거래시기가 동일한 과세기간이 아닐 경우 매입세액공제를 받을 수 없음

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2007.2.9. 주식회사 ○○○코프에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세에 관한 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 ○○○코프(2006.2.23. 주식회사 ○○닷컴에서 주식회사 ○○○코프로 상호가 변경되었다. 이하‘○○○코프’라 한다)는 2003.11.20. ○○토피아중앙교육 주식회사(이하‘○○토피아’라 한다)로부터 학원사업(유아, 초등, 중고등, 영어)에 속하는 일체의 자산 (영업권 포함) 및 위 사업부문과 관련된 영업 일체를 야수도기준일을 2003.12.31.로 하여 대금 110억 원에 양수하되, 위 대금 중 54억 원은 2003.12.1.에 19억원은 2003.12.11.에, 나머지 37억은 자산양도일 후 14일 이내에 지급하고, 2003.9.30.부터 자산양도일까지의 재무상황변동은 양도기준일 이후 별도로 정산하기로 하는 내용의 자산양수도일까지의 재무상호아변동은 양도기준일 이후 별도로 정산하기로 하는 내용의 자산양수도계약을 체결하였다(이하‘이 사건 양수도계약’이라 한다).
• 나. ○○○코프는 이 사건 양수도계약에 따라 ○○토피아에게 2003.12.1. 54억 원, 2003.12.15. 19억 원, 2003.12.30. 14억 원, 2004.1.30. 5억 원 합계 93억 원을 지급한 후 2004.3.3. ○○토피아와 이 사건 양수도계약에 따른 양도대금을 총 93억 원으로 확정하는 내용의 정산합의서를 작성하고, 같은 날 ○○토피아로부터 공급시기가 2003.12.31.로 소급하여 작성된 공급가액 1,735,264,000원, 세액 173,526,400원으로 기재된 세금계산서 1장(이하‘이 사건 세금계산서’라 한다)과 공급가액 7,564,736,000원으로 기재된 부가가치세법 제12조 의 규정에 의한 면세부분에 대한 계산서 1장을 교부받았다. 2003.12.31. 이 속한 2003년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 여러 차례이 사건 세금계산서를 교부해 주도록 요구하였음에도, ○○토피아가 양수도대금에 대한 최종 정산이 되지 않았음을 이유로 세금계산서 교부를 거부하는 바람에 어쩔 수 없이 최종 정산합의서를 작성한 2004.3.3.에야 비로소 이 사건 세금계산서를 교부받을 수 있었다. 과세기간이 경과한 후에 실제의 공급시기로 소급하여 작성된 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의 2 본문 소정의 “필요적 기재사항의 전부 또는 이일부가 사실과 다르게 기재된” 세금계산서에 해당하여 그와 관련된 매입세액은 매출세액에서 사실과 다르게 기재된“ 세금계산서에 해당하여 그와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는 것이 원칙이지만, 이 사건과 같이 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되고 그 거래에 따른 부가가치세의 징수도 정상적으로 이루어졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 예외적으로 매입세액의 공제가 이루어져야 할 것이므로, 이와 다른 취지의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 12조 부가가치세법 17조
• 다. 판단 1999.12.31. 대통령령 제16661호로 신설된 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제3호 는 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서에 의하여 매입세액은 공제받을 수 있는 경우를 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 이를 교부받은 경우로 한정하고 있는바, 위 조항이 신설되기 이전의 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호 의 해석으로도, 전단계(前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서의 발급에 의한 상호검증기능을 훼손시키지 않기 위하여, 같은 조항에 의하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우 경우에 한한다고 보아야 하고(대법원 2004.11.18. 선고 2002두 5771천원합의체 판결 참조), 이러한 범죄는 위 시행령 제60조 제2항 제3호가 신설된 이후에도 마찬가지라고 할 것이다(대법원 2005.6.23. 선고 2004두 10425 판결 등 참조) 그러므로 비록 ○○코프가 그 공급시기가 속하는 과세기간 내에 이 사건 세금계산서를 교부받지 못한 데에 그 주장하는 바와 같은 특별한 사정이 있다고 하더라도, 그와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다. 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.