대법원 판례 부가가치세

사업자가 양도소득세를 신고한 경우 부가가치세의 부과제척기간

사건번호 서울고등법원-2006-누-16436 선고일 2007.01.25

국세기본법 제26조의2 제1항 제2호의 과세표준신고서는 당해 국세의 과세표준신고서를 말하는 것인바, 사업자가 부가가치세를 신고하지 아니하고 양도소득세를 신고하였다면 부가가치세의 부과제척기간은 당해 국세를 신고하지 않은 것으로 보아 7년이 적용됨.

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 제1심, 2심 모두 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2003. 10. 8. 원고에 대하여 한 1997년 제2기분 부가가치세 20,924,060원의 부과처분은 무효임을 확인한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

1. 기초사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1,2, 갑 제3호증, 을 제1호증, 을 제2호증, 을 제3호증, 을 제4호증, 을 제5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

  • 가. 원고는 1996. 12. 19. ○○ ○○구 ○○동 ○○ 하천 466㎡(토지구획정리사업에 의하여 ○○ ○○구 ○○2지구 ○○블럭 ○○롯트 246.2㎡로 환지되었다가 위 구획정리사업의 완료로 같은 구 ○○동 ○○○ 대 245.7로 변경됨)를 취득하여, 1997. 5. 29. 그 지상에 지하 1층, 지상 3층의 근린생활시설 및 주택 494.85㎡(이하 위 대지 및 건물을 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 신축한 후, 1997. 12. 26. 허○○에게 이 사건 부동산을 480,000,000원에 양도하고, 그 무렵 부동산매매계약서와 등기부등본 등을 첨부하여 그 당시 납세지 관할 세무서장이던 ○○세무서장에게 부동산양도신고를 함으로써 양도소득세 과세표준 신고를 하였다.
  • 나. 한편, 피고는 원고가 이 사건 부동산을 양도한 것을 부가가치세법상 부동산매매업을 영위하는 사업자의 지위에서 매매한 것으로 보아 2003. 10. 8. 원고에 대하여 1997년 제2기분 부가가치세 20,924,060원의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 소의 적법 여부에 관한 판단. 피고는 이 사건 부과처분세액 20,924,060원 중 20,383,340원은 원고가 이미 납부하여 540,720원만이 남아 있는바, 이 사건 부과처분에 따른 조세채무 중 원고가 납부한 세액 부분은 소멸하여 존재하지 않으므로 그 부분 처분에 대한 무효확인청구는 더 이상 확인의 이익이 없어 부적법하다고 주장한다. 살피건대, 과세처분무효확인소송의 경우 소송물은 처분 자체가 아니라 그 결과로 생긴 권리 또는 법률관계, 즉 조세채무의 존부 확인을 구하는 것이고(대법원 1992. 2. 25. 선고 91누 6108 판결 참조), 조세의 부과처분에 따라 세금을 이미 모두 납부한 경우에는 그 부과처분에 따른 조세채무는 아직 소멸하여 존재하지 않으므로 그 부과처분에 대한 무효확인청구는 확인의 이익이 없는 것으로서 부적법하다고 할 것이나, 이 사건의 경우와 같이 부과된 세금 전액이 납부된 것이 아니라 일부만이 납부된 경우 그 부과처분에 따른 조세채무는 아직 소멸된 것이 아니므로 그 처분의 무효확인을 구할 소의 이익이 없게 되었다고 할 수는 없고, 한편, 과세처분이 무효인 경우의 과오납금은 국가가 법률상 원인 없이 보유하는 부당이득에 해당하므로 납세자는 당연히 그 환급을 청구할 권리가 있으나, 이 사건의 경우와 같이 부과된 세금 중 일부만 납부한 경우, 납세자인 원고에 대하여 이미 납부한 부분에 대하여는 국가를 상대로 민사소송으로 그 반환을 구하고(대법원 1995. 4. 28. 선고 94다55019 판결참조) 아직 납부하지 아니한 부분에 대하여만 관할 세무서장을 상대로 행정소송으로 그 부과처분의 무효확인을 구하도록 하는 것은 납세자에게 이중의 소송부담을 강요하는 것이 되어 소송 경제적으로도 바람직하지 아니하므로, 납세자로 하여금 그 부과처분에 대한 무효확인의 소를 통하여 납부한 세금 부분에 관하여도 한 번에 다툴 수 있도록 허용하여야 할 것이다. 따라서 이에 반하는 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

  • 가. 원고의 주장

(1) 이 사건 부동산은 주택이 포함된 근린생활시설로 원고가 5개월 정도 거주하다가 점포 임대가 되지 않고 은행대출이자를 계속 부담하기 어려워 어쩔 수 없이 양도한 것으로, 부동산매매사업을 한 것이 아님에도 원고를 부동산매매업자로 보아 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고는 이 사건 부동산을 양도하고 법정신고기한 내에 양도소득세 과세표준 신고를 이행하였는바, 설령 이 사건 부동산의 양도가 부동산매매업에 해당된다고 하더라도 이 사건 부동산 양도에 대한 부가가치세 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2제1항 제3호 에 의하여 5년이므로, 이 사건 처분은 국세부과제척기간이 경과된 후에 행해진 위법한 것으로서 그 하자가 중대하고 명백하여 당연 무효이다.

  • 나. 관련법령 ■ 국세기본법 제26조 (납부의무의 소멸) 국세․가산금 또는 체납처분비를 납부할 의무는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 소멸한다.

2. 제26조의2의 규정에 의하여 국세를 부과할 수 있는 기간 내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 만료된 때 제26조의2 (국세부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

2. 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

④ 제1항 각 호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. ■ 국세기본법 시행령 제12조의3 (국세부과제척기간의 기산일)

① 법 제26조의 2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준 신고기한”이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납․예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다. ■ 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제19조 (확정신고와 납부)

① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료후 25일이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 사업자는 제1항의 규정에 의한 신고(이하 “확정신고”라 한다)와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 납부하여야 한다. 제21조 (경정)

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 ■ 부가가치세법 시행규칙(1988. 3. 21. 재정경제부령 제10호로 개정되기 전의 것) 제1호 (사업의 범위)

① 부동산의 매매(건물을 신축하여 판매하는 경우를 포함한다) 또는 그 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거나, 사업상의 목적으로 1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 경우에는 부동산매매업을 영위하는 것으로 본다. ■ 소득세법(2001. 12. 31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것) 제69조 (부동산매매업자의 토지 등 매매차익예정신고와 자진납부)

① 부동산매매업을 영위하는 거주자(이하 “부동산매매업자”라 한다)는 토지 또는 건물(이하 “토지 등” 이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2월이 되는 날까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생한 때에도 이와 같다.

② 제1항의 규정에 의한 신고를 “토지 등 매매차익예정신고”라 한다. 제105조 (양도소득과세표준 예정신고)

① 제94조 제1항 각 호에 규정하는 자산을 양도한 거주자(제165조의 규정에 의한 부동산 양도신고를 한 거주자를 제외한다)는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득 과세표준을 다음 각 호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호․제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 국토이용관리법 제21조의2 제1항 의 규정에 의한 거래계약허가구역 안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다.

2. 제94조 제1항 제3호 각 목의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2월

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다.

③ 제1항의 규정은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 때에도 적용한다. 제106조 (예정신고자진납부)

① 거주자가 예정신고를 하는 때에는 제107조의 규정에 의하여 계산한 산출세액에서 조세특례제한법 기타 법률에 의하여 감면되는 세액과 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제를 한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서․한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부는 이를 예정신고자진납부라 한다.

③ 예정신고자진납부에 있어서 제82조 및 제118조의 규정에 의한 수시부과세액이 있는 때에는 이를 공제하여 납부한다. 제165조 (부동산양도신고 등)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 사유로 부동산의 소유권을 이전하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 부동산의 거래내용을 납세지 관할세무서장에게 신고(이하 이 조에서 “부동산양도신고”라 한다)하여야 한다. 다만, 주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)․농지 등으로서 대통령령이 정하는 경우와 거래대금이 대통령령이 정하는 금액 이하인 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 공매 또는 경매

4. 토지수용법․ 공공용지의취득및손실보상에 관한특례법 기타 법률에 의한 수용 및 협의매수(보상금을 공탁하는 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)

5. 대물변제

③ 부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 납세의무자로부터 납부세액에 관한 안내서의 교부신청을 받은 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 교부한다.

④ 제3항의 규정에 의한 안내서에 따라 제105조의 규정에 의한 예정신고기한 내에 세액을 자진납부하는 때에는 제69조의 규정에 의한 토지 등 매매차익예정신고자진납부 또는 제106조의 규정에 의한 예정신고자진납부를 한 것으로 본다. 이 경우 토지 등 매매차익예정신고납부세액공제 또는 예정신고납부세액공제는 제69조 제4항 또는 제108조의 규정에 불구하고 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 15에 상당하는 금액으로 한다. ■ 소득세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전의 것) 제224조 (부동산양도신고 등)

④ 거주자가 법 제165조 제1항의 규정에 따라 부동산양도신고를 하는 때에는 당해 부동산양도신고일(부동산을 양도하기 전에 부동산양도신고를 한 경우에는 제162조의 규정에 의한 부동산의 양도일을 말한다)에 법 제105조의 규정에 의한 예정신고를 한 것으로 본다. 이 경우 부동산양도신고와 함께 납부세액에 관한 안내서의 교부신청을 받은 납세지 관할세무서장은 법 제105조의 규정에 의한 예정신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 안내서를 납세자에게 교부한다.

  • 다. 판단

(1) 부동산의 거래행위가 사업 활동의 일환으로 이루어진 것이어서 그에 따른 건물의 양도행위가 부가가치세법상의 과세대상이 되는 재화의 공급에 해당하고 또 그 부동산매매로 인한 소득이 사업소득에 속하는 것인가의 여부는 부동산매매가 수익을 목적으로 하고 그 매매의 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성, 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 한다(대법원 1993. 2. 23. 선고 92누14526 판결 참조). 을 제7호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1996. 5. 3. ○○ ○○구 ○○동 ○○-62 토지 및 그 지상 건물을 취득하여 1997. 5. 26. 그 지상에 다세대 주택을 신축한 다음 1998. 2. 2. 그 중 B03호를 양도하였고, 1996. 6. 28. ○○ ○○구 ○○동 ○○-14 토지 및 그 지상 건물을 취득하여 1997. 9. 25. 그 지상에 다세대주택을 신축한 후 1997. 12. 16. 그 중 401호를 양도하였으며, 1997. 12. 20. ○○ ○○구 ○○동 ○○-27 토지를취득한 사실, 1997. 6. 25. ○○ ○○구 ○○동 ○○-14 지상에 단독주택을 신축하여 1997. 12. 25. 그 대지와 함께 양도하였고, 1996. 12. 16. 이 사건 부동산이 소재한 ○○ ○○구 ○○동 ○○토지를 취득하여 1997. 5. 29. 건물을 신축한 다음 1997. 12. 26. 이 사건 부동산을 양도한 사실, 한편, 원고의 남편인 노○○은 1996. 3. 26. 주택신축판매를 종목으로 하는 건설업 업태로 사업자 등록을 한 후 원고와 공동으로 또는 단독으로 수차례에 걸쳐 토지를 취득하여 건물을 신축한 후 이를 매도하여 온 사실을 인정할 수 있는바, 1997년도 제2기분 부가가치세 과세기간에 관하여 보더라도 원고가 부동산을 2회 취득하고, 2회 양도한 점 및 구 부가가치세법 시행규칙(1998. 3. 21. 재정경제부령 제10호로 개정되기 전의 것) 제1조 제1항은 “사업상의 목적으로 1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 경우에는 부동산매매업을 영위한 것으로 본다.”고 규정하고 있었던 점에 비추어 볼 때, 원고의 위 과세기간의 부동산거래는 주택을 건축할 수 있는 토지 또는 주택이 건축되어 있는 대지를 취득하여 그 지상에 다세대주택을 신축하여 이를 매도함으로써 수익을 올려 온 것으로써, 그 거래의 태양, 횟수, 규모 등에 비추어 볼 때 수익을 목적으로 한 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성을 가지고 행하여진 것으로 보아야 할 것이고, 원고가 이 사건 부동산 소재 주소지에 1997. 5. 23.부터 1997. 11. 14.까지 주민등록전입신고를 하여 두었다거나 위 기간 동안 이 사건 부동산에 실제로 거주한 사실이 있다고 하더라도 그와 같은 사정만으로 원고를 부동산매매업자로 보고 한 이 사건 처분이 위법하다고 할 수는 없다.

(2) 부가가치세법상 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급 세액을 그 과세기간 종료 후 25일(외국법인의 경우에는 50일)이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할 세무서장에게 신고할 의무를 부담한다(부가가치세법 제19조 제1항). 앞에서 본 바와 같이 원고가 부가가치세법상 사업자에 해당하는 이상, 원고는 이 사건 부동산 양도거래를 포함하여 1997년도 제2기분 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 1998. 1. 25. 이내에 관할 세무서장에게 신고하였어야 할 것이고, 이 경우 원고가 부동산매매업으로 관할 세무서장에게 사업자등록을 한 바 없다거나 그 공급 시 부가가치세를 거래 상대방으로부터 징수하지 아니하였다는 사정만으로 그 신고의무가 면제되는 것은 아니라고 할 것이다. 이에 대하여, 원고는 이 사건 부동산을 양도하고 법정신고기한 내에 양도소득세 과세표준 신고를 이행하였고, 과세관청으로서는 일단 납세의무자가 부동산 양도소득신고를 하였으면 그때부터 스스로 이를 심사하여 그대로 인정하거나 이를 부인하여 부동산 매매업자의 사업소득으로 보고 부가가치세를 부과할 수 있는 것이므로, 원고가 부동산 매매업자에 해당한다고 하더라도 원고가 위 양도소득세 과세표준신고를 한 이상 부가가치세에 관하여서도 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 소정의 ‘납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에 해당할 여지는 없고, 따라서 동항 제3호에 따라 원고에 대한 1997년도 제2기분 부가가치세의 제척기간은 5년이라고 주장한다. 그러나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건사실이거나 비과세요건 사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다고 하여야 할 것인바, 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 는 ‘납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간’을 국세부과의 제척기간으로 규정하고 있고, 여기서 7년의 제척기간의 적용을 받게 되는 ‘당해 국세’라 함은 과세표준신고서를 제출하지 아니한 바로 그 국세를 말하는 것인데, 원고는 이 사건 부동산의 양도에 따라 양도소득세 과세표준을 신고하였을 뿐 부가가치세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 것은 명백하고, 위 양도소득세 과세표준 신고를 부가가치세 과세표준신고서로 볼 수도 없는 것이므로, 원고에 대한 1997년도 제2기분 부가가치세에 대하여는 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 의 무신고자에게 적용되는 부과제척기간 7년이 적용된다고 할 것이다. 따라서 위 제척기간이 경과되기 전에 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)