사내 보관된 회계처리 전산내용 등을 근거로 기술연구소에서 사용한 비용(인건비 제외)으로 확인되는 비용만을 연구개발비로 인정한 당초처분은 정당함
사내 보관된 회계처리 전산내용 등을 근거로 기술연구소에서 사용한 비용(인건비 제외)으로 확인되는 비용만을 연구개발비로 인정한 당초처분은 정당함
본 이의신청은 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 이를 기각합니다.
청구법인 ○○기연 (주)(이하 “청구법인”이라 한다)는 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재하는 법인으로 처분청에서는 첫째, 청구법인이 2002년부터 2004년까지 계상한 연구개발비 3,772,446,709원 중에서 2,539,374,535원만을 인정하고 1,233,072,174원이 과다신고 되었다고 보아 조세특례제한법 제10조 와 별표 6에 의거 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 115,217,752원(2002년 13,046,618원, 2003년 88,675,039원, 2004년 13,496,125원)과 이월세액공제 136,462,084원 합계 251,679,836원을 부인하고, 둘째, 청구법인의 특수 관계법인인 ○○보냉(주)에게 지급하지 않은 2001년 용역제공비 199,089,174원을 법인세법 시행령 제48조 “공동경비 손급불산입” 규정을 적용하여 익금누락으로 보아 추가 계상하였으며, 셋째, 특수 관계법인인 ○○중공업(주)로부터 수입임대료 37,000,000원(2003년 17,600,000 원, 2004년 19,800,000원)을 누락하였다고 간주하여 법인세 242,232,700원(2001년 사업연도 121,332,410원, 2002년 사업연도 16,866,660원, 2003년 사업연도 101,145,540원)과 부가가치세 5,314,350원(2003년 2기 2,644,920원, 2004년 1기 2,669,430원)을 2005.12.12. 경정결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.03.09.자로 이의신청을 제기하였다.
첫째, 청구법인은 2001. 6.20.일에 기술개발촉진법 제16조 및 동법 시행령 제27조 제1항의 규정에 의한 과학기술부장관의 권한위탁에 따라 동법 시행령 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소를 신설하고 2002년부터 2004년에 연구 인력개발 전담부서에서 사용한 인건비와 연구용 원재료비, 외주가공비 등 4,548,622,861원(연구개발비 3,772,446,709원 연구인력비 776,176,152원)을 장부에 계상하고 조세특례제한법 제10조 에 의거 세액공제를 받았으며, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 의거 2004년 9월에 ○○․○○ 중소기업청장이 연구개발비 사용내역을 조사한 후 발행한 “연구개발기업”으로서 “벤처기업확인서”를 받았고, 특허청에 다수 특허권을 출원한 실적과 2006년 2월 현재 개발제품 매출이 약 90억원에 달하는 등 장부에 계상한 금액이 연구개발비로 사용되었음을 입증하는 다양한 자료들이 있음에도 세무조사를 시작하기 이전부터 외국 바이어들의 고객만족을 창출하고 공장을 세계화하여 더 많은 수출을 하기 위해 공장증축을 하고 있는 중이어서 사무실을 임시 통합하고 서류를 임시로 옮기는 과정에서 서류가 정리되지 않아 처분청에서 요구하는 서류 중 일부를 제시하지 못하였으나, 사무실이 정리되어 처분청에서 요구하는 아이템별 연구계획서, 연구비자재 수불부, 연구결과 효과 등 연구와 관련된 제반사항의 서류비치와 계획에 대한 서류인 개발 제품별 사업계획서와 실적결과물, 개발비 구매(외주)의뢰서 등을 찾아 제출하니 연구개발비 중 과다경비 부인액을 취소하여 줄 것과 둘째, 처분청은 법인세법 제48조 (공동경비 손금불산입)의 규정을 적용하여 직전연도 매출총액을 기준으로 안분하여 계산된 적정 업무지원비 343,563,412원을 계상하고 초과금액 199,009,174원을 익금산입하였으나, 청구법인과 청구 외 ○○보냉(주)는 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위하지 않는 법인으로 법인세법 제48조 를 적용하는 것은 부당하며, 셋째, 2003년~2004년 임대료 수입금액 누락 37,000,000원은 청구 외 ○○중공업(주)를 2003.10.10. 신설하였고, 법인설립등기를 한 후 관할세무서에 사업자등록증을 교부함에 있어서 부동산이 필요하므로 서류 구비를 위해 임대차계약서를 작성하여 2003. 7.30. 신청 하였으나,
2004. 6.30.까지는 청구 외 ○○중공업(주)는 생산시설 및 영업활동이 전혀 없었으므로 임대료를 수수하지 않았고, 매출도 없는 휴면법인이나 다름없는 법인이었으므로 미수수한 임대료에 대하여 부가가치세 등을 과세함은 실질과세에 위배되므로 익금산입한 수입임대료 37,400,000원은 취소하여야 한다는 주장이다.
○ 연구 및 인력개발비 세액공제 부인의 처분내용은 자체기술개발과 관련하여연구 및 인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 함) 세액공제를 적용받을 수 있는 비용은 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품・부품・원재료와 시약류 구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함)로 규정하고 있으며 [조특법 시행령 제9조 제2항 및 시행령 별표6] 지출된 비용이 연구개발비에 해당되는지 여부는 세액공제를 신청한 법인에게 그 입증책임이 있음. [ 법인세법 기본통칙 4-0...2] 그러므로 지출된 비용이 연구개발비에 해당되는지를 거증하기 위해서는 아이템별로 연구목적, 소요인력, 연구기간, 투입예상비용, 개발효과, 실패시의 대책 등 연구개발과 관련된 제반사항이 검토되어 수립된 계획서와 그 계획에 따라 아이템별 설계도가 작성되고, 설계도에 따라 소요자재의 종류․수량 및 보관장소, 작업장소 등의 의사결정이 이루어진 후, 소요자재를 구매하고 동 자재를 연구개발 아이템별로 사용한 사실을 기록한 자재수불부에 의해 세액공제대상 연구개발비 과목 중 원재료비가 계산되었음이 입증되어야 하는 것이나, 청구법인은 연구개발용 원재료 구매근거(연구개발계획, 설계도면, 소요자재의 품목별 구매요구서 등)와 연구개발 아이템별 사용한 원재료비를 계산할 수 있는 증빙서류(원재료수불부)를 제시하지 못하고, 주문에 의한 제품제조에 사용된 원재료비를 임의적으로 연구소에서 구매의뢰한 양 구매의뢰서를 작성하여 연구개발 원재료비로 계상하여 세액공제를 신청하였음이 확인되고, 또한, 연구소 근무자는 주문에 따른 도면설계와 제조과정의 기술적 문제를 해결하는 등의 생산지원업무를 담당하며, 연구개발에 필요한 별도 작업장이나 원재료 보관창고가 없이 통상적인 제조활동과 관련된 작업장에서 원재료를 혼용하여 사용하고 있으므로 연구개발용 원재료의 구입액, 사용액, 재고액을 계산할 수 없으며, 2004년까지 특허권 등 배타적 권리를 신청하거나 획득한 사실이 없음. 따라서 사내 보관된 회계처리 전산내용 등을 근거로 기술연구소에서 사용한 비용(인 건비 제외)으로 확인되는 2,539,374,535원(’02년 110,274,985원 ’03년 986,838,637 원 ’04년 1,442,260,913원)만 세액공제대상 연구개발비로 인정하고, 연구개발비용으로 입증되지 아니하는 지출 1,223,072,174원에 대한 연구개발비 세액공제 251,679,866원(이월분 포함)을 부인함. 먼저, 청구법인이 청구취지에서 주장하며 추가 제시한 증빙서류에 의해 연구개발비를 계산할 수 있는지 살펴보면, 청구법인이 제시한 벤처기업확인서, 연구소 인증서, 특허출원증명원, 자체개발계획서 및 사진, 개발품 판매실적 등은 연구개발이 있었다는 정황증거이며, 이를 근거로 법인이 계산한 연구개발비를 전액 세액공제 대상이 되는 연구개발비로 계산해 줄 수 있는 자료로 볼 수 없고, 또 15건의 특허 신청 중 2004년 이전에는 1건도 신청된 사실이 없고, 세무조사 이후에 11건을 출원하여 연구실적이 있는 것으로 보이게 하여 당초 처분에 불복하기 위한 수단을 마련한 것으로 보아진다. 다음으로, 추가 제시한 자체개발계획서, 구매의뢰서, 설계도면 등의 서류로 연구개발비를 계산할 수 있는지를 살펴보면, 연구개발은 통상적으로①개발요청의 접수 ②타당성 검토 ③(경영진)연구개발 결정 ④연구․개발계획서 작성 ⑤설계도면작성 ⑥예상 소요자재파악 ⑦자재 구매의뢰 ⑧자재수불(재고관리) 및 연구개발비로 계산될 원재료비 계산 ⑨연구개발의 진행 ⑩연구결과보고의 순서로 진행된다.(관내 연구개발비를 적정하게 계산한 법인에 조언을 받은 사실이며, 청구법인의 연구소 근무자도 같은 순서임을 진술하였음) 이에 따라 기술연구소의 구매의뢰서는 설계도면 제작 후 예상 소요자재를 파악하여 작성되므로 조사시에 구매의뢰서 작성의 근거가 되는 아이템별 예상 소요자재 내역서의 제시를 요구하였으나 제시하지 못하였고 본 청구에서도 제시되지 않았다. 또 청구법인이 제시한 연구개발계획서와 설계도면의 설계이력일자를 살펴보면, 참고자료 표 1)-1에서 보는 바와 같이 개발기간과 설계도면 작성일자의 선후가 바뀐 경우가 있는가 하면 개발완료 직전에 도면이 작성되는 등 논리적 모순이 있음을 발견할 수 있다. 【표 1)-1】개발계획 및 설계 이력일자 검토표 순번 개발명 개발기간 설계이력 일자 비고 1 KJ-7 버너 02.10. ~ 05.12. 첨부 없음 설계없음 2 질소 발생장치 03.10. ~ 04.10. 04.06.09. 종료직전 3 질소 발생장치 04.01. ~ 05.02. 04.07.05. 4 불활성 가스 발생장치 03.07. ~ 05.02. 04.10.08. 04.07.23. 05.01.15. 04.12.01. 종료직전 5 불활성 가스 발생장치 02.01. ~ 03.12. 05.08.27. 종료후 6 선박용 소각기 04.09. ~ 05.12. 미 기재 관련여부 확인불가 7 선박용 소각기 02.11. ~ 05.01. 미 기재 〃 8 선박용 소각기 03.02. ~ 05.01. 미 기재 〃 9 선박용 소각기 04.05. ~ 05.04. 미 기재 〃 10 선박용 소각기 04.05. ~ 05.12. 미 기재 〃 순번 개발명 개발기간 설계이력 일자 비고 11 선박용 보일러 03.03. ~ 05.02. 03.09.09. 03.04.14. 12 선박용 보조보일러 03.03. ~ 05.01. 03.03.27. 13 선박용 보조보일러 04.03. ~ 05.01. 03.10.01. 계획전 따라서 연구 아이템별 소요자재 내역서와 연구개발용 원재료 수불부가 없는 청구법인의 주장으로는 연구개발비를 계산할 수 없으므로, 사내 보관된 회계처리 전산내용 등을 근거로 기술연구소에서 사용한 비용(인건비 제외)으로 확인되는 비용만을 연구개발비로 인정한 당초처분은 정당함.
○ 업무지원비(용역제공비) 계산의 처분내용은 청구법인과 청구 외 ○○보냉(주)(이하 ‘○○보냉’이라 함)는 시○○이 각 50% 이상을 출자한 법인으로 세법에 규정하는 특수관계 있는 법인이고, 각 사의 대표이사는 실사주인 시○○이며, 실사주인 시○○ 1인에 의해 각 법인의 경영이 지배되고, 청구법인은 ○○보냉의 영업, 구매, 재무, 총무, 경리 등 제반업무를 지원하고 2002~2003년 사업연도에 업무지원비(용역제공비)로 각 406,271천원, 666,495천원을 수입금액으로 계산하였으나, 2001년에는 업무지원비를 계산하지 않았고, 조사시에 지적하자 26,943천원(본 청구에서도 계산을 요구하는 금액)을 계산하여 줄 것을 요구함. 먼저, 2001년도에 업무지원비를 계산한 근거를 살펴보면, 참고자료 표2)-1에서 보는 바와 같이 2001년~2003년까지 ○○보냉에는 별도의 경리, 개발, 공무, 구매, 기획전산, 업무관리, 총무부 등 부서가 갖추어져 있지 않고, 대표자 1인에 의해 경영의사결정이 이루어지고 있는 청구법인과 ○○보냉의 공동경영 형태로 보아 2002년과 2003년에 청구법인이 ○○보냉에 업무을 지원하였듯이 2001년에도 업무를 지원하였다고 보아도 전혀 무리가 없다. 【표 2) - 1】○○보냉(주)의 2001년~2003년 각 연도별 12월 기준 부서 및 재직인원 (단위: 명) 연도별 12월 기준 부 서 별 계 생산부 기술부 영업부 임원 총무부 2001년 37 28 5 3 1 0 2002년 60 50 6 3 1 0 2003년 43 32 6 3 1 1 따라서 업무를 지원(용역제공)하고도 이에 상응하는 대금을 수취하지 아니하여 청구법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우로부당행위계산의 부인규정을 적용하고, 법인의 모든 손익은 소유와 경영의 분리를 전제로 하는 기업실체의 공준에 입각하여 업무지원비(용역제공비)를 계산하여 청구법인의 익금에 산입하였음. [ 법인세법 제52조 및 시행령 제88조][참고자료 표2)-2 참조-소득조절] 【표 2) - 2】신고소득률 분석표 (단위: 백만원, %) 법인별 구분 2001 2002 2003 2004 비고
○ ○ 보 냉 (주) 수입금액 10,047 14,426 13,473 18,123 소득금액 304 1,559 1,080 517 소득률 3.02 10.80 8.01 2.85
○ ○ 기 연 (주) 수입금액 44,231 47,554 44,004 47,537 소득금액 1,934 2,652 2,126 135 소득률 4.37 5.57 4.8 0.28 다음으로, 2001년 청구법인에 익금산입한 업무지원비(부당행위계산의 부인액) 계산내용을 살펴보면, 청구법인에 근무하는 총인원(221명) 중 업무지원에 해당되는 인원(34명, 붙임 확인서의2001년 공동 인건비 및 퇴직급여충당금전입액 내역의 인원 참조)이 차지하는 비율(15.38%)을 판매관리비 계정과목의 금액(인원직접비 없음)에 적용하여 571,875,389원(판관비 3,717,190,026원×15.38%)을 계산하고, 지원인원의 총급여를 더하여 업무지원관련 총비용 1,385,200,417원(571,875,389원+813,325,028원)을 계산하고, 합리적인 안분방법으로 예규[서면2팀-2101, 2004.10.15]에 따라 법인세법시행령 제48조 제2항 의 규정을 준용하여 직전연도의 매출총액을 기준으로 안분계산하여 업무지원비 199,089,174원을 계산․익금산입 함. 본 건 청구와 달리 ○○보냉이 청구한 2002년 2003년 업무지원비 과다지급으로 인한 손금부인의 취소 청구의 답변에 갈음하여 처분내용을 다음과 같이 답변함. 첫째, 청구법인은 2002년 사업연도에 ○○보냉에 업무를 지원하고 업무지원비 406,271,920원을 계산하여 수입금액에 산입하였으나, 2001년 청구법인에 익금산입한 업무지원비 계산내용과 같이 적정한 업무지원비를 계산하면, 청구법인에 근무하는 총인원(197명) 중 업무지원에 해당되는 인원(48명, 확인서의2002년 공동인건 비 및 퇴직급여충당금전입액 내역의 인원)이 차지하는 비율(24.37%)을 판매관리 비 계정과목의 금액(인원직접비 없음)에 적용하여 843,717,724원(판관비 3,462,758,158원 ×24.37%)을 계산하고, 지원인원의 총급여를 더하여 업무지원관련 총비용 1,856,032,151원(843,717,724원+1,012,314,427원)을 계산하고 합리적인 안분방법으로 법인세법시행령 제48조 제2항 의 규정을 준용하여 직전연도의 매출총액을 기준으로 안분계산하여 계산된 적정 업무지원비는 343,563,412원임. 그러나 ○○보냉은 406,271,920원을 지급하였으므로 과다지급액 62,708,508원을 부당행위계산의 부인규정에 따라 손금불산입 처분함. 둘째, 청구법인은 2003년 사업연도에 ○○보냉에 업무를 지원하고 업무지원비 666,495,610원을 계산하여 수입금액에 산입하였으나, 2001년 청구법인에 익금산입한 업무지원비 계산내용과 같이 적정한 업무지원비를 계산하면, 청구법인에 근무하는 총인원(210명) 중 업무지원에 해당되는 인원(71명, 확인서의2003년 공동인건비 및 퇴직급여충당금전입액 내역의 인원)이 차지하는 비율(33.81%)을 판매관리비 계정과목의 금액(인원직접비 없음)에 적용하여 1,378,497,555원(판관비 4,077,246,288원×33.81%)을 계산하고, 지원인원의 총급여를 더하여 업무지원관련 총비용 2,436,645,689원(1,378,497,555원+1,058,148,134원)을 계산하고 합리적인 안분방법으로 법인세법시행령 제48조 제2항 의 규정을 준용하여 직전연도의 매출총액을 기준으로 안분계산하여 계산된 적정 업무지원비는 555,002,338원임. 그러나 ○○보냉은 666,495,610원을 지급하였으므로 과다지급액 111,493,272원을 부당행위계산의 부인 규정에 따라 손금불산입 처분함. 청구법인이 주장하는 내용을 살펴보면, 당초처분이 법인세법 시행령 제48조 [공동경비의 손금불산입] 제1항의 규정을 적용하였다고 보아 청구법인과 ○○보냉은 별개의 사업을 영위하고 있으며, 공동사업을 영위한 사실이 없으므로 법률적용에 오류가 있으므로 당초처분을 취소해 달라는 주장이나, 2002년과 2003년에는 업무를 지원(용역제공)하였다고 스스로 업무지원비를 계산하여 수입금액에 산입하여 소득금액을 계산하였음. 당초처분은 특수관계에 있는 법인과의 거래에 있어서 일방이 용역을 무료(현저히 낮은 가액 또는 높은 가액)로 제공하므로 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 그 행위와 계산은 법인세법 제52조 및 시행령 제88조 제1항 제9호에 해당되어 부당행위계산을 부인하였으며, 용역제공의 적정한 대가를 산정하기 위해 관련 예규[서면2팀-2101, 2004.10.15.]에 따라 법인세법 시행령 제48조 제2항 을 준용하였을 뿐임. 따라서 청구법인 스스로 2002년과 2003년에는 업무지원비를 계산하여 수입금액에 산입하였고, 2001년도에도 처분내용에서 언급한 바와 같이 업무를 지원하였음에도 이에 상응하는 대금을 수취하지 아니하여 청구법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우로부당행위계산의 부인규정을 적용하고, 법인의 모든 손익은 소유와 경영의 분리를 전제로 하는 기업실체의 공준에 입각하여 업무지원비(용역제공비)를 세법에서 규정하는 가장 합리적인 방법을 적용하여 계산하고 익금산입한 당초처분은 적법함. 본 건 청구와 달리 ○○보냉이 청구한 2002년 2003년 업무지원비 과다지급으로 인한 손금부인의 취소 청구의 처분의견에 갈음하여 다음과 같이 의견을 제시함.
○○보냉은 청구법인과 공동사업을 영위한 사실이 없으므로 법인세법시행령 제48조 제1항 규정을 적용하여 공동경비로 보아 이를 부인한 처분은 적법하지 못하다는 주장이나, ○○보냉은 스스로 2002년과 2003년에는 제공받은 용역의 대가를 계산하였고 이를 지급한 사실이 있다. 따라서 당초처분은 ○○보냉이 청구법인에게 지급한 업무지원비가 세법에서 규정하는 합리적인 방법을 적용하여 계산한 금액보다 현저히 높은 가액이므로 이를 법인세법 제52조 [부당행위계산의 부인] 규정에 따라 과다하게 지급한 부분을 손금불산입한 처분으로 당초처분은 적법함.
○ 부동산 임대료 수입금액 계산 처분내용은 청구법인과 청구 외 ○○중공업(주)(이하 ‘○○중공업’이라 함)은 시○○이 각 50%이상을 출자하여 법인세법에 규정하는 특수관계 있는 법인이고, 각 사의 대표이사는 실사주인 시○○이며, 실사주인 시○○ 1인에 의해 각 법인의 경영이 지배되고 있음.
○○중공업은 2003. 7.10. 설립되고, 2003. 7.20. 청구법인의 사업장 중 건물 4,211.45㎡, 대지 4,400㎡를 월세금 3,300,000원에 임차하기로 하고, 청구법인은 임대하기로 계약을 체결하였으며, 본 계약서를 첨부하여 2003. 7.30 사업자등록증을 교부받았다. 그러나 청구법인은 2003. 7.20~2004. 6.30.까지 임대료 수입으로 계상하여야할 37,400,000원(’03년 17,600천원, ’04년 19,800천원)을 법인세 수입금액 누락 및 부가가치세 과세표준 신고누락 하였으므로 법인세 익금산입하고, 부가가치세 과세표준을 경정결정 하였음. 청구법인이 주장하는 내용을 살펴보면,
○○중공업은 2004. 6.30.까지는 원자재 매입이 없고 매출도 전혀 없는 휴면상태의 법인으로 임대료를 수수하지 않았음에도 부가가치세와 법인세를 부과한 처분은 실질과세의 원칙에 어긋나므로 취소하여 줄 것을 주장하나, 계약의 변동이나 취소 또는 계약당사자간의 대가의 포기․면제 등 상황변경의 어떠한 증빙서류도 제시하지 못하고 단지 대가를 수수하지 않았다는 사실만 제시하고 있다. 유효한 계약에 의하여 임대차관계가 성립되었고, 계약의 무효 또는 취소가 되는 원인행위가 없는 한 ○○중공업은 계약기간 중 계약 목적물의 사용․수익의 권리행사 및 차임을 지급할 의무가 있으며, 반대로 청구법인은 계속적으로 차임을 수수할 권리를 가진다 할 것이므로, 청구법인은 임대료를 수수할 권리가 확정되었고 또 ○○중공업은 임차료를 지급할 의무가 확정되었다 할 것이다. 따라서권리․의무 확정주의를 손익의 귀속시기로 채택하고 있는 현행 법인세법 및 부가가치세법에 따라 청구법인에게 확정된 권리를 익금에 산입하고 부가가치세를 과세한 당초처분은 적법함. 참고로 청구법인의 주장과는 달리 ○○중공업은 2003.2기 32백만원, 2004.1기 140백만원의 매출이 있었으며, 특수관계 없는 자와 계약이라면 대금을 수수하지 않았을리는 없었을 것이므로 청구주장은 인정할 수 없다.
○ 법인세법 제4조 【실질과세】
① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.
○ 법인세법 기본통칙 4-0…2 【법인의 거증책임】 법인세의 납세의무가 있는 법인은 모든 거래에 대하여 거래증빙과 지급규정, 사규 등의 객관적인 자료에 의하여 이를 당해 법인에게 귀속시키는 것이 정당함을 입증하여야 한다. 다만, 사회통념상 부득이하다고 인정되는 범위내의 비용과 당해 법인의 내부통제기능을 감안하여 인정할 수 있는 범위내의 지출은 그러하지 아니한다.
○ 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년12월31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.
1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
○ 조세특례제한법시행규칙(2003. 3.24. 재정경제부령 제306호로 개정되기 전) 제7조 【연구ㆍ인력개발비의 범위】
① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.
② ∼⑪ (생 략)
○【별표 6】연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)
① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자(과학기술분야의 연구업무에 종○○는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자)의 인건비
② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비 포함)
③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용시설의 임차 또는 위탁기관의 연구ㆍ시험용시설의 이용에 필요한 비용
○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】
① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.
③ (생략)
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
○ 법인세법 시행령 제48조 【공동경비의 손금불산입】
① 법인이 당해 법인외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율
2. 기타의 경우에는 당해 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등의 직전사업연도의 매출액 총액에서 당해 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 재정경제부령이 정하는 손비에 대하여는 참석인원수ㆍ구매금액 등 재정경제부령이 정하는 기준에 의할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 매출액의 범위 등 분담금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.
- 다. 사실관계 및 판단
○ 연구 및 인력개발비 세액공제 부인의 처분내용은 청구법인이 제시한 벤처기업확인서, 연구소 인증서, 특허출원증명원, 자체개발계획서 및 사진, 개발품 판매실적 등은 연구개발이 있었다는 정황증거이며, 이를 근거로 계산한 연구개발비를 전액 세액공제 대상이 되는 연구개발비로 계산해 줄 수 있는 직접적인 자료로 볼 수 없으며, 또 청구법인이 제시한 연구개발계획서와 설계도면의 설계이력일자를 살펴보면, 참고자료 표 1)-1에서 보는 바와 같이 개발기간과 설계도면 작성일자의 선후가 바뀐 경우가 있는가 하면 개발완료 직전에 도면이 작성되는 등 논리적 모순이 있음이 확인되며, 청구법인이 제시한 개발비구매(외주)의뢰서의 금액을 집계한 결과 3,001백만원으로 청구법인이 연구자재비 등으로 계상한 금액 3,772,446,709원과는 차이가 있으며, 연구 아이템별 소요자재 내역서와 연구개발용 원재료 수불부가 없는 청구법인의 주장으로는 연구개발비를 계산할 수 없는 것으로 확인된다. 따라서, 사내 보관된 회계처리 전산내용 등을 근거로 기술연구소에서 사용한 비용(인건비 제외)으로 확인되는 비용만을 연구개발비로 인정한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.
○ 업무지원비(용역제공비) 계산의 처분내용은
(1) 대표이사 시○○은 이건 조사당시 확인서에서 청구법인은 2001년부터 2003년까지 기술부, 생산부, 영업부 이외에는 별도의 부서를 두고 있지 않고, ○○기연의 사무실에 소재하고 있는 경리부, 공무부, 개발부, 구매부, 비서실, 업무관리, 영업부, 전산실, 총무부 등에 근무하고 있는 직원들이 청구법인의 업무와 ○○기연의 업무를 함께 수행하였음을 확인하고 있고,
(2) 청구법인이 제시한 용역계약서 등에 의하면 2002년~2003년 ○○기연(주)는 업무를 지원하고, 직전연도 손익계산서 기준 일반경비 등에 의거 용역비로 2002년 406,271,920원․2003년 666,495,610원을 계산하고 세금계산서를 발행 제세 신고하였으나, 2001년분에 대하여는 신고한 사실이 없음이 확인되며,
(3) 처분청은 ○○보냉의 공통경비(당해연도 판매관리비 × 업무지원 해당 인원/ 총인원)를 계산하고, 동 경비에 업무지원 해당인원의 공통인건비(월급여 및 퇴직금전입액)를 더한 업무지원관련비용(공통 경비+공통 인건비)을 계상하고, 동 업무지원관련비용을 각 회사의 전년 매출액으로 나누어 업무지원비(업무지원관련비용×회사별 전년 매출액/전년 매출액 총계)를 아래와 같이 계상하였음이 확인된다. (단위: 천원, %) 구분 당년 판매 관리비
① 업무지원 해당인원
② 총 인원
③ 공통경비
④ =①× (②/③) 공통 인건비 (②급여계)
⑤ 업무지원 관련 모든경비
⑥ =④+⑤ 전년 매출액 매출 비율
⑨ =⑧/ (⑦+⑧) 최종 업무 지원비
⑩ =⑥×⑨ 회사 계상액
⑪ 가산액
⑫ =⑪-⑩
○○기연
⑦
○○보냉
⑧ 2001 3,717,190 34 221 571,875 813,325 1,385,200 28,534,052 4,789,450 14.37% 199,089 0 199,089 2002 3,462,758 48 197 843,718 1,012,314 1,856,032 44,231,564 10,047,379 18.51% 343,563 406,272 -62,709 2003 4,077,246 71 210 1,378,498 1,058,148 2,436,646 47,554,019 14,026,352 22.78% 555,002 666,496 -111,493
(4) 상기 사실관계를 종합하여 보면, 특수관계에 있는 법인의 종업원이 겸직 또는 업무지원을 하는 경우로 [표 2)-2]에서 보는 바와 같이 청구법인의 소득률은 당초처분시 위 (3)에서 계산한 적정임차료를 초과하는 임차료를 지급하고, 또 청구 외 ○○기연의업무지원비(용역제공비) 계산에서 계산한 적정 용역비를 초과하는 비용을 지급하고도 ○○기연보다 소득률이 월등히 높음을 알 수 있고, 처분청이 당해연도 판매관리비 및 인건비를 대상으로 하여 법인세법령 제48조(공동경비의 손금불산입)에서 규정하는 합리적인 방법을 적용하여 계산한 금액이 청구법인이 전년도 손익계산서 기준 일반경비(수선비 등 일부 항목 제외함)를 대상으로 계산한 금액보다 합리적인 것으로 판단되며, 처분청에서 계산한 동 업무지원비가 회사계상 업무지원비 보다 현저히 높은 가액이므로 이를 법인세법 제52조 [부당행위계산의 부인] 규정에 따라 동일한 조직 및 사업에 관계없이 청구 외 ○○보냉(주)에서 지급하지 않은 2001년 업무지원비 199,089,174원을 청구법인의 익금에 산입한 당초처분은 적법한 것으로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
○ 부동산 임대료 수입금액 계산 처분내용은
○○중공업은 2003. 7.10. 설립되고, 2003. 7.20. 청구법인의 사업장 중 건물 4,211.45㎡, 대지 4,400㎡를 월세금 3,300,000원에 임차하기로 하고, 청구법인은 임대하기로 계약을 체결하였으며, 본 계약서를 첨부하여 2003. 7.30. 사업자등록증을 교부받았음이 확인되어 유효한 계약에 의하여 임대차관계가 성립되었음이 확인되고, 참고로 청구법인의 주장과는 달리 ○○중공업은 2003.2기 32백만원, 2004.1기 140백만원의 매출이 있었음이 확인되며, 계약의 무효 또는 취소가 되는 원인행위가 없는 한 ○○중공업은 계약기간 중 계약 목적물의 사용․수익의 권리행사 및 차임을 지급할 의무가 있고, 청구법인은 임대료를 수수할 권리가 확정되었다 할 것이므로 권리․의무 확정주의를 손익의 귀속시기로 채택하고 있는 현행 법인세법 및 부가가치세법에 따라 청구법인에게 확정된 권리를 익금에 산입하고 부가가치세를 과세한 당초처분은 적법한 것으로 판단된다.
이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.
결정내용은 붙임과 같습니다.