미등록사업장 해당여부 및 납부불성실가산세부과처분 부당 여부 등

△△세무서장(이하 처분청)이 2006. 7. 3. 청구법인에게 부과 처분한 2005년 제2기 부가가치세 635,647,458원은 청구법인이 ○○세무서장에게 신고한 쟁점장소의 사업수입금액 4,997,189,994원에 해당하는 부가가치세의 납부불성실가산세는 이는 부과하지 않는 것으로 그 세액을 경정하고, 해양환경개선부담금 47,913,300원의 과세표준은 43,557,545원으로 하여 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인 (주) ○○○(이하 ‘청구법인’이라 한다)은 ○○시 ○○구 ○○동 508-3번지를 본점소재지로 하여 특장차 제작․정비와 분뇨․폐기물 해양투기의 과세사업과 면세사업을 영위하는 법인으로, ○○세무장은 청구법인에 대한 법인세 정기조사를 2006. 2. 9. ~ 2. 28. 실시, 제작․정비 및 분뇨․폐기물 해양투기를 겸영하면서 제작․정비업을 영위하는 장소만 본점으로 등록하고, ○○시 ○○구 ○○동 388-5번지의 분뇨․폐기물의 해양투기를 위한 장소(이하 ‘쟁점장소’라 한다)를 미등록한 데 대해, 쟁점장소는 2005. 7. 1.자 이후부터 사업장으로 보아야 한다는 ○○지방국세청 과세쟁점자문위원회 자문결과에 따라 부산시 등 국가기관으로부터 수령한 해양환경개선부담금 매출누락분(47,913,300원) 및 쟁점장소의 2005년 제2기 매출분(4,997,189,994원)에 대한 과세자료를 처분청에 통보 하였는 바, 처분청이 이에 의해 쟁점장소를 사업장으로 보고 2005년 제2기 부가가치세 635,647,458원[본세 504,510,329원, 가산세 131,137,129원(사업자미등록 50,451,032원, 신고불성실 50,451,032원, 납부불성실 30,235,065원)]을 2006. 7. 3. 부과처분하자 청구법인은 이에 불복하여 2006. 9. 28. 이의신청을 제기하였다.

(쟁점1) 쟁점장소는 청구법인의 일부사업인 분뇨․폐기물의 수집․운반․선박적재․해양운송․해양투기로 이어지는 일련의 용역수행과정의 일부분의 업무를 이행하는 장소에 불과한 연락사무소 성격으로 부가가치세법상 사업장으로 볼 수 없다. (쟁점2) 쟁점장소를 사업장으로 보더라도 청구법인이 사실상 이미 국가에 납부한 부가가치세 본세와 이에 대한 납부불성실가산세를 부과함은 부당하다. (쟁점3) 청구법인이 위탁업체로부터 해양환경개선부담금을 수령할 때 부가가치세를 별도로 받았거나 받기로 약정한 바 없어 부가가치세가 포함된 금액이므로 과세표준 산정을 수령한 해양환경개선부담금 × 100/110으로 계산하여야 한다.

(쟁점1) 쟁점장소에 영업과 등 직원 55명이 상시 주재하면서 업무를 수행하고 있으며, 선박, 공장, 기계장치 등 장부가액 104억원 상당의 폐기물처리 관련시설을 갖추어 폐기물의 수집, 희석작업 및 이물질 제거작업을 거쳐 운반선에 선적하여 해상에서 투기하는 것까지 폐기물처리의 모든 과정이 이루어지는, 즉 용역공급체계가 완성되는 장소이므로 사업장에 해당한다. (쟁점2) 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 하며, 사업장을 신설한 후 사업자등록을 하지 아니하고 본점사업장에서 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고․납부한 경우, 본점과 별개의 사업장인 지점의 경우 예정․확정 신고로서의 효력이 없는 것이므로 본세와 가산세(사업자미등록가산세, 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세)를 부과함은 정당하다. (쟁점3) 청구법인이 위탁업체로부터 수령한 해양환경개선부담금의 산출근거는 해양오염방지법 시행령 제22조 의 3 제1항에 의거 폐기물해양배출량 × 단위당기준금액 × 부과계수 로 계산하는 것으로 되어 있는 바, 동 부담금에는 부가가치세가 포함되어 있지 않은 사실이 명확하고, 임의로 위탁업체로부터 부가가치세 받기를 포기한 것으로 볼 수밖에 없으므로 부가가치세가 포함되어 있는지의 여부가 불분명하다는 주장은 이치에 맞지 않다.

• 가. 쟁점

(1) 제작․정비 및 분뇨․폐기물 해양투기를 겸업하면서 제작․정비장소인 본점만 사업자등록하고, 분뇨․폐기물 처리장소인 쟁점장소를 미등록한 경우, 쟁점장소가 사업장에 해당되는 지 여부

(2) 쟁점장소를 미등록사업장으로 볼 경우, 본세와 납부불성실가산세 부과의 정당성 여부

(3) 위탁업체로부터 수령한 해양환경개선부담금에 부가가치세가 포함되어 있는 지 여부

• 나. 관계법령 과세요건 성립 당시의 관계법령을 요약하면 아래와 같이 규정하고 있다.

○ 부가가치세법 제4조 【신고ㆍ납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다.

② 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된사업장관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

④ 제1항의 사업장의 범위는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제4조 【사업장의 범위】

① 법 제4조 제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각호의 사업에 있어서는 당해 각호에 규정하는 장소를 사업장으로 한다.

1. 광업에 있어서는 광업사무소의 소재지. 이 경우에 광업사무소가 광구 밖에 있는 때에는 그 광업사무소에서 가장 가까운 광구에 대한 광업원부의 초두에 등록된 광구소재지에 광업사무소가 있는 것으로 본다.

2. 제조업에 있어서는 최종제품을 완성하는 장소. 다만, 따로 제품의 포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소는 제외한다.

3. 건설업ㆍ운수업과 부동산매매업에 있어서는 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함한다. 이하 같다) 개인인 경우에는 그 업무를 총괄하는 장소. 다만, 법인의 명의로 등록된 차량을 개인이 운용하는 경우에는 그 법인의 등기부상 소재지로 하고 개인의 명의로 등록된 차량을 다른 개인이 운용하는 경우에는 그 등록된 개인이 업무를 총괄하는 장소로 한다.

○ 부가가치세법 제5조 【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

③ 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

○ 폐기물관리법 제26조 【폐기물처리업】

① 폐기물의 수집․운반 또는 처리를 업(이하 ‘폐기물처리업’이라 한다)으로 하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 폐기물처리사업계획서를 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시․도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

② 환경부장관 또는 시․도지사는 제1항의 규정에 의하여 제출된 폐기물처리사업계획서를 검토하여 그 적합 여부를 폐기물처리사업계획서를 제출한 자에게 통보하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 적합통보를 받은 자는 환경부령이 정하는 기준에 의한 시설․장비 및 기술능력을 갖추어 업종별로 시․도지사의 허가를 받아야 한다. 다만, 지정폐기물을 대상으로 하여 폐기물 처리업을 하고자 하는 자는 환경부장관의 허가를 받아야 한다.

④ 폐기물처리업의 업종구분과 영업내용은 다음과 같다.

1. 폐기물수집․운반업 폐기물을 수집하여 처리장소로 운반하는 영업

2. 폐기물중간처리(생활폐기물을 재활용하는 경우를 제외한다)업 폐기물중간처리(생활폐기물을 재활용하는 경우를 제외한다)시설을 갖추고 폐기물을 소각․중화․파쇄․고형화 등의 방법에 의하여 중간처리하는 영업

폐기물최종처리시설을 갖추고 폐기물을 매립 등(해역배출을 제외한다)의 방법에 의하여 최종처리하는 영업

폐기물처리시설을 갖추고 폐기물을 중간처리 및 최종처리를 함께하는 영업

⑤ 제4항 제2호 내지 제4호에 해당하는 폐기물처리업 허가를 받은 자는 동항 제1호의 규정에 의한 폐기물수집․운반업의 허가를 받지 아니하고 그 처리대상폐기물을 스스로 수집․운반할 수 있다.

○ 부가가치세법 제18조 【예정신고와 납부】

① 사업자는 각 과세기간중 다음에 규정하는 기간(이하 "예정신고기간"이라 한다)의 종료 후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하거나 개시하고자 하는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업개시일 또는 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 날로부터 그날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다. 제1기분 예정신고기간: 1월 1일부터 3월 31일까지 제2기분 예정신고기간: 7월 1일부터 9월 30일까지

○ 부가가치세법 제19조 【확정신고와 납부】

① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간종료 후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장관할세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

① 사업자가 제5조 제1항에 규정하는 기한 내에 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

• 다. 사실관계 및 판단 이 건 부과처분에 대한 관계기록 및 청구인이 제시하는 증빙서류에 의하여 사실관계를 살펴보면,

(1) 청구법인은 1962. 9. 11. 개업하여 제작․정비 및 분뇨․폐기물 해양투기를 겸영하면서 제작․정비업을 영위하는 장소만 본점으로 등록하고, 분뇨․폐기물을 처리하는 쟁점장소는 사업자등록을 하지 아니하고, 분뇨․폐기물처리관련 매출을 본점의 매출에 합산하여 부가가치세 신고․납부를 하여 왔고, ○○세무서장은 청구법인에 대한 법인세 조사 과정에서 분뇨․폐기물을 처리하는 쟁점장소가 사업장에 해당하는 지 여부를 과세쟁점자문 신청을 하였고, 『청구법인의 쟁점장소는 2000년 이후 폐기물 해상투기를 위한 시설물(선착장, 사무동, 공장 및 창고동 등의 시설물)을 설치하고, 시설물관리에 필요한 종업원을 주재시킨 사실이 확인되고, 쟁점장소가 폐기물의 처리용역 제공에 따른 반입, 분리(일부폐기물), 보관, 선적을 위한 청구법인만의 배타적, 독립적인 장소인 점은 분명하나, 2005. 7. 1. 이전에는 쟁점장소에 종업원이 상주하면서, 이들이 행한 업무의 내용이 사업장으로 볼 수 있는 역할을 수행했는지 여부를 판단할 수 있는 관련증빙 등이 부족하여, 쟁점장소가 폐기물의 일시보관, 선적장소 및 운반차량의 단순 보관시설 내지 정박지에 불과한 하치장 성격으로 사업장이 아니라는 청구법인의 주장과, 시설물이 있고 종업원이 상주하므로 사업장이라는 ○○세무서장의 주장에 대하여 명확하게 판단하기에는 어렵고, 그러나 청구법인이 2005. 7. 1. 자로 폐기물수집․운반업의 허가증상 주소를 쟁점장소로 변경한 사실, 쟁점장소에 지점등기를 한 사실, 차량과를 본점에서 쟁점장소로 이전 배치하여 폐기물수집, 운반, 보관 및 선적 등 일련의 폐기물 처리용역 공급체계를 완성한 사실 등으로 보아, 비록 계약체결이나 중요한 의사결정, 경리업무 등이 본사에서 이루어진다 하더라도, 2005. 7. 1. 이후부터는 쟁점장소가 부가가치세법 시행령 제4조 제1항 본문에 규정한 사업장에 해당된다』라는 자문 결과를 통보받아 처분청에 과세자료를 파생하였고, 처분청은 이에 의해 청구법인의 미등록사업장에 대한 부가가치세635,647,458원을 과세하였음이 처분청이 제출한 심리자료에 의해 확인된다.

(2) 청구법인은 2005년 제2기의 쟁점장소의 부가가치세 과세표준을 본점사업장인 ○○세무서장에게 신고․납부하였고, ○○세무서장은 본점사업장에 과다신고 된 쟁점장소의 2005년 제2기 부가가치세 과세표준을 경정(부가가치세 환급결정, 국세환급가산금을 가산하여 환급결정)결정하여 처분청에 자료통보 하였고, 처분청은 쟁점장소의 부가가치세를 과세하였음이 확인된다.

(3) 청구법인은 단가산정 시 해양환경개선부담금 등을 포함하여 부가세 별도의 총처리비(수집․운반비, 해양처리비, 해양환경개선부담금)명목으로 계약하고 해양투기용역 제공 후 계산서 및 세금계산서를 교부하였고, 국가기관인 창원시도 일반거래처와 동일하게 단가산정 하여 계약하고, 이에 대한 계산서도 교부하였음이 확인된다.

(4) 부산시 등으로부터 정하수오니의 과세분 해양환경개선부담금 47,913,300원을 수령하고도 부가가치세 신고 누락하였고, 이에 대한 세금계산서 발행도 하지 않았음이 직원이 작성한 확인서에 의해 확인된다. 【쟁점1】에 대하여

(1) 쟁점장소에 영업과 등 직원 55명이 상시 주재하면서 업무를 수행하고 있고, 선박, 공장, 기계장치 등 장부가액 104억 원 상당의 폐기물처리 관련시설을 갖추어 쟁점장소에서 폐기물처리의 모든 과정이 완성되어지는 장소이므로, 제조업에 있어 최종제품을 완성하는 장소가 사업장에 해당하듯이, 청구법인의 쟁점장소도 해양폐기물 배출용역의 공급체계가 완성되는 장소이므로 사업장에 해당되는 것으로 판단되고, 과세쟁점자문결과도 당심과 같은 견해이므로 처분청이 쟁점장소를 사업장으로 보고 경정한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.【기각결정】 【쟁점2】에 대하여

(1) 가산세는 세법에서 규정하는 의무의 이행을 확보하기 위하여 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액으로 규정하고 있고, 이에 따라 과세권행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자에게 부과되는 제재로서 행정벌적인 성격을 띠고 있는 것으로, 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과하도록 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제4조 에 의해 부가가치세는 사업장마다 신고․납부하여야 하나 청구법인은 쟁점장소를 미등록하고, 신고․납부도 하지 아니하여 세법에 규정하는 의무를 위반한 사실이 있는 바, 세법이 정하는 바에 의하여 본세 및 가산세를 부과하여야 하므로 처분청이 본세 및 사업자미등록가산세 및 신고불성실가산세를 부과한 것은 정당한 것으로 판단되고,

(3) 납부불성실가산세는 사업자가 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때 당해 납부하지 아니한 세액이나 미달하게 납부한 세액에 지연이자 상당액을 곱한 금액을 납부불성실가산세로 납부세액에 가산한다는 취지인 바, 청구법인이 쟁점장소의 매출금액을 합산하여 본점관할세무서장에게 신고한 납부세액을 납부하지 아니하거나 당해 납부세액이 납부하여할 세액에 미달하지 아니한 사실에 다툼이 없는 이 건의 경우, 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 고지하고, 본점관할세무서장이 환급을 위한 경정조치를 취한 것은 행정력의 낭비일 뿐만 아니라 조세행정상의 합리성이 결여된 것으로 볼 수 있고, 따라서 청구법인이 쟁점장소 관할세무서장인 처분청에 사업자등록을 신청하지 아니하고, 부가가치세를 신고․납부하지 아니한 데 대한 가산세를 부과함에 있어 사업자미등록가산세와 신고불성실가산세를 부과함은 적법하다고 판단되나, 청구법인이 국가기관에 이미 납부한 부가가치세에 대하여 조세채권의 실현을 용이하게 하고 납세자의 성실한 납세의무의 이행을 담보하기 위한 행정벌인 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 【일부인용】 【쟁점3】에 대하여

(1) 처분청은 청구법인이 수령한 해양환경개선부담금에 부가가치세가 포함되어 있지 않은 사실이 명확하고, 부가가치세 받기를 임의로 포기한 것으로 볼 수밖에 없다고 주장하나, 청구법인은 일반거래처와 해양환경개선부담금을 포함(부가가치세 별도)하여 총처리비를 산정하고 있고, 국가기관인 창원시도 예외가 아닌 것으로 볼 때, 부산시로부터 수령한 해양환경개선부담금에 공급가액과 세액이 별도로 구분표시 되어 있지 아니하여 부가가치세가 포함되어 있는지의 여부가 불분명한 경우에 해당하므로 과세표준 산정은 수령한 해양환경개선부담금의 110분의 100으로 계산하여야 하는 바, 그러하지 아니한 처분청의 당초처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 【인용】

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 일부 이유 있는 것으로 판단되므로 국세기본법 제66조 및 같은 법 제65조 제1항 제2호(기각) 및 제3호(경정)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.