재건축조합을 비영리내국법인으로 보아 조합원에게 배당소득을 과세한 처분

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2007. 3. 1. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 법인세 2,723,450원, 2002 사업연도 법인세 145,412,040원, 2003 사업연도 법인세 323,429,030원의 각 부과처분 및 피고가 2007. 3. 28. 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 2001 내지 2003년 귀속 각 소득금액 변동통지를 모두 취소한다.

이 법원의 판결이유는 제1심 판결문의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. [서울행정법원2007구합41680 (2008.03.21)]

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 3. 1. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 법인세 2,723,450원, 2002 사업연도 법인세 145,412,040원, 2003 사업연도 법인세 323,429,030원의 각 부과처분 및 피고가 2007. 3. 28. 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 2001 내지 2003년 귀속 각 소득금액 변동통지를 모두 취소한다.

• 가. 원고는 ○○ ○○구 ○동 ○○ 외 1필지 지상 연립주택 44세대의 소유자들로 구성된 재건축조합으로서, ○○○○시 ○○구청장으로부터 2001. 7. 13. 주택조합 설립인가를, 2001. 12. 31. 사업계획 승인을, 2002. 4. 19. 주택조합 변경인가를 각 받았고, 2003. 7. 22. 도시및주거환경정비법에 따라 법인 설립등기를 경료한 후 2003. 7. 23. 다시 ○○○○시 ○○구청장으로부터 주택재건축정비사업조합 변경인가를 받았다.
• 나. 원고는 2001. 9. 21. ○○건설 주식회사 및 ○○○○○○ 주식회사와 사이에, 원고와 ○○건설 주식회사가 공동으로 재건축사업을 시행하고 ○○○○개발 주식회사가 재건축공사를 시공하는 내용의 재건축공사계약을 체결한 후 위 지상에 아파트 1동 78세대를 건축하여 2003년경 위 아파트를 모두 분양하였다.
• 다. 원고의 조합원들은 2004. 5. 31. 원고가 건축한 재건축아파트 중 조합원분양분 아파트 44세대를 제외한 일반분양분 아파트 34세대의 분양에 의하여 발생된 수입금액 가운데 각 일정 비율의 금액이 ‘사업소득’에 해당한다는 이유로 이를 종합소득금액에 합산한 후 2003년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하였다가, 2004. 9. 30. 당초 신고내용이 잘못 되었다고 주장하면서 이미 납부한 종합소득세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나 이를 거부당하자, 이 법원 2005구합21132호로 피고 등을 상대로 종합소득세경정청구거부처분 취소의 소를 제기하였다.
• 라. ○○지방국세청장은 위 소송이 진행중이던 2007. 1. 10. 원고가 비영리내국법인에 해당하고 위 일반분양에 의한 수입금액이 비영리내국법인의 수익사업에서 발생된 소득에 해당한다는 이유로, 원고에게 위 수입금액에 대하여 법인세를 과세하고 다시 위 수입금액을 원고의 조합원들에 대한 배당으로 소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하라는 지시와 함께 피고 등에게 과세자료를 통보하였다.
• 마. 피고 등은 위 과세자료를 근거로 원고의 조합원들이 신고납부한 종합소득세에 대한 경정청구거부처분을 직권으로 취소한 후 다시 경정결정을 하였고, 피고는 위 일반분양에 의한 수입금액에 대하여 2007. 3. 1. 원고에게 청구취지 기재와 같은 각 법인세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)을 한 후, 다시 위 일반분양에 의한 수입금액을 원고의 조합원들에 대한 배당으로 소득처분하여 2007. 3. 28. 원고에게 청구취지 기재와 같은 각 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 각 통지’라 한다)를 하였다.(이하 위 각 부과처분과 위 각 소득금액변동통지를 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2007. 5. 30. 국세심판원에 위 각 처분에 대한 국세심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2007. 8. 24. 원고의 위 심판청구를 기각하였다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1 내지 3, 갑 제3호증의 1 내지 5, 갑 제4호증의 1,2, 갑 제5호증, 을 제1 내지 3호증의 각 1 내지 10, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6, 7호증의 각 기재

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 각 처분이 위법하고, 따라서 취소되어야 한다고 주장한다.

(1) 원고는 소득세법상의 구분기장의무자가 아닌데도 피고는 원고가 소득세법상의 구분기장의무자에 해당함을 전제로 소득세법 제161조, 동법 시행령 제209조에 근거하여 이 사건 각 처분을 하였다.

(2) 재건축사업으로 인하여 발생한 소득의 귀속자는 시행자인 ○○건설 주식회사 임에도 불구하고 피고는 위 소득의 귀속자가 원고와 원고의 조합원들임을 전제로 이 사건 각 처분을 하였다.

(3) 설령 위 소득의 귀속자가 원고와 원고의 조합원들이라고 하더라도 원고와 원고의 조합원들이 위 소득을 실현하는 시점은 위 재건축사업으로 인하여 분양받은 조합원분양분 아파트를 처분하는 시점인데, 아직 위 아파트가 처분되지 않은 상태에서 원고와 원고의 조합원들에게 이 사건 각 처분을 한 것은 미실현소득에 대한 과세에 해당한다.

(4) 일반분양분 아파트와 조합원분양분 아파트의 각 수입금액에 대응하는 공통경비의 안분계산은 소득세법 시행규칙 제96조 제1항 에 따라 분양가액을 기준으로 하여야 함에도 불구하고, 피고는 분양면적을 기준으로 공통경비를 안분계산하였다.

(5) 원고의 조합원들에 대하여 배당으로 소득처분된 금액이 원고에게 부과된 법인세액만큼 이중계산되었다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다(이하 인용하는 법령은 모두 별지 관계 법령의 해당법령을 가리킨다.)
• 다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대하여 도시및주거환경정비법 제18조 제1항, 부칙(2002.12.30. 법률 제6852호) 제10조 제1항, 법인세법 제1조 제2호 나목, 제2조 제1항 제1호, 제3조 제1항 제1호, 제2항 제1호의 각 규정에 비추어 보면, 원고는 각 사업연도의 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있는 비영리내국법인에 해당하고, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 원고에 대하여 원고가 위와 같이 법인세 납부의무가 있는 비영리내국법인으로서 법인세법 제113조 제1항 에 의한 구분기장의무자에 해당함을 전제로 이 사건 각 처분을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 및 셋째 주장에 대하여 갑 제3호증의 1 내지 5, 갑 제4호증의 1, 2의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 도시및주거환경정비법상의 주택재건축정비사업조합은 통상 조합원 개개인으로부터 토지나 주택을 출자 받아 조합원에게 1세대씩 분양할 아파트 외에 여분의 아파트와 상가 등을 추가로 건축하여 일반분양한 후 그 대금으로 건축비를 일부 충당함으로써 각 조합원이 부담할 건축비를 경감하는 방식으로 재건축사업을 시행하는 사실, 원고도 마찬가지로 조합원들로부터 대지와 주택 등을 출자 받아 아파트 1동 78세대를 재건축하여 조합원들에게 아파트 44세대를 우선분양하고 남은 34세대 아파트는 일반분양한 후 그로 인한 수입금을 각 조합원들에게 지분비율에 따라 배분하여 각 조합원이 납부할 건축비에 충당한 사실 등을 인정할 수 있는바, 위와 같이 원고가 일반분양으로 얻은 소득이 원고와 원고의 조합원들이 부담해야 할 건축비에 충당된 이상 그 소득은 모두 원고에게 귀속된 다음 원고의 조합원들에게 배분된 것으로 봄이 상당하다. 또한 앞서 살펴본 바와 같이 원고가 법인세법상 비영리내국법인에 해당하는 이상 원고가 주체가 되어 3자에게 재건축한 아파트를 일반분양하고 얻은 소득은 원고에게는 비영리법인의 사업소득이 되어 법인세 부과대상이 되는 것이고, 원고의 조합원들에게는 소득세법 제17조 제1항 제1호, 제4호에 정한 배당소득이 되어 소득세 부과대상이 되는 것이므로, 이를 근거로 한 피고의 이 사건 각 처분은 실현소득에 대한 과세로서 적법하다. 따라서, 이와 다른 원고의 위 주장 또한 모두 이유 없다.

(3) 원고의 넷째 주장에 대하여 피고가 원고에 대하여 원고가 법인세법상의 구분기장의무자에 해당함을 전제로 이 사건 각 처분을 한 사실은 앞서 살펴본 바와 같으므로, 원고가 주장하는 소득세법 시행규칙 제96조 제1항 은 이 사건 각 처분의 근거규정이 아니지만, 피고의 위 각 처분의 근거규정인 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 도 위 소득세법 시행규칙 제96조 제1항 과 유사한 규정을 두고 있으므로, 원고의 위 주장을 위 법인세법 시행규칙 규정과 관련된 주장으로 선해하여 살펴보기로 한다. 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 은 비영리법인이 업종이 동일한 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통손금에 관하여 원칙적으로 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하도록 하되, 다만 예외적으로 개별손금이 없는 경우나 기타의 사유로 그와 같이 계산하는 것이 불합리한 경우에는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산할 수 있도록 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보건대, 재건축아파트의 분양가액은 통상 일반분양분 아파트의 경우에는 사전에 감독관청의 승인을 얻어 적정하게 산정되는 반면에 조합원분양분 아파트의 경우에는 조합원들의 의결을 거쳐 결정될 뿐만 아니라 조합원들의 추가부담금 등으로 인해 비교적 낮게 산정되는 사정이 있어, 공통손금을 일률적으로 재건축아파트의 분양가액에 비례하여 안분계산하는 것은 합리적인 계산방법이라 할 수 없다, 따라서, 일반분양분 아파트와 조합원분양분 아파트의 공통손금을 재건축아파트의 분양가액이 아닌 분양면적에 비례하여 안분계산하였다고 하여 이 사건 각 처분을 위법하다고 할 수는 없으므로, 원고의 위 주장 또한 이유 없다.

(4) 원고의 다섯째 주장에 대하여 이 사건 재건축아파트의 일반분양으로 인한 소득이 원고에게 비영리법인의 사업소득이 되어 법인세 부과대상이 되는 것임과 동시에 원고의 조합원들에게 배당소득이 되어 소득세 부과대상이 되는 것임은 앞서 살펴본 바와 같으나, 그러한 이중과세의 문제는 소득세법 제56조 에 정한 배당세액공제 제도를 통해 해소되고 있어 결국 그러한 사유로 이 사건 각 처분을 위법하다고 할 수는 없으므로, 원고의 위 주장 또한 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계법령 [도시및주거환경정비법] 제18조 (조합의 법인격 등)

① 조합은 법인으로 한다. <부칙(2002.12.30. 법률 제6852호)> 제10조 (조합의 설립에 관한 경과조치)

① 종전법률에 의하여 조합 설립의 인가를 받은 조합은 본칙 제18조 제2항의 규정에 의하여 주된 사무소의 소재지에 등기함으로써 이 법에 의한 법인으로 설립된 것으로 본다. 다만, 종전법률에 의하여 설립된 법인이 아닌 조합(종전법률에 의하여 준공인가를 받은 조합을 제외한다)은 이 법 시행일부터 11월 이내에 등기하여야 한다. [법인세법] 제1조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “내국법인”이라 함은 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.

• 나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주·사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다) 제2조 (납세의무)

① 다음 각 호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

제3조 (과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 제113조 (구분경리)

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 구분경리의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. [ 법인세법 시행령] 제156조 (구분경리) 법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. [ 법인세법 시행규칙] 제76조 (비영리법인의 구분경리)

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산이 있어서 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 [소득세법] 제13조 (세액의 감면)

① 종합소득금액 중 다음 각 호의 어느 하나의 소득이 있는 때에는 그 종합소득금액에서 제50조·제51조·제51조2·제51조3·제51조4 및 제52조의 규정에 따라 공제(이하 “종합소득공제”라 한다)를 하고 남은 금액에 제55조의 규정에 따른 세율(이하 “기본세율”이라 한다)을 적용하여 소득세액을 계산하고 그 세액에 당해 근로소득금액 또는 사업소득금액이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액 상당액을 감면한다.

3. 거주자 중 대한민국의 국적을 가지지 아니한 자와 비거주자(이하 이 조에서 “비거주자 등”이라 한다)가 대통령령이 정하는 선박과 항공기의 외국항행사업으로부터 얻는 소득. 다만, 그 비거주자 등의 국적지국에서 대한민국 국민이 운용하는 선박과 항공기에 대하여 동일한 면제를 하는 경우에 한한다. 제17조 (배당소득)

① 배당소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금과 상법 제463조 의 규정에 의한 건설이자의 배당

4. 법인세법 에 의하여 배당으로 처분된 금액

③ 배당소득금액은 해당 연도의 총수입금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 배당소득 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 배당을 제외한 분에 대하여는 해당 연도의 총수입 금액에 동 배당소득의 100분의 15에 상당하는 금액을 가산한 금액으로 한다.

1. 제2항 제2호 가목의 규정에 의한 자기주식 또는 자기출자지분의 소각익의 자본전입으로 인한 의제배당

2. 제2항 제2호 나목의 규정에 의한 토지의 재평가차액의 자본전입으로 인한 의제배당

3. 제2항 제5호의 규정에 의한 의제배당 제56조 (배당세액공제)

① 거주자의 종합소득금액에 제17조 제3항 단서의 규정이 적용되는 배당소득금액이 합산되어 있는 경우에는 동조 동항 단서의 규정에 의하여 당해연도의 총수입금액에 가산한 금액에 상당하는 금액을 종합소득산출세액에서 공제한다.

② 제1항의 규정에 의한 공제를 “배당세액공제”라 한다. 제161조 (구분기장) 제13조 제1항 제3호의 규정에 의하여 소득세를 감면받고자 하는 자는 그 감면소득과 기타의 소득을 구분하여 기장하여야 한다. [ 소득세법 시행령] 제209조 (공통손익의 계산 등)

① 법 제13조 제1항 또는 다른 법률의 규정에 의하여 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 감면사업과 기타의 사업의 공통필요경비와 공통수입금액은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 구분계산하여야 한다.

② 법 제161조의 규정에 의하여 구분경리를 함에 있어서 자산·부채 및 손익의 구분계산방법에 관하여는 재정경제부령으로 정한다. [ 소득세법 시행규칙] 제96조 (공통손익의 계산과 구분경리)

① 법 및 조세특례제한법 제3조 제1항 에 규정하는 법률(이하 이 조에서 “ 조세특례제한법 ”이라 한다)에 의하여 소득세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 감면사업과 기타 사업의 공통수입금액과 공통필요경비는 다음 각호의 기준에 따라 구분계산한다. 다만, 공통수입금액 또는 필요경비의 구분계산에 있어서 개별필요경비(공통필요경비 외의 필요경비의 합계액을 말한다. 이하 이조에서 같다)가 없거나 기타 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 이를 적용하는 것이 불합리한 경우에는 그 공통필요경비의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간, 사용시간, 사용면적 등에 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 감면사업과 기타 사업의 공통수입금액은 당해사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.

2. 감면사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통필요경비는 당해사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.

3. 감면사업과 기타 사업의 업종이 동일하지 아니한 경우의 공통필요경비는 감면사업과 기타 사업의 개별 필요경비에 비례하여 안분계산한다.

② 법 및 조세특례제한법 에 의한 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 총수입금액과 필요경비를 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 총수입금액과 필요경비는 그러하지 아니하다. 끝.