로부터는 ☆☆냉동 명의의 매입세금계산서를 교부받는 방법으로 정상거래하여 왔는바, ☆☆냉동 명의로 발행ㆍ교부받은 이 사건 세금계산서는 공급자가 다른 허위의 세금계산서라 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

(2) ☆☆냉동이 신고ㆍ납부한 부가가치세액은 그대로 둔 채 이 사건 매입세액을 불공제하여 이 사건 처분을 한 것은 이중과세로서 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) 원고는 1998. 6. 1. ★★★★과 사이에 원고가 ★★★★의 냉동제품을 운송하고, ★★★★은 구간별 운송요금표에 따라 원고에게 운송요금을 지불하기로 하는 운송계약 을 체결하고 해마다 운송요금을 변경하여 위 계약을 갱신하여 왔다.

(2) 이 사건 세금계산서에 상응하는 물품운송용역에 제공된 차량은 양○○을 비롯한 개인차주들(이하 ‘이 사건 지입차주들’이라고만 한다)이 ☆☆냉동에 지입하여 ☆☆냉동 명의로 등록된 차량들 및 양○○이 개별적으로 모집한 다른 개인차주들의 차량이었다.

(3) 이 사건 지입차주들은 종래 주식회사 ●●냉동에 차량을 지입한 채 원고의 의뢰를 받아 ★★★★의 제품을 운송하였는데, 위 회사가 1998. 2.경 부도를 내자 원고의 실질적 운영자인 이◆◆의 주선으로 ☆☆냉동에 차량을 지입한 다음 계속하여 원고의 의뢰로 ★★★★의 제품을 운송하였다.

(4) 이 사건 지입차주들 중 1인이자 원고의 감사로 등재되어 있던 양○○은 직접 차량관리대장을 작성하는 등 이 사건 지입차주들을 관리하면서 원고로부터 ★★★★ 제품 운송을 의뢰받으면 구체적인 배차계획을 세워 이를 이 사건 지입차주들에게 배분하여 운송용역을 제공하도록 하였고, 일감이 많을 경우 개별적으로 모집한 다른 개인차주들에게 운송용역을 의뢰하기도 하였다. 한편 ☆☆냉동은 ★★★★ 제품의 운송과 관련하여는 이 사건 지입차주들에게 어떠한 지시나 감독을 하지도 않았다.

(5) 원고는 ★★★★으로부터 받은 운송료 중 알선수수료 등을 공제한 금액을 양○○ 에게 지급하였고, 양○○은 그 중 일부를 ☆☆냉동에게 관리비, 보험료, 유류대 등의 명목으로 지급한 다음 나머지 금액을 이 사건 지입차주들에게 분배하였다. 원고는 또 한 ★★★★으로부터 받은 운송료에 대한 10%의 부가가치세를 분기별로 양○○에게 송금하였고, 양○○은 이를 ☆☆냉동에게 지급하였으며, ☆☆냉동은 일괄하여 부가가치세를 신고하고 원고에게 이 사건 세금계산서를 발행ㆍ교부하였다.

(6) 이 사건 세금계산서에 대한 과세관청의 조사 당시 원고의 대표이사인 김◎◎은 이 사건 지입차주들이 사업자등록을 하지 아니하여 세금계산서를 교부할 수 없었기 때문에 ☆☆냉동 명의로 이 사건 세금계산서를 교부받았다는 내용이 기재된 확인서를 과세관청에 제출하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 8호증, 갑 제9호증의 1 내지 20, 갑 제10호증의 1 내지 3, 갑 제12 내지 16호증, 을 제1 내지 8호증, 을 제13호증의 각 기재, 제1심 증인 김◇◇, 이◆◆, 제1심 및 환송 후 당심 증인 양○○의 각 증언, 환송 전 당심 법원의 영등포구청장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제2항 제1호의2는 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고, 법 제16조 제1항 제1호는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭을 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있으므로, 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우에 있어서의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 공제받을 수 없다. 한편, 화물자동차운송사업면허를 가진 운송사업자와 실질적으로 자동차를 소유하고 있는 차주 간의 계약으로 외부적으로는 자동차를 운송사업자 명의로 등록하여 운송사 업자에게 귀속시키고 내부적으로는 각 차주들이 독립된 관리 및 계산으로 영업을 하면 서 운송사업자에 대하여는 지입료를 지불하는 운송사업형태인 이른바 지입제에 있어, 그 지입차주가 지입된 차량을 직접 운행ㆍ관리하면서 그 명의로 화물운송계약을 체결 하였다고 하더라도, 대외적으로는 그 차량의 소유자인 지입회사의 위임을 받아 운행ㆍ관리를 대행하는 지위에 있는 지입차주가 지입회사를 대리한 행위로서 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이므로(대법원 2000. 10. 13. 선고 2000다20069 판결 참조), 이 경우 거래상대방이 교부받은 지업회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없으나, 지입차주에게 지입회사를 대리할 의사가 없었고 거래상대방도 지입회사와 거래하려는 의사가 아니었다고 볼 수 있는 때에는 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이 아니므로(대법원 1993. 5. 27. 선고 93다7341 판결 참조), 이 경우 지입회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당 한다. 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 지업차주들이 ☆☆냉동에 차량을 지입하기 전부터 이 사건 지입차주들에게 ★★★★ 제품의 운송을 의뢰하여 왔고, ☆☆냉동에 차량이 지입된 이후에도 ☆☆냉동이 아닌 이 사건 지입차주들 중 1인이자 원고의 감사로 등재되어 있던 양○○에게 제품 운송을 의뢰하고 운송대금 또한 그를 통하여 지급한 점, ☆☆냉동은 이 사건 세금계산서상의 운송용역과 관련하여 이 사건 지입차주들에 대하여 지입회사로서의 일반적인 지시ㆍ감독을 한 바가 전혀 없고, 오히려 양○○이 차량관리대장을 작성하는 등 이 사건 지입차주들을 관리하면서 구체적인 배차계획을 세워 그들로 하여금 ★★★★의 제품을 운송하도록 한 점, 원고의 대표이사 김◎◎은 이 사건 지입차주들이 사업자등록을 하지 아니하여 세금계산서를 교부할 수 없었기 때문에 이 사건 세금계산서를 교부받았다는 내용의 확인서를 제출한 점, 이 사건 세금계산서에는 이 사건 지업차주들 뿐만 아니라 양○○이 개별적으로 모집하여 운송을 의뢰한 다른 개인차주들의 운송용역도 상당수 포함되어 있는 점 등의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 지업차주들은 원고에게 운송용역을 제공할 당시 지입회사인 ☆☆냉동을 대리할 의사가 없었다고 할 것이고, 원고 또한 ☆☆냉동과 거래할 의사가 없었다고 볼 사정이 존재하므로 이 사건 지입차주들이 제공한 운송용역에 관하여 지입회사인 ☆☆냉동 명의로 발행된 이 사건 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하며, 아울러 앞서 본 사정에 비추어 볼 때 이 사건 지입차주들이 아닌 다른 차주들이 제공한 운송용역과 관련하여도 이 사건 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 것이다. 나아가, 법 제16조 제1항 제1호와 제17조 제2항 제1호의2가 세금계산서의 필요적 기 재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우 매입세액을 매출세액에서 공제 하지 아니한다고 규정한 것은 납세자 사이의 상호검증을 통하여 당사자 사이의 거래를 노출시키기 위한 것으로서 세금계산서가 사실과 다른 경우 부가가치세를 실제로 부담 했는지 여부와 관계없이 매입세액을 불공제하도록 한 것이므로, 원고가 이 사건 운송 용역의 10%를 부가가치세로 이미 부담하여 이를 ☆☆냉동이 신고ㆍ납부하였다고 하더라도, 위 법령에 따른 이 사건 처분이 이중과세가 된다고 볼 수도 없다.

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.