대법원 판례 국제조세

신주의 고가매입에 따른 부당행위계산부인

사건번호 서울고등법원-2006-누-16139 선고일 2007.04.20

나스닥 상장회사들의 주가하락율을 가지고 신주의 정상가격을 산정한 것은 합리적인 평가방법이라고 보기 어려워 법이 정한 정상가격 산정방법에 위배되는 것임

주문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 원고에 대하여 한, 2003. 2. 3.자 2001 사업연도 귀속 법인세 27,302,102,405원의 부과처분, 2001년 제1기분 부가가치세 7,122,490원의 부과처분 및 2003. 12. 9.자 2001 사업연도분 원천징수기타소득세 19,982,568,110원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

1. 당원의 심판범위

원고는, 피고의 2003. 2. 3.자 2001 사업연도 귀속 법인세 27,302,102,405원 및 2001년 제1기분 부가가치세 7,122,490원의 부과처분, 2003. 12. 9.자 2001 사업연도분 원천징수기타소득세 19,982,568,110원의 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였고, 제1심 법원은 2003. 2. 3.자 법인세 및 2003. 12. 9.자 원천징수기타소득세 부과처분에 대하여는 원고의 청구를 인용하여 각 부과처분을 취소하고, 2003. 2. 3.자 부가가치세 부과처분에 대하여는 원고의 청구를 기각하였다. 이에 피고만 제1심 판결 중 피고 패소부분에 대하여 항소하였으므로, 당원의 심판범위는 2003. 2. 3.자 법인세 및 2003. 12. 9.자 원천징수기타소득세 부과처분취소청구에 한정된다고 할 것인바, 이에 대하여만 심리 ․ 판단하기로 한다.

2. 인정사실
  • 가. 이 사건의 배경

(1) 1998년 설립된 ○○○그룹은 2000. 1. 31. 그 계열사인 ○○○ ○○○○○○(○○○○ ○○○○)를 통하여 주식회사 ○○○[1988. 6. ○○○ 강제배출기 등 제조업을 주된 사업목적으로 설립되어 1991. 3. 장외시장(후에 코스닥 시장으로 전환되었다)에 등록되었으나 1999년경부터 영업손실이 발생하고 있었다]의 주식 180,000주(전체 주식의 50.6%)를 990,000,000원(주당 5,500원)에 매수하여 코스닥시장에 우회진입하였다.

(2) 그 후 주식회사 ○○○은 주된 사업목적을 인터넷 관련업종으로 변경하고, 상호를 원고로 변경하였으며, 당시 코스닥시장의 벤처열풍, 원고의 관련 기업인수 및 홍보전략 등에 편승하여 2000. 1.경 1주당 3,700원이었던 원고의 주가는 2000. 5.경에는 1주당 362,000원으로 폭등하였다. 1)

(3) 원고는 위와 같이 폭등한 주가를 이용하여 주식교환의 방법으로 국내기업 및 국외기업을 인수하였고, 이 사건은 피고가 원고의 기업인수 과정에서의 거래에 대한 세무조정을 통하여 한 조세부과처분에 대한 것이다.

  • 나. 원고의 국내기업 인수 등 (1)주식교환거래에 의한 국내기업 인수 및 주식의 처분 원고는 2000. 3.부터 2000. 8.까지 주식교환을 통한 기업인수 방법(원고는 현금으로 인수할 회사의 주식을 사고 그 회사는 다시 그 현금으로 원고가 유상증자하는 신주를 매수하는 제3자 배정 유상증자의 방식을 사용하였기 때문에, 실제로 투자되는 현금은 많지 않았다)으로 10개의 국내 비상장법인을 인수하였는바, 그 중 이 사건에서 문제가 되는 3개 회사(이하 ‵이사건 비상장법인′이라 한다)의 인수 및 주식처분 내용은 다음과 같다. (가) 원고는 2000. 3. 31.경 ○○○○○ 주식회사(이하‵○○○○○′라 한다)의 주주인 전○○과 사이에 ① 원고는 전○○로부터 ○○○○○의 주식 38,012주를 17억 5천만원에 매수하고, ○○○○○가 발행하는 신주 6,000주를 3억 원에 인수하며, 27,668주를 무상으로 증자받고(따라서 총 71,680주를 20억 5천만 원에 취득하는 것이 된다), ② 전○○은 원고 발행 보통주 1,663주를 1,549,916,000원에 인수하는 내용으로 주식교환거래를 하였고, 그 후 원고는 2001. 7. 23.경 위와 같이 취득한 ○○○○○의 주식 71,680주 증4,280주를 32,000,000원에 처분하였다. (나) 원고는 2000. 5. 25.경 주식회사 ○○○○(이하 ‵○○○○′이라 한다)의 주주들인 강○○, 박○○, 강○○, 최○○(이하 ‵강○○ 등′이라고만 한다)과 사이에 ① 원고는 ○○○○의 주식을 강○○로부터 149,727주, 박○○으로부터 137,248주, 강○○으로부터 88,338주, 최○○으로부터 22,687주 합계 398,000주(시가 40억 원 상당)를 매수하고, 이에 더하여 ○○○○ 발행 보통주 400,000주를 8억 원에 인수하며(따라서 총 798,000주를 48억 원에 취득하는 것이 된다), ② 원고 발행의 주식을, 강○○은 6,349주, 박○○은 5,820주, 강○○은 3,747주, 최○○은 962주 합계 16,877주(시가 40억 원 상당)를 인수하는 내용으로 주식교환거래를 하였고, 그 후 원고는 2001. 1. 15.경 위와 같이 취득한 ○○○○주식 798,000주 중 398,000주를 199,000,000원에 처분하였다. (다) 원고는 2000. 7. 3.경 주식회사 ○○○○(이하 ‵○○○○′라 한다)의 주주들인 최○○, 김○○, 이○○, 이○○과 사이에 ① 원고는 ○○○○의 주식을 최○○으로부터 4,000주, 김○○로부터 1,000주, 이○○으로부터 2,000주, 이○○으로부터 4,000주 합계 11,000주를 50억 원에 인수하고, ② 원고 발행 주식을, 최○○은 7,670주, 김○○는 1,917주, 이○○은 3,835주, 이○○은 7,670주 합계 21,092주 시가 50억 원 상당을 인수하는 내용으로 주식교환거래를 하였고, 그 후 원고는 2001. 5. 15.경 위와 같이 취득한 ○○○○주식 11,000주 중 4,280주를 170,000,000원에 처분하였다.

(2) 원고의 회계처리 및 피고의 세무조정 (가) 원고는 2000 사업연도에 이 사건 비상장법인의 주식을 그 인수가액에 취득한 것으로 회계처리하고, 2001 사업연도에 처분한 이 사건 비상장법인의 주식(이하 ‵이 사건 비상장주식′이라 한다)에 대하여는 그 인수가액과 처분가액의 차액을 투자유가증권 처분손실로 계상하였다. (나) 이에 피고는 원고의 2000 사업연도 회계처리에 대하여, 원고가 취득한 이 사건 비상장법인의 주식의 시가가 불분명한 경우로 보고, 법인세법 시행령 제89조 제2항 에 따라 상속세 및 증여세법 제63조 소정의 보충적 평가방법을 적용하여 주식의 시가를 산출한 다음, 법인세법 제24조 제1항, 법인세법 시행령 제35조 에 따라 위 주식의 취득원가 중 정상가격(법인세법 시행령 제35조 제2호 는 산출된 시가의 130%를 정상가격으로 본다)초과분을 비지정기부금으로 보아, 이를 이 사건 비상장법인의 주식 취득원가에서 차감하여 손금불산입과 동시에 익금산입한 후 유보처분하는 세무조정을 하였다. (다) 나아가 피고는 원고의 2001 사업연도 회계처리에 대하여, 이 사건 비상장주식처분에 대하여 위와 같이 산정된 정상가격을 취득원가로 계산하여 산정된 양도차액을 익금 또는 손금산입하고, 원고가 투자유가증권 처분손실로 계상한 금액은 이를 손금불산입 하는 세무조정을 하였다. (라) 원고의 2000 사업연도 및 2001 사업연도에 관한 회계처리 및 피고의 세무조정 내용을 요약하면 다음 표와 같다.

① 2000 사업연도 법인명 원고의 회계처리 피고의 평가액 비지점기부금ⓕ {=ⓐ×(ⓒ-ⓔ)} 일자 주식수ⓐ 취득금액ⓑ 1주당취득 가액ⓒ (=ⓑ/ⓐ) 1주당 시가ⓓ 정상가격ⓔ (=ⓓ×1.3) ⃝⃝⃝⃝⃝ 00-3-31 71,680 2,050,000,000 28,599 4,873 6,335 1,595,914,368 ⃝⃝⃝⃝ 00-5-25 798,000 4,800,000,000 6,015 1,020 1,326 3,741,852,000 ⃝⃝⃝⃝ 00-7-3 11,000 4,998,804,000 454,437 31,643 41,136 4,546,309,100 합계 11,848,804,000

② 2001 사업연도 법인명 원고의 처분 피고의 손익금 처리 일자 주식수ⓖ 처분금액ⓗ 1주당 처분가액ⓘ (=ⓗ/ⓖ) 양도차액ⓙ [=ⓖ×(ⓘ- ⓔ ] 처분손실손금불 산입ⓚ [=ⓖ×(ⓒ -ⓘ)] 계ⓛ(=ⓙ+ⓚ) ⃝⃝⃝⃝ 01-7-23 4,280 32,000,000 7,477 4,886,628 90,405,134 95,291,762 ⃝⃝⃝⃝ 01-1-15 398,000 199,000,000 500 -328,748,000 2,194,984,962 1,866,236,962 ⃝⃝⃝⃝ 01-5-15 4,280 170,000,000 39,720 -6,061,652 1,774,989,193 1,768,927,541 합계 3,730,456,265

  • 다. 원고의 ○○○○ 인수 등

(1) ○○○ 그룹은 1999년 미국 나스닥(NASDAQ)시장 상장을 목표로 아시아 지역 인터넷 관련 지주회사인 ○○○법인 ○○○○ ○○., ○○○○(이하 ‵○○○○′이라 한다)를 설립하였으나, 1999년 말경부터 나스닥시장의 주가지수가 하락함에 따라 나스닥시장에의 상장절차 진행을 일단 유보한 채, 2000. 5.경 당시 장세가 활황국면에 있던 우리나라 코스닥시장에 간접적으로 상장하는 방안을 강구하였는데, 그 방안의 요지는 ○○○○의 내 ․ 외국인 주주들(이하 ‵○○○○ 구주주′라 한다)이 ○○○○의 총 주식 60,762,268주 (이하 ‵ 6,000만 주′라 한다)를 원고에게 현물출자하고, 원고는 그 대가로 원고 발행의 신주 8,680,324주(이하 ‵신주 860만 주′라 한다)를 ○○○○ 구주주에게 교부하는 것을 내용으로 하는 주식교환거래였다. 위 주식교환거래에 적용된 주식교환비율 1(원고 주식): 7(○○○○ 주식)은 미국의 투자은행인 ○○ ○○○○(○○○○ ○○○○)의 평가의견에 따른 것이었다.

(2) 그러나 위와 같은 계획은 당시 외국인투자를 규율하던 구 외국인투자촉진법(2000. 12. 29. 법률 제6317호로 개정되기 전의 것, 이하 ‵구 외촉법′이라 한다) 제2조 제1항 제7호가 외국법인 또는 외국인이 소유하는 주식을 외국인투자의 출자목적물로 규정하고 있지 않아 구 외촉법을 통한 주식교환이 불가능하고, 구 외촉법의 일반법에 해당하는 외국환거래법 제18조 에 따른 재정경제부장관의 자본거래허가도 받기 어려워 실현될 수 없게 되었다.

(3) 이에 ○○○ 그룹은 외국인의 출자목적물과 관련하여 구 외촉법 제2조에 규정된 외국인투자의 현금출자요건을 충족시키면서 동시에 위에서 본 방안과 같은 주식교환거래의 효과를 달성하기 위하여 룩셈부르크에 특수목적법인(Special Purpose Corporation)인 ○○○○○○를 설립하고, 2000. 7. 21. 23:50경부터 다음 날 2:20경까지 약 2시간 30분 만에 아래와 같은 일련의 거래를 종결하였다. (가) ○○○○○○는 ○○○○○○로부터 차입한 미화 1,342,519,946억 달러 2) (약 1조 5천억 원, 이하 ‵13억 달러′라 한다)를 ○○○○에게 증자대금으로 납입하고, ○○○○으로부터 신주 200만 주를 인수하였다. (나) ○○○○은 ○○○○○○로부터 납입받은 위 13억 달러를 원고에게 증자대금으로 납입하고, 원고로부터 신주 860만 주를 인수하였다. (다) ○○○○은 구주 6,000만 주를 ○○○ 상법에 따라 강제소각하고, 그 소각대가로 자신이 보유한 원고의 신주 860만 주를 ○○○○의 구주주들에게 교부하였다. (라) 원고는 ○○○○으로부터 증자대금으로 받은 13억 달러로 ○○○○○○로부터 ○○○○의 신주 200만 주를 인수함으로써, ○○○○의 100% 주주 지위를 취득하였다 (이하 ‵이 사건 국외거래′라 한다). (마) ○○○○○○는 원고로부터 지급받은 13억 달러로 ○○○○○○에 대한 차입금 13억 달러를 상환하고 해산하였다.

(4) 피고의 세무조정 및 소득처분 (가) 피고는, 원고의 총 임원 중 절반 이상이 ○○○○의 임원이어서 국제조세 조정에 관한 법률(이하 ‵국조법′이라 한다) 제2조 제1항 제8호 다.목, 구 국조법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17832호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제4호 가.목에 따라 원고와 ○○○○이 국외특수관계자로서, 이 사건 국외거래가 원고와 ○○○○ 사이의 사전계약에 기초하여 그 거래조건(교환비율 등)이 실질적으로 결정되었다는 이유로, 이 사건 국외거래를 구 국조법(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제7조 소정의 제3자 개입거래로 보고 국저법 제4, 5조에 따라 정상가격에 의한 과세조정을 하게 되었다. (나) 피고는 국조법 제5조 제1항 제4호, 국조법 시행령 제4조 제3호를 적용하여 다음과 같이 ○○○○의 신주 200만 주의 정상가격을 평가하였다.

① 이 사건 국외거래와 근접한 시기로 ○○○○ 주식에 대한 거래횟수가 많은 1999. 12.의 ○○○○주식의 평균 매매가액인 1주당 9.1818달러를 기초로 ○○○○이 2000. 초경 주식을 1/2로 분할하였음을 이유로 1주당 가격을 4.5909달러로 계산하고, ○○○○이 그 설립 당시부터 모델로 삼았다는 나스닥 상장사인 ○○사와 ○○사의 1999. 12.부터 2000. 7.까지의 주가변동 추세(주가가 평균 32.67%로 하락)를 반영하여, ○○○○이 2000. 7.경 발행하여 ○○○○○○가 인수한 신주의 정상가격을 1주당 1.5달러로 산정함

② 이 사건 국외거래의 대상은 ○○○○ 신주 200만 주이지만, 이 사건 국외거래 직전에 ○○○○의 구주 6,000만 주가 모두 소각되어 결국 ○○○○ 신주 200만 주가 구주 6,000만 주의 가치를 대신하게 된 점을 고려하여, 국조법 시행령 제6조 제2항에 따른 합리적인 조정으로 위와 같이 산출한 ○○○○ 주식 1주의 정상가격 1.5달러에 200만 주가 아닌 6,000만 주를 곱하여, 이 사건 국외거래의 정상가격을 91,143,397달러(구주 60,762,265주 × 1.5달러)로 산정함 (다) 피고는 구 국조법 제9조, 구 국조법 시행령 제15조 제3호에 따라 원고의 2000사업연도에 대한 세무조정에서 원고가 이 사건 국외거래의 정상가격인 91,143,397달러와 원고가 실제로 지급한 1,342,519,343 달러와의 차액인 1,251,375,946달러에 대한 원화 환산액인 1,391,655,189,546원(환율 1,112.10원)을 ○○○○에 대한 대여금으로 보아 사내유보하고, 2001 사업연도에 대한 세무조정에서 위 대여금에 대하여 국제금융시장의 실세 이자율(2001년 ○○○○ 연평균 3.8547%, 가산금리 1.3667%, 적용 실세이자율 5.2214%)을 적용한 인정이자 72,663,884,066원(이하 ‵이 사건 인정이자′라 한다)을 익금산입한 후 ○○○○에 대한 기타소득으로 소득처분하여, 2003. 2. 원고에 대하여 위 기타소득에 대한 소득금액변동통지를 하였다.

  • 라. 변호사 선임료

(1) 원고는 2001. 3.경 당시 원고의 대표이사였던 ○○이 주가조작행위 등과 관련하여 증권거래법위반죄 등으로 구속기소되자 ○○의 형사변론을 위하여 변호사를 선임하고 선임료로 50,000,000원(이하 ‵이 사건 선임료′라 한다)을 지급한 후, 위 50,000,000원을 2001 사업연도 법인세 과세표준을 산정하는 데 손금산입하였다.

(2) 그러나 피고는, 이 사건 선임료는 원고를 위한 업무수행에 소요된 비용이 아니라는 이유로 원고에 대한 2001 사업연도 세무조정에서 이를 손금불산입하였다.

  • 마. 피고의 이 사건 각 처분

(1) 피고는 이 사건 비상장주식에 대한 처분손실금 손금불산입금 3,730,456,265원, 이 사건 인정이자로 익금산입된 72,663,884,066원, 손금불산입된 이 사건 선임료 50,000,000원 합계 76,444,340,331원을 원고의 2001 사업연도 법인세 과세표준에 추가하여, 2003. 2. 3.자로 원고의 2001 사업연도 귀속 법인세로 27,302,102,405원의 부과처분(이하 ‵이 사건 법인세 부과처분′이라 한다)을 하였다.

(2) 또한 피고는 ○○○○에 대하여 소득처분된 이 사건 인정이자에 대하여 원고가 원천징수세액을 납부하지 않자 2003. 9. 18. 2001 사업연도분 원천징수기타소득세로 15,986,054,490원을 부과 ․ 고지하였다가, 2003. 12. 9. 위 원천징수기타소득세를 3,996,513,620원 증액하는 부과처분을 하였다(이하 추가 고지되어 19,982,568,110원으로 증액된 원천징수기타소득세 처분을 ‵이 사건 원천징수처분′이라 한다). [인정근거] 갑 제1, 3 내지 12, 16 내지 18호증, 을 제1 내지 3, 5 내지 12, 17, 18호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 관계법령

1. 이 사건 비상장주식 취득 및 처분 관련

○ 법인세법 제24조 (기부금의 손금불산입)

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지․문화․예술․교육․종교․자선․학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 ‶지정기부금″이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 ‶손금산입한도액 ″이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 사업연도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액

○ 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‶특수관계자″라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‶부당행위계산″이라 한다)에 관계 없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ‶시가″라 한다)을 기준으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제35조 (기부금의 범위) 법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다.

2. 법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가격보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가격보다 놓은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가격은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위 안의 가액으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제89조 (시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시및토지등의 평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.

2. 상속세및증여세법 제38조 ․동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

2. 이사건 국외거래 관련

○ 국제조세조정에관한법률 제2조 (정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1.‶국제거래″라 함은 거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매․임대차, 용역의 제공, 금전의 대부․차용 기타 거래차의 손익 및 자산에 관련된 모든 거래를 말한다.

8. ‶특수관계″라 함은 다음 각 목의 1에 해당하는 관계를 말하며 그 세부기준은 대통령령으로 정한다.

  • 다. 거래당사자의 일방이 타방의 사업방침을 실질적으로 결정할 수 있는 관계

9. ‶국외특수관계자″라 함은 거주자․내국법인 또는 국내사업장과 특수관계에 있는 비거주자․외국법인 또는 이들의 국외사업장을 말한다.

10. ‶정상가격″이라 함은 거주자․내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다.

○ 국제조세조정에관한법률 제4조 (정상가격에 의한 과세조정) 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다.

○ 국제조세조정에관한법률 제5조 (정상가격의 산출방법)

① 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다. 다만, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다.

4. 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법

② 제1항의 규정에 의한 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국제조세조정에관한법률 제7조 (제3자 개입거래)(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 거주자가 국외특수관계자가 아닌 자와 국제거래를 하는 경우에도 그 거래가 다음 각 호의 요건을 충족하는 경우에는 국외특수관계자와 국제거래를 한 것으로 보아 그 거래에 대하여 제4조 및 제5조를 적용한다.

1. 거주자와 국외특수관계자간에 당해 거래에 대한 사전계약이 있을 것

2. 거래조건이 당해 거주자와 국외특수관계자간에 실질적으로 결정될 것

○ 국제조세조정에관한법률 제9조 (소득금액조정에 따른 소득처분 및 세무조정)(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 제4조의 규정을 적용함에 있어서 익금에 산입되는 금액이 국외특수관계자로부터 내국법인에게 반환될 것임이 증빙에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 동 금액은 법인세법 제67조 의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 국외특수관계자에 대한 배당으로 처분하거나 또는 출자 등으로 조정한다.

○ 국세조세조정에관한법률 시행령 제2조(특수관계의 세부기준)(2002. 12. 30. 대통령령 17832호로 개정되기 전의 것)

① 법 제2조 제1항 제8호에서 ‶특수관계″라 함은 다음 각 호에서 정하는 관계를 말한다.

2. 거주자․내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인이 다른 외국법인의 의결권있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우에 그 거주자․내국법인 또는 국내사업장과 다른 외국법인과의 관계

4. 거주자․내국법인 또는 국내사업장과 비거주자․외국법인 또는 이들의 국의사업장과의 관계에 있어서 일방이 다음 각목의 1의 방법에 의하여 타방의 사업방침의 전부 또는 중요한 부분을 실질적으로 결정할 수 있는 경우 그 일방과 타방과의 관계

  • 가. 일방법인의 대표임원이나 총 임원수의 절반 이상에 해당하는 임원이 타방 법인의 임원 또는 종업원의 지위에 있을 것

○ 국세조세조정에관한법률 시행령 제4조(정상가격의 산출방법) 법 제5조 제1항 제4호에서 ‶대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법″이라 함은 다음 각 호에서 정하는 방법을 말한다.

1. 이익분할방법

거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어, 거래쌍방이 함께 실현한 거래순이익(제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 판매와일반관리비를 차감한 금액)을 다음 각목에서 정하는 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들간의 상대적 공헌도에 따라 배부(거래형태별로 거래당사자들의 적절한 기본수입을 우선 배부하는 경우를 포함한다. 이하 같다)하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법. 이 경우 상대적 공헌도는 유사한 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래시 일반적으로 행하여지는 공헌도에 의하여 측정한다.

  • 가. 자산의 매입․제조․판매 또는 용역의 제공을 위하여 지출하였거나 지출할 비용
  • 나. 자산의 개발 또는 용역의 제공을 위하여 소요된 자본적 지출액 사용된 자산총액 또는 부담한 위험정도
  • 다. 각 거래단계에서 수행된 기능의 중요도
  • 라. 기타 측정가능한 합리적인 배부기준
2. 거래순이익률방법

거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자간의 거래중 당해 거래와 유사한 거래에서 실현된 다음 각목에서 정하는 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법. 다만, 당해 거래와 유사한 거래를 특수관계가 없는 자와 행하지 아니한 경우에는 특수관계가 없는 제3자간의 국제거래중 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다.

  • 가. 거래순이익의 매출에 대한 비율
  • 나. 거래순이익의 자산에 대한 비율
  • 다. 거래순이익의 매출원가 및 판매와 일반관리비에 대한 비율
  • 라. 기타 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률

3. 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법

○ 국세조세조정에관한법률 시행령 제5조(정상가격산출방법의 선택) (2000. 12. 29. 대통령령 17045호로 개정되기 전의 것)

① 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.

1. 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 1에 해당하는 경우를 말한다.

  • 가. 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우
  • 나. 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우

2. 사용되는 자료의 확보 ․이용 가능성이 높을것

3. 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건․경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을것

4. 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상 가격에 미치는 영향이 작을것

② 제1항 제1호의 규정에 의하여 비교가능성이 높은 지의 여부를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등의 요소를 분석하여야 한다.

③ 특수관계가 없는 자간의 국제거래로서 비교가능성이 높은 거래가 발견되는 경우에는 법 제5조 제1항 제1호의 규정에 의한 비교가능제3자가격방법을 정상가격산출방법으로서 우선적으로 고려하여야 한다.

④ 제4조 각 호의 정상가격의 산출방법을 적용하는 경우에는 동조 제1호의 방법부터 순차적으로 적용한다.

⑤ 과세당국은 특수관계가 없는 자간의 국제거래가 거래당사자에 의하여 임의로 조작되어 정상적인 거래로 취급될 수 없는 경우에는 동 거래를 비교가능한 거래로 선택하지 아니할 수 있다.

○ 국세조세조정에관한법률 시행령 제6조(정상가격산출방법의 보완)

① 제4조 각 호의 정상가격산출방법은 법 제5조 제1항 제1호 내지 제3호의 정상가격산출방법을 보완하기 위하여 사용할 수 있다.

② 법 제5조의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우 당해 거래와 특수관계가 없는 자간의 거래 사이에서 수행된 기능, 부담한 위험 또는 거래조건등의 차이로 인하여 적용하는 가격․이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생하는 때에는 그 가격․이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여야 한다.

⑤ 과세당국이 정상가격범위를 벗어난 거래가격에 대하여 법 제5조의 규정에 의하여 과세조정을 하는 경우에는 당해 정상가격범위 안의 거래에서 산정된 평균값․중위값․최빈값 기타 합리적인 특정가격을 기준으로 하여야 한다.

○ 국세조세조정에관한법률 시행령 제15조(소득금액조정에 따른 소득처분 및 세무조정) (2002. 12. 30. 대통령령 17832호로 개정되기 전의 것) 법 제9조에서 규정하는 소득금액조정에 따른 소득처분 및 세무조정은 다음 각 호의 1에서 정하는 바에 의한다.

2. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 제2조 제1항 제2호에 해당되는 경우에는 내국법인의 익금에 산입되는 금액 중 내국법인에게 반환되지 아니하는 금액은 당해 국외특수관계자에 대한 출자의 증가로 간주하여 사내유보로 한다.

3. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 제2조 제1항 제1호 및 제2호 외의 자인 경우에는 내국법인의 익금에 산입되는 금액 중 내국법인에게 반환되지 아니하는 금액은 당해 국외특수관계자에 대한 대여금으로 간주하여 사내유보로 한다. 이 경우 대여금은 각 사업연도 종료일 현재 발생한 것으로 보아 국제금융시장의 실세이자율에 의하여 산출된 이자를 내국법인의 익금에 산입하고 그 금액을 당해 국외특수관계자에게 귀속되는 기타소득으로 한다.

○ 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하‶특수관계자″라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‶부당행위계산″이라 한다)에 관계 없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거난 작용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ‶시가″라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제88조 (부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 ‶조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우″라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

8. 다음 각 목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우

  • 나. 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조 제3항 의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호가목 및 법 제45조 제1항 제1호의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

3. 주장 및 판단
  • 가. 이 사건 비상장주식 처분손실금 손금불산입 (1)원고의 주장 (가) 이 사건 비상장법인들은 모두 인터넷 업체이고, 인터넷 업체들의 가치는 그 기업의 장부에 계상된 자산가치만으로 평가할 수 없으며, 시장상황, 성장가능성 등 제반요인을 고려하여 그 가치가 평가되어야 하는바, 원고는 이 사건 비상장주식을 취득할 때 그와 같은 제반요인이 참작된 이 사건 비상장주식의 시가로 이를 취득한 것이지, 정상가격을 초과하여 고가로 매입한 것이 아니고, 가사 이 사건 비상장주식의 취득가액이 정상가격을 초과하였다고 하더라도 위 취득가액은 현금매수가 아닌 주식교환의 방법으로 이 사건 비상장법인을 인수하는 과정에서 평가된 금액이어서 그와 같은 금액으로 취득할만한 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 어느 모로 보나 법인세법 시행령 제35조 제2호 를 적용하여 정상가격을 산출하여야 할 고가매입에 해당되지 않는다. (나) 법인세법 시행령 제35조 제2호 의 적용대상이 된다고 하더라도 같은 조에서 ‵시가′를 정하는 방법을 규정하고 있지 아니함에도 부당행위계산부인과 관련된 시가 규정인 같은 시행령 제89조를 그대로 적용한 것은 위법하며, 가사 같은 시행령 제89조 제2항 제2호에 따라 구 상증세법 제63조 규정에 의한 보충적 평가방법으로 시가를 평가하는 것이 타당하다고 하더라도, 구체적인 보충적 평가방법의 적용에 위법이 있다.

(2) 판단 (가) 시가로 거래된 주식에 대하여 법인세법 시행령 제35조 제2호 가 적용될 수 없음은 규정의 내용상 명백한바, 증권거래소에 상장되지 아니하고 거래의 선례가 없는 주식에 대한 거래가 이루어진 경우라도 그 거래가 일반적이고 정상적인 방법에 의하여 이루어진 것이어서 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 있으면 그 거래가격을 당시의 시가로 볼 수 있는 것이다(대법원 1992. 10. 27. 선고92누1971 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제19호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 이사건 비상장주식을 취득할 당시(2000. 3.경부터 2000. 7.경까지) 국내에는 벤처열풍으로 인해 인터넷관련 업종 회사들의 주가가 고평가되고 있었으나, 원고가 이 사건 비상장주식을 처분할 당시에는 벤처 열풍이 빠지고 코스닥지수가 최저점에 달하는 시점(코스닥지수는 2000. 3. 2.에는 2188.0까지 치솟았으나 2001. 12. 3.에는 710.3까지 떨어졌다)이어서, 이 사건 비상장주식을 취득할 당시의 취득가액에 비하여 처분가액이 과도하게 낮다는 이유만으로 취득가액이 당시의 객관적 교환가치를 초과하는 금액이라고 단정 지을 수는 없는 점, ② 원고와 이 사건 비상장법인의 주주들 사이에 이 사건 비상장주식을 고가로 평가하여야 할 특수관계가 없고, 거래 후 ○○○○의 주주들인 강○○ 등이 원고를 상대로 자신들의 주식과 교환한 원고 발행 주식이 과대평가되어 손해를 입었다는 등의 이유로 손해배상청구 소송을 제기하였으나 패소한 사정 등에 비추어, 원고와 이 사건 비상장법인의 주주들은 각자 자신의 이익을 최대화 할 목적으로 대등한 협상을 통하여 상호 주식의 가치를 평가하고 가격을 결정하였던 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 비상장주식의 취득은 원고가 발행한 주식과의 교환과정에서 이루어진 것으로, 이 사건 비상장주식의 취득가액이 고액이라는 것은 결국 그와 대가관계에 있는 원고 발행주식이 고액이라는 것인데, 원고 발행주식에 대해서는 교환과정에서의 평가액을 그대로 인정하면서 이 사건 비상장주식에 대해서만 보충적 평가방법에 의해 시가를 평가하는 것은 부당하다는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 비상장주식을 취득한 거래는 일반적이고 정상적인 방법에 의하여 이루어진 것으로 그 취득가액을 당시의 시가로 볼 수 있다고 할 것이므로, 이는 법인세법 시행령 제35조 제2호 의 적용대상이 될 수 없다고 할 것이다. (나) 한편, 법인이 특수관계 없는 자로부터 매입한 주식의 가격이 정상가격보다 높은 가액이라 하더라도, 그 주식을 매입한 것이 특수한 상황 하에서 이루어진 거래라고 한다면 법인으로서는 위 주식을 그 가액으로 매입할 만한 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다고 할 것인바(대법원 1997. 11. 14. 선고 97누195 판결 등 참조), 가사 이 사건 비상장주식의 취득가액이 정상가격보다 높다고 하더라도, 원고가 이 사건 비상장주식을 취득한 것은 실제적인 현금의 투자 없이 상호 주식을 교환하는 방법으로 이 사건 비상장법인을 인수하기 위한 목적에 기인한 것이므로, 이와 같은 특수상황 하에서 원고로서는 이 사건 비상장주식을 그 취득가액으로 매입할 만한 정당한 사유가 있었다고 봄이 상당하다고 할 것이므로, 이 점에서도 이 사건 비상장주식의 취득에 해하여 법인세법 시행령 제35조 제2호 를 적용할 수는 없다.

  • 나. 이 사건 인정이자 익금산입 및 소득처분

(1) 원고는, 국조법 제4조에 의한 과세조정은 거주자와 국외특수관계자의 거래를 기본 전제로 하는 것인데, 이 사건 국외거래는 그 실질이 원고와 국조법 소정의 국외특수관계가 없는 ○○○○ 구주주 사이의 주식교환거래이므로, 실질과세의 원칙에 따라 이 사건 국외거래는 국조법 소정의 과세조정의 대상이 되지 않는다고 주장한다. 살피건대, 구 국조법 제7조의 제3자 개입거래 규정은 거주자가 국외특수관계자가 아닌 자(이하 ‵제3자′라 한다)와의 거래라는 형식을 빌려 국외거래를 함으로써 같은 법 제4, 5조의 과세조정 적용을 회피하는 것을 방지하기 위한 것이고, 그 요건으로는 거주자와 국외특수관계자간의 사전계약 및 실질적인 거래조건 결정만이 요구되고 있으므로, 그 요건이 충족되어 같은 법 제7조가 적용되는 경우 그 국제거래는 그 형식에 관계없이 거주자와 국외특수관계자가 거래를 한 경우와 같이 보아 같은 법 제4, 5조의 과세조정을 하게 되는 것일 뿐, 그 밖에 그 국외거래의 최종적인 목적 등을 고려하여 과세조정의 대상인지 여부를 결정할 수 있는 것은 아니라고 할 것이다. 이 사건에 관하여 보면, 거주자인 원고와 사이에 국조법 소정의 국외특수관계가 있는 자는 ○○○○의 구주주가 아니라 ○○○○ 자체이므로(이는 원고의 주장과 같다), 같은 법 제7조가 적용되는 경우 이 사건 국외거래는 원고와 ○○○○의 거래로 간주될 수 있을 뿐, 더 나아가 그 거래의 최종적이고 실질적인 목적을 감안하여 원고와 ○○○○의 구구주 사이의 거래로까지 간주될 수는 없는 것이므로, 같은 법 제7조가 적용되는 경우 이 사건 국외거래가 원고와 ○○○○ 구주주 사이의 거래로 간주된다는 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다(원고는 이 사건 국외거래가 종국적으로는 원고와 ○○○○의 구주주가 상호주식을 교환하는 것과 같은 결과로 완결되었다는 이유로 그 실질이 원고와 ○○○○의 구주주 사이의 거래라고 주장하나, 그와 같은 결과는 이 사건 국외거래 외에서 이루어진 ○○○○과 ○○○○○○의 거래, 원고와 ○○○○의 거래 및 ○○○○의 구주 소각과 원고의 신주 교부 등의 과정이 추가되어 종합적으로 이루어진 결과여서, 국조법 제7조에 의하여 간주될 수 있는 거래의 범위를 벗어난다. 한편, 위와 같이 이 사건 국외거래가 원고와 ○○○○의 거래로 간주되기 때문에 피고의 기타소득의 소득처분도 ○○○○에 대하여 하게 된 것이다).

(2) 원고는, 출자의 납입 ․ 환급에 해당하는 자본거래는 원칙적으로 부당행위계산부인의 대상이 되지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 국제거래에서의 부당행위계산부인에 상응하는 국조법상의 과세조정 역시 원칙적으로 자본거래를 그 대상에 포함하지 않는다고 할 것인바, 이 사건 국외거래는 원고가 ○○○○으로부터 신주 200만 주를 인수하는 자본거래에 해당하게 되어 국조법의 과세조정 대상이 될 수 없고, 가사 과세조정의 대상이 된다고 하더라도 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 의 ‵주주 등인 법인과 특수관계자인 다른 주주 등′의 거래인 경우에 한하여 과세조정의 대상이 될 수 있다는 취지로 주장한다. 살피건대, 국조법상 국제거래는 ′…… 기타 거래자의 손익 및 자산에 관련된 모든 거래⃸′로 정의되고 있는바(제2조 제1항 제1호), 위 문언만으로는 자본거래가 당연히 위 국제거래의 범위에서 배제되는 것은 아니라고 보이고, 나아가 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 는 자본거래 중 부당행위계산의 유형에 포함되는 경우를 열거(특히 나.목은 ‵신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우′를 부당행위계산의 유형으로 명시하고 있다)하고 있는 점에 비추어 보면 자본거래라는 이유만으로 논리필연적으로 부당행위계산에서 제외되어야 하는 것도 아니므로, 국제거래에 대한 부당행위계산 부인을 목적으로 하는 국조법상 국제거래에 대한 과세조정에는 ‵신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 자본거래′도 포함된다고 해석할 것이다. 또한, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 가 직접 국제거래에 적용되는 것은 아니고 국조법에 그와 같은 제한이 없는 이상, 과세조정의 대상인 국제거래에 그와 같은 거래의 제한이 있다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 국외거래가 자본거래이기 때문에 또는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 의 요건을 갖추지 못한 자본거래이기 때문에 국조법의 과세조정의 대상이 아니라는 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 원고는, 자본거래가 국조법상 과세조정의 대상인 국제거래의 범위에 포함된다고 하더라도, 국조법의 과세조정은 국내소득의 국외이전을 방지하기 위한 제도인 점에 비추어 보면, 이 사건의 경우처럼 내국법인인 원고가 국외특수관계자인 ○○○○의 신주를 인수함으로써 ○○○○의 100%주주가 되는 경우에는 그 거래가격인 13억 달러는 ○○○○의 주식에 화체된 채 거주자인 원고의 지배 하에 있게 되어 국외로 소득이 이전되었다고 할 수 없으므로, ○○○○ 신주인수가액이 정상가격에 부합하는지 여부는 애초에 문제가 되지 않는다고 주장한다. 살피건대, 원고가 인수한 ○○○○ 신주 200만 주의 인수가액 13억 달러가 국내에서 국외로 지급된 이상 그 소득이 이전되지 않았다고 할 수도 없으며, 나아가 뒤에서 보는 바와 같이 주식의 가치평가 자체가 잘못된 경우에는 여전히 국조법에 의한 과세조정이 필요하다고 할 것이므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

(4) 원고는, 이 사건 국외거래가 과세조정의 대상이 되는 행위유형에 속한다고 하더라도, 그 거래가격인 13억 달러는 세계 유수의 금융기관인 ○○○○○○의 평가결과에 따른 정상가격이므로 과세조정이 불필요하다는 취지로 주장한다. 살피건대, 을 제4호증의 2, 을 제14호증의 2, 을 제15호증의 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고와 ○○○○ 주식의 교환비율을 1:7로 평가한 ○○○○○○는 오래전부터 원고가 속한 ○○○ 그룹의 밀접한 금융파트너로서 ○○○○의 나스닥 상장 주간사로 활동하였고, 나스닥 상장이 좌절되어 코스닥으로 눈을 돌린 후 이 사건 국외거래가 성사되는 것을 조건으로 평가의견서 제출에 대한 수수료를 받기로 되어 있었으며, 나아가 13억 달러를 실질적으로 대여하여 그 이자를 수수한 사실, ○○○○○○는 원고와 ○○○○이 제출한 자료만으로 위 주식교환비율을 산정하였고 그 평가의견서에는 주식교환비율 산정에 관한 구체적인 근거자료가 없으며, 평가의견서에 ‶이 총체적인 계획거래의 조건 등 좀 더 상세한 내용은 원고와 ○○○○ 사이의 2000. 7. 1.자 계약서에 의하여 확인할 수 있다.″라든지 ‶○○○○은 우리가 이 의견을 제출함에 따르는 어떠한 책임도 면책해 주기로 약속하였다.″ 또는 ‶이 의견서는 ○○○○ 이사회에게만 한정되어 있고, 계획거래와 관련한 회사의 어떠한 조치에 대한 각각의 주주들이 행사하게 될 문제 등에 관한 추천자료로서는 활용할 수 없으며 그런 목적이 될수 없다.″라는 등의 내용이 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면, 위 평가의견서는 원고와 ○○○○ 주식의 객관적인 가치를 평가한 것이라기 보다는 주식교환이라는 궁극적 목적을 이루기 위한 방편으로 원고와 ○○○○의 의사에 따라 그 내용이 부실하게 기재되었을 개연성이 높다고 할 것이므로, 원고가 매수한 ○○○○ 신주 200만 주의 정상가격이 13억 달러라는 ○○○○○○의 평가가 적정하다는 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(5) 원고는, 이 사건 국외거래에 대하여 과세조정을 하는 것이 타당하다고 하더라도, 원고는 이 사건 국외거래의 종료와 동시에 ○○○○에 대한 출자자의 지위에 있게 되므로 그 익금산입액은 구 국조법 시행령 제15조 제3호가 아닌 같은 조 제2호를 적용하여 ‵출자의 증가′로 소득처분 되어야 하고, 출자의 증가로 소득처분될 경우 원고의 법인세 과세표준에 산입되거나 ○○○○의 기타소득을 구성할 인정이자는 없게 되므로, 이 사건 원천징수처분은 위법하다고 주장한다. 살피건대, 국제거래에 대한 과세조정으로 인한 소득처분에 대하여 구 국조법 시행령 제15조 제2호를 적용할 것인지 제3호를 적용할 것인지 여부는 그 국제거래가 행해진 시점을 기준으로 결정해야 할 것인바, 이 사건 국외거래 당시 원고와 ○○○○사이에는 제15조 제2호의 관계에 있지 아니하였음이 명백하므로 원고의 위 주장은 이유 없다(한편, 원고는 제3호에 의한 대여금 간주시점이 사업연도 종료일인 2000. 12. 31.이고, 원고는 그 시점에 제2호의 요건을 충족하고 있으므로, 제2호를 적용하여야 한다는 취지로도 주장하나, 제3호의 대여금 간주시점 규정은 이자기산일을 정하기 위한 것으로 보일 뿐만 아니라, 제3호가 적용될 경우의 간주시점을 가지고 제2호의 적용여부를 판단할 수도 없다고 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다).

(6) 원고는, 피고가 ○○○○ 신주 200만 주의 정상가격을 산정한 방법이 국조법의 정상가격 산정방법에 위반된 것이라고 주장하므로, 피고가 ○○○○ 신주 200만 주의 정상가격을 산정한 방법[그 내용은 위 2.나.(4)(나)항에서 설명하였다]이 국조법 제5조 제1항 제4호, 국조법 시행령 제4조 제3호 소정의 ‵기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법′에 해당한다고 볼 수 있는지 살펴본다. 먼저, 피고가 ○○○○ 신주의 정상가격을 평가하기 위하여 비교회사로 선정한 ○○○○사와 ○○○○사는 나스닥에 상장된 회사들이어서 나스닥에 상장되지도 않은 ○○○○과 이들 회사의 주가를 단순 비교하기에는 무리라고 보이고, 또한 ○○○○의 주가와 ○○○○사 및 ○○○○사의 각 주가를 직접 비교한 것도 아니고 ○○○○ 주가하락률과 위 나스닥 상장회사들의 주가하락률이 동일하다는 사실을 인정할 아무런 근거도 없이 이들 나스닥 상장회사들의 주가가 하락한 비율만큼 ○○○○의 주가도 하락하였을 것이라는 가정 하에 위 나스닥 상장회사들의 주가하락률을 적용하여 ○○○○ 신주의 정상가격을 산정한 이상, 이러한 평가방법은 합리적이라고 보기 어렵다. 덧붙여, 갑 제11호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, ○○○○ 주식이 분할된 이후인 2000. 3. 14.경 홍콩의 ○○○ ○○○○○○가 ○○○○ 주식 1,920,000주를 미화 28,800,000달러(1주당 15달러)에 매입하였고, 홍콩의 ○○○○도 ○○○○ 주식 930,000주를 미화 13,950,000달러(1주당 15달러)에 매입한 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실에 비추어 보아도 피고가 ○○○○ 주식이 분할될 당시의 1주당 가격이 4.5909달러라는 전제 하에서 위 나스닥 상장회사들의 주가하락률을 적용한 것은 합리적인 평가방법이라고 할 수 없다. 따라서 피고가 ○○○○ 신주의 정상가격을 평가한 위와 같은 방법은 국조법 제5조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제4조 제3호 소정의 ‵기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법′́에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이를 토대로 이루어진 이 사건 원천징수처분은 위법하다.

  • 다. 이 사건 선임료

(1) 원고는, ○○이 원고의 대표이사의 지위에서 이 사건 외국인 현금투자를 수반한 원고와 ○○○○ 구주주 사이의 간접적 주식교환거래를 총괄 지휘하였고, 그 점 때문에 주가조작혐의로 기소된 것이므로 원고 대표이사로서의 직무수행과 관련하여 기소된 것이고, 이 사건 선임료는 위 형사사건을 변론하기 위하여 원고가 지출한 변호사 보수이므로, 이 사건 선임료는 원고의 업무와 관련된 비용으로서 손금으로 산입되어야 한다고 주장한다.

(2) 법인의 구성원은 적법한 방법으로 그 법인을 위한 업무를 수행하여야 하므로, 법인의 구성원이 업무수행에 있어 관계 법령을 위반함으로써 형사재판을 받게 되었다면 그의 개인적인 변호사비용을 법인자금으로 지급하는 것은 횡령에 해당하고, 그 변호사비용을 법인이 부담하는 것이 관례라고 하여도 그러한 행위가 사회상규에 어긋나지 않는다고 할 만큼 사회적으로 용인되어 보편화된 관례라고 할 수 없다(대법원 2003. 5. 30. 선고 2002도235 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 을 제13호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, ○○에 대한 기소요지는, i) 1999. 9.경 ○○○○의 주식을 국내에 판매하는 증권사 직원에게 모집금액의 3%를 제공하기로 약속하고, 이에 따라 2000. 1.경 위 모집금액 3%에 해당하는 ○○○○ 주식 18,000주를 인수할 수 있는 권리 등을 공여하였다는 점(금품공여 약속 및 금품공여), ⅱ) 1999. 7.경부터 1999. 12.경까지 증권사를 통하여○○○○ 주식을 국내에 판매하면서 유가증권신고서를 제출하지 아니한 점(증권거래법위반), ⅲ) 2000. 2.경 원고의 주가를 상승시키기 위하여 일간신문 기자 등에게, 원고에게 거액의 외자가 유치될 것이고 원고의 영업실적이 우수하다는 보도자료를 보내어 일간신문에 보도되게 한 점(주가조작)이었던 사실, 한편 위 사건에 대한 제1심(서울중앙지방법원 2001고단 3765)은 금품공여약속 및 금품공여의 점과 증권거래법위반의 점에 관하여는 유죄를 선고하였으나, 주가조작의 점에 관하여는 ○○의 고의를 인정할 수 없다는 이유로 무죄를 선고하였고, 제2심(서울중앙지방법원 2001.노9717)은 제1심의 판단 중 금품공여 부분에 대하여도 무죄 취지의 판결을 선고하여 확정된 사실을 인정할 수 있는바, ○○에 대한 기소요지 중 금품공여속 및 금품공여의 점과 증권거래법위반의 점은 ○○이 ○○○○ 주식을 국내에 판매하는 과정에서 발생한 것들로서 원고의 업무와 직접적인 관련이 없고, 주가조작의 점 역시 ○○이 위법한 방법으로 주가를 조작했다는 혐의로 재판을 받은 이상 이를 원고를 위한 업무로 볼 수는 없다고 할 것이어서, 결국 위 형사재판과 관련된 이 사건 선임료는 모두 원고의 업무와 관련이 없는 비용이라고 할 것이다.

(3) 따라서 이 사건 선임료를 손금으로 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

5. 소결론

(1) 원고에 대한 이 사건 각 처분 중 법인세 부과처분은 그 과세표준으로 삼은 금액 중 이 사건 비상장주식에 대한 처분손실금의 손금불산입이 위법하고, 이 사건 인정이자 산정의 전제가 된 ○○○○ 신주 200만 주의 정상가격 평가가 위법하여 결과적으로 위법하므로, 피고로서는 ○○○○ 신주 200만 주의 정상가격을 평가하여 정당한 인정이자를 산정한 후 여기에 이 사건 선임료를 합산한 금액을 과세표준으로 하여 정당한 법인세를 산정하였어야 할 것이다.

(2) 또한, 이 사건 원천징수처분 역시 ○○○○에 대한 기타소득처분의 전제가 된 ○○○○ 신주 200만 주의 정상가격 평가가 위법하므로, 피고로서는 ○○○○ 신주 200만주에 대한 정상가격을 평가하여 정당한 기타소득처분액 및 원천징수액을 산정하였어야 할 것이다.

(3) 그런데 이 사건 기록에 나타난 자료만으로는 ○○○○ 신주 200만 주의 정상가격을 평가할 수 없으므로, 당원으로서는 이 사건에서 정당한 법인세 및 원친징수액을 산정 할 수 없어, 결국 이 사건 법인세 부과처분 및 원친징수처분을 모두 취소할 수밖에 없다.

4. 결 론

그렇다면, 이 사건 법인세 부과처분 및 원친징수처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1) 원고는 주식은 당초 액면이 5,000원이었으나, 2004. 4.경 500원으로 액면분할되었으므로, 2000. 5.경의 1주당 362,000원은 액면 5,000원으로 환산할 경우 1주당 3,620,000원이 되어 약 100배 상승한 것이 되며, 원고 주식의 시가 총액은 10조에 원에 이르렀다. 2) 원고는 신주 발행가격을 당시 관련 규정에 의한 상한선인 1주당 172,000원으로 정하였고, 여기에 위에서 인정한 주식교환비율에 따라 발행할 신주 8,680,324주를 곱하여 계산된 금액을 미화로 환산한 금액이 미화 1,342,519,946 달러이다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)