가공원가로 보아 손금부인함의 당부

처분청이 2004. 7. 5. 청구법인에게 결정 고지한 2000년 제1기 부가가치세 18,35 0,000원과 2000년 제2기 부가가치세 26,771,390원은 이를 취소하고, 2000년 사업연도 법인세 926,600,620원은 과세표준을 771,520,112원으로 하여 세액을 경정합니다.

청구법인 (주) ○○엔지니어링(대표이사 동○○)은 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지에서 초순수 정수처리시설 제조업을 영위하는 법인이다. 처분청은 청구법인의 2000년 사업연도 법인세 정기조사를 실시하면서 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재한 청구법인의 자재창고(이하 ‘자재창고’라 한다)에서 2000년 사업연도의 서류(이하 ‘쟁점서류‘라 한다)를 발견하였으며, 청구법인이 원가로 계상한 재료비(외주가공비 포함) 중에서 쟁점서류에 의하여 확인되지 아니하는 재료비는【표1】과 같이 가공매입으로 보아 부가가치세매입세액 불공제 및 손금불산입하였고, 청구법인이 원가로 계상한 노무비 중에서 쟁점서류에 의하여 확인되지 아니하는 노무비는【표2】와 같이 가공노무비로 보아 이를 손금불산입함으로써【표3】과 같이 부과처분 하였다. 【표1】재료비 등 가공매입 내용 (공급가액기준, 금액단위: 원, 이하 같음) 매입처 과세기간 신고 실거래 가공매입 (주) ○○ 2000년 제1기 183,310,000 92,410,910 90,909,090

○○기업 2000년 제2기 107,000,000 67,000,000 40,000,000

○○PF(주) 2000년 제2기 228,000,000 190,000,000 38,000,000

○○산업(주) 2000년 제2기 96,000,000 35,000,000 61,000,000 합계 614,310,000 384,400,910 229,909,090 【표2】가공노무비 내용 구분 신고 실지급 가공노무비 금액 1,823,029,860 197,164,860 1,625,865,000 【표3】부과처분 내용 구분 과세기간 세목 납부기한 고지세액 제1부과처분 2000년 제1기 부가가치세

2004. 7.31. 18,350,000 제2부과처분 2000년 제2기 부가가치세

2004. 7.31. 26,771,390 제3부과처분 2000년 사업연도 법인세

2004. 7.31. 926,600,620 합계 3건 971,722,010 청구법인은 이에 불복하여 2004.10. 4. 이의신청을 제기하였다.

처분청은 쟁점서류를【표1】의 실거래분과【표2】의 실지급분을 알 수 있는 증빙서류의 전부로 보아 청구법인이 계상한 원가 중 쟁점서류에 의하여 확인되지 아니하는 것은 이를 전부 가공매입 또는 가공노무비로 판단하였으나, 쟁점서류가 2000년 사업연도의 거래를 알 수 있는 증빙의 전부가 아니라 일부이고『청구법인이 추가 제시하는 증빙서류(이하 ‘추가서류’라 한다)』에 의하여 실거래 및 실지급 사실이 확인되므로 당초 부과처분을 모두 취소하여야 한다고 주장한다.

자재창고에서 발견된 쟁점서류가 원시증빙서류로서 신빙성이 있는 반면 추가서류는 사후 조작된 것이므로 쟁점서류에 근거하여 과세한 당초처분이 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점서류에서 확인되지 아니하는 원가를 모두 부인한 당초처분이 정당한지 그 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치․기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치․기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사․결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별 세금계산서 합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서 합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2000년 사업연도 중 청구법인은 ○○전자(주)(○○도 ○○시), ○○전자(주)(○○도 ○○군), ○○전자(주)(○○도 ○○시), ○○전자(주)(○○도 ○○시)의 공사현장에서 작업하였고, 각 공사현장별 일용노무비 계상액과 처분청이 쟁점서류에 의하여 인정한 일용노무비는【표4】와 같다. 【표4】공사현장별 일용노무비 내용 공사현장 신고 지급인정 가공노무비

○○전자(주) 351,342,000 26,017,500 315,325,000

○○전자(주) 614,269,860 70,996,000 543,273,860

○○전자(주) 793,279,500 90,151,360 703,128,140

○○전자(주) 64,138,000 0 64,138,000 합계 1,823,029,860 197,164,860 1,625,865,000

(2) 쟁점서류는 재료비 및 외주가공비 관련 견적서철, 공사현장에서 작성하여 본사에 보고한 일용노무자 인건비 청구 및 노무비대장, 식권대장, 공사현장 금전출납부 등이며 그 분량은 1,759매이다.

(3) 추가서류는【표1】의 가공매입이 실물거래임을 입증하기 위한 견적서, 품의서, 대금지급증빙서류와,【표2】의 가공노무비가 실제 지급되었음을 입증하기 위한 공사현장보고문서, 품의서, 영수증 등이다.

(4) 당심이 자재창고를 방문한 바, 약 100평의 공간 일부에는 각 공사현장이 철수하면서 옮긴 서류상자(중대형 규모) 31개가 있었고, 이 서류는 1993년 ~ 2001년 사업연도 분으로서 정돈되지 아니한 채 뒤섞여 있었으며, 이 가운데에서 쟁점서류에 포함되지 아니한【표5】의 서류를 발견하였다. 【표5】당심이 발견한 서류 서류명 공사현장 작성기간 권수 매수 작업일보

○○전자(주) 2000.10. 1.~2000.12.20. 1권 75매 작업일보

○○ C-1

2000. 9.18~2000.11. 6. 1권 47매

(5) 【표1】의 거래처 중 현재 폐업하지 아니한 청구 외 ○○산업(주)에 2000년 제2기 과세기간 중 청구법인과의 거래내역을 조회하였는바, ○○산업(주)는 도급계약서ㆍ추가공사견적서ㆍ외상매출금계정보조부를 당심에 제출하였고, 이 서류에 의하면 처분청이 가공매입으로 판단한 38,000,000원이 실물거래인 것으로 확인된다.

(6) 처분청이 쟁점서류에서 확인되지 아니하는 재료비ㆍ일용노무비를 가공매입 또는 가공노무비로 본 처분이 옳은지를 살펴본다. (가) 추가서류 원본의 지질상태, 추가서류 중 공사현장에서 본사에 보고한 문서에 표기된 팩스(FAX)의 날짜, 추가문서에 기록된 내용으로 보면 이 서류가 이 건 청구를 위하여 조작된 것으로는 보여 지지 아니한다. (나)【표5】의 ○○전자(주) 작업일보(이하 ‘쟁점 작업일보’라 한다)는 작업일, 전일 작업내용과 금일 작업내용, 금일 장비투입내용과 누계 장비투입내용, 금일의 관리ㆍ배관ㆍ용접ㆍ도장ㆍ조립ㆍ청소 분야 일용노무자 투입현황과 누계투입인원이 기록되어 있고, 2000.12.20. 현재 일용노무자 투입누계인원은 9,911명이다. (다) 처분청이 인정한 ○○전자(주) 현장 노무비를 일용노무자 투입연인원으로 환산한 것과 쟁점 작업일보에 의하여 확인된 투입누계인원을 비교하면【표6】과 같다. 【표6】○○전자(주) 현장의 일용노무자 비교 처분청 쟁점 작업일보 차이(B-A) 노무비 투입연인원(A) 노무비 투입연인원(B) 70,996,000 1,428명? 9,911명 8,483명 (라) 종합하면, 추가서류와 쟁점 작업일보에 의하여 쟁점서류에서 확인되지 아니한 사실이 확인되는 점으로 볼 때 쟁점서류가 청구법인의 재료비ㆍ외주가공비ㆍ일용노무비의 규모를 알 수 있는 증빙의 전부라 할 수는 없고, 처분청이 쟁점서류에 의하여 가공거래혐의를 발견하였다면 그 부분에 대해 개별적인 확인절차를 거쳐 과세의 근거를 확보하는 것이 전시 관계법령이 규정하는 근거과세에 부합되는 것으로 여겨진다. (7)【표1】의 거래분에 대하여 거래처별로 살펴본다. (가) 청구 외 (주)○○(2001. 7.20. 폐업)과의 거래를 보면, 처분청은 청구법인의 2000. 5.30.자 거래처원장에 “외상매입금 어음지급 176,820,000원”이란 표기와 같은 날 어음지급대장에는 “외상매입금 76,820,000원”으로 표기된 차이를 두고 나머지 1억원이 가공거래라고 판단하였으나, 이는 같은 날 청구법인의 계좌(○○은행 000-00-000000)에서 391,400,000원이 인출되어 (주)○○ 외 6개 거래처에 외상매입금을 현금 지급한 장부의 내용을 부인하기에는 그 증거가 부족하다. (나) 청구 외 ○○기업(2000.10.5 폐업), 청구 외 ○○산업(주)(현재 폐업상태), 청구외 ○○산업(주)와의 거래를 보면, 청구법인은 추가공사에 대한 품의서 등 추가서류를 제시하며 실물거래임을 주장하고 있고, 처분청은 추가서류가 조작된 것이라 하여 이를 부인하고 있는 바, 첫째, 앞에서 살펴본 바와 같이 추가서류가 조작된 것으로 볼 수는 없고, 둘째, 거래처가 모두 정상거래분으로 신고하였으며, 셋째, 청구 외 ○○산업(주)가 당심에 회신한 내용이 청구법인의 주장과 다르지 아니한 사실을 종합하면, 처분청이 추가서류를 조작된 것으로 보는 그 정황만으로 이를 모두 부인하는 것은 무리이다.

(8) 【표2】의 가공노무비에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 원가 계상한 노무비 1,823,029,860원 중 쟁점서류에 의하여 일용노무비 지출사실이 입증되는 197,164,860원을 인정하고 그 나머지 1,625,865,000원을 가공노무비로 보았다. (나) 청구법인은 청구법인이 공사현장에 투입한 일용노무자가 현장소장이 관리하는 일용노무자와 현장소장이 관리하지 아니하는 일용노무자(이하 ‘기능공 팀’이라 한다)로 구분되고, 쟁점서류는 현장소장이 관리하는 일용노무자에 대한 지급증빙의 일부분일 뿐이므로【표7】의 노무비지급대장상 기타지급 분 445,670,390원에 대한 74명(이하 ‘기타노무자’라 한다)의 인적사항과【표8】의 기능공 팀 노무비에 대한 지급영수증을 제시하면서 당초 계상한 노무비 중 1,685,388,390원을 인정하여야 한다고 주장한다. 【표7】노무비지급대장 내용 결산서상 노무비(A) 노무비지급대장상 노무비 차이(A-B) 합계(B) 기능공 팀 기타 1,844,929,860 1,685,388,390 1,239,718,000 445,670,390 159,541,470 (【표2】의 1,823,029,860원과 결산서상노무비(A)의 차이 21,900,000원에 대하여는 심리하지 아니한다) 【표8】기능공 팀 노무비 내용 합계 김○○팀 송○○ㆍ배○○팀 송○○팀 정○○팀 1,239,718,000 86,300,000 499,200,000 103,150,000 551,068,000 공사현장

○○현장

○○, ○○현장

○○현장

○○, ○○현장 (다) 청구법인은 공사현장ㆍ작업내용ㆍ인건비수금내역이 기재되고 작성자의 인감증명서가 첨부된 김○○, 송○○, 배○○, 송○○의 확인서와 2003. 6.27. 사망한 정○○을 대신한 김○○의 확인서를 증거로 제시하고 있고, 처분청은 청구법인이 이들 기능공 팀의 책임자들에 대한 자료를 당초 조사 시 제출하지 아니하여 비록 그 사실여부를 확인하지는 못하였지만 그 내용에 신빙성이 없다는 의견을 제시하고 있다. (라) 청구법인이 제시한 추가서류는 【표9】의 내용을 알 수 있는 품의서, 다른 업체의 견적서, 작업도면 등이고, 이 품의서에 의하면 노무자 일당(50,000원~150, 000원)에 일일 숙식비 21,000원, 작업 기간에 근거하여 기능공 팀별 총인건비를 산정하였는 바, 익산현장에 정○○팀의 숙박비 및 식대가 정산되지 아니한 채 남아 있으므로 인건비 지급 시 2백만원을 지급유보 바란다는 2000. 7.10.자 현장소장의 보고문서와 그 외 다른 품의서의 내용으로 볼 때【표8】의 금액 전부를 청구법인이 실제 노무비로 지급하였는지는 후술하기로 하고, 적어도 이들 기능공 팀이 공사현장의 작업에 참여한 것은 사실로 보이는데 비하여 처분청이 인정한 노무비에는 이들에 대한 노무비가 전혀 포함되어 있지 아니하다. 【표9】기능공 팀 인건비에 대한 추가서류 내용 기능공팀 인원 기안일 현장 작업내용 인건비 송○○ 10명

2000. 2.14.

○○ PIPE RECK 제작설치 등 346,910,000 정○○ 6명

2000. 4.14.

○○ CABLE 철거작업 등 86,240,000 정○○ 13명

2000. 6. 9.

○○ SUS DISCHARGE 제작 228,960,000 김○○

• 2000.10.20.

○○ DI ROOM CABLE 증설 86,700,000 (마) 청구법인이 주소지가 확인되는 기타노무자에게 우편으로 거래사실을 조회한 결과가【표10】과 같고, 이 가운데 김○○, 박○○는 쟁점서류에 의하여 확인되는 일용노무자이고, 이○○는 쟁점서류의 작업일보에 의하여 작업에 참여한 사실은 확인되나 이○○가 수령한 것으로 확인된 11,735,000원의 일부만 실지급액에 포함되었으며, 나머지 일용노무자는 쟁점서류에 의하여 확인되지 아니한다. 【표10】거래사실 확인서 확인서제출자 매수 수령액 거주지역 고○○, 곽○○, 강○○, 방○○, 현○○ 5매 109,420,000

○○ 김○○, 노○○, 박○○, 오○○, 이○○, 이○○, 이○○ 7매 54,105,000

○○, ○○ (바) 종합하면, 처분청이 가공노무비로 판단한 금액 중 상당한 금액이 추가서류 또는 쟁점작업일보,【표9】및【표10】에 의하여 확인된 바와 같이 실제 노무비로 지급되었을 개연성이 크므로 쟁점서류가 청구법인의 노무비 지출 증빙의 전부인 것으로 간주하여 그 이외의 노무비를 모두 가공노무비로 본 것은 무리라고 판단된다.

(9) 그렇다면 쟁점서류와 추가서류, 당심이 확인한 바에 의하여 청구법인이 실제 허위 계상한 노무비가 있는지를 살펴본다. (가)【표7】과 같이 결산서 상 노무비계상액이 1,844,929,860원인데 비하여 청구법인이 1,685,388,390원의 지급증빙만 제시하여 그 차이 159,541,470원은 지급증빙 없이 원가 계상한 사실이 확인된다. (나) 쟁점서류 중 ○○전자(주) 공사현장의 금전출납부에 의하면 대표이사가 2000. 6. 12.자 120,300,000원을 인출하였고, 이 금액을 청구법인의 업무상 경비로 사용한 사실이 확인되지 아니한다. (다) 쟁점서류 중 ○○전자(주) 공사현장의 노무비계정 장부에 의하면【표11】과 같이 일용노무비를 지급한 것으로 표기되어 있으나, 첫째, 대표이사는 일용노무비 등 인건비를 체불한 사실이 전혀 없는 것으로 당심에 진술한 반면 이 노무비는 모두 2~3개월씩 늦게 지불된 것으로 기재되어 있고, 둘째, 대표이사가 이 정도의 금액을 인출하여 청구법인을 운영하는데 사용하였다고 시인하는 점으로 보아 이는 가공노무비에 해당된다. 【표11】가공노무비 지급일 귀속월 지급액 공사현장 2000.10. 6. 2000년 7월분 100,840,000

○○전자 (주) 2000.10.17. 2000년 8월분 125,670,000 2000.11. 7. 2000년 9월분 134,565,000 2000.12. 9. 2000년 10월분 129,895,000 합계 490,970,000 (라) 한편, 청구법인은 지급증빙이 없는 159,541,470원과 2000. 6.12.자 인출한 120,300,000원이 사실상【표11】의 금액에 포함된 것이라고 주장하나, ○○전자(주) 공사현장에서 인출된 이 금액은 ○○전자(주) 공사현장에서 인출된 120,300, 000원과는 구분되므로 120,300,000원이 490,970,000원에 포함되었다는 청구주장을 신뢰할 수 없고, 다만, 노무비 지급증빙이 없는 159,541,470원은 그 성격상 전체 가공노무비의 범주에 포함된 것으로 보는 것이 합리적이라 여겨진다.

(10) 종합하면, 쟁점서류에서 확인되지 아니하는 거래분을 모두 가공거래로 보아 과세한 당초처분을 취소하는 대신 일용노무비를 지급한 것으로 계상한 금액 중 대표이사가 사용한 것으로 확인되는 611,270,000원(120,300,000원 + 490,970,000원)을 손금불산입하고 이를 대표자상여로 소득 처분하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 일부 이유 있는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각) 및 제3호(경정)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.