공공건설임대주택의 보유기간이 3년 미만인 경우 장기보유특별공제 적용가능 여부

소득세법제95조 제2항 장기보유특별공제를 적용함에 있어 보유기간의 계산은 같은 조 제4항 규정에 의하여 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 하는 것이며,공공주택 특별법에 따른 공공건설임대주택이 분양전환 이후 보유기간이 3년 미만인 경우에는 장기보유특별공제를 적용받을 수 없는 것임

○ ’15년 공공주택 특별법에 따른 공공건설임대주택인 A아파트에서 임차하여 세대전원이 5년이상 거주

○ ’22. 8.19. A아파트 분양전환으로 취득

* 소득칙§78③의 장기할부조건을 충족한 경우로 전제함

○ ’24. 6. 3. A아파트의 양도대금을 1,255백만원으로 계약서 작성

○ ’24. 8.20. A주택 양도

’15년

’22.8.19.

’24.8.20.

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A아파트 임차

A아파트 분양전환

A아파트 양도

2. 질의요지

○ 1세대 1주택자가 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주한 기간이 5년 이상인 공공건설임대주택을 12억원 초과하여 양도하는 경우, 적용가능한 장기보유 특별공제율은

3. 관련 법령

○소득세법 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제159조의4 【장기보유특별공제】

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.