고충민원이라 하더라도 불복의 취지를 담는 경우 이의신청으로 봄이 타당함

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2007. 4. 2. 원고에 대하여 한 2001년 2기분 부가가치세 30,179,950원의 부과처분 및 2001년 귀속 종합소득세 59,576,310원의 부과처분을 각 취소한다(청구취지 및 항소취지의 ‘2007. 4. 6.’은 ‘2007. 4. 2.’의 오기로 보이고, 원고는 당심에서 청구취지를 일부 감축하였다).

• 가. 피고는, AA시 AA읍 BB리 25-2에서 CCC상사라는 상호로 완구 제조ㆍ판매업을 영위하는 원고가 2001년 제2기 부가가치세 과세기간 중 두성산업으로부터 수취한 공급가액 합계 204,379,000원의 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 가공세금계산서라는 이유로 위 공급가액에 대하여 부가가치세액 산정시 매입세액으로 공제하지 아니하고 종합소득세액 산정시 필요경비에 산입하지 아니하여, 2007. 4. 2. 원고에 대하여 2001년 2기분 부가가치세 44,049,950원(가산세 포함) 및 2001년 귀속 종합소득세 150,877,100원(가산세 포함)을 부과하였다.
• 나. 그런데, 이 사건 소송이 당심에 계속 중이던 2009. 3.경 국민권익위원회는 원고의 신청에 따라 피고에게 위 종합소득세 부과처분에 대하여 원고가 그 과세기간에 DD상사에게 교부하거나 두성산업으로부터 수취한 세금계산서의 실제거래여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정할 것을 시정권고하였다.
• 다. 이에 피고는 2009. 4. 29.부터 같은 해 5. 21.까지 재조사를 진행하여 원고와 DD상사 사이의 2001년도 매입ㆍ매출거래를 모두 가공거래로 판단하여, 2009. 8. 중순 경 2001년 2기분 부가가치세 44,049,950원을 30,179,950원으로 감액하고(가산세 부분에 일부 증액 사유가 있었으나 증액경정하여 고지하지는 아나하였다), 2001년 귀속 종합소득세 150,877,100원을 59,576,310원으로 감액하였다(당초 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 '이 사건 처분'이라 한다). [인정근거] 갑 제13, 14, 16호증, 을 제3, 4, 11, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제l심 판결문 중 아래와 같이 고쳐 쓰는 부분 외에는 제1심 판결 해당 부분 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다. [고쳐 쓰는 부분]

• 가. 3면 5행의 “같은 법 제66조, 제6항”을 “같은 법 제66조 제6항”으로 수정
• 나. 3면 7행 끝부분에 아래의 내용을 추가 “그리고 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초의 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 아직 취소되지 않고 남은 부분이고, 그 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 1997. 10. 24. 선고 96누10768 판결, 2009. 5. 28. 선고 2006두16403 판결 등 참조).”
• 다. 3면 아래에서 7행 “... 본 바와 같다” 다음에 아래의 내용을 추가 "(원고는 피고로부터 위 고충처리결과통지서를 수령한 후 2007. 8. 22.경 전자 메일로 국세청에 문의한 결과 고충민원에 대한 처리결과는 불복청구의 대상이 되지 않는다는 답변을 듣고 그 불복기간을 놓친 것이므로 적법한 전심절차를 거친 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하므로 보컨대, 갑 제12호증의 기재에 의하면 원고는 2007. 8. 22. 전자메일로 국세청에 ‘고충처리민원에 대한 시정불가 통보를 받았다면 그에 대한 불복청구를 할 수 있는지 여부’에 대하여 문의하였고, 이에 대하여 국세청 직원은 고충 민원에 대한 처리결과는 불복청구 대상이 되지 않는다고 답변한 사실은 인정되나, 이는 고충민원에 대한 처리결과가 항고소송의 대상이 되는 처분이 되지 않는다는 일반적인 내용을 안내한 것에 불과하다고 보일 뿐만 아니라, 갑 제2호증의 기재에 의하면 이 사건 고충처리결과통지서에 그 불복절차에 대한 명확한 설명이 있으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다)"

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.