공익사업용 토지의 양도차익 계산 특례를 적용받을 수 있는 주택건설사업의 범위

1.원고의 항소를 기각한다. 2.항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2007. 4. 19. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 172,271,760원에 대한 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. ○○시 ○○동 ○○번지 과수원 1,138㎡(이하, ′이 사건 토지′라 한다.)는 소득세법 제104조의2 소정의 지정지역(이하, ′투기지정지역′이라 한다.) 내에 있는바, 원고는 이 사건 토지를 1987.4.18.상속받아 보유하다가 2006.12.14. ○○건설 주식회사(이하, ′소외 회사′라 한다.)에게 대금 1,309,229,623원에 양도하였고, 2006.12.27.소외회사로부터 잔금을 모두 지급받았다.
• 나. 소외 회사는 주택신축판매업 등을 하는 회사로서, 2006.10.31. ○○시장으로부터 이 사건 토지를 포함한 22필지 29,311㎡의 토지 위에 아파트 6동, 부속건축물 9동 총 436세대의 민영주택을 건설하는 주택건설 사업계획에 대한 승인을 받았다.
• 다. 원고는 2007.2.28. 소외 회사와의 실지거래가액을 기준으로 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세 과세표준신고를 하고 양도소득세 262,480,500원을 자진 납부하였다가, 2007.3.6. 이 사건 토지의 양도가 구 조세특례제한법(2006.12.30.법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제85조 소정의 ′지정지역 내 공익사업용 토지의 양도′에 해당한다는 이유로 기준시가를 기준으로 양도차액을 산정하여 계산한 양도소득세액을 초과하는 나머지 172,271,760원을 환급해달라는 취지의 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2007. 4. 19. 이 사건 토지의 양수인인 소외 회사는 구 조세특례제한법 제85조 (이하, ′이 사건 과세특례 규정′이라 한다.) 및 구 조세특례제한법 시행령(2007.2.28.대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제79조의2에 규정된 공익사업의 사업시행자에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정신청을 거부하는 이 사건처분을 하였다.
• 마. 원고는 2007.5.1. 이 사건 처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2007. 6. 29. 국세심판원으로부터 기각결정을 받았다. 【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1내지 6호증의 각 기재(가지번호 붙은 증거포함), 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

(1) 원고 구 조세특례제한법 시행령 별표 7의 15호에 의하면, 주택법 제16조 에 의한 주택건설 사업계획 승인을 받은 소외 회사는 이 사건 과세특례 규정의 적용 대상이 되는 사업시행자에 해당한다. 따라서, 원고가 이 사건 토지를 소외 회사에게 양도한 데 따른 양도가액은 기준시가에 의하여 산정해야 하므로, 실지거래가액에 의하여 산출 ․ 신고한 양도소득세가 감액되어야 함에도 불구하고, 이를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고 이 사건 과세특례 규정의 적용 대상이 되는 사업은 공익 목적의 사업이어야 하므로, 구 조세특례제한법 시행령 별표 7의 제15호를 해석 ․ 적용함에 있어서, 주택법 제16조 에 의한 사업계획 승인을 받았다 하더라도 공익목적을 가지지 아니한 민영주택건설사업의 사업시행자인 소외 회사와의 이 사건 토지의 양도 거래에 대하여는 위 과세특례 규정이 적용되지 아니한다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 양도소득세 산출을 위한 양도가액 산정방법에 관한 소득세법의 규정 내용 종전의 소득세법 제96조 제1항 은 원칙적으로 자산의 양도가액을 당해 자산의 양도 당시의 ′기준시가′에 의하도록 하고 있었는데, 2005.12.31.법률 제7837호로 개정되어 2006.1.1.부터 시행된 소득세법 제96조 제1항 은 자산의 양도가액의 산정 원칙을 당해 자산의 ′실지거래가액′에 의하도록 바꾸었다. 다만, 위 개정 소득세법 제96조 제2항 은, 투기지정지역 안의 부동산이 아닌 경우 등 일정한 경우에 토지 등의 자산을 2006.12.31.까지 양도하면 그 자산의 양도 당시의 ′기준시가′에 의하도록 예외를 규정하고 있으나, 이 사건 토지는 투기지정지역 안의 부동산이어서 위 개정 소득세법의 예외 규정을 적용받을 수는 없다.

(2) 지정지역 안의 부동산의 양도에 관한 구 조세특례제한법 상의 과세특례 규정 그런데, 이 사건 과세특례 규정(구 조세특례제한법 제85조)은 ′지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례′라는 표제 아래, 지정지역 내의 부동산을 ′ 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날′ 등 제1호 내지 제4호가 규정하고 있는 날 및 제5호가 규정하고 있는 ′제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 ․ 지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날′ 전에 취득하여 2006.12.31.이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다.)하는 경우에는 양도가액을 기준시가에 의할 수 있도록 하고 있고, 이 사건 과세특례 규정 제5호의 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 제1항 별표 7은 ′그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날′을 거시하고 있는데, 그 중 제15호에 ′ 주택법 제146조 의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날′이 규정되어 있다.

(3) 주택법의 관련 규정 주택법의 관련 규정에 의하면, 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하고자 하는 자는 사업계획승인을 얻어야 하는데(제16조 제1항), 사업계획 승인을 얻을 수 있는 사업시행자에는, 국가 ․ 지방자치단체, 대한주택공사 ․ 한국토지공사 외에도 등록한 주택건설사업자 등이나 주택법에 의하여 주택건설사업 등을 시행하는 자도 포함되므로(제2조 제5호), 주택법 상의 주택건설사업 시행자에는 국가 등 공공단체 뿐 만아니라 민간 건설업체도 포함되고, 주택법상의 주택건설사업에는 공익 목적을 가진 것 외에 민영 주택건설사업도 포함된다. 다만, 국가 ․ 지방자치단체 ․ 대한주택공사 ․ 한국토지공사 및 지방공사인 사업주체가 국민주택을 건설하는 경우 등 공익 목적이 있는 사업의 경우에만 수용 ․ 사용 권한이 인정된다(제18조 제2항).

(4) 판단 (가) 위와 같이, 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 제1항 별표 7의 제15호가 사업의 주체 ․ 목적 ․ 종류 등을 한정하지 아니한 채 ′ 주택법 제16조 의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날′이라고만 규정하고 있는바, 주택법 제16조 에 의한 사업계획 승인을 받기만 하면 그 사업의 주체 ․ 목적 ․ 종류를 불문하고 이 사건 과세특례 규정이 적용된다고 해석할 것인지, 아니면 주택법 제16조 에 의한 사업계획 승인을 받았다 하더라도 일정한 요건을 갖춘 사업 또는 사업시행자와의 양도거래에 관하여만 이 사건 과세특례 규정이 적용된다고 한정적으로 해석할 것인지가 문제되므로, 이에 대하여 살펴본다. (나) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 할 수 있다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두13784 판결 참조). 그런데, 앞서 본 이 사건 과세특례 규정의 표제 및 내용, 이 사건 과세특례 규정 각 호 및 구 조세특례제한법 시행령 제79조 의 2 제1항 별표 7의 각 호 소정의 법률들이 예정하고 있는 사업이 모두 공익적인 목적을 가지고 있고, 위 법률들이 그 사업시행자에게 공익사업을 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 근거하여 수용권한을 인정하고 있는 점, 그리하여 위 법률들이 예정하고 있는 사업에서는 설사 양도인이 협의에 의하여 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한은 상당히 제한될 수 밖에 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 사건 과세특례규정의 입법취지는, 투기지정지역 내의 부동산이라도 공익 목적을 위해 양도 또는 수용되는 경우에는 양도가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하는 데에 있다고 할 것이다(대법원 2007.12.27. 선고 2006두16779 판결 참조). 이러한 이 사건 과세특례 규정의 입법취지, 규정의 형식 ․ 내용, 관련 법 규정의 내용 등에 비추어볼 때, 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 제1항 별표 7의 제15호에 의하여 이 사건 과세특례규정의 적용을 받을 수 있는 주택건설사업은, 공익 목적의 사업으로서 사업시행자에게 수용 권한이 인정되는, 국가 ․ 지방자치단체 ․ 대한주택공사 ․ 한국토지공사 및 지방공사의 국민주택 건설사업의 경우로 한정되고, 이 사건의 경우와 같이 민간 건설업체의 민영주택 건설사업에 관하여는 그 과세특례가 인정되지 않는다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. (별지) 관계법령

○ 소득세법

○제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

② 제94조제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역안의 부동산인 경우

○제104조 의2【지정지역의 운영 】

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

○구 조세특례제한법【2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것】

○제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년12월31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만 소득세법제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3 의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조 의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득보상에관한법률 제15조의규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한사업지역에 대한 예정지구․지역, 개발권역 지정 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

○ 구 조세특례제한법 시행령【2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것】

○제79조의2【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제85조 제5호에서 ″그 밖에 이와 유사산 것으로서 대통령령이 정하는 날″이라 함은 별표 7의기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다. [별표 7] 기준시가 과세기준일 (제79조의2 관련) 1.수도권신공항건설촉진법제3조의 규정에 의하여 예정지역을 지정한 날 2.국토의 계획 및 이용에 관한 법률제91조의 규정에 의하여 실시계획을 인가한 날 3.신항만건설촉진법제5조의 규정에 의하여 예정지역을 지정한 날 4.고속철도건설촉진법제5조의 규정에 의하여 고속철도건설예정지역을 지정한 날 5.공공철도건설촉진법제2조의4의 규정에 의하여 공공철도건설사업 예정지역을 지정한 날 6.국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법제7조의 규정에 의하여 예정지구를 지정한 날 7.소하천정비법제4조의 규정에 의하여 소하천예정지를 지정한 날 8.유통단지개발촉진법제6조의 규정에 의하여 유통단지를 지정한 날 9.도시 및 주거환경정비법제4조의 규정에 의하여 정비구역을 지정한 날 10.도시교통정비촉진법제3조의 규정에 의하여 도시교통정비지역을 지정한 날 11.경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률제3조의 규정에 의하여 경제자유구역을 지정한 날 12.온천법제3조의 규정에 의하여 온천원보호지구를 지정한 날 13.자연공원법제6조의 규정에 의하여 자연공원을 지정한날 14.도시개발법제9조의 규정에 의하여 도시개발구역을 지정하거나 개발계획을 수립한 날 15.주택법제16조의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날 16.개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법제7조의 규정에 의하여 도시관리계획을 결정한 날 17.자연환경보전법제42조의 규정에 의하여 자연환경보전․이용시설 설치에 관한 계획을 수립한 날 18.수도법제4조의 규정에 의하여 수도정비기본계획을 수립한 날 19.화물유통촉진법제3조의 규정에 의하여 기본계획을 수립한 날 20.사회간접자본시설에 대한 민간투자법제7조의 규정에 의하여 민간투자 사업기본계획을 수립한 날 21.중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률제20조의 규정에 의하여 실시계획을 승인한 날 22.항만법제10조의 규정에 의하여 실시계획을 수립한 날 23.전원개발촉진법제5조의 규정에 의하여 실시계획을 승인한 날 24.농어촌도로정비법제6조의 규정에 의하여 도로기본계획을 승인한 날 25.하수도법제6조의 규정에 의하여 하수종말처리시설 설치를 인가한 날 26.제1호 내지 제25호 외의 법률에 의한 경우에는 제1호 재지 제25호의 법률에서 규정한 날과 유사한 경우로서 예정지역 지정, 실시계획 인가, 기본계획 수립등을 한 날

○주택법

○제2조 【정의 】

5. "사업주체"라 함은 제16조의 규정에 의한 주택건설사업계획 또는 대지조성사업계획의 승인을 얻어 그 사업을 시행하는 다음 각목의 자를 말한다.

• 가. 국가·지방자치단체
• 나. 대한주택공사법에 의한 대한주택공사(이하 "대한주택공사"라 한다)·한국토지공사법에 의한 한국토지공사(이하 "한국토지공사"라 한다)
• 다. 제9조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자 또는 대지조성사업자
• 라. 그 밖에 이 법에 의하여 주택건설사업 또는 대지조성사업을 시행하는 자

○제16조 【사업계획의 승인】

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하고자 하는 자 또는 대통령령이 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하고자 하는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사설계도서 등 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 "사업계획승인권자"라 한다. 국가·대한주택공사 및 한국토지공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토해양부장관을 말하며, 이하 이 조 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 그 사업계획승인을 얻어야 한다. (단서 생략)

○제18조 【토지에의 출입 등】

① 국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지공사 및 지방공사인 사업주체가 사업계획의 작성을 위한 조사 또는 측량을 하고자 하는 경우와 국민주택사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 타인의 토지에 출입하거나 특별한 용도로 이용되지 아니하고 있는 타인의 토지를 재료적치장 또는 임시도로로서 일시사용할 수 있으며, 특히 필요한 때에는 죽목·토석 그 밖의 장애물을 변경하거나 제거할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 사업주체가 국민주택을 건설하거나 국민주택을 건설하기 위한 대지를 조성하는 경우에는 토지나 토지에 정착한 물건 및 그 토지나 물건에 관한 소유권외의 권리(이하 "토지등"이라 한다)를 수용 또는 사용할 수 있다.

③ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제130조제2항 내지 제9항 및 동법 제144조제1항제2호·제3호의 규정은 제1항의 경우에 이를 준용한다. 이 경우 "도시계획시설사업의 시행자"는 이를 "사업주체"로, "제130조제1항"은 이를 "이 법 제18조제1항"으로 본다.