특수관계자로부터 토지를 저가매수한 것은 부당행위계산부인에 해당함

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 피고가 2006. 11. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 종합소득세 2,734,970원의 부과처분 중 2,037,029원을 초과하는 부분 및 2007. 4. 24. 원고에 대하여 한 417,854,807원의 경정청구 거부처분 중 364,979,751원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
• 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 7분하여 그 6은 원고, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 11. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 종합소득세 2,734,970원의 부과처분 및 2007. 4. 24. 원고에 대하여 한 경정청구 거부처분을 각 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 실시할 이유는, 다음과 같이 추가, 정정하거나 당심에서 한 원고의 새로운 주장 및 예비적 주장에 대한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

• 가. 제1심 판결문 제2쪽 4행의 ““327.89m 2 ””를 ““338.6m 2 (=327.89÷1,276.16)””로 정정
• 나. 제1심 판결문 제5쪽 18행의 ““……협의함.”” 부분을 ““……협의하며, ♧♧건설이 본 사업과 관련된 일체의 계약에 관한 승인권을 가짐.””으로 수정
• 다. 제1심 판결문 제6쪽 16행의 ““……대여”” 다음에 ““하기로 약정하고, ★★★쇼핑몰을 통하여 위 108억 7,000만원을 대여””를 추가
• 라. 원고의 새로운 주장 및 예비적 주장에 대한 판단 (1) 원고는, 원고 형제가 ☆☆로부터 매수한 이 사건 각 토지에는 채권최고액 193억 1,100만 원인 3건의 근저당권이 설정되어 있었기 때문에 이 점도 감안하여 적정가인 23억 원에 매수한 것이므로 법인세법상 부당행위계산의 부인대상인 저가 양수에 해당하지 않는다고 주장하고, 나아가 설령 이 사건 각 토지의 매수행위가 부당행위계산의 부인대상에 해당한다 하더라도 원고 형제는 이 사건 각 토지만 매수하였을 뿐 그 지상 건물은 매수하지 않았으므로 원고 형제가 취득한 이 사건 각 토지의 취득가액 3,728,824,797원을 기준으로 하여 소득처분을 하였어야 함에도 불구하고, 피고가 원고 형제가 이 사건 각 토지 외에 지상 건물까지 매수하였음을 전제로 하고 거기에 위 각 부동산의 취득가액에 취득세, 등록세 등 취득비용까지 포함된 ☆☆의 장부가액 4,635,428,596원을 시가로 보고 이를 기준으로 원고 형제에게 소득처분한 것은 부당하다고 주장한다. (2) 그러므로 먼저 매매가 23억 원이 정상적인 거래가격이라는 주장에 관하여 살피건대, 갑 제8, 24, 25호증, 을 제9호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 형제가 ☆☆로부터 2002. 8. 23. 이 사건 각 토지를 매수하고, 2002. 11. 22. 이 사건 각 토지에 대한 소유권일부 이전등기를 넘겨받은 사실, 원고 형제가 이 사건 각 토지를 매수하기 전인 2002. 7. 23. 원고의 아버지 조■■이 대표이사로 있는 ♧♧건설이 ☆☆와 공사도급계약을 맺으면서 ♧♧건설이 본 사업과 관련된 일체의 계약에 관한 승인권을 갖기로 약정한 사실, 나아가 ♧♧건설은 2002. 7. 29. ☆☆를피신청인으로한 제소 전 화해신청서를 부산지방법원에 접수하였고, 2002. 8. 26. 제소 전 화해(2002자610호)가 성립됨으로써 ♧♧건설이 부산 중구 ◈◈◈◈가 33 대 1,318m 2 와 그 지상 건물에 대한 소유권을 확보한 사실 등을 인정할 수 있는바, 이러한 연유로 원고 형제는 애초부터 이 사건 각 토지상에 설정된 근저당권설정등기가 실행되어 재산상 손해를 입게 될 것이라는 위험부담을 고려하지 않았던 것으로 보이는 점, 원고가 당심에 이르기 전까지는 이 사건 각 토지에 근저당권이 설정되어 있었기 때문에 이를 고려하여 23억 원에 매수하였다는 주장을 하지 않았던 점, 이 사건 각 토지를 담보로 한 근저당권은 원고 형제의 부담 없이 모두 말소된 점 등을 종합적으로 고려하면 근저당권의 실행을 우려하여 매매대금을 낮추었다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. (3) 다음으로 건물 취득가액 부분은 제외되어야 한다는 원고의 주장에 관하여 보건대, ““토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거한 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 당해 토지에 대한 자본적 지출로 한다””는 소득세법 기본통칙 33-19에 비추어 기존 건물을 철거하고 건물을 신축하기 위해 토지와 선물을 함께 매수하는 경우에는 건물 부분의 가액도 토지의 취득가액에 포함시켜야 할 것인바, 이 사건의 경우 을 제 5, 6호증의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하면, ☆☆가 2002. 7. 23. ◑◑극장으로부터 부산 중구 ◈◈◈◈가 33 대 1,318m 2 를 141억 5200만 원에, 그 지상 11층 건물을 19억 3,600만 원(부가세 1억 7,600만 원 포함)에 각 매수하였는데, 당시 위 11층 건물을 철거하고 ★★★쇼핑몰을 신축할 예정이었던 사실, 원고 형제 역시 위 지상 건물이 철거될 것임을 알고 이 사건 토지를 매수한 사실 등을 인정할 수 있으므로 원고 형제가 취득한 이 사건 각 토지의 가액을 산정함에 있어서는 그 지상 건물 부분의 가액도 포함시켜 취득가액을 산정하는 것이 타당하므로 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다. (4) 끝으로 2002. 7. 23. ☆☆가 ◑◑극장 등으로부터 이 사건 각 토지 등을 매수하면서 토지와 건물 가격으로 지급한 금액에 취득세, 등록세 등 취득비용까지 포함한 가액, 즉 ☆☆의 장부가액을 기준으로 이 사건 토지의 시가를 계산할 것인지 여부에 관하여 보건대, 법인세법 제52조 는 부당행위계산 부인 시 그 법인의 각 사업연도의 소득 금액을 계산함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계가 아닌 자간의 정상적인 거래관계에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제89조 제1항 은 특수관계가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다고 규정하고 있는바, 이 사건의 경우 원고 형제가 ☆☆로부터 이 사건 각 토지를 매수하기 1개월 전인 2002. 7. 23. 특수관계에 있지 아니한 ☆☆와 ◑◑극장 등 사이에 거래가 있었으므로 당시의 가격을 기준으로 ☆☆의 소득금액을 산정하여야 할 것이고, 거래가격에는 취득세, 등록세 등 취득비용은 포함되지 않음이 일반적이다. 따라서 이 사건 각 토지와 그 지상의 건물가액 외에 취득비용까지 포함한 ☆☆의 장부가액을 시가로 보고 한 피고의 이 사건 경정거부처분 및 부과처분 부분은 위법하다 할 것이다. 따라서 이 사건 각 토지의 매매와 관련하여 피고가 ☆☆의 소득금액에 익금으로 산입할 금액은2,365,428,596원(=☆☆의 장부가액 4,635,428,596원 – 원고 형제로부터 매매대금으로 받은 23억 원)이 아니라 2,041,678,394원(=이 사건 각 토지와 건물의 취득가액에 해당하는 4,341,678,284원 – 23억 원)이고, 따라서 원고 형제에게 소득처분 되어야 할 금액은 각 1,020,839,142원(=2,041,678,284원x1/2)이다. (5) 정당세액의 계산 위와 같이 원고에게 소득처분 될 금액이 당초 1,167,714,298원에서 1,020,839,142원으로 감액되어 원고의 2003년도 귀속 소득금액에서 그 차액인 146,875,156원을 제외하면 원고의 2003년도 소득은1,071,222,696원이며, 이에 따라 계산한 정당한 종합소득세는 별지 정당세액의 계산 기재와 같이 364,979,751원이고, 납부불성실 가산세는 2,037,029원이다.

그렇다면, 피고의 이 사건 처분 중 종합소득세 2,734,970원의 부과처분 중 2,037,029원을 초과하는 부분 및 417,854,807원의 경정거부처분 중 364,979,751원을 초과하는 부분은 각 취소되어야 할 것이므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.