사업의 포괄적 양도양수에 해당하여 매출세금계산서를 발행 교부하고 양도자가 매출세액을 납부하는 경우에는 재화의 공급으로 볼 수 있어 매입세액 공제가능하나, 양도자가 매출세액을 납부하지 않은 경우로 재화의 공급으로 볼 수 없음
사업의 포괄적 양도양수에 해당하여 매출세금계산서를 발행 교부하고 양도자가 매출세액을 납부하는 경우에는 재화의 공급으로 볼 수 있어 매입세액 공제가능하나, 양도자가 매출세액을 납부하지 않은 경우로 재화의 공급으로 볼 수 없음
처분청이 2004. 5. 7. 청구법인에게 결정 고지한 2003년 제2기분 부가가치세 9,965,590원은, ○○종합건설(주)로부터 교부 받은 매입세금계산서의 매입세액 11 1,272,7 27원을 매출세액에서 공제하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.
청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 (주)○○란 상호로 부동산 임대․공급․관리업을 영위하는 법인으로서, 같은 곳 대지 870.60㎡ 위에 건물연면적 5,825. 57㎡ 신축중인 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 청구 외 ○○빌딩 백○○(이하 “백○○”라 한다)로부터 2003.10. 1.자 취득하여 공사를 진행하였으며, 2003년 제2기 부가가치세 확정 신고 시 291,988,952원의 환급을 신청하였다. 처분청은 이에 대하여 환급현지조사를 실시한 결과 백○○가 부동산임대업을 목적으로 신축중인 쟁점건물을 청구법인에게 양도한 것은 사업의 포괄적 양도․양수에 해당되어 재화의 공급으로 볼 수 없으나, 양도자인 백○○가 공급가액 1,430,000,0 00원(이하 “쟁점세금계산서1”이라 한다)을 발행하고 동 매출세액을 납부하지 않았기 때문에 재화의 공급으로 볼 수 없어 청구법인의 매입세액 143,000,000원을 매입세액 불공제하고, 청구 외 ○○종합건설(주)(이하 “○○종합건설(주)”라 한다)로부터 수취한 매입세금계산서 공급가액 1,412,272,727원 중 1,112,727,272원(이하 “쟁점세금계산서2”라 한다)은 백○○가 ○○종합건설(주)로부터 매도시점까지 공급 받은 건설용역의 미지급금으로 보아 동 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 매입세액 111, 272,727원을 불공제하고 가산세적용 환급세액 291,988,952원을 감액하여 2003. 5. 7.자 2003년 제2기분 부가가치세 9,965,590원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 7. 6. 이의신청을 하였다.
(1) 청구법인은 부동산임대업을 목적으로 신축중인 쟁점건물을 백○○로부터 인수 후에 청구법인이 완공하여 분양할 목적으로 당초 건축물의 용도인 사무소․오피스텔에서 업무시설인 사무소로 건축허가 변경을 하였고, 부동산임대업은 분양이 미분양 될 경우 일시적인 사업에 불과한 것으로 사업의 동질성이 없어 사업의 포괄적 양도․양수에 해당되지 아니하여 매입세액 공제하는 것은 정당하고,
(2) 처분청이 ‘쟁점세금계산서2’를 사실과 다른 세금계산서로 본 것은 ○○종합건설(주)와 당초 백○○가 체결한 총 도급금액 2,024,000,000원(부가가치세 포함)중 기 용역 제공된 800,000,000원(부가가치세 포함)을 제외한 향후 제공될 용역대가를 미지급금으로 표현한 것에 불과하며, 청구법인이 쟁점건물을 인수 후 제공받은 용역거래로 처분청이 매입세액 불공제한 것은 부당하다고 주장한다.
(1) 청구법인이 쟁점건물의 취득이 포괄적 양도․양수에 해당하면서 세금계산서를 발행하여 교부하는 것은 재화의 공급에 해당하는 것이나, 양도자인 백○○가 매출세액을 납부하지 않아 재화의 공급으로 볼 수 없어 매입세액 불공제한 것은 정당하고,
(2) 쟁점건물의 약정서상 공사계약기간 및 권리의무 승계의 내용 등을 종합해보면, ‘쟁점세금계산서2’의 세금계산서 수취는 당초 양도자인 백○○에게 공급하는 건설용역이기 때문에 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 불공제한 당초처분 정당하다는 의견이다.
○ 국세기본법 제14조 【실질과세】
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
○ 국세기본법 제16조 【근거과세】
① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치․기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치․기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.
○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】
⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
1. (생략)
2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (1999.12.28. 개정)
○ 부가가치세법 제9조 【거래 시기】
① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때
② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
○ 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 부가가치세법 제9조 제2항 에 규정하는 용역의 공급 시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때
2. 완성도기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때
○ 부가가치세법시행규칙 제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】 부가가치세법시행령 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우
2. 예산회계법 제68조 의 규정에 의하여 선금급을 하는 경우
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994.12.22. 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부 받지 아니한 경우 또는 교부 받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
○ 부가가치세법시행령 제17조 【담보제공․사업양도 및 조세의 물납】
③ 법 제6조 제6항 제2호 단서에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래 징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고 납부한 경우를 말한다. (1999.12.31. 개정)
○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】
① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방 국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.
2. 확정 신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
3. 확정 신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (1994.12.22. 개정)
4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때
② 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방 국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서․장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, (이하 생략)
(1) 백○○는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 부동산/임대업을 영위하기 위해 2002. 8.27.자로 사업자등록(000-00-00000)하여 쟁점건물을 신축 중에 건물을 완공하지 못하고 자금난으로 2003.12.31.자로 폐업하였음이 국세통합전산망(TIS)에서 확인된다.
(2) 청구법인은 쟁점건물을 백경미로부터 2003.10. 1.자 취득하고 2003년 제2기 부가가치세 확정 신고 시 291,988,952원의 환급신청을 하였고, 처분청은 백○○가 부동산/임대업을 목적으로 신축중인 쟁점건물을 청구법인에게 양도하는 것은 사업의 포괄적 양도․양수에 해당되어 재화의 공급으로 보지 않았으나, 백○○가 ‘쟁점세금계산서1’을 발행하고 동 매출세액을 납부하지 않았기 때문에 재화의 공급으로 볼 수 없어 청구법인의 매입세액 143,000,000원을 불공제하였으며, ○○종합건설(주)로부터 수취한 ‘쟁점세금계산서2’는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 111,272,727원을 불공제하고 가산세 적용하여 환급세액 291,988,952원을 감액하여 2003년 제2기분 부가가치세 9,965,590원을 결정고지 하였음이 처분청의조사서 및 부가가치세경정결의서에서 확인된다.
(3) 2002.12.15.자 시행자인 백○○와 시공자인 ○○종합건설(주) 및 ○○건설(주)의 합의한 민간건설도급공사계약서의 내용을 보면, “착공연월일: 2002.12.15., 준공예정일: 2003.12.31.이며 토목, 철골, 철근콘크리트 공사로 공사계약금액: 2,0 24,000,000원(부가가치세 포함)”으로 되어 있음을 알 수 있다.
(4) 2003.10. 1.자 백○○와 청구법인 간에 계약 내용을 보면, “○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 및 지상물을 양도하면서 토지 매매대금은 870,600,000원으로 하고 대금지급은 금융기관(○○은행) 채무 850,000,000원을 포함하며, 시공사인 ○○종합건설(주)와 ○○건설(주)의 공사도급금액 2,024,000,000원(부가가치세 포함)에서 이미 지급한 800,000,000원(부가가치세 포함)을 차감한 1,224,000,000원(부가가치세 포함)으로 공사계약을 승계하며, 시공회사가 이미 발행한 매출세금계산서 1,009,700,000원(부가가치세 포함) 중 시공사의 공사미수금 209,700,000원(부가가치세 포함)은 공사 공정률(50%)에 의거 백○○와 시공회사간의 협의로 마이너스 세금계산서(시공사 매출)을 발행하여 정산한다.”라고 되어 있음이 약정서에서 확인된다.
(5) 2003.10. 9.자 청구법인과 ○○종합건설(주) 및 ○○건설(주) 간에 공사도급계약서를 변경하였는 바, 토목․철근․철근콘크리트공사의 당초 공사계약금액 1,224,00 0,000원(부가가치세 포함)에서 승계 받은 공사 외 미장․방수․전기․내장공사 등을 추가하여 변경공사금액은 3,490,000,000원(부가가치세 포함)으로 변경하였으며, 공사기간은 2003.10. 9.부터 2004. 1.31.까지로 되어 있음이 확인된다. 심리하건대,
○ (쟁점1) 사업의 포괄적 양도양수에 해당하나, 매출세금계산서를 발행하여 교부한 것이 재화의 공급으로 볼 수 있는지 여부 청구법인은 부동산임대업을 목적으로 신축중인 쟁점건물을 인수하여 분양목적으로 건축허가를 변경하였고, 부동산임대업은 일시적인 사업에 불과한 것으로 사업의 동질성이 없어 사업의 포괄적 양도․양수에 해당되지 않는다고 주장하는 반면, 처분청은 청구법인이 부동산임대업을 주업으로 사업자 등록하였고, 공사계약의 승계 및 매매대금의 지급방법에서 일체의 모든 것을 양도 양수함을 약정하고 있어 사업의 동질성을 유지하여 포괄적 양도․양수에 해당하고 세금계산서를 발행하여 교부하는 것은 재화의 공급에 해당하는 것이나, 양도자가 매출세액을 납부하지 않아 재화의 공급으로 볼 수 없어 매입세액 불공제한 것은 정당하다고 주장한데 대하여 살펴보면, 첫째, 부가가치세법 기본통칙 제6-17-1【사업양도의 범위】제1항에서는 “ 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 자산을 비롯한 물적․인적시설 및 권리(미수금에 관한 것을 제외한다), 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다) 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말한다.”라고 되어 있으며, 제2항에서는 “사업과 직접 관련이 없거나 사업의 동일성을 상실하지 아니하는 범위 내에서의 일부 권리․의무를 제외하여도 사업의 양도로 본다. (이하 생략)”라고 되어 있고, 제3항에서는 “③ 사업의 양도에 해당하는 경우에도 사업양도자가 법 제16조에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 법 제15조의 규정에 의하여 거래 징수한 세액을 법 제18조 또는 제19조의 규정에 의하여 신고․납부한 경우에는 재화의 공급으로 본다.”라고 되어 있는 바, 둘째, 이 건의 경우 백○○가 부동산임대업을 영위하기 위하여 신축중인 쟁점건물을 사업개시 전 사업자등록을 하였고 당해 임대용 건물이 완공되기 전에 부동산임대업 일반과세자로 사업자등록을 한 청구법인에게 공사계약승계 및 매매대금의 지급방법에서 일체의 모든 것을 포괄적으로 승계 시키는 경우에는 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 에서 규정하는 사업의 양도에 해당한다 할 것이다. (같은 뜻; 재소비 46015-58, 2003. 3. 3.) 따라서, 청구법인이 쟁점건물을 취득 한 것은 포괄적인 양도․양수에 해당되어 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 않으나, 양도자인 백경미가 “쟁점세금계산서1”을 발행하여 교부하는 것은 재화의 공급에 해당되어 청구법인이 매입세액을 공제 받을 수 있지만, 양도자인 백○○가 매출세액을 납부하지 않은 경우에는 재화의 공급으로 볼 수 없기 때문에 매입세액 불공제한 당초 처분 정당하다 할 것이다.
○ (쟁점2) 사실과 다른 세금계산서인지 여부 청구법인이 ‘쟁점세금계산서2’를 백○○가 ○○종합건설(주)외1과 체결한 총 도급금액 2,024,000,000원(부가가치세 포함)중 기 용역 제공된 800,000,000원(부가가치세 포함)을 제외한 향후 제공될 용역대가를 미지급금으로 표현한 것에 불과하다고 주장한 반면, 처분청은 청구법인이 세금계산서를 수취한 것은 당초 양도자인 백○○에게 공급한 건설용역이기 때문에 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 것에 대하여, 첫째, 쟁점건물의 공사가 포괄적으로 양도․양수되어 공사기간이 2002.12.15.부터 2004. 1.31.까지로 대금지급이 2회 이상 분할하여 지급한 것으로 볼 때 형식상으로는 완성도지급조건부 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급에 해당되는 것으로 보일 수 있으나, 국세기본법 제14조 제2항 에 의하면, 과세표준의 계산은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있으므로 쟁점건물공사의 실질내용을 살펴보고 쟁점공사가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급에 해당하는지 여부를 판단하여야 할 것이다. 둘째, 쟁점건물의 공사가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부와 같은 기성고지급조건부 건설용역의 공급이 되기 위해서는 감리자가 공사진척도를 확인하고 이에 따라 공사대금을 청구하여야 함에도, 이 건 쟁점건물 공사는 건축주 및 공사시공자가 공사기성고의 확인을 요청하였는지 여부가 불분명하고 단지 쟁점건물을 양도․양수할 시점에 50%의 공정률을 확인하고 대금이 결재되고 세금계산서를 정산 발행하였고, 청구법인이 양수 후 공사대금조로 2003. 9.30.자 230,000,000원 2003. 10.22.자 280,000,000원을 기성고에 따라 지급되었다고 보기보다는 정해진 공사기간 내에 공사를 원활하게 추진하기 위한 착수금 내지 자금지원을 목적으로 지급된 선급금으로 보인다. (국심 2003중 1431, 2003. 7. 4. 같은 뜻). 그렇다면, 쟁점건물에 대한 용역의 공급의 시기는 쟁점건물이 완공되어 역무의 제공이 완료(준공검사필)한 때로 보아야 하므로 현재 공사 진행 중인 쟁점건물은 건축주와 건설회사간에 발행하는 세금계산서는 합의에 의한 공사 진행정도에 따라 세금계산서를 발행하는 것으로 보여 지고, 2003.10. 1.자 백○○와 약정한 내용에서 청구법인에게 공사계약승계금액 1,224,000,000원 및 매매대금의 지급방법에서 일체의 모든 것을 포괄적으로 승계 시킨 쟁점건물의 세금계산서 발행은 청구법인과 ○○종합건설(주)가 합의하에 세금계산서를 발행하여야 할 것이고, 2003. 2기분 중 2003.10.31.자 공급가액 567,272,727원 2003.12.31.자 공급가액 845,000, 000원 합계 1,412,272,727원을 청구법인을 공급받는 자로 하여 발행한 매출세금계산서는 정상적으로 발행되었다고 보여 진다. 전시한 관계법령 및 사실관계를 종합하여 살펴보면, 처분청이 포괄적인 양도․양수한 쟁점건물을 당초 도급금액 중에서 이미 세금계산서를 발행하고 미지급금이라고 표기되었다고 하여 백○○에게 용역을 공급하는 것으로 보아 ‘쟁점세금계산서2’를 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 불공제한 당초 처분은 잘못된 것으로 판단된다.
이상과 같이 심리한 결과 청구주장 일부이유 있는 것으로 판단되므로 국세기본법 제66조 및 같은 법 제65조 제1항 제2호(기각) 및 제3호(경정)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.