기술이전소득 등에 대한 과세특례 해당 여부

본 이의신청은 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 이를 기각합니다.

청구법인 ○○(주)(대표이사 임○○)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 석유화학 제조업을 영위하는 법인으로서, 2002～2004사업연도에 중국 ○○성 소재 청구 외 ○○(주) 등에 PTMEG제조공정기술(이하 ‘쟁점기술’이라 한다)을 기술이전하고 조세특례제한법 제12조 에 의거【표1】과 같이 해당 사업연도에 법인세액 감면하여 신고하였으며, 【표1】기술이전소득 세액감면 신고내역 (단위: 원) 사업연도 산출세액 기술이전소득 감면대상세액 기술이전소득 감면세액

2002. 1. 1.～12.31. 1,242,887,960 621,443,980 주1)317,774,720

2003. 1. 1.～12.31. 665,658,820 332,829,410 주2)166,476,900

2004. 1. 1.～12.31. 2,447,118,760 주3)1,010,048,260 1,010,048,260 계 4,355,665,540 1,964,321,650 1,494,299,880 ＊주1, 2) 최저한세 적용한 세액. ＊주3) 소득구분경리에 의하여 제조부분이 차지하는 비율 82.55%의 해당세액.

○○지방국세청 법인납세과장(이하 ‘처분청’이라 한다)이 청구법인에 대한 서면분석을 실시하여, 쟁점기술은 청구법인 스스로 연구․개발한 과학기술분야의 기술에 해당되지 않는 것으로 보아 감면받은 세액 1,494,299,880원을 감면배제하고 ○○세무서장(이하 ○○지방국세청 법인납세과장과 함께 ‘처분청’이라 한다)에게 과세자료 통보하였으며, 처분청은 자료통보에 의하여【표2】와 같이 2005.12.16.자로 2002. 1. 1.～2004. 12.31.(3개년)사업연도 법인세 등 1,218,405,910원을 결정 고지하였다. 【표2】고지내역 (단위: 원) 사업연도 고지세액 법인세 농어촌특별세 계

2002. 1. 1.～12.31. 58,542,700 6,148,120 64,690,820

2003. 1. 1.～12.31. 13,906,610 2,832,650 16,739,260

2004. 1. 1.～12.31. 1,134,377,770 2,598,060 1,136,975,830 계 1,206,827,080 11,578,830 1,218,405,910 청구법인은 이에 불복하여 2006. 3.15. 이 건 이의신청을 제기하였다.

국가적으로 경제가 어려웠던 1999년도에 청구 외 ○○건설(주)(이하 ‘○○건설’이라 한다)가 재무구조조정의 일환으로 94.17%의 지분을 소유한 관계회사인 청구 외 ○○유화(주)(이하 ‘○○유화’라 한다)를 처분하고자 하였으나, ○○건설과의 상호연대보증으로 처분이 불가하여 1999.12.14. ○○유화를 ○○건설에 합병하고, 같은 날짜에 청구법인(無채무회사)이 ○○유화를 포괄적 양도양수에 의하여 인수한 것으로, ○○유화와 청구법인은 회사이름과 주주만 바뀌었을 뿐 같은 회사로서 쟁점기술의 실질귀속이 청구법인에 있으므로 기술이전소득에 대하여 감면배제한 처분은 부당하다고 주장한다.

이에 반하여 처분청은 청구법인이 중국 소재기업에 기술 이전한 쟁점기술은 청구법인 스스로 연구ㆍ개발한 기술이 아니라 ○○건설로부터 양수도 방식에 의하여 유상 취득한 것으로, 법령에 규정하고 있는 ‘내국인 스스로 연구개발한 과학기술분야의 기술’에 해당되지 않으므로 감면배제한 당초처분 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 쟁점기술의 이전으로 발생한 소득이 조세특례제한법에서 규정하고 있는 감면소득에 해당하는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 조세특례제한법 제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "내국인"이라 함은 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국법인을 말한다.

○ 같은법 제12조 【기술이전소득 등에 대한 과세특례】 (2003.12.30. 법률 제70 03호로 개정되기 전의 것)

① 다음 각호의 1에 해당하는 기술이전소득에 대하여는 당해 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제2호의 소득 중 대통령령이 정하는 특수관계자에게 동호의 규정에 의한 기술비법을 제공함으로써 발생하는 소득에 대하여는 세액감면을 하지 아니한다.

1. 특허권 또는 실용신안권의 설정등록을 한 내국인이 당해 특허권 또는 실용신안권을 2005년 12월 31일까지 양도 또는 대여함으로써 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 기술비법(이하 이 조에서 "기술비법"이라 한다)을 보유하고 있는 내국인이 계약에 의하여 당해 기술비법을 2005년 12월 31일까지 제공함으로써 발생하는 소득

3. 대통령령이 정하는 기술(이하 이 조에서 "기술"이라 한다)을 연구·개발한 내국인이 기술이전촉진법에 의한 한국기술거래소 기타 대통령령이 정하는 기관을 통하여 2005년 12월 31일까지 양도·대여 또는 제공함으로써 발생하는 소득

② 내국인이 제1항 각호의 규정에 의하여 특허권·실용신안권·기술비법 또는 기술을 2006년 12월 31일까지 취득한 경우에는 취득금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 공제받을 수 있는 금액은 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 한도로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면 또는 공제신청을 하여야 한다.

○ 같은법 시행령 제11조 【기술비법의 범위】 (2005.02.19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것)

① (생략)

② 법 12조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기술비법”이라 함은 내국인이 스스로 연구․개발한 것으로서 과학기술분야에 속하는 기술비법(공업소유권, 해외건설촉진법에 의한 해외건설용역 및 엔지니어링기술 진흥법에 의한 엔지니어링활동을 제외한다)을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 이 건 부과처분에 대한 관계기록 및 청구인이 제시하는 증빙서류에 의하여 사실관계를 살펴보면,

(1) 쟁점기술은 청구 외 ○○유화가 1999. 6.16. 폴리트라메틸렌에틀글코디에스테르제조용촉매 및 이를 이용한 폴리테트라메틸렌에테르글리콜디에스테르의 제조방법(PROCESS FOR PRODUCTION OF POLYTETRAMETHYLENE- ETHER- GL YCOL-DIESTER USING HALLOYSITE CATALYST)으로 특허등록(등록번호 제02 19793호)하였으며, 2000. 1.11. 합병을 사유로 ○○건설에 특허권리가 이전됨과 동시에 청구법인에게 양도를 사유로 이전등록된 것이 특허등록원부 사본 및 청구법인의 감사보고서 등에 의하여 확인되고,

(2) 청구법인은 쟁점기술을 2002. 8.12. 중국 ○○성 소재 기업인 ○○(주)(이하 ‘(주)○○’라 한다)와 금액 ＄20,580,000에 기술이전 계약하고, 2004. 7.17. 중국 ○○성 소재 기업인 C○○(이하 ‘C○○’라 한다)과 금액 ＄21,082,220에 기술이전 계약하였으며, 아래【표3】과 같이 해당 사업연도에 수입계상하고 기술이전에 대한 감면세액 적용하여 법인세과세표준 및 세액 신고하였다. 【표3】사업연도별 기술용역 수입계상내역 (단위: 원) 사업연도 (주)○○ C○○ 사업연도 계

2002. 1. 1.～12.31. 9,183,060,000

• 9,183,060,000

2003. 1. 1.～12.31. 14,960,459,120

• 14,960,459,120

2004. 1. 1.～12.31. 670,150,940 7,837,167,710 8,507,318,650 업체별 계 24,813,670,060 7,837,167,710 32,650,837,770

(3) 처분청은 청구법인이 유상 취득한 쟁점기술은 전시법령에서 규정하고 있는 세액감면되는 기술이전소득이 아니라고 보아 법인세 감면배제하여 청구법인에게 20 02. 1. 1.～2004.12.31. 사업연도의 법인세 등을 고지한 사실이 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 ○○건설의 재무구조개선을 위한 방편으로 1999. 9.30. 설립되어 ○○건설과 형식상 포괄적 양도양수의 요건을 갖추고 있지만 실질적으로는 ○○유화가 청구법인으로 회사이름과 주주만 바뀐 것이므로, 쟁점기술은 법령에 의하여 기술이전소득 감면세액의 대상에 해당된다고 주장하며, 그 증빙으로 사업양도계약서 및 합병관련 서류 등을 제시하고 있다. 심리하건대, 청구법인은 ○○유화가 연구․개발한 쟁점기술을 포함한 모든 인적․물적자산을 포괄적 양도양수에 의하여 인수하였고, 그 또한 ○○건설의 재무구조개선의 일환으로 어쩔 수 없이 양도양수의 방식을 갖춘 것이지만 실질적으로는 ○○유화와 청구법인은 동일하므로 쟁점기술을 이전하고 세액 감면한 것은 법령에 위배되지 않는다고 주장하고 있으나, 전시한 조세특례제한법 제12조 및 같은법 시행령 제11조에서 “내국인이 스스로 연구․개발한 것으로서 과학기술분야에 속하는 기술비법을 보유하고 있는 내국인이 계약에 의하여 당해 기술비법을 2005년 12월 31일까지 제공함으로써 발생하는 소득에 대하여는 당해 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”라고 규정하고 있고, 같은법 제2조에서 “내국인이라 함은 법인세법에 의한 내국법인”이라고 규정하고 있음을 볼 때, 쟁점기술이 청구법인 스스로 연구․개발한 기술비법이 아니라 ○○유화에서 1999. 6.16. 개발하였고, 쟁점기술을 보유한 ○○유화는 1999.12.14. ○○건설에 합병되었으며, 청구법인은 양도․양수에 의하여 ○○건설로부터 ○○유화를 유상으로 취득하였음이 확인되므로, 청구법인이 쟁점기술을 2002년부터 2004년에 걸쳐 중국 소재 (주)○○ 및 C○○에 기술이전하고 소득이 발생한 해당 사업연도에 법인세액 감면하여 신고한데 대하여, 처분청이 쟁점기술 이전소득이 법령에서 규정하고 있는 감면에 해당되지 않는 소득으로 보아 감면배제하고 법인세 등을 결정 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.