자료상과의 거래에 대한 국세부과제척기간 적용

○○세무서장이 2005. 8. 1. 청구법인에게 결정고지한 1997. 1. 1.～12.31. 사업연도 등 법인세 및 부가가치세 214,953,490원은 이를 재조사하여 경정합니다.

청구법인 ○○조선(주)는 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 선박 제조업 등을 영위하는 법인으로서, 1997년 제2기～1998년 제1기에 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지에서 ○○배관이라는 상호로 배관자재 도ㆍ소매업을 영위한 청구 외 임○○(이하 ‘임○○’이라 한다)으로부터 공급가액 328,063,000원의 세금계산서(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)를 교부받아 부가가치세의 매입세액을 공제하고 법인세 손금산입하여 부가가치세와 법인세를 신고하였다. 처분청이 ○○세무서로부터 통보된 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 허위로 수취한 가공세금계산서로 보아 아래 표1과 같이 매입세액불공제 및 손금불산입하여 부가가치세 42,648,190원과 법인세 172,305,300원을 부과처분 하였다. 【표1】연도별 세금계산서 수취 및 과세내역 (단위: 원) 연도ㆍ기분 쟁점세금계산서 수취금액 고 지 세 액 비 고 부가가치세 법인세 합 계 1997(2기) 40,031,000 5,204,030 22,057,900 27,261,930 1998(1기) 288,032,000 37,444,160 150,247,400 187,691,560 합 계 328,063,000 42,648,190 172,305,300 214,953,490 청구법인은 이에 불복하여 2005. 9. 5. 이의신청을 제기하였다.

(1) 청구법인은 1999년 3월 ○○조선(주)를 인수하여 수출용 화학 운반선을 건조하여 수출하는 회사이며, 선박건조 자재인 배관자재(Flange, Valve류)는 선박건조에 필수적인 자재로서 ○○배관에서 물품을 공급하지 않았더라도 다른 거래처를 통하여 공급을 받아야만 선박이 건조될 수 있는 상황인 바, 2003년 태풍(매미)으로 인하여 보관하고 있던 자료가 유실되어 소명 불가하나 거래 상대방이 부분 위장가공 혐의가 있다하여 거래처 모두에게 10년의 부과제척기간을 적용함은 부당하다.

(2) 그리고 배관자재는 선박건조에 반드시 필요한 자재로서 청구 외 주○○(이하 ‘주○○’이라 한다) 등 거래당사자가 모두 거래사실을 확인하고 있는 실물거래이며, 증빙자료의 부족은 천재지변으로 인한 것이므로 위장매입으로 보아 법인세 과세는 취소되어야 한다.

(1) 자료상과의 거래는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 해당하여 사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에 해당하므로 국세부과 제척기간을 10년을 적용함은 정당하며,

(2) 청구법인은 쟁점세금계산서가 고액임에도 당초자료 소명시 세금계산서ㆍ거래명세표ㆍ입금표만을 제출하여 거래대금의 결재내용 입증되지 않으며, 이 건 신청시 추가 제시한 선박건조 설계도면 및 주○○의 확인서만으로 자재의 위장거래라는 주장은 신빙성이 없으므로 가공거래로 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 사건의 다툼은 쟁점세금계산서의 실물거래여부 및 국세부과 제척기간의 경과여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제26조 【납부의무의 소멸】 국세․가산금 또는 체납처분비를 납부할 의무는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 소멸한다.

1. 납부․충당 또는 부과의 취소가 있은 때

2. 제26조의2의 규정에 의하여 국세를 부과할 수 있는 기간내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 만료된 때

3. 제27조의 규정에 의하여 국세징수권의 소멸시효가 완성한 때

○ 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세․증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하󰡒매입세액󰡓이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단 이 건 부과처분에 대한 관계기록 및 청구인이 제시하는 증빙서류에 의하여 사실관계를 살펴본다.

(1) 청구법인은 1994. 6.15. 개업하여 선박건조 및 수리업을 영위하고 있으며, 2001. 5.24. ○○조선(주)에서 ○○조선(주)로 상호 변경하였다.

(2) 처분청은 ○○세무서장으로부터 쟁점세금계산서를 과세자료로 통보 받아 현지 확인하여 실물거래 없는 가공거래로 판단하여 부가가치세 매입세액불공제 및 법인세 손금부인하여 부가가치세 등을 과세하였음이 부가가치세 결정결의서 등으로 확인된다.

(3) 쟁점세금계산서의 교부자 임○○은 1998.12.28.자로 사업부진으로 폐업 신고하였으나, ○○세무서장은 자료상 조사를 실시하여 2002.12.31. 임○○을 세금계산서 교부위반 등 혐의로 고발하였음이 조사복명서 등으로 확인된다.

(4) 청구법인은 천재지변으로 장부 등이 유실되었으나, 거래당사자가 실물거래 사실을 확인하고 있고, 배관자재는 선박건조에 필수 불가결한 자재이므로 쟁점세금계산서를 실물거래 있는 위장매입이라고 주장하며 선박건조설계도, 거래사실 확인서 및 태풍피해현황보고 등을 자료로 제시하고 있다.

(5) 2005.10. 4. 주○○에 대하여 확인서 내용에 대하여 거래품목ㆍ규격ㆍ수량ㆍ단가ㆍ대금회수방법 등에 대한 구체적인 거래내역을 조회한 바, 대금회수는 전액어음으로 회수하였음을 회신한 바 있고, 또한 2005.11. 2. 한○○는 쟁점거래를 친구 주○○의 주도로 이루어졌다고 확인서를 추가 제시하고 있다.

(6) 쟁점과세기간 중 ○○산기 한○○가 청구법인에게 세금계산서를 교부한 내역 및 주○○ 등의 추가 확인서 금액은 아래 표2와 같음이 확인된다. 【표2】세금계산서 교부 및 확인내역 (단위: 천원) 기 별 세금계산서 교부 추가 확인서 금 액 합 계 비 고 매 수 공급가액 1997.1기 4 76,495 76,495 1997.2기 9 373,869 40,031 413,900 쟁점 과세기간 1998.1기 8 151,502 288,032 439,534 ” 1998.2기 6 85,575 85,575 전시한 관계법령 및 사실관계에 따라 심리하건대, 먼저, 청구법인은 2003. 9.12. 태풍매미로 인한 천재지변으로 관련서류가 유실되어 추가자료를 제시하지 못한다며 태풍매미 피해현황을 제시하고 있으나, 제시한 피해현황은 공장분야의 피해에 관한 것으로서 피해내용이 건물 붕괴3동ㆍ기계시설ㆍ원자재 등에 관한 것임이 확인되는 바, 이 건 태풍피해 현황자료만으로 청구법인의 관련장부가 전부유실 된 것인지는 불분명하다고 보여지며, 청구법인은 현 거래처인 주○○의 거래사실 확인서를 제시하였으나, 이 장소는 1993. 1. 1.부터 1999. 5.31.까지 ○○시 ○○구 ○○동에서 ○○산기라는 상호로 선박의장품 도매업을 영위한 청구 외 한○○(이하 ‘한○○’라 한다)의 사업장으로서 한○○는 폐업시 주○○에게 사업장 및 관련장부를 인계하였으므로 주○○이 보관하고 있는 관련장부 확인하면 사실내용에 대하여 확인이 가능하다고 진술하고 있고, 주○○은 한○○의 사업장을 2000년 1월 인수하여 부인 서○○ 명의로 동일장소에서 같은 업종을 현재까지 영위하면서 청구법인과는 거래관계를 지속하고 있으므로 매출자인 ○○산기 주○○에 대하여 대금의 수수여부 및 상품수불내역 등을 확인하면 쟁점 추가거래여부를 밝힐 수 있을 것으로 판단된다. 그리고 청구법인의 장부가 유실로 인하여 장부를 제시하지 못한 것인지 불분명하므로 그에 대한 추가확인이 필요하다 할 수 있는 바, 청구법인에 대하여는 Flange, Valve류의 구체적인 사용용도, 매입수량, 자재수불내역 및 대금지불관계 등을 전반적으로 재조사하여 쟁점세금계산서와 관련한 거래가 가공인지 아니면 실물거래 있는 위장거래인지를 종합 판단하여야 할 것이다. 다음, 청구법인은 ○○배관 임○○이 발행한 쟁점세금계산서를 수취하였지만 실물거래는 ○○산기 한○○와 하였으므로 사기 기타 부정한 행위에 의하여 국세를 감소시킨 것은 아니라고 주장하는 바, 국세청 예규(서일 911, 2005. 7.25.)에서도 “납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세(상속세 및 증여세 제외)를 포탈한 경우에는 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이나, 사실과 다른 세금계산서를 수취한 행위가 이에 해당하는지 여부는 당해 행위의 동기ㆍ방법ㆍ수단ㆍ횟수, 거래상대방, 거래금액, 거래관행 등을 종합적으로 조사ㆍ확인하여 판단할 사항”이라고 해석하고 있으므로 쟁점거래의 조사결과에 따라 부과제척기간을 적용함이 타당한 것으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 일부이유 있는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 (경정)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.