부동산의 실제 현황을 주택으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구인의 주장을 기각합니다.

청구인은 1995. 2. 21. ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 ◯◯번지 토지 169㎡를 부(父)로부터 증여받아 동 지상에 1995. 7. 24. 주택 99.9㎡ 신축 및 1996. 12. 19. 근린생활시설(피아노교습소) 28.8㎡를 증축하여 사용하다가 2006. 6. 30. 주택 99.9㎡를 근린생활시설(학원)로 용도변경한 이후 토지 169㎡ 및 건물 128.7㎡(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 2006. 7. 3. 재개발 시공사인 ◯◯(주)에 15억원에 양도하고, 쟁점부동산의 양도에 대하여 2006. 10. 2. 주택부분은 실지거래가액으로, 기타건물은 기준시가로 산정하여 양도가액은 15억, 취득가액은 541,776,734원으로 하고 양도소득세 60,267,280원을 자진신고납부 후,

2007. 5. 7. 주택부분을 기 타건물로 보아 기준시가에 의거 양도가액은 91,733,300원, 취득가액은 111,789,728원으로 하여 기납부한 양도소득세 60,267,280원을 환급 경정청구하였으나, 처분청은 쟁점부동산은 양도일 직전에 근린생활시설로 용도변경하여 공부상 상가건물이나 양도일 현재 상가로 사용한 사실이 없는 사실상 주택으로 판단하여 2007. 7. 9. 경정청구 기각 결정통보하고, 2007. 9. 1. 6억초과 고가주택분에 대하여 실지거래가액에 의거 양도소득세 72,129,130원을 추가로 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007. 9. 28. 이의신청을 제기하였다.

• 가. 청구취지 ◯◯세무서장이 2007. 9. 1.자로 청구인에 대하여 한 2006년 과세연도 양도소득세 132,841,739원(총결정세액)의 부과처분의 취소를 구한다.
• 나. 청구이유 청구인은 쟁점부동산 1층을 단독주택으로 사용하다가 2005. 12. 7. 현주소지인 ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 ☆☆번지 ☆☆아파트 ◯◯호로 이사를 하고 공가인 상태에서 2006. 6. 30. 1층 단독주택을 제2종근린생활시설(학원)으로 용도변경한 후 2006. 7. 3. 청구외 ◯◯(주)에 쟁점부동산을 15억원에 매도하기로 계약 하고 2006. 7. 31. 잔금을 수령한 후 2006. 9. 30. 변경전 용도에 의거 주택부분 은 고가주택(1세대1주택)으로, 2층은 업무용시설로 보아 주택부분은 실가로, 업무 용 시설은 기준시가로 양도소득세 예정신고 납부하였다가, 2007. 3. 15. 국세청장 에게 1세대1주택 비과세양도소득에 해당되는지 여부를 질의한 바 1세대1주택 비과세규정을 적용할 수 없다는 답변을 받아 2007년 5월 기준시가(비과세배제)로 양도소득세 확정신고를 하였다. 1세대1주택 비과세요건의 판정은 원칙적으로 양도일 현재 당해 건물이 주택인 경우에 적용할 수 있는 것이며, 청구인이 2005. 12. 7. 현주소지로 이주한 후 양도일까지 청구인은 물론 타인이 거주한 사실 없이 2006. 6. 30. 주택부분을 학원시설로 용도변경하여 양도일 현재 주택에 해당하지 아니함이 공부 에 의거 확인가능하고, 또한 주택으로 사용하다가 양도일에 점포 등으로 용도변경하여 양도하는 경우에는 1세대1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다고 국세청에서 해석(재일46014-1888, 1997.08.02. 및 재산46014-33, 2003.02.21)하고 있으며, 국세심판원의 결정례에 의하면 멸실이 확정된 공가는 주택으로 볼 수 없다라고 판시(국심2004중117, 2004.04.21 및 국심2004서593, 2004.05.19)하고 있을 뿐만 아니라, 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대한 법적용에 의문이 있어 2007. 3. 15. 국세청장 에게 질의하여 그 답변에 따라 1세대1주택 비과세규정을 배제하고 적법하게 확정 신고하였음에도 처분청이 자의적 판단에 의거 이를 부인하고 경정 결정함은 법리 를 오해한 위법한 처분이라는 주장이다.

청구인은 양도일 이전에 주택을 근린생활시설로 용도변경을 하였고, 양도일 현재 는 주택이 없으므로 쟁점부동산의 양도는 기준시가 적용 대상이라고 주장하며, 기준시가로 계산한 가액이 과세미달에 해당하므로 기 납부한 양도소득세 60,267,280원을 환급하여 줄 것을 청구하고 있으나, 당초 쟁점부동산에 대한 과세처분은 2007. 5. 25. ◯◯세무서의 과세쟁점자문위원회 심의 후 경정청구 환급 기각 결정에 의거 과세한 사안으로서, 쟁점부동산에 대한 용도변경으로 동 건물을 주택으로 볼 수 있는지를 보면 건축법 제14조 및 동법시행령 제14조와 별표에 의한 근린생활시설의 용도변경은 관할 지방자치단체의 허가가 아닌 신고만으로 용도변경이 가능하여 공부상의 용도변경사실만으로는 실질적으로 주택이 근린생활시설로 변경되었는지를 확인하기는 어렵고(국심2000서 2278, 2000.12.20), 청구인이 쟁점부동산을 양도하기 직전 주택부분을 근린생활시설로 용도 변경한 사실은 공부상 확인되나, 양도일 현재 공부상 근린생활시설로 용도변경이 되어있다 하더라도 실제 현황에 의해 판단하는 바, 쟁점부동산을 용도변경 후 상가로 사용한 사실이 없는 것으로 확인되므로 소득세법 시행령 제154조 제3항 에 의거 주택면적 99.9㎡는 상가면적 28.8㎡보다 크므로 쟁점부동산 전체를 주택으로 보아 6억원(6억원 이하는 1세대1주택 비과세)을 초과하는 부분은 실지거래가액으로 결정함이 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 양도일 직전에 상가로 용도변경한 쟁점부동산의 실제 현황을 주택 으로 보아 고가주택 규정을 적용하여 실지거래가액에 의거 양도소득세를 과세한 처분이 정당한 지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가 주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액 (1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적 이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택 으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함 한다.

③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

○ 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

③ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

(1) 청구인은 쟁점부동산의 1층 주택에 거주하다가 2005. 12. 7. ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 ☆☆번지 ☆☆아파트 ◯◯호로 거주지를 이전한 후 2006. 7. 31. 청구외 ◯◯(주)에 양도하였음이 확인된다. (2) 일반건축물관리대장 및 건물등기부등본에 의하면, 쟁점부동산 중 지상1층 주택 99.9㎡는 매매계약일인 2006. 7. 3. 이전인 2006. 6. 30.에 제2종근린생활시설 (학원) 로 용도 변경되었음이 확인되나, 청구인의 주소 이전 이후 양도일까지 주택 및 상가 등으로 사용한 사실이 확인되지 않아 그 실제 용도가 불분명한 것으로 확인 된다.

(3) 청구외 ◯◯(주)에 대한 ◯◯시의 주택건설사업계획승인 통보서를 보면, 2007. 4. 6. 쟁점부동산을 포함한 ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 ◯◯번지 외 214필지에 대한 주택건설사업계획이 승인되었고 그 사업기간이 2007.4월~2010.3월임이 확인되며, 현재 쟁점부동산은 이미 건물이 멸실되어 양도 당시에 학원으로 실제 사용되었는지 등에 대한 확인은 불가한 것으로 판단된다. (4) 쟁점부동산의 양도와 관련하여 청구외 ◯◯(주)에서 청구인에게 양도대금 15억원 을 지급한 내역을 보면, 2006. 3. 7. 계약금 5,000,000원, 2006. 4. 7. 중도금 495,000,000원, 2006. 7. 28. 잔금 1,000,000,000원을 지급하였음이 확인된다.

2. 판단

(1) 쟁점부동산은 매매계약서상 계약일 2006. 7. 3. 직전인 2006. 6. 30. 공부상 주택 99.9㎡를 근린생활시설로 용도변경하였으나, 2006. 4. 7. 현재 쟁점부동산의 양도 대금으로 청구외 ◯◯(주)로부터 계약금 및 중도금으로 5억원을 수령하였고, 또한 쟁점부동산이 재개발지역에 편입되어 있어 재개발시행으로 인해 기존건물의 철거가 임박한 사실을 청구인이 충분히 알고 있어 실제 용도를 변경하여 주택 외 다른 목적으로 사용할 이유가 없는 것으로 판단되고,

(2) 양도일 현재 공부상은 근린생활시설로 용도변경이 되어 있다 하더라도 실제 현황에 의해 판단하여야 하는 바, 쟁점부동산이 주택에서 근린생활시설(학원)로 용도변경된 이후 학원 등으로 사용된 사실이 확인되지 않는 점 등을 종합하여 보면 처분청이 쟁점부동산의 양도당시 소득세법상 고가주택에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.