기업구조조정조합 해산 후의 소득공제 인정 및 조합의 해산이 추징사유에 해당하는지 여부

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2004. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년도 귀속 종합소득세 219,017,000원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ′법′이라고만 한다) 제16조 제1항 제1호에 정한 기업구조조정조합인 ○○○○구조조정조합(이하 ′○○조합′이라 한다)에 2002. 10. 4. 9억 3천만 원, 2002. 10. 14. 33억 2천만원, 합계 42억 5천만 원을 출자하였다.
• 나. 원고는 2004. 5. 31. 법 제16조 제1항, 구 조세특례제한법시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것, 이하 ′시행령′이라고만 한다) 제14조 제5항에 정한 바에 따라 2003년 귀속분 종합소득세를 신고하면서 종합소득금액에서 ○○조합에 출자한 금액의 15%와 종합소득금액의 50% 중에서 적은 금액인 608,380,571원을 소득 공제하여 신고하였다.
• 다. 그러나 피고는, ○○조합이 설립되어 해산될 때까지 투자실적이 없고 ○○조합이 해산된 이후에 원고가 종합소득세를 신고한 것이어서 소득공제를 받을 수 없다고 보아, 2004. 12. 1. 원고에 대하여 2003년 귀속 종합소득세 219,017,000원을 부과, 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다. 〔인정근거〕다툼 없는 사실

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 조세법규에 관하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석이 허용되지 않는다는 엄격해석의 원칙과 법 제16조 제2항, 시행령 제14조 제8항 제3호 규정의 해석상 기업구조조정조합의 해산 후 소득공제를 신청한 경우에도 소득공제를 인정하여야 함에도 이를 인정하지 아니한 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 기업구조조정조합 해산 후의 소득공제 인정 여부 위 관계법령의 내용에 의하면, 기업구조조정조합에의 출자를 장려하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위하여 기업구조조정조합에 출자 또는 투자를 하는 경우에는 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지(이하 ′공제기간′이라 한다) 거주자가 선택하는 1과세연도의 종합소득금액에서 출자한 금액의 15%와 종합소득금액의 50% 중에서 적은 금액을 공제할 수 있도록 하고, 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 5년이 경과되기 전에 출자지분을 이전하거나 회수하는 경우에는 이미 공제받은 분에 해당하는 세액을 추징하는 것으로 하되, 다만, 기업구조조정조합이 해산함으로 인하여 출자지분을 회수하는 경우에는 추징할 수 없는 것으로 규정하고 있다. 다만, 거주자가 소득공제를 받지 아니한 상태에서 기업구조조정조합이 해산함으로 인하여 출자지분을 회수하였으나 아직 법이 정한 공제기간이 경과하지 아니한 경우에 소득공제를 받을 수 있는지에 대하여는 법이 규정하지 아니하였으므로, 과연 위와같은 경우에 출자한 거주자(이하 ′출자자′라고만 한다)가 소득공제를 받을 수 있는지에 대하여 살피건대, ① 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문언 대로 하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 점, ② 법이 공제기간을 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지로 정하여 출자자로 하여금 공제기간 중 임의로 선택한 1과세연도의 종합소득금액에서 출자금의 일정비율을 공제할 수 있도록 규정하고 있어 출자자로서는 법이 정한 공제기간 중에는 소득공제를 받을 수 있다는 기대를 가지게 되고, 특별한 사정이 없는 한 이러한 기대는 보호되어야 하는 점, ③ 만일 위와 같은 경우에 소득공제를 받을 수 없다고 해석하면, 공제시기에 대한 선택권을 부여한 법의 취지에 반하고 법적 안정성을 해할 뿐만 아니라, 출자한 금액에 대한 소득공제를 받은후 공제기간이 경과하기 전에 기업구조조정조합이 해산함으로 인하여 출자지분을 회수한 출자자와 비교하여 형평에 어긋나는 결과를 가져오는 점, ④ 출자지분을 회수하는 등 법 제16조 제2항이 규정한 추징사유가 발생한 후에 아직 공제기간이 경과하지 아니하였음을 이유로 소득공제를 신청한 경우에는, 비록 소득공제를 허용하지 않는다는 명시적인 규정이 없지만 소득공제를 허용한 후 다시 그 부분에 대한 세액을 추징하는 무익한 절차의 반복을 피한다는 점에서 소득공제를 받을 수 없다고 보아야 할 것이나, 법 제16조 제2항 단서, 시행령 제14조 제8항 제3호가 기업구조조정조합이 해산하는 경우를 추징 예외사유로 규정하고 있으므로 기업구조조정조합이 해산함으로 인하여 출자지분을 회수한 경우에는 소득공제를 인정하되, 다만 기업구조조정조합의 설립과 그에 대한 출자가 오로지 종합소득금액에서 공제받기 위한 방편에 불과하여 형식적으로는 기업구조조정조합의 해산이지만 실질은 법 제16조 제2항이 추징사유로 규정한 투자지분의 회수에 해당하는 경우에는 소득공제를 받을 수 없다고 보는 것이 상당하고, 이렇게 해석하더라도 기업구조조정조합의 설립을 촉진하기 위하여 출자자에 대하여 소득공제를 허용하는 제도의 취지에 반하는 것으로 보이지 않는 점 등을 종합하여 보면, 위와 같은 경우에는 소득공제를 받을 수 있다고 할 것이다.

(2) ○○조합의 해산이 추징사유인 투자지분의 회수에 해당하는지 여부 나아가 ○○조합의 해산이 추징사유인 투자지분의 회수에 해당하는지 여부에 대하여 살피건대, 당사자 사이에 다툼이 없는 다음과 같은 사실, 즉 원고와 원고의 일가족이 ○○조합의 지분 중 94.5%의 지분을 보유하고 있었고, ○○조합이 설립된 후 해산할 때까지 약 1년 동안 투자실적이 없었던 사실만으로는 ○○조합의 해산이 그 실질에 있어서 추징사유인 투자지분의 회수에 해당함을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 갑 4호증의 1 내지 6, 갑 5호증의 1, 2, 갑 7호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, ① 원고는, 기업구조조정전문회사인 주식회사 ○○○ ○○○(이하 ′○○○′라 한다)가 2002. 3. 16. 출자금 합계 197억 원으로 ○○○ 제1호 기업구조조정조합(이하 ′○○○ 1호 조합′이라 한다)을 설립한 후 2002. 4. 10. 주식회사 ○○○○의 유상증자에 참여하여 2002. 3. 22.부터 2002. 12. 31.까지 합계 144억 6,800만 원의 당기순이익을 올리는 것을 보고, ○○○에 별도의 기업구조조정조합 설립을 제의하였고, 2002. 10. 9. ○○○를 업무집행자로 정하여 ○○조합을 설립하고 합계 42억 5천만 원을 출자한 사실, ② ○○○는 2002. 10. 11.부터 2003. 3. 21.까지 ○○회계법인에 대하여 위 회계법인이 주식회사 ○○, ○○주식회사, 주식회사 ○○○○의 매각주간 업무를 수임할 경우 인수에 적극 참여하겠다는 취지의 인수의향서를 제출하였고, 2002. 11. 11. 정리회사 ○○○○ 주식회사 기획관리팀에 위 회사의 기업매각 공개경쟁입찰에 참여할 의사가 있다는 취지의 인수의향서를 제출하였으며, 2003. 3. 20. ○○○의 자산인수방식 매각입찰에 참가신청을 하였고, 2003. 7. 2. ○○○○○유한회사 자산관리자 한국산업은행에 ○○○○○ 주식회사에 대한 대출채권 및 출자전환주식을 인수하겠다는 내용의 인수제안서를 제출한 사실, ③ ○○○는 위와 같이 투자를 위한 노력을 하였음에도 기업구조조정시장의 과도한 경쟁과 시장의 침체로 인한 투자기회 감소 등으로 투자가 이루어지지 못하자 2003. 9. 1. 원고 등 조합원에게 조합해산을 요청하였고, ○○조합은 조합원총회의 해산결의를 거쳐 2003. 10. 8. 금융감독원장에게 해산신고를 한 사실, ④ 한편, ○○○ 1호 조합도 2003. 1. 1.부터 2003. 9. 19. 해산하기까지 약 25억 4,700만 원의 당기순손실을 기록한 사실, ⑤ 원고의 일가족인 박○○, 박○○, 박○○, 김○○가 2002. 10. 14. ○○조합에 1억 2천만 원에서 2억 6천만 원까지 각 출자한 후 ○○조합이 해산하기 전인 2003. 5. 31. 2002년도 귀속 종합소득세를 신고 ․ 납부하면서 소득공제를 받았고, 피고가 2004. 2. 5. 투자지분의 회수를 이유로 위 박○○ 등에 대하여 공제받은 부분에 대한 세액을 추징하자 박○○ 등이 국세심판청구를 제기하였는바, 국세심판원은 2004. 12. 16. ○○조합이 기업인수 등을 위하여 노력하였음에도 투자가 이루어지지 못하여 해산하였고, 그로 인하여 투자지분을 회수한 것이므로 추징 예외사유에 해당한다는 이유로 피고의 위 각 부과처분을 취소한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고는 ○○○ 1호 조합의 투자수익을 보고 ○○조합을 설립하여 투자한 후 기업인수 등을 위한 노력을 하였는데도 투자가 이루어지지 못하여 ○○조합이 해산됨으로써 부득이 투자지분을 회수하게 되었다고 할 것이므로 ○○조합의 해산은 법 16조 제2항 단서, 시행령 제14조 제8항 제3호가 규정하는 추징 예외사유에 해당한다고 할 것이다.

(3) 따라서 기업구조조정조합의 해산 후에는 소득공제를 받을 수 없고, ○○조합의 해산이 추징사유인 투자지분의 회수에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 부과처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관 계 법 령 〔구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)〕 제16조 (중소기업창업투자조합 출자등에 대한 소득공제) ①거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2003년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 15에 상당하는 금액(당해 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 거주자가 선택하는 1과세연도의 종합소득금액에서 공제한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 중소기업창업투자조합, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합 또는 부품․소재전문투자조합에 출자하는 경우

② 제1항 본문의 규정에 의하여 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 5년이 경과되기 전에 다음 각호의 1에 해당하게 되는 경우에는 당해 거주자의 주소지 관할세무서장 또는 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 분에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망 기타 대통령령이 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제1항 제1호에 규정하는 출자지분을 이전하거나 회수하는 경우

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 〔구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것)〕 제14조 (중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제)

⑧ 법 제16조 제2항 단서에서 ˝대통령령이 정하는 사유˝라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사유를 말한다.

3. 중소기업창업투자조합, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합, 부품․소재전문투자조합 또는 증권투자신탁업법에 의한 위탁회사가 해산하는 경우