기존사업장 명의로 교부받은 신규사업장의 매입세액 불공제의 정당여부

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2006. 10. 9. 원고에 대하여 한 부가가치세경정청구 거부처분을 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 제2면 12행의 "사업자등록" 앞에 "사업의 종류를 자동차부품 제조업으로 하여"를 추가하고, 같은 면 18행의 "조기환급신고를 하였다" 다음에 "{원고는 그 후 공급받는 자를 '제2공장(등록번호 140-00-00000)'으로 하고 다른 기재사항은 위 세금계산서들과 동일한 세금계산서(을 제2호증의 9)를 제출함으로써 앞서 제출한 위 세금계산서들을 대체하였다}"를 추가하며, 제3면 2행 및 4행의 각 "○○정공" 다음에 "(등록번호 133-00-00000)"를 추가하는 외에는 제1심 판결 이유 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

• 가. 당사자의 주장 ⑴ 원고 이 사건 세금계산서는 부당하게 소급하여 작성한 세금계산서가 아니고 당초에 정당하게 발행된 세금계산서이다. 세무관청에서는 종래 이 사건과 같이 기존 사업을 확정하면서 지출한 비용에 관하여 기존 사업장의 매입세액으로 처리하여 환급하여 왔던바, 이러한 관행에 반하여 원고의 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. ⑵ 피고 이 사건 세금계산서는 제2공장 건물의 공급시기가 속한 2006년 제1기가 경과한 이후에 소급하여 작성된 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 그 매입세액을 공제할 수 없다. 가사 이 사건 세금계산서가 해당 공급시기가 속한 과세기간 내에 작성된 것이 맞다고 하더라도 제2공장 관련 매매에 관한 세금계산서를 제1공장 명의로 교부받았으므로 이 사건 세금계산서는 여전히 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다.
• 나. 관계 법령 국세기본법 제18조 (세법해석의 기준ㆍ소급과세의 금지) 구 부가가치세법 제4조 (신고ㆍ납세지) 구 부가가치세법 제5조 (등록) 구 부가가치세법 제16조 (세금계산서) 구 부가가치세법 제17조 (납부세액) 구 부가가치세법 시행령 제59조 (수정세금계산서)
• 다. 판단 ⑴ 먼저 이 사건 세금계산서의 작성시기에 관하여 살펴본다. 을 제2, 4, 5호증의 각 기재만으로는 이 사선 세금계산서의 제2공장 건물의 공급시기가 속한 2006년 제1기가 경과한 이후에 소급하여 작성된 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서라는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 다만 을 제4호증의 기재, 제1심 법원의 ○○○○ 주식회사, ○○○○은행 ○○지점장에 대한 각 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고는 2006. 5. 15.경 ○○○○ 주식회사(이하 '○○○○'이라 한다)로부터 이 사건 세금계산서 중 건물매각대금에 관한 세금계산서와 내용이 같은 세금계산서(기록 제145쪽)를 교부받아 은행에 대출 담보용으로 제출한 사실, 원고는 2006. 8. 28. 앞서 본 바와 같이 피고에게 이 사건 경정청구를 하면서 은행에 제출된 위 세금계산서 자체는 아니나 그와 내용이 동일한 세금계산서를 포함한 이 사건 세금계산서를 제출하였는데, ○○○○도 2006. 9. 1. 2006년 제1기분 부가가치세 확정 수정신고를 하면서 이 사건 세금계산서 중 건물매각대금에 관한 세금계산서와 동일한 매출세금계산서를 제출한 사실을 인정할 수 있는바, 이 사건 세금계산서 중 건물매각대금에 관한 세금계산서는 2006년 제1기가 경과한 후에 교부받은 것으로 보이기는 하나, 원고가 기존에 교부받은 세금계산서를 은행에 제출하는 바람에 과세관청에 제출할 수 없어 이를 재발급받은 것이라고 봄이 상당하므로 이를 가지고 소급작성되어 사실과 다른 세금계산서라고 할 수는 없다고 할 것이다. ⑵ 부가가치세법은 사업자를 납세의무자로 삼되 사업장마다 따로 사업자등록을 하도록 정하여 사업장을 실질적인 납세단위로 삼아 사업장마다 부가가치세를 신고ㆍ납부하도록 하고 있으므로{구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항, 제5조 제1항}, 이 사건에서 원칙적으로는 제2공장에 관한 매입세액을 그와 별개의 사업장인 제1공장의 매입세액으로 하여 공제받거나 환급받을 수는 없다고 할 것이다. 그런데, 갑 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 국세청은 종래 이 사건과 같이 기존 사업을 확장하는 경우 신규 사업장의 건물 취득 등에 관한 매입세액을 기존 사업장의 매입세액으로 처리하여 이를 공제하거나 환급하여 왔고, 사업자들에게 그와 같은 취지로 회신을 한 바도 있는 사실을 인정할 수 있는바, 피고가 그러한 확립된 관행에 위반하여 원고의 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 위법함을 면치 못한다고 할 것이다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. [수원지방법원2007구합8363 (2008.04.30)]

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 10. 10.(2006. 10. 9.의 오기로 보인다.) 원고에 대하여 한 부가가치세경정청구 거부처분을 취소한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 1999. 9. 1.부터 ○○시 ○○동 ○○○○-○에서 ○○○○(사업자등록번호: ○○○-○○-○○○○○, 이하 ‘제1공장’이라고 한다.)이라는 상호로 자동차부품 제조업을 영위하는 개인사업자이다. 원고는 2006. 4. 25. ○○○○ 주식회사로부터 ○○시 ○○동 ○○○○-○ 시화공단 ○○ ○○○호 공장용지 1,648.30㎡, 그 지상 건물 1,012.08㎡, 동력 200KW를 1,600,000,000원에 매입하면서 계약 당일 계약금 160,000,000원을, 2006. 5. 15. 잔금 1,440,000,000원을 각 지급하기로 약정하였다.
• 나. 원고는 2006. 6. 20. ○○시 ○○동 ○○○○-○에 ○○○○ 제2공장이라는 상호로 사업자등록(사업자등록번호: ○○○-○○-○○○○○)을 하였다(이하 ‘제2공장’이라고 한다.).
• 다. 원고는 2006. 7. 피고에게 ‘공급자: ○○○○(주), 공급받은 자: 원고(○○○○○○-○○○○○○○), 작성연월일: 2006. 6. 21., 공급가액: 427,000,000원, 품명: 건물매각대금(○○ ○○○○-○)’으로 기재된 매입세금계산서와 ‘공급자: ○○○○○, 공급받는 자: 원고(○○○○○○-○○○○○○○), 작성연월이: 2006. 6. 23., 공급가액: 12,800,000원, 품명: 부동산컨설팅수수료’로 기재된 매입세금계산서를 각 제출하면서 제2공장 명의로 부가가치세 조기 환급신고를 하였다. 이에 피고는 2006. 8. 8. 제2공장에 대한 사업자등록일은 2006. 6. 20.이고 위 건물에 대한 매입세금계산서의 공급 시기는 잔금청산 일이자 소유권이전등기일인 2006. 5. 15.이며 위 중개수수료에 대한 매입세금계산서의 공급 시기는 대금지급일인 2006. 5. 30.인 사실을 확인하고, 위 각 세금계산서를 등록 전 매입세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불 공제하였다.
• 라. 원고는 2006. 8. 28. 피고에게 ‘공급자: ○○○○(주), 공급 받는 자: ○○○○, 작성연원일: 2006. 5. 15., 공급가액: 427,000,000원, 품명: 건물매각대금(○○ ○○○○-○)’으로 기재된 매입세금계산서와 ‘공급자 ○○○○○, 공급받는 자: ○○○○, 작성연월일: 2006. 5. 30., 공급가액: 12,800,000원, 품명: 부동산컨설팅수수료’로 기재된 매입세금계산서를 각 제출하면서(이하 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다.) 2006년 제1기분 부가가치세 매입세액을 공제하여 달라는 경정청구를 하였다. 이에 피고는 2006. 10. 9. 부가가치세법 제17조 제2항, 부가가치세법 시행령 제59조 에 의하여 경정이 불가하다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다.).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2006. 10. 17. 피고에게 이의신청을 하였으나 2006. 11. 10. 기각되었고, 이에 불복하여 2007. 2. 8. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2007. 6. 29. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 이 사건 세금계산서는 부당하게 소급하여 작성한 세금계산서가 아니고 당초에 정당하게 발행된 세금계산서이다. 부가가치세는 사업장 단위의 신고납세제도이므로 원고가 제2공장에 대한 부가가치세 신고를 잘못하였다는 이유로 제1공장에 대한 부가가치세 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 피고의 주장

(1) 과세기간이 경과한 후에 작성된 세금계산서는 작성일자를 소급하여 작성하였다 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 본문 소정의 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하므로 이 경우 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다. 원고가 제출한 이 사건 세금계산서는 제2공장 건물의 공급시기가 속한 2006년 제1기가 경과한 이후에 소급하여 작성된 세금계산서이므로 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 가사 이 사건 세금계산서가 해당 공급시기가 속한 과세기간 내에 작성된 것이 맞다고 하더라도 제2공장 매매에 관한 세금계산서를 제1공장 명의로 교부받았으므로 이 사건 세금계산서는 여전히 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 먼저 이 사건 세금계산서의 작성 시기에 관하여 보건대, 올 제2, 4, 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이 사건 세금계산서가 제2공장 건물의 공급시기가 속한 2006년 제1기가 경과한 이후에 소급하여 작성된 세금계산서라는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(오히려 이 법원의 ○○○○ 주식회사 대표이사, 중소기업은행 반월지점장에 대한 각 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이 사건 세금계산서는 2006. 5. 15.과 2006. 5. 30.경에 각 작성된 사실이 인정된다.).

(2) 제2공장 매매에 관한 세금계산서를 제1공장 명의로 교부받은 이 사건 세금계산서가 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 부가가치세법은 사업자를 납세의무자로 삼되 사업장마다 따로 사업자등록을 하도록 정하여 사업장을 실질적인 납세단위로 삼아 사업장마다 부가가치세를 신고·납부하도록 하고 있으므로{ 부가가치세법 제4조 제1항, 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항} 원칙적으로 사업장소재지가 납세지가 된다. 따라서 부가가치세법 제17조 제1항 제1호에서 공제 가능한 매입세액으로 규정하고 있는 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’은 동일한 사업장 내에서 그 사업장의 사업상 필요에 의하여 사용되었거나 사용될 재화 등의 공급에 대한 세액을 의미하는 것이다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두14608 판결 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 기존 사업장인 제1공장과 신규 사업장인 제2공장은 별개의 사업장이므로 사업장별로 따로 세금계산서를 교부하고 교부받아야 하는데, 이 사건 세금계산서는 신규 사업장인 제2공장과 관련하여 공급받은 재화에 대하여 기존 사업장인 제1공장의 등록번호를 기재하였으므로 그 기재내용이 사실과 다른 경우에 해당하여 구 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 제1의2호에 의하여 매입세액 공제를 받을 수 없다.

(3) 따라서 피고가 원고에 대하여 원고의 제1공장 매출세액에서 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 공제하지 아니하고 2006년 제1기분 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결 한다. 관계법령 [부가가치세법] 제4조 (신고·납세지)

① 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다. 제9조(거래 시기)

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역 에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부 하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본 다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정 한다. 제17조(납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공 급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호 의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세 액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액 [구 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것)] 제17조(납부세액)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별 세금계산서합계표를 제출하 지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사 항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하 였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사 실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액 은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의 한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되 지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. 비영업용 소형 승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액 3의2. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련 된 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투 자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련매입세액

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정 하는 것을 제외한다. [구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것)] 제5조(등록)

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업 개시일 부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신 규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다. 제16조(세금계산서)

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규 정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다) 를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다 만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 [구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것)] 제59조(수정세금계산서) 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. [ 부가가치세법 시행령] 제60조(매입세액의 범위)

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부 일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대 표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로 당해 공급시기가 속 하는 과세기간 내에 교부받은 경우

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록 신청 일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. 끝.