지분법 투자회사의 투자유가증권평가손실 손금산입시기

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2004. 12. 23. 원고에 대하여 한 법인세 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

• 가. 주식회사 ○○(이하 ‘○○’이라 한다)은 1995. 7. 19. 미국 뉴욕에 현지법인인 ○○○ ○○○○ ○○○○○○(이하 ‘○○○’이라한다)를 설립하였고, ○○○은 2000. 2. 28.부터 2000. 12. 18.까지 사이에 4차례에 걸쳐 유상증자를 실시하였다. ○○은 ○○○의 제1차 유상증자시 신주인수를 포기하는 대신 법인세법상 특수관계자에 해당하는 ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’이라 한다)가 참여하도록 하였고, 제2, 3, 4차 유상증자시 ○○○○이 포기한 신주배정주식을 모두 인수하여 ○○○ 주식 150,040주를 보유하게 되었다.
• 나. ○○은 1999 사업연도 결산시 ○○○의 장부상 보유주식 90,040주의 취득가액 2,731,618,000원에 대하여 기업회계기준상의 지분법으로 평가한 평가차액 2,009,603,155원을 평가 감하면서 102,400,213원은 손익계산서상 지분법 평가이익계정으로, 1,363,208,162원은 이익잉여금상 지분법 평가손실로, 나머지 748,795,206원은 대차대조표상 자본조정계정의 자본조정감소로 회계처리하고, 이에 대한 세무조정으로 위 지분법 평가이익 102,400,213원은 익금불산입 유보처분하고, 지분법 평가손실 1,363,208,162원은 손금불산입 유보처분하여 법인세 과세표준 신고를 하였다.
• 다. ○○은 2000. 12. 18. ○○○○에게 보유 중인 ○○○ 주식 150,040주 중 117,040주를 3년 이내에 환매한다는 조건으로 2,106,720,000원에 매각(이하 ‘이 사건 환매거래’라 한다)하였고, 장부가액 대비 부족액 1,724,827,001원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다)을 투자유가증권처분손실로 계상하는 한편, 관련 지분법 평가로 인한 1999 사업연도 세무조정사항에 대하여도 매각 해당비율만큼 세무조정사항이 실현된 것으로 보아 반대로 세무조정(102,400,213원에 대한 매각 해당비율 79,882,406원은 익금산입 유보, 1,363,208,162원에 대한 매각 해당비율 1,063,438,687원은 손금산입 유보)하여 2000 사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 라. 원고(당초 주식회사 ○○○이었으나 2003. 8. 29. 현재 상호로 변경됨)는 2001. 7. 1. ○○을 흡수합병한 후 2001. 10.31. ○○이 ○○○○에게 매각한 ○○○ 발행주식 117,040주를 당초 매도가격인 2,106,720,000원에 ○○○○으로부터 환매하였다. 또한 2003. 7. 1. ○○○의 유상감자가 실시되어 원고가 보유한 ○○○주식 150,040주중 131,040주가 유상감자되었고, 원고는 7,784,431,200원을 취득하였다.
• 마. ○○세무서장은 2004. 11. ○○에 대한 세무조사 결과 ○○○의 4차에 걸친 유상증자와 관련하여 ○○이 1차 유상증자시 신주인수포기하고 ○○○○이 인수한 것은 고가인수로 인한 이익분여로 보아 351,495,749원을 익금가산 유보처분하고, 나머지 3차례 유상증자시 ○○○○이 신주인수포기하고 ○○이 고가인수한 것은 부당행위계산부인하여 116,814,357원을 익금가산 기타처분하고 동시에 손금가산 유보처분하였으며, 또한 ○○의 이 사건 환매거래를 매매를 가장한 실질적인 자금융통행위로 보아 2000. 12. 18. 매각당시 감액세무조정하였던 지분법 평가이익 유보 △79,882,406원과 지분법 평가손실 유보 1,063,438,687원을 다시 반대로 세무조정하고, 쟁점금액을 손금불산입 유보처분한 사실을 2004. 10. 25. 원고에게 통보하였다.
• 바. 원고는 이에 대하여 2003. 7. 1. 실시한 ○○○의 유상감자로 인하여 원고가 보유하고 있던 주식 150,040주 중 131,040주가 감자되어 지분법 평가이익 유보 △79,882,406원, 지분법 평가손실 유보 1,063,438,687원, 투자유가증권처분손실 유보 1,724,827,001원, 불균등유상증자로 분여받은 이익 유보 351,495,749원 및 유보 116,814,357원을 가감한 총유보금액 2,943,064,674원 중 감자비율(131,040/150,040)에 상당하는 금액 2,570,375,865원을 원고의 2003. 7. 1. ～ 2004. 6. 30. 사업연도의 손금으로 인정하여 법인세 694,001,480원을 환급하여 달라는 내용의 법인세경정청구를 하였고, 피고는 2004. 12. 23. ○○에 대하여 세무조정하여 처분한 위 유보금액은 피합병법인인 ○○의 청산소득금액 계산시 반영되어야 할 금액이라는 이유로 위 경정청구를 거부하는 내용의 처분(이하 거부처분 중 쟁점금액에 해당하는 부분을 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.
• 사. 원고가 2005. 3. 23. 위 거부처분에 대하여 국세심판을 청구하자 국세심판원은 2007. 1. 4. 원고에 흡수합병된 ○○의 투자유가증권에 대한 지분법 평가이익 익금불산입 △유보금액 79,882,406원, 지분법 평가손실 손금불산입 유보금액 1,063,438,687원을 원고가 승계하고, 그 승계금액 중 원고가 보유한 투자유가증권증 감자비율(131,040주/150,040주)에 상당하는 금액은 익금 또는 손금산입하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다. 【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증의 각 1, 2, 갑 제7, 8호증의 각 기재

• 가. 원고의 주장 이 사건 환매거래를 자금융통행위로 본다고 하더라도 그 거래의 실질은 당초의 매매일자로부터 환매일까지 자금을 대여한 것에 불과하므로 쟁점금액은 유가증권처분손실이 아니라 유가증권평가손실이고, 손금불산입된 쟁점금액은 유상감자시에 손금의 귀속연도가 도래하였다고 볼 것이다. 따라서 법인세법 시행령 제85제 제1항 제2호의 규정에 따라 쟁점금액은 손익의 귀속연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 않은 금액으로서 유상감자시의 사업연도에 귀속되어 원고에게 승계되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) ○○은 2001. 7. 1. 원고에 흡수합병되기 전에 ○○○ 주식을 20% 이상(170,040주 중 150,040주, 88.2%)을 보유하고 있어 기업회계기준 제59조 규정에 의하여 보유주식인 ○○○ 주식 150,040주를 지분법으로 평가하였다.

(2) ○○지방국세청장은 ○○○○에 대한 세무조사를 한 결과 이 사건 환매거래는 실질적으로 자금차입에 해당하므로 ○○○ 주식에 대한 투자유가증권처분손실을 손금불산입 유보처분하라는 내용의 과세자료를 ○○세무서장에게 통지하였고, ○○세무서장은 이에 따라 쟁점금액과 세무조정으로 손금가산하여 신고한 983,556,281원 합계 2,708,383,282원을 익금에 가산하여 유보처분하여 과세표준과 세액을 경정, 결정하였으며, ○○○○에 대하여는 주식을 담보로 한 실질적인 자금대여로 보아 인정이자를 익금에 가산하는 결정을 하였다.

(3) 원고는 위 익금가산 유보처분된 금액 2,708,383,282원은 합병법인인 원고에게 세무조정으로 승계되어야 하고 2003. 7. 3. 당해 유가증권발행법인이 131,040주를 유상감자하여 대가를 반환받았으므로 위 금액 중 감자한 주식에 상당하는 금액은 손금가산 유보처분되어야 한다면서 피고에게 법인세 경정청구를 하였고, 피고가 이를 거부하는 내용의 처분을 하자 국세심판청구를 하였다. (4)국세심판원은 당초 ○○이 세무조정으로 손금가산 신고한 금액 중 익금가산 유보처분한 983,556,281원만 원고가 승계하는 것이 타당하다고 인용하고, 회계처리로 손금에 반영한 쟁점금액 부분은 기각하는 내용의 결정을 하였다. 【인정근거】 갑 제12호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 10, 을 제2, 3호증의 각 1,2, 을 제4호증의 1, 2, 3의 각 기재

• 라. 판단

(1) 위 인정사실 및 관계법령에 의하면, 원고가 이 사건 환매거래를 통해 유가증권처분손실로 회계처리한 쟁점금액은 비록 ○○세무서장이 손금불산입하였으나 종국에는 손금으로 산입할 수 있는 것이고, 이 사건 환매거래를 자금융통행위라고 본다면 쟁점 금액은 유가증권의 처분으로 인한 손실이 아니라 유가증권의 평가로 인한 손실이라고 할 것이며, 유가증권평가손실이 손금으로 확정된 날은 이 사건 유상감자시라 할 것이다. 따라서 쟁점금액은, 합병당시 손금의 귀속연도가 도래하지 아니하여 ○○의 손금에 산입되지 아니한 금액이므로, 이 사건 유상감자가 이루어진 사업연도에 손금으로 귀속되어 원고에게 승계된다고 할 것이다.

(2) 이에 대하여 피고는, 쟁점금액이 원고에게 승계된다고 하더라도 쟁점금액 중 감자된 주식비율에 해당하는 1,063,438,687원의 손익귀속시기는 이 사건 유상감자시가 아니라(잔여주식에 처분손실 금액만큼 가치가 이전되므로) 원고가 ○○○ 주식을 모두 팔거나 ○○○이 청산하는 때에 손익이 귀속된다고 주장한다. 그러나 갑 제15호증의 기재에 의하면, 지분법을 적용받는 투자유가증권에 관한 기업회계기준을 정한 기업회계기준서 제15호(지분법) 제35항에는 “지분법 피투자회사가 유상감자를 실시한 결과로 투자회사의 지분율이 감소하는 경우 지분감소 대가로 수령하는 금액과 유상감자 후의 투자회사의 지분액에서 유상감자전의 투자회사의 지분액을 차감한 지분변동액의 차액은 처분손익으로 회계처리한다.”라고 규정되어 있는 사실을 인정할 수 있을 뿐, 피고의 주장과 같이 원고가 지분법 피투자회사인 ○○○ 주식을 모두 팔거나 ○○○이 청산하는 때에 손익이 귀속된다는 점을 인정할 아무런 자료가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유없다. 3.결론 그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유가 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하연 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사 최병덕___________________ 재판장 판사 이철의___________________ 재판장 판사 김진동___________________