환급가산금지급

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고의 부담으로 한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고는 원고에게 금 98,484,692원 및 이에 대하여 2005. 6. 25.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.

• 가. 원고 조합은 구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문개정되기 전의 것) 제4조의 규정에 의하여 주택개량재개발구역으로 지정된 환지전 서울 ○○구 ○○동 산 00외 000필지 198,012㎥의 재개발사업을 시행하기 위하여 1987. 12. 30. 관할구청으로부터 설립인가를 받았다.
• 나. 원고 조합은 사업시행구역을 4개의 공구로 나누어 각 공구별 조합원들로 공구조합을 별도로 만들어 공구 단위로 시행하여 총 0,000세대의 아파트 및 부대 복리시설을 건축하여 관할구청장으로부터 1992. 10. 24. 제2공구, 제3공구에 대하여, 1992. 11. 23. 제1공구, 제4공구에 대하여 관리처분계획인가를 받고, 1993. 12. 31. 전체 아파트에 대한 사용검사를 받은 뒤 1994. 7. 9. 아파트 등 건축시설에 대한 분양처분 고시를 하고, 1994. 8. 25. 택지 및 공공시설에 대한 분양처분 변경고시를 하였다. 그런데, 제2공구에서 건축된 아파트는 000세대인데, 이중 조합원 분양분 000세대와 보류시설 00세대를 제외한 나머지는 모두 일반 분양되었고, 제1공구에서 건축된 아파트는 000세대였는데 이중 조합원 분양분 000세대와 보류시설 0세대를 제외한 나머지 000세대는 모두 일반 분양되었다. 한편 원고 조합은 1994년경 각 공구별로 피고에게 일반분양에 대한 1993년도 귀속분 법인세 과세표준과 세액을 신고 납부하였다.
• 다. 원고 조합은 총회의 1996. 4. 15.자 해산결의에 따라 1996. 4. 18. 해산등기를 경료한 뒤, 2000. 1. 1.부터 2000. 12. 31. 사업년도(이하 ‘2000사업년도’라 한다)에 보류시설 00세대 아파트(이하 ‘이 사건 보류시설’이라 한다)를 분양하여 그 분양수입대금 4,983,842,406원에서 위 00세대의 분양예정수입금액인 전세보증금 2,243,820,000원(매출원가)을 공제한 당기 순이익 금 1,829,766,209원에 법인세 및 신용카드미달사용금액을 가산한 금 2,616,951,908원을 과세표준으로 하고, 산출세액을 금 720,746,534원으로 하여 자진 신고하고, 그 중 법인세로 2001. 3. 31. 및 같은 해 5. 15. 금 352,460,230원씩 합계 금 704,920,460원을 납부하는 등 도합 금 720,746,530원을 납부하였다.
• 라. 원고 조합은 2001. 8. 2. 피고에게, 원고에게는 이 사건 보류시설의 분양과 관련하여 법인세납부의무가 없으므로 2001. 3. 31.에 한 법인세과세표준 및 세액의 신고가 잘못된 것이니 2000사업년도 법인세과세표준과 세액이 0원으로 경정되어야 한다는 이유로 이미 납부한 법인세 금 720,746,530원이 감액되어야 한다는 취지의 경정신청을 하였으나, 피고는 2001. 9. 13. 원고 조합이 이 사건 보류시설의 분양대금을 수익으로 보아 법인세과세표준 및 세액을 신고한 것이 정당하다는 이유로 법인세경정거부처분을 하였다.
• 마. 원고 조합은 2001. 10. 19. 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2002. 7. 29. 원고 조합이 분양한 이 사건 보류시설 중 1999사업년도에 분양한 00세대의 분양대금 4억 원을 법인수입금액에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 원고 조합의 나머지 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. 위 국세심판원의 결정에 따라 피고는 국세기본법 제52조 제1항 단서 규정에 의거 분할 납부된 위 법인세 중 최후 납부일인 2001. 5. 15. 납부된 금 352,460,230원 중 금 112,000,000원의 환급결정을 하면서, 이에 대하여 아래 제2항에서 보는 바와 같이 개정된 각 국세청 고시의 시행일 이후 기간분에 대하여는 개정된 고시에서 정한 국세환급가산금 이율이 적용됨을 전제로 다음과 같이 환급가산금을 계산하여 도합 금 120,652,000원(환급금 112,000,000원 + 환급가산금 8,652,000원) 중 금 92,892,410원을 원고 조합의 다른 세금에 충당하고, 나머지 금 27,759,590원을 2002. 10. 15. 원고에게 환급하여 주었다. ․ 112,000,000×16/100,000×326(2001. 5. 15. ~ 2002. 4. 5.) = 5,841,920원 ․ 112,000,000×13/100,000×193(2002. 4. 6. ~ 2002. 10. 15.) = 2,810,080원 합계 8,652,000원
• 바. 이에 원고 조합이 서울행정법원 2002구합29975호로 제기한 법인세 경정 및 환급 신청에 대한 거부처분취소 소송에서 위 법원은 2003. 4. 29. 원고 조합이 이 사건 보류 시설을 일반 분양한 것은 조합 해산 전 이미 종결된 부동산수익사업을 계속 영위한 것이 아니라, 해산일 이후에 잔여재산인 이 사건 보류시설을 환가하여 조합원들에게 분배하기 위한 것이므로 이 사건 보류시설의 분양수입대금은 비영리내국법인인 원고 조합의 청산소득에 해당하여 법인세 과세대상이 아니라는 이유로 원고의 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정신청을 거부한 피고의 처분은 위법하다고 하여 이를 취소하는 판결을 선고하였고, 그 후 피고의 항소(서울고등법원 2003누9079) 및 상고(대법원 2004두7214) 모두 기각되어 위 판결이 확정되었다.
• 사. 피고는 2005. 6. 23. 위 대법원 판결에 의하여 나머지 세액 금 592,920,460원{2001. 3. 31. 납부분 352,460,230원 + 2001. 5. 15. 납부분 중 1차 환급결정 후 잔액240,460,230원(352,460,230원 - 112,000,000원), 이하 ‘이 사건 국세환급금’이라 한다}을 환급결정하고(이하 ‘2차 환급결정’이라 한다), 이에 대하여 역시 개정된 각 국세청 고시의 시행일 이후 기간분에 대하여는 개정된 고시에서 정한 국세환급가산금 이율이 적용됨을 전제로 다음과 같이 계산된 환급가산금 116,267,680원(70,164,259원 + 46,103,439원)을 포함하여 도합 금 709,188,140원(592,188,140원 + 116,267,680원)을 환급하였다. (1)2001. 3. 31. 납부분 352,460,230원에 대한 환급가산금 합계 70,164,259원 ․352,460,230×30/100,000×1(2001. 3. 31.) = 105,738원 ․352,460,230×16/100,000×370(2001. 4. 1. ~ 2002. 4. 5.) = 20,865,646원 ․352,460,230×13/100,000×361(2002. 4. 6. ~ 2003. 4. 1.) = 16,540,959원 ․352,460,230×12/100,000×562(2003. 4. 2. ~ 2004. 10. 14.) = 23,769,918원 ․352,460,230×10/100,000×252(2004. 10. 15. ~ 2005. 6. 23.) = 8,881,998원

(2) 2001. 5. 15. 납부분 잔액 240,460,230원에 대한 환급가산금 합계 46,103,439원 ․240,460,230×16/100,000×326(2001. 5. 15. ~ 2002. 4. 5.) = 12,542,405원 ․240,460,230×13/100,000×361(2002. 4. 6. ~ 2003. 4. 1.) = 11,284,799원 ․240,460,230×12/100,000×562(2003. 4. 2. ~ 2004. 10. 14.) = 16,216,638원 ․240,460,230×10/100,000×252(2004. 10. 15. ~ 2005. 6. 23.) = 6,059,597원 [인정근거]: 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증의 1 내지 3, 갑 제4, 5호증의 각 1,2, 갑 제6호증, 을 제1 내지 3호증, 을 제4호증의 1 내지 4, 을 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

□ 국세기본법 제52조 【국세환급가산금】

세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각 호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 ‘국세환급가산금’이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

1. 착오납부 ․ 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다. 2.~7. (생략)

□ 국세기본법시행령 제30조 【국세환급가산금의 결정】

① 세무서장은 국세환급금을 법 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 할 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다.

② 제1항의 국세환급가산금의 이율은 국세환급금 100원에 대하여 1일 3전으로 한다.(1981. 12. 31. 개정된 것)

③ 제1항의 국세환급가산금의 이율은 시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율로 한다. (2000. 12. 29. 개정되어 2001. 4. 1.부터 시행된 것)

□ 국세기본법시행규칙 제13조 의 2【국세환급가산금의 이율】

영 제30조 제2항에서 “시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령에서 정하는 이자율”이라 함은 은행법에 의한 은행업의 인가를 받은 금융기관으로서 서울특별시에 본점을 둔 금융기관의 1년만기 정기예금 이자율의 평균을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율을 말한다. (2001. 3. 31. 신설된 것)

□ 국세환급가산금 결정시 적용할 이자율 고시 [표 생략]

• 가. 납부된 국세에 대하여 환급결정이 이루어진 경우 환급가산금을 계산함에 있어 납부일 이후에 위 제2항과 같이 개정, 시행되는 국세청 고시가 정하는 이율을 적용하는 것은 고시의 소급효를 인정하는 것이 되어 국세기본법 제18조 제3항 이 규정한 소급 과세금지의 원칙상 허용될 수 없고, 또한 국세기본법 및 같은 법 시행령, 시행규칙에서 국세청장에게 위임한 사항은 ‘환급가산금이율’에 관한 것일 뿐, ‘기간분’에 관하여는 위임한 바 없음에도 위 각 국세청 고시 부칙에서 이를 규정하였으므로 이는 위임의 범위를 벗어난 것으로 무효이다.
• 나. 따라서 위 2차 환급결정에 따른 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금을 계산함에 있어서, 다음과 같이 원고가 법인세를 납부한 날에 시행되던 대통령령이 정하는 이율(2001. 3. 31. 납부액 연 10.95%, 2001. 5. 15. 납부액 연 5.84%)을 납부한 날의 다음날부터 지급결정을 하는 날까지의 전체 기간에 적용하여 국세환급가산금을 계산하여야 한다.

(1) 2001. 3. 31. 납부분 352,460,230원에 대한 환급가산금 합계 130,359,295원

• 2001. 4. 1.부터 2002. 10. 15.까지 563일간 59,530,532원 = 352,460,230원×10.95%×563/365

• 2002. 10. 16.부터 2005. 6. 23까지 982일간 70,828,763 = (352,460,230 - 112,000,000)×10.95%×982/365

(2) 2001. 5. 15. 납부분 352,460,230원에 대한 환급가산금 84,393,077원

• 2001. 5. 16.부터 2005. 6. 23.까지 1,500일간 84,393,077원 = 352,460,230×5.84%×1,500/365

• 다. 그렇다면 피고는 금 214,752,372원(130,359,295원 + 84,393,077원)을 국세환급금에 가산하여야 함에도, 금 116,267,680원만을 국세환급금에 가산하여 환급하여 주었으므로, 원고에게 금 98,484,692원(214,752,372원 - 116,267,680원)의 국세환급가산금을 추가로 환급할 의무가 있다.

• 가. 소급과세금지의 원칙에 반하는지 여부 그러므로 먼저 납부된 국세에 대하여 환급결정이 이루어진 경우 환급가산금을 계산함에 있어서 제2항에 본 바와 같이 개정된 각 법령 등의 시행일 이후 개정된 각 법령 등이 정하는 국세환급가산금 이율을 적용하는 것은 고시의 소급효를 인정하는 것이 되어 국세기본법 제18조 제3항 이 규정한 소급과세금지의 원칙상 허용될 수 없는 것인지 여부에 관하여 살펴보기로 한다. 무릇 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우 그 효력발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 그 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다. 돌이켜 국세기본법 및 같은 법 시행령, 시행규칙에 관하여 보면, 국세기본법 제52조 는 “세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 ‘국세환급가산금’이라 한다)을 국세환급금에 가산하여 한다.”고 규정하고 있고, 이에 따라 당초 국세기본법시행령 제30조 제2항 은 위 이율을 국세환급금 100원에 대하여 1일 3전으로 하도록 규정하였으나, 2000. 12. 29. 개정된 시행령 제30조 제2항 (2001. 4. 1.부터 시행)은 국세환급가산금의 이율은 시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율로 하도록 규정하였으며, 국세기본법시행규칙 제13조의2 에서는 위 국세환급가산금의 이율은 은행법에 의한 은행업의 인가를 받은 금융기관으로서 서울특별시에 본점을 둔 금융기관의 1년만기 정기예금 이자율의 평균을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하도록 규정함으로써, 국세청장은 2001. 3. 31.자 국세청고시 제2001-11호를 시작으로 현재까지 위 제2항에서 본 ‘국세환급금 가산금 결정시 적용할 이자율 고시’와 같이 4회에 걸쳐 국세환급가산금의 이율을 고시 하였고, 각 부칙 적용례에서 “이 고시는 시행일 이후 기간분에 대하여 적용한다.”고 규정하였는바, 위와 같은 입법 및 개정 취지는 시중은행의 정기예금 수신금리의 변동을 반영하여 금융현실에 맞는 국세환급가산금을 계산하여 환급하고자 하는 데 있는 것이므로, 비록 원고의 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정신청을 거부한 피고의 처분이 취소되어 원고가 납부한 법인세가 피고가 법률상 원인 없이 보유하는 부당이득에 해당하게 되어 원고로서는 당연히 그 환급을 청구할 권리가 있다 하더라도, 이에 대한 환급가산금을 계산함에 있어서 개정된 각 고시의 시행일 이후에는 시중은행의 정기예금 이자율 변동에 따라 개정된 각 고시가 정한 국세환급가산금 이율을 적용한다 하여 조세법률주의 원칙에서 파생되는 소급과세금지의 원칙에 반한다고 할 수 없다.
• 나. 상위법령의 위임 범위를 벗어난 것으로서 무효인지 여부 다음으로 위 각 개정 국세청 고시에서 국세환급가산금의 이율을 고시하면서, 부칙에“이 고시는 시행일 이후 기간분에 대하여 적용한다.”고 규정한 것이 상위법의 위임 범위를 넘은 것으로 무효인지 여부에 관하여 살피건대, 일반적으로 법령의 적용시기는 시행일 이후가 원칙일 뿐만 아니라, 위 각 법령의 내용을 검토하여 보아도 ‘환급가산금이율’이라 함은 그 이율이 적용되는 기간이 당연히 전제가 되어 있는 개념이어서 앞서 본 국세기본법 또는 같은 법 시행령 및 시행규칙에서 ‘환급가산금이율’이라는 사항을 위임함에 있어 별도로 ‘기간분’까지 명시하여 위임하지는 않았다 하더라도, 위 각 개정 국세청 고시 부칙에서 그 시행일 이후의 기간분에 대하여 개정된 각 고시가 정한 국세환급가산금 이율을 적용하도록 정한 것을 들어 상위법령이 위임한 범위를 넘어선 것이어서 무효라고 할 수도 없다.

그렇다면 납부된 국세에 대하여 환급결정이 이루어진 경우 환급가산금을 계산함에 있어 개정된 각 국세청 고시의 시행일 이후 기간분에 대하여 개정된 고시에서 정한 국세환급가산금 이율을 적용하도록 한 위 각 고시 부칙 규정이 무효임을 전제로 한 원고의 이 사건 청구는 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.