양도소득세 예정신고와 확정신고의 효력 및 초과납부세액의 환급

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고는 원고에게 101,867,364원 및 이에 대하여 2007. 3. 24.부터 2009. 4. 24.까지는 연 5%, 그 다음날부터 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송 총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고는 원고에게 101,867,364원 및 이에 대한 2006. 7. 1.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

1. 제1심 판결 절차의 위법 직권으로 보건대, 이 사건 기록에 의하면 제1심 법원은 2007. 6. 28. 열린 제1차 변론기일에서 재판장 판사 이○용, 판사 박○연, 판사 김○란이 변론에 관여한 채 변론을 종결하였음에도 불구하고, 제1심 판결문에는 재판장 판사 이○용, 판사 박○연 외에 변론에 관여한 바가 없는 판사 유○현이 서명·날인한 사실이 명백한바, 이는 ’판결은 기본이 되는 변론에 관여한 법관이 하여야 한다’는 민사소송법 제204조 에 위반한 것으로서, ’제1심 판결의 절차가 법률에 어긋날 때‘에 해당하므로, 민사소송법 제417조 에 따라 제1심 판결을 취소하고, 새로이 판단하기로 한다.

2. 사안의 개요와 전제된 사실관계

• 가. 사안의 개요 이 사건은 원고가 그 소유의 토지를 양도하고 그 양도에 관한 양도소득과세표준을 예정신고하여 그 산출세액을 자진납부한 후에 예정신고 당시보다 적은 과세표준을 확정 신고함으로써 이미 납부한 세액이 확정신고된 과세표준에 따라 산출된 세액을 초과한다는 이유로 피고에 대하여 부당이득의 반환으로서 그 예정신고에 따른 납부액과 확정신고에 따른 산출세액의 차액의 지급을 구하는 사안이다.
• 나. 전제된 사실관계 다음 각 사실은 갑 제1 내지 5호증, 갑 제6호증의 1 내지 4, 을 제1호증, 을 제3호 증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 원고는 2005. 10. 7. 주식회사 ○○주택(이하, ’○○주택’이라 한다)과 사이에 원고가 ○○주택에게 원고 소유인 대구 ○○구 ○○동 459 답 2,327㎡ 감삼동 461 답 3,398㎡ 감삼동 678-4 대 58㎡ (이하 ’이 사건 토지’라 한다)를 매매대금 195억 5천만 원에 매도하되, 원고가 2006. 3. 30.까지 이 사건 토지 지상에 있는 건축물을 철거하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2005. 10. 27. ○○주택 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

(2) 원고는 2005. 12. 7. 피고 산하 서울 강남세무서장(이하 ’강남세무서장’이라고 만 한다)에게 이 사건 토지의 양도에 관하여 그 양도소득금액을 3,240,375,580원으로 산정하여 이를 기준으로 산출한 양도소득과세표준을 예정신고하고 1,096,238,440원(자 진납부세액과 강남세무서장의 수시부과세액을 합한 금액)을 납부하였다.

(3) 그 후 원고는 2006. 5. 29. 강남세무서장에게 원고가 양도소득과세표준 예정신고 후에 이 사건 토지 지상 건축물을 철거하였다는 이유로 이 사건 토지의 양도소득금액을 그 건축물의 취득가액 등도 필요경비로 추가산입하여 공제한 2,957,410,658원으로 산정하여 이를 기준으로 산출한 양도소득과세표준을 확정신고하였다.

(4) 원고는 강남세무서장에게 확정신고시의 양도소득과세표준을 기준으로 하여 원고가 자진납부할 세액은 994,371,076원이므로 예정신고시 초과 납부한 1,096,238,440원에서 확정신고시의 산출세액을 공제한 차액을 반환하여 줄 것을 요구하였지만, 이에 대해 강남세무서장은 ’원고의 경정청구를 검토하여 보니 원고의 철거 건축물 취득가액은 양도소득금액 산정시 공제해야 할 필요경비에 해당하지 않는다’는 이유로 기납부세 액과 확정신고 산출세액의 차액을 반환하지 않고 있다.

3. 원고의 주장과 이에 대한 판단

• 가. 원고의 주장 원고는, 원고가 이미 양도소득과세표준에 관한 예정신고를 하였다 하더라도 이 사건 토지의 양도소득과세표준과 납부할 세액은 확정신고에 의하여 비로소 확정되는 것이므로, 원고의 예정신고에 따른 납부액이 위와 같이 확정된 세액을 초과하는 이상, 그 초과액은 부당이득에 해당한다고 주장하면서 피고에 대하여 부당이득의 반환으로서 그 초과액인 101,867,364원의 지급을 구한다.
• 나. 판단 양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정되는 점, 양도소득과세표준 예정신고를 이행한 경우에도 소득세법 제110조 제4항 단서, 소득세법 시행령 제173조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는 때에는 반드시 양도소득과세표준 확정신고를 하여야 하는 점, 그 밖에 예정신고납부의 예납적 성격, 예정신고 및 자진납부의 불이행에 대하여 가산세가 부과되지 않는 점 등을 종합 하여 보면, 납세자가 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정 된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸하게 된다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2Q06두1609 판결 참조). 이러한 법리에 비추어 볼 때, 원고가 당초에 한 양도소득과세표준 예정신고는 그 이 후의 양도소득과세표준 확정신고에 흡수되어 소멸되고 원고의 양도소득세 납세의무는 위 확정신고에 의하여 확정되었다 할 것이므로, 예정신고에 따른 납부액(1,096,238~440 원) 중 확정신고에 따라 확정된 세액(994,371,076원)을 초과하는 부분{l01,867,364원 (= 1,096,238,440원-994,371,076원)}은 부당이득으로 피고가 반환하여 야 한다 {피고는 이 사건 상고이유서 등에서, 피고가 2006. 8. 16. 양도소득세 경정결정을 함 으로써 위 확정신고에 의해 확정된 과세표준과 세액이 경정된 과세표준과 세액에 흡 수•소멸되었으므로 위 초과액은 부당이득이 아니라는 취지의 주장을 하나, 이 사건 기록에 따르면 피고는 2006. 8. 16. 원고의 양도소득과세표준 확정신고를 경정청구로 판단하고 이를 거부한다는 취지의 통지를 한 사실만이 인정될 뿐이고, 이는 경정결정 전 • 후의 과세표준이나 세액 등을 명시하지도 않아 양도소득세 경정결정이라고 볼 수 없고 달리 피고가 원고의 양도소득과세표준 확정신고에 대하여 경정결정을 하고 이를 원고에게 고지하였다고 인정할 증거가 없으므로, 위 주장은 이유가 없다.} 따라서 피고는 원고에게 위 부당이득금 101,867,364원 및 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달 다음날인 2007. 3. 24.부터(원고는 국세기본법 제51조 제1항, 제5항에 따라 양도소득과세표준 확정신고기한으로부터 30일이 지난날부터의 지연손해금을 구하나, 위 국세기본법 규정은 국세환급금 결정을 한 경우에 적용되므로 그와 같은 결정이 없을 뿐만 아니라 국세환급가산금이 아닌 지연손해금을 구하는 이 사건에는 적용할 수 없고, 달리 이 사건 소장 부본 송달 이전에 원고가 피고에 대해 위 부당이득의 반환을 청구하였음을 인정할만한 증거가 없는 이상 피고는 위 소장 부본 송달 다음날부터 이행지체책임을 부담한다)부터 피고가 이행의무의 존부나 범위에 관하여 항쟁함이 상당 한 환송후 당심판결 선고일인 2009. 4. 24.까지는 연 5%, 그 다음날부터 갚는 날까지 는 연 20%의 각 비율로 계산한 법정 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

판결의 절차가 법률에 위배된 제1심 판결을 직권으로 취소하고, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유가 있으므로 이를 일부 받아들여 주문과 같이 판결한다.