청산금을 지급받은 재건축 신축주택 양도시 권리변환일 이후 멸실전까지 거주기간에 대하여 장기보유특별공제 [표2] 적용 가능 여부

재건축사업으로 청산금을 지급받고 신축된 주택의 소득법§95② 단서의 [표2]에 따른 거주기간별 공제율 산정시 관리처분계획의 인가일 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주하는 경우, 해당 거주기간을 포함하여 산정하는 것임

사전-2024-법규재산-0713(2024.10.30.)

[세목]

양도

[납세자회신번호]

법규과-2660

[제 목]

청산금을 지급받은 재건축 신축주택 양도시 권리변환일 이후 멸실전까지 거주기간에 대하여 장기보유특별공제 [표2] 적용 가능 여부

[요 지]

재건축사업으로 청산금을 지급받고 신축된 주택의 소득법§95② 단서의 [표2]에 따른 거주기간별 공제율 산정시 관리처분계획의 인가일 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주하는 경우, 해당 거주기간을 포함하여 산정하는 것임

[답변내용]

1세대가 취득한 기존 주택이 도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재건축사업으로 청산금을 지급받고 신축된 후 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우로서, 해당 1주택의 「소득세법제95조제2항 단서의 [표2]에 따른 거주기간별 공제율을 산정할 때 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획의 인가일(2003.7.1. ~ 2005.5.30. 까지는 사업시행인가일) 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주하는 경우, 해당 거주기간을 포함하여 산정하는 것입니다.

소득세법 제95조 【양도소득금액과 장기보유특별공제】

소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

1. 사실관계

○ ’03.6.12. 신청인은 A 취득

○ ’05.5.16. A주택에 대한 재건축 사업시행계획 인가(권리로 변환)

* 재건축 사업의 경우 2003.7.1.~2005.5.30.까지는 사업시행인가일에 권리로 변환되며 2005.5.31. 이후 관리처분계획인가일에 권리로 변환됨

○ ’05.7.26.~’13.1.10. 까지 7년 5개월간 A주택에 거주

○ ’13.3.4. 철거 시작하여 ’16.8.30. 사용승인됨

○ ’16.10.27.~’24.8.30. 까지 7년 10개월간 신축주택(A’)에 거주

○ ’24.8월 신축주택(A’) 양도

* A주택의 권리가액이 조합원 분양금액보다 커 청산금을 지급받고 이에 대한 양도소득세를 정상신고 하였으며, 질의인은 신축주택 양도당시 1세대1주택 비과세 요건을 충족함

2. 질의내용

○ 취득한 기존주택이 재건축사업으로 청산급을 지급받고 신축된 후 양도당시 1주택 보유등 1세대1주택 비과세 요건을 충족하고, 3년 이상 보유 및 2년 이상 거주하여 소득세법제95조제2항 [표2]의 장기보유특별공제율이 적용되는 경우로서

• 거주기간별 공제율 산정시 권리변환일 이후 철거되지 않은 기존주택에서 거주한 기간을 포함하여 산정할 수 있는지 여부

3. 관련법령

□ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 소득세법 제95조 【양도소득금액과 장기보유특별공제】

① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

□ 소득세법 시행령 제159조의4 【장기보유특별공제】

(’21.2.17. 소득령§159의3 → §159의4로 조번 변경)

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

□ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

□ 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가 후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익‘이라 한다) + {[관리처분계획인가후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액+납부한 청산금) +관리처분계획인가 전 양도차익(이하 이 조에서 ”기존건물분양도차익“이라 한다.)

2. 청산금을 지급받는 경우

제1항제2호에 따른 가액

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.

1. 관리처분계획등인가전양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

• 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

• 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

□ 양도소득세 집행기준 89-156의2-2【조합원입주권 전환시기 연혁】

구 분

2003.6.29. 이전

2003.6.30.~2005.5.30.

2005.5.31. 이후

재건축

사업계획승인일

(주택건설촉진법 §33)

사업시행인가일

(도시 및 주거환경정비법 §28)

관리처분계획인가일

(도시 및 주거환경

정비법 §48)

재개발

관리처분계획인가일

(도시재개발법 §34)

관리처분계획인가일

(도시 및 주거환경정비법 §48)

□ 양도소득세 집행기준 89-156의2-6【사업시행인가일이 2005.12.31. 이전이고 관리처분계획인가일이 2006.1.1. 이후인 경우 조합원입주권 해당여부】

1세대가 1주택과 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 조합원입주권을 보유하다 주택을 양도하는 경우 재건축주택의 사업시행인가일이 2005.12.31. 이전이고 관리처분계획인가일이 2006.1.1. 이후인 경우 해당 조합원입주권은 ｢소득세법｣ 제89조 제2항의 조합원입주권에 해당된다.