2019.2.12. 전에 단기에서 장기로 임대유형을 변경한 경우에는 단기로 임대한 기간의 50%를 장기일반민간임대주택등으로 임대한 기간으로 산입하여 역산한 날을 조특법§97의3 특례적용 대상인 임대기간의 개시일로 보아 조특령§97의5②의 계산식을 준용하여 임대기간 중 양도차익을 산정하는 것임
2019.2.12. 전에 단기에서 장기로 임대유형을 변경한 경우에는 단기로 임대한 기간의 50%를 장기일반민간임대주택등으로 임대한 기간으로 산입하여 역산한 날을 조특법§97의3 특례적용 대상인 임대기간의 개시일로 보아 조특령§97의5②의 계산식을 준용하여 임대기간 중 양도차익을 산정하는 것임
귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 2019.2.12. 전에 舊 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 단기민간임대주택을 조세특례제한법제97조의3에 해당하는 장기일반민간임대주택등으로 변경신고 하는 경우에는 5년의 범위에서 단기임대주택으로 임대한 기간의 100분의 50에 해당하는 기간을 장기일반민간임대주택등의 임대기간에 연속되도록 포함하여 역산한 날을 장기일반민간임대주택등의 임대개시일로 보는 것이며, 조세특례제한법 시행령제97의3 제5항에 따라 기준시가를 기준으로 산정하는 임대기간 중에 발생한 양도차익은 조세특례제한법 시행령제97의5 제2항의 계산식을 준용하여 산정하는 것입니다.
○ ’16. 10. 31. 다세대주택(A주택) 취득 및 세무서 사업자 등록
○ ’16. 10. 16. 단기임대주택(4년)으로 지자체 임대사업자 등록
○ ’18. 09. 18. 장기일반민간임대주택(8년)으로 유형 전환
○ ’25. 11. 04. 지자체 임대사업자 등록 말소
○ ’25년 11월 A주택 양도
2. 질의내용
○ 2019.2.12. 전 단기임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 경우, 조세특례제한법 제97조의3 장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례 적용시 같은 법 시행령 제97조의3 제5항에 따른 임대기간 중 양도차익 산정 방법
3. 관련법령 및 관련사례
〔1〕 조세특례제한법
□ 조세특례제한법 제97조의3【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】
① 대통령령으로 정하는 거주자가 민간임대주택에 관한 특별법제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 민간임대주택에 관한 특별법(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 소득세법제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.
1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우
② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.
③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
□ 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】
매입임대주택은 2020.12.31. 일몰 단축 종료, 건설임대주택만 유지
① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(민간임대주택에 관한 특별법제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 민간임대주택에 관한 특별법제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 민간임대주택에 관한 특별법(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 소득세법제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.
1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우
부칙 <제19199호, 2022.12.31>
제38조(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여는 제97조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
□ 조세특례제한법 시행령 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】
① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자”란 소득세법제1조의2제1항제1호에 따른 거주자를 말한다.
② 법 제97조의3제1항제1호에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우는 민간임대주택에 관한 특별법제2조제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록 기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모주택정비사업 또는 주택법에 따른 리모델링의 시행으로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다. <개정 2023.2.28>
③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.
1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.
2. 주택법제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것
3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 10년 이상 임대할 것
4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것
④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 소득세법제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 민간임대주택에 관한 특별법제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.
⑤ 소득세법제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다.
□ 조세특례제한법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】
② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다. (각 호 생략)
④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 소득세법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 민간임대주택에 관한 특별법 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.
⑤ 소득세법 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. <신설 2021.2.17>
□ 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】
④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 소득세법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 등록하는 경우에는 5년의 범위에서 민간임대주택으로 임대한 기간의 100분의 50에 해당하는 기간을 장기일반민간임대주택등의 임대기간에 포함하여 산정한다.
부칙 <제29527호,2019.2.12>
제29조(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) ① 이 영 시행 전에 민간임대주택에 관한 특별법 제5조제3항에 따라 변경 신고한 경우에는 제97조의3제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 이 영 시행일 현재 단기민간임대주택을 8년 초과하여 임대한 경우에는 제97조의3제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
□ 조세특례제한법 시행령 제97조의5【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 세액감면】
② 법 제97조의5제1항을 적용할 때 임대기간 중 발생한 양도소득은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 제1항에 따른 임대기간의 마지막 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하여 계산한다.
〔2〕 소득세법
□ 소득세법 제95조【양도소득금액과 장기보유특별공제액】
① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. <개정 2023.12.31>
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.
〔3〕 민간임대주택에 관한 특별법
□ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2025.06.02. 대통령령 제35581호로 개정되기 전의 것) 제34조【민간임대주택의 임대의무기간 등】
① 법 제43조제1항에서 "임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다.
1. 민간건설임대주택: 입주지정기간 개시일. 이 경우 입주지정기간을 정하지 아니한 경우에는 법 제5조에 따른 임대사업자 등록 이후 최초로 체결된 임대차계약서상의 실제 임대개시일을 말한다.
2. 민간매입임대주택: 임대사업자 등록일. 다만, 임대사업자 등록 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다.
3. 법 제5조제3항 본문에 따라 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 시점