후발적 경정청구 사유에 해당하기 위한 요건

1. 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지, 항소취지 및 부대항소취지

• 가. 피고가 2003.3.29. 원고에 대하여 한 원고의 2003.2.13.(소장 및 청구취지 변경신청서의 ‘2003.2.3.’은 오기로 보인다)자 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.
• 나. 피고가 2003.12.22. 원고에 대하여 한 원고의 2001.1.22.자 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

주문 기재와 같다.

제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2003.12.22. 원고에 대하여 한 원고의 2001.1.22.자 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

원고가 제1심에서 원고의 2003.2.13.자 감액경정청구(이하,‘이 사건 경정청구’라고 한다)에 대한 피고의 2003.3.29.자 거부처분(이하, 이 사건 처분이라고 한다)의 취소와 함께 원고의 2001.1.22.자 감액경청청구에 대한 피고의 2003.12.22.자 거부처분(이하 2003.12.22.자 거부처분이라 한다)의 취소를 구한 데 대하여, 제1시믄 이 사건 처분의 취소 청구는 인용하고, 2003.12.22.자 거부처분의 취소 청구는 기각하였고, 이에 대하여 피고가 이 사건 처분의 취소 청구 부분에 관하여 항소하고, 원고가 2003.12.22.자 거부처분의 취소 청구 부분에 관하여 부대항소를 하였다. 그런데 환송 전 당신은 피고의 항소를 기각하는 한편, 2003.12.22.자 거부처분 취소 청구 부분의 소에 관하여는 이를 부적법하다고 보아 제1심 판결 중 위 부분을 취소하고, 위 부분의 소를 각하하는 판결을 하였는바, 이에 대하여 피고만이 상고를 하고, 원고는 상고를 하지 않음으로써 2003.12.22.자 거부처분 취소 청구 부분은 확정되었다. 따라서 환송판결에 의하여 파기된 환송 전 당심 판결의 피고 패소부분, 즉 이 사건 처분의 취소 청구 부분만이 이 법원의 심판대상이 된다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 3, 갑 제6호증의 1 내지 9, 갑 제7호증의 1 내지 24, 갑 제9호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 그 사업연도를 매년 1.1.부터 12.31.까지로 하는 법인으로서, 교육･출판･문화사업, 서적･학습지(눈높이 학습지)의 도･소매업 등을 목적사업으로 하는 주식회사로서, 원고의 직원인 교사나 원고와는 별도로 독립된 개인사업자인 학습지 교사들을 통하여 학습지의 회원 모집, 학습지 제공 및 관련 교육서비스를 하고 있다.
• 나. 원고는 1996 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고를 함에 있어서, 학습지 교사들이 회원들로부터 수급해오는 다음 달분의 회비를 학습지 전달, 학습지도 등 회원 관리용역에 제공되는 다음 달분의 매출로 계상하는 한편, 매월 15일 학습지 교사들에게 그 전달에 수금한 회비총액의 일정비율로 산출되는 금액을 수수료(이하, 1996 사업연도 법인세액의 산정에 영향을 미치는 부분을 ‘이 사건 지급 수수료’라고 한다)로 지급하면서 그 수수료를 회비가 입금되는 달의 비용으로 계상하는 등의 방법으로 1997.3.31. 법인세를 12,719,243,291원으로 산정하여 신고하였다.
• 다. 이에 관악세무서장(대통령령 제16467호로 1999.9.1. 이 사건에 관한 관할관청이 피고로 변경되었다. 이하, 구별하지 않고 피고라고 한다)은 1997.6.경 원고에 대한 1992 사업연도부터 1998 사업연도까지의 법인세를 조사하면서, 위와 같은 원고의 지급 수수료 산정방법은 수익비용대응의 원칙에 반하므로 매년 12월분의 손금으로 계상된 지급수수료는 다음해 1월에 산정되어야 한다며 1997.9.1. 원고에게, 1992 사업연도부터 1995 사업연도까지의 법인세를 다시 계산하여 부과･고지하는 한편, 1996 사업연도 해당 법인세를 12,617,360,525원으로 산정함으로써 19,445,647원 상당을 감액경정하였다. 그 후 1997.12.경 심사청구과정에서 아르바이트 학생에게 일당으로 지급한 수수료가 손금산입되어 금 14,521,026 상당이, 1999.2.경 심판청구과정에서 해외여행 포상비로 지급한 금액이 손금산입되어 금 57,080,249원 상당이 각 추가 감액되었다.
• 라. 원고는 1997 사업연도부 법인세부터는 피고가 요구하는 손익귀속시기를 기준으로 계산하여 법인세를 신고･납부하는 한편, 1999.5.18. 피고를 상대로, 피고의 위 1997.9.1.자 1992 사업연도부터 1996 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 소를 서울행정법원에 제기하였다.
• 마. 한편, 원고는 학습지 교사들에게 지급하는 수수료의 기초가 되는 월정회비의 합산기준을 종전에는 ‘매월 1일부터 말일까지의 입금액’으로 하다가 1997.1.경‘전월금 산정 마감 익일부터 당월 마지막 교실 출장일 익일까지의 입금액’으로 변경하였는데, 그 이유는 학습지 교사들이 해당 월 말일에 회원들로부터 수금은 하였으나 공휴일 또는 은행 영업시간의 경과 등으로 그 다음 영업일에 입금하는 경우에도 해당 월에 입금된 것으로 장부상 처리하여 해당 월의 지급수수료 산정대상이 되도록 실무상 처리하여 오던 것을 규정으로 명확히 하기 위해서였다. 원고가 위와 같이 규정의 변경으로 장부상 1997.1.1.부터 같은 달 3.까지 입금된 월정회비에 상당하는 지급수수료 2,129,103,470원을 1996.12.분으로 보아 1996 사업연도 12월분 손금으로 산입하자, 피고는 1999.9.경 다시 원고의 1996 사업연도 법인세에 대한 세무조사를 거쳐 2000.1.3. 위 지급수수료는 1997 사업연도 손금이라며 위탁수수료라는 새로운 과목을 만들어(이하, 위탁수수료라고 한다) 1996 사업연도에서 손금불산입하는 등으로 총결정세액을 13,604,921,290원으로 증액경정처분하였다.
• 바. 원고는 2000.11.24. 서울행정법원으로부터, “학습지 교사들에게 지급되는 수수료는 회원 모집 업무, 회원 관리 업무, 회비 수납 업무 등 여러 가지 업무에 대한 대가의 성격을 가지고 있는데, 그 업무 중 매출에 대응하는 부분과 그 밖의 부분을 구분하는 것이 현실적으로 불가능하므로 원고가 취한 손금의 귀속시기 결정방법을 일반적으로 공정･타당하다고 인정되는 회계기준에 부합한다”는 등의 이유 1992 사업연도부터 1995 사업연도 법인세 부분에 대하여 인용판결을 받았으나, 1996 사업연도분에 대하여는 조세의 부과처분이라 할 수 없는 감액경정처분을 취소 청구 대상으로 삼았다는 이유로 각하판결을 받았다(위 각하판결 부분은 항소되지 아니한 채 그 무렵 확정되었다). 피고는 위 서울행정법원 판결 중 위 각하판결 부분을 제외한 나머지 부분에 대하여 항소･상고하였으나 항소 및 상고가 모두 기각되어 위 판결은 2003.1.24. 확정되었다(이하, 위와 같은 대법원의 상고기각 판결을 ‘이 사건 확정판결’이라고 한다)
• 사. 이 사건 확정판결이 위와 같이 선고되자 원고는 그로부터 2개월 이내인 2003.2.13. 피고에게, 지급수수료와 위탁수수료의 손익귀속시기를 원고가 취한 방식으로 계산하여 1996 사업연도 법인세에 관한 피고의 증액경정처분에 대하여 감액하여 달라는 이 사건 경정청구를 하였다.
• 아. 그러나 피고는 2003.3.29. 이 사건 감액경정청구에 대하여 국세부과의 제척기간 만료 및 경정청구기간 도과 등을 이유로 경청청구를 거부하는 취지의 이 사건 처분을 하였다. 이에 불복한 원고는 2003.6.27. 국세청장에게 이 사건 처분에 대하여 심사청구를 하였는데, 국세청장은 2003.12.22. 위 심사청구를 기각하였다.

• 가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장 (가) 이 사건 확정판결에 의하면, 원고가 1996.12. 학습지 교사들에게 지급한 수수료로서 1997 사업연도 소금으로 계상한 6,543791,494원 상당은 1996 사업연도 손금으로 계상되어야 하므로, 당초 1996 사업연도 손금으로 계상하였던 1995.12. 교사들에게 지급한 수수료 6,126,507,541원 상당이 1995 사업연도 손금으로 계상된다 해도 그 차감금액만큼 1996년도 귀속 법인세에 감액사유가 발생하게 되었다. 또한, 피고의 증액경처처분 당시 새로이 익금으로 산입된 위탁수수료 2,219,103,470원은 지급수수료와 그 성격이 같으므로 익금 산정에서 제외되어야 한다. 결국, 피고는 원고의 이 사건 경정청구를 받아들여야 함에도 불구하고 이를 거부하였으므로 이 사건 처분은 위법하다. (나) 이 사건 확정판결은 이 사건 지급수수료와 관련하여 국세기본법 (2005.7.13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것, 이하, 법이라고 한다) 제45조의2 제2항 제1호, 제4호 또는 제5호에서 정하고 있는 후발적 경정사유에 해당하고, 원고의 이 사건 경정청구 시기가 이 사건 판결확정이라는 후발적 경정사유가 발생한 날인 2003.1.24.로부터 국세기본법 제4조의2 제2항 에서 정한 2월이 경과하지 아니하였으므로 이 사건 경정청구는 제척기간 내에 이루어진다.

(2) 피고의 주장 다음과 같은 이유로 원고의 이 사건 경정청구는 받아들일 수 없다. (가) 1996 사업연도 법인세 부과처분은 그 제척기간이 도과하여 피고로서는 이에 대한 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정이나 처분을 할 수 없는바, 원고의 이 사건 경정청구는 제척기간을 도과한 것이므로 이를 사유로 한 이 사건 처분은 정당하다. (나) 이 사건 확정판결은 1992 내지 1995 사업연도의 손금귀속시기의 법적 판단에 관한 것이므로 1996 사업연도 법인세와의 관계에서 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 판결에 해당되지 않을 뿐만 아니라, 법 제45조의2 제2항 제5호, 법 시행령 제25조의2각 호 소정의 사유에도 해당되지 않는다. (다) 부과권의 제척기간이 만료된 후에는 법 제45조의2 제2항 소정의 후발적 경정청구를 할 수 없다고 보아야 한다. (라) 위탁수수료와 관련하여서는 이 사건 확정판결에서 사실인정조차 되지 아니한 것이므로 이 사건확정판결은 후발적 경정청구사유에 해당되지 않는다. (마) 원고 주장과 같은 지급수수료에 관한 소득조정사유가 있다고 하더라도, 피고의 증액경정처분에서 익금으로 계상된 위탁수수료를 고려하고, 1995년도분 학습지 교사에 대한 성과급을 1996 사업연도 손금에서 1995 사업연도 손금으로 다시 환원하면 1996 사업연도 법인세 감액의 여지가 없게 된다.

• 나. 관련 법령 국세기본법 제26조의2 국세기본법 제45조의2 국세기본법 시행령 제25조의2
• 다. 판단

(1) 이 사건 경정청구의 제척기간 준수 여부 법 제45조의2 제1항에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기 한 내에 제출한 자는 신고한 과세표준 및 세액이 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나, 신고한 결손금액 또는 환급세액이 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때에 법정 신고기한 경과 후 2년(2002.12.29. 법률 제6303호로 개정되기 전에는 1년이고, 2005.7.13. 법률 제7582호로 개정된 이후에는 3년임) 이내에 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 정하고 있다. 그런데 이 사건 경정청구가 1996 사업연도 법인세의 법정신고기한인 1997.3.31.부터 위 제척기간이 2년이 훨씬 경과된 후인 2003.2.13.에 이루어졌음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 경정청구는 법 제45조의2 제2항에서 정한 이른바 ‘후발적 경정청구 사유’에 해당되지 않는 한 제척기간을 도과하여 적법하지 않다.

(2) 후발적 경정청구 사유 해당 여부 (가) 법 제45조의2 제2항 제1호에 의하면, 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있다. 그런데 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’라 함은 ‘거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 의미하므로(대법원 2006.1.26. 선고 2005두7006 판결 참조), 원고의 법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 하여 그 손금귀속시기만을 달리 본 피고의 손금귀속방법이 위법하다고 판단하여 부과처분을 취소한 이 사건 확정판결은 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의판결에 포함되지 않는다고 보아야 한다. (나) 법 제45조의2 제2항 제4호에 의하면, 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때를 후발적 경정청구 사유로 정하고 있다. 따라서 위의 후발적 경정청구 사유에 해당되기 위해서는 ‘결정 또는 경정으로 인한 것’이어야 하고, ‘최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때’에 해당하여야 하는데, 이 사건 확정판결을 “결정 또는 경정”으로 보기 어려울 뿐 아니라 원고가 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액은 정당한 것이어서“최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때”에 해당한다고 볼 수도 없으므로 이 사건 경정청구시 법 제45조의2 제2항 제4호에서 정한 후발적 경정청구 사유가 있었다고 볼 수 없다. (다) 한편, 법 제45조의2 제2항 제5호는 ‘제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고한 경과 후에 발생한 때’를 각 규정하고 있다. 그리고 법 시행령 제25조의2는 ‘대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정 신고기한 후에 발생한 때’로서 그 제1호에서 ‘최초의 신고･결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때’를, 그 제2호에서‘최초의 신고･결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제 되거나 취소된 때’를, 그 제3호에서 ‘최초의 신고･결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때’를, 그 제4호에서 ‘기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때’를 각 규정하고 있다. 그런데 법 제45조의2 제2항 제5호 및 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호의 각 규정 내용에 비추어 볼 때, 위와 같이 그 손금귀속시기만을 한 달씩 늦춘 피고의 손금귀속방법이 위법하다고 판단하여 1992 내지 1995 사업연도의 법인세 부과처분을 취소한이 사건 확정판결은 1996 사업연도 법인세에 대한 관계에서 법 제45조의2 제2항 제5호, 법 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당되지 않는다고 보아야 한다.

(3) 소결 그렇다면, 이 사건 경정청구는 제척기간을 도과하여 적법하지 아니하고 보아야 하므로, 이 사건 경정청구가 청구기간을 도과하였음을 이유로 경정을 거부한 피고의 이 사건 처분은 적법하다. (한편, 이 사건 확정판결은 위탁수수료에 대한 사실인정조차 되어 있지 아니하므로, 설령 원고 주장과 같이 위탁수수료가 지급수수료와 그 성격이 같고, 이 사건 확정판결이 이 사건 지급수수료에 대한 관계에서 후발적 경정청구사유에 해당된다고 하더라도, 위탁수수료에 대한 관계에서는 이 사건 확정판결이 법 제45조의2 제2항 제1호는 물론 나머지 각 호의 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보기 어렵다)

따라서 피고의 이 사건 처분에 대한 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결의 패소부분은 부당하므로 이를 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.