신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

본 이의신청은 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 이를 기각합니다.

청구법인인 재단법인 ○○연구원(대표자 최○○)은 ○○도가 출연한 기금의 이자수입과 도비보조금을 재원으로 하여 ○○도의 중장기 발전전략 수립과 도정 전반에 대한 필요과제를 효율적으로 해결하기 위하여 전문적이고 체계적인 조사․분석․연구 활동을 통하여 정책대안을 제시함으로써 ○○도의 발전전략에 기여함을 목적으로 1992. 7.18.자 설립된 비영리공익법인이다. 처분청은 청구법인에 대한 조사를 실시하여 청구법인이 문화재 발굴용역 및 각종 현안 연구 사업을 용역 계약에 의하여 대가를 받고 계속적․반복적인 수익사업을 영위하고 있음에도 이자수익만 있는 비영리법인으로 보아 간이서식에 의거 【표1】과 같이 법인세과세표준을 신고한 사실을 확인하고, 당해 법인의 경우 고유목적사업 자체가 수익사업에 해당하며, 고유목적사업 준비금(이하 ‘쟁점준비금’이라 한다)을 적정하게 설정하지 아니한 사실과 사용 또는 지출한 사실이 없음을 확인하고 용역사업 수입금액 18,812,678,758원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다)을 수입금액에 산입하여 2005. 9. 6.자 1999년 ~ 2003년 사업연도 법인세 합계액 475,043,290원을 부과처분하자 【표1】청구법인 수입금액 신고 내역 및 용역사업 수입금액 (단위: 원) 사업연도 수입금액 고유목적사업 준비금전입액 확인용역사업 입금액 소계 이자수익 용역사업 1999년 688,497,775 688,497,775 무신고 688,497,775 637,544,000 2000년 1,069,869,031 1,069,869,031 무신고 1,069,869,031 2,482,386,340 2001년 795,469,788 795,469,788 무신고 795,469,788 3,486,410,630 2002년 818,151,433 818,151,433 무신고 818,151,433 6,026,563,960 2003년 760,036,731 760,036,731 무신고 760,036,731 6,179,773,828 합계 4,132,024,758 4,132,024,758 4,132,024,758 18,812,678,758 청구법인은 이에 불복하여 2005.12. 2. 이의신청을 하였다.

위 청구법인은 과세관청이 1992년부터 장기간 과세권을 행사하지 아니하였을 뿐만 아니라, 지방자치단체에게 법인세액 상당액을 과세함으로 인하여 조세부담이 전가되는 사정을 감안하여 과세권을 적극적으로 행사할 수 없었던 묵시적인 의사가 있었으며, 또한 이 건 조사당시 세무공무원의 요청으로 고유목적사업 준비금을 인정하여 준다는 공적인 견해표명을 신뢰하고 회계감사보고서를 제출하였음에도 이 건 과세함은 신의성실의 원칙에 반하여 부당하고, 소득금액을 탈루하여 유용한 사실이 없으므로 쟁점금액 전액을 고유목적사업 준비금으로 인정하여 달라고 주장한다.

당초 공익영리법인의 특성상 단식부기로 되어 있는 제 장부를 근거로 법인세과세표준 및 세액 결정에 필요한 최소한의 협력의무를 부여하여 복식부기에 의한 재무제표 작성을 요구한 것으로서 고유목적사업 준비금 설정을 사후 용인해 줄 수 있는지 여부는 제시된 장부를 근거로 적법 여부를 판단해보자는 것뿐이어서 세무공무원의 재무제표 제시 요구행위가 공적견해를 표명했는지 여부의 판단대상이 될 수 없고, 또한 비영리법인의 수익사업에 대하여 국세청 또는 과세관청이 일반적으로 과세하지 아니한다는 공적 견해를 표명한 사실이 전혀 없으므로 청구법인의 주장은 법리를 오해한 주장이며, 쟁점금액은 용역계약에 의하여 대가를 받고 계산서를 발행한 수입금액으로서 장기간에 걸쳐 수입사업 부문을 신고하지 아니하여 과세소득이 누락된 것은 청구법인에게 귀책사유가 있음에도 이를 과세관청이 장기간 과세권을 행사할 의사가 없었다고 해석하는 것은 상당한 무리가 있고, 법인세 상당액이 지방자치단체에 전가됨을 감안하여 과세관청이 묵시적으로 과세권을 행사하지 아니한 것은 아니므로 청구주장은 사실과 달라 법리를 오해한 주장이며, 또한 청구법인이 수입사업의 신고를 하지 아니하였을 뿐만 아니라, 이익잉여금처분계산서상 이익처분에 있어서 고유목적사업 준비금을 적립하지도 아니하여 쟁점준비금은 적정하게 계상된 준비금으로 볼 수 없으므로 쟁점준비금을 인정하지 아니한 당초 처분 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건의 다툼은 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부(쟁점1)와 쟁점준비금을 손금으로 인정할 수 있는지 여부(쟁점2)를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 과세요건 성립 당시의 관계법령을 요약하면 아래와 같이 규정하고 있다.

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도․소매 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

○ 같은법시행령 제2조 【수익사업의 범위】

① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산관련 서비스업을 포함한다)․조경 및 관련 서비스업외의 농업

2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

○ 같은법 제29조 【고유목적사업 준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업 준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(괄호 안 생략)을 곱하여 산출한 금액

○ 같은법시행령 제56조 【고유목적사업 준비금의 손금산입】

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

○ 같은법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표․손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

○ 같은법 제61조 【준비금의 손금계상 특례】 (2001.12.31. 법인세법 법률 제6558호 개정 전)

① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 준비금의 손금계상 및 그 금액의 처리에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 같은법 제61조 【준비금의 손금계상 특례】

① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업 준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 준비금의 손금계상 및 그 금액의 처리에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 이 건 부과처분에 대한 관계기록 및 청구인이 제시하는 증빙서류에 의하여 사실관계를 살펴본다.

(1) 처분청은 청구법인에 대한 조사를 실시하여 청구법인이 문화재 발굴용역 및 각종 현안 연구 사업을 용역 계약에 의하여 대가를 받고 계속적․반복적인 수익사업을 영위하고 있는 사실을 확인하고,

(2) 당해 법인의 경우 고유목적사업 자체가 수익사업에 해당하며, 쟁점준비금을 적정하게 설정하지 아니한 사실과 사용 또는 지출한 사실이 없음을 확인하고는 용역사업 수입금액인 쟁점금액을 수입금액에 산입하여 이 건 과세한 사실이 처분청이 제시하는 조사서, 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 조사당시 세무공무원의 요청으로 고유목적사업 준비금을 인정하여 준다는 공적인 견해표명을 신뢰하고 회계감사보고서를 제출하였음에도 이 건 과세함은 신의성실의 원칙에 반하여 부당하고, 또한 소득금액을 탈루하여 유용한 사실이 없으므로 쟁점준비금을 인정하여 달라고 주장한다.

○ 심리하건대, 처분청의 이 건 과세가 신의성실의 원칙에 위배되어 부당하다는 청구주장에 대하여 살펴보면, 첫째, 비영리법인인 청구법인의의 수익사업에 대하여 국세청 또는 과세관청이 일반적으로 과세하지 아니한다는 공적 견해를 표명한 사실이 전혀 없으므로 청구법인의 주장은 법리를 오해한 주장으로 판단되고, 둘째, 수익사업 부분에 대한 수입금액인 쟁점금액은 전액 용역계약에 의하여 대가를 받고 계산서를 발행한 금액임에도 무신고하여 과세소득이 누락된 것은 청구법인에게 귀책사유가 있는 것이어서 과세관청이 장기간 과세권을 행사할 의사가 없었다고 해석하는 것은 상당한 무리가 있으며, 셋째, 법인세 상당액을 지방자치단체에 전가시키는 점을 감안하여 과세관청이 묵시적으로 과세권을 행사하지 아니하였다는 주장은 사실과 다를 뿐만 아니라, 법리를 오해한 주장이라 할 것이고, 넷째, 처분청의 청구법인에 대한 조사 당시 단식부기에 의한 제 장부만 존재하여 장부의 중요한 부분이 미비된 경우로 보아 소득금액을 추계 결정할 경우 과도한 세부담으로 오히려 납세자에게 불리한 경우가 초래되어 공익비영리법인의 특성상 단식부기로 되어 있는 제 장부를 근거로 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 최소한의 협력의무를 부여하여 복식부기에 의한 재무제표의 작성을 요구하였다는 처분청의 주장에 상당한 신빙성이 있는 것으로 판단되며, 다섯째, 쟁점준비금 설정을 사후 용인해 줄 수 있는지 여부는 제시된 장부를 근거로 적법 여부를 판단해 보자는 것뿐이어서 세무공무원의 재무제표 제시 요구행위가 공적견해를 표명했는지 여부의 판단근거가 될 수 없는 점 등을 모두어 볼 때, 처분청의 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배되어 부당하다는 청구주장은 전체적으로 그 설득력이 부족할 뿐만 아니라, 법리를 오해한 주장으로 판단된다.

○ 다음, 쟁점준비금을 손금으로 인정하여 달라는 청구주장에 대하여 살펴보면, 쟁점준비금의 경우, 전시한 법인세법 제29조 제1항 에 의거 2000.12.31. 이전 사업연도는 결산조정을 하여 손금에 산입한 경우에만 인정할 수 있으며, 2001.12.31.이 속하는 사업연도 이후에는 회계감사를 받는 비영리법인의 경우에 한하여 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 손금으로 보는 것인 바, 청구법인의 경우, 수익사업에 대한 수입금액 신고를 하지 아니하였을 뿐만 아니라 결산조정도 하지 아니하였으며, 회계감사시 작성된 이익잉여금처분계산서상 이익처분에 있어서도 고유목적사업 준비금으로 잉여금을 처분한 사실도 없고, 또한 재무제표를 신고한 사실도 없어 고유목적사업 준비금을 적정하게 설정하였다고 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점준비금을 인정하지 아니하고 이 건 과세한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제66조 및 같은 법 제65조 제1항 제2호(기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.